Whole genome based surveillance of rotaviruses: a new model for molecular epidemiological investigations  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
100727
Type K
Principal investigator Bányai, Krisztián
Title in Hungarian Teljes genom alapú rotavírus surveillance: a molekuláris epidemiológiai vizsgálatok új megközelítése
Title in English Whole genome based surveillance of rotaviruses: a new model for molecular epidemiological investigations
Keywords in Hungarian rotavírus, genotipizálás, RT-PCR, nagy áteresztőképességű szekvenálás, filogenetikai elemzés, molekuláris evolúció
Keywords in English rotavirus, genotyping, RT-PCR, high-throughput sequencing, phylogenetic analysis, molecular evolution
Discipline
Public health, health services, environmental and occupational medicine, epidemiology, medical ethics (Council of Medical and Biological Sciences)100 %
Ortelius classification: Epidemiology
Panel Clinical Medicine
Department or equivalent Institute for Veterinary Medical Research (Centre for Agricultural Research)
Participants Dandár, Eszter
Dóró, Renáta
Haraminé Papp, Hajnalka
László, Brigitta
Starting date 2012-01-01
Closing date 2016-06-30
Funding (in million HUF) 23.976
FTE (full time equivalent) 8.93
state closed project
Summary in Hungarian
A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára.

A nemrég elkezdett illetve előkészítés előtt álló rotavírus elleni oltási programok támogatására világszerte indítottak törzsmonitorozási programokat. Magyarországon a hagyományos tipizálási módszerekre épülő surveillance tevékenység története jóval a vakcinák bevezetése előtti időszakra, közel 20 évre nyúlik vissza. A rotavírusok teljes genomszekvenciáján alapuló surveillance segítségével átfogó képet kaphatnánk a magyarországi rotavírus törzsek genomszintű sokféleségéről egy 9 évet átívelő időszakra vonatkozóan (2006/2007 és 2014/2015 között) a hazai törzsmonitorozási hálózat egyes kiválasztott területeiről gyűjtött törzsek elemzésével.

A tanulmány főbb céljai a következők:
(i) részletesen leírni a rotavírus fertőzések magyarországi molekuláris epidemiológiáját egymást követő években olyan mélységben amely egészen napjainkig elképzelhetetlen volt;
(ii) monitorozni a közönséges és új rotavírusok felbukkanását és terjedését;
(iii) monitorozni a vakcinációval kapcsolatosan kialakuló, az immunválaszt elkerülő variánsokat;
(iv) azonosítani és jellemezni vad-típusú törzsek és vakcina törzsek között kialakuló lehetséges reasszortánsokat;
(v) azonosítani lehetséges revertánsokat, amelyek képesek oltott csecsemők fogékony testvéreire vagy más fogékony személyekre átterjedni és azokban betegséget okozni;
(vi) azonosítani és követni a molekuláris evolúciós folyamatokat immunkompetens és immunkomprimált állapotokban.



Mi a kutatás alapkérdése?

A rotavírus kutatással foglalkozó szakemberek körében egyetértés van abban a tekintetben, hogy a vakcinák széleskörű elérhetősége és alkalmazása folytonos surveillance tevékenységet igényel. Ez a poszt-vakcinációs surveillance néhány fontos kihívással kell, hogy szembenézzen. Az adatok minőségének javítása a surveillance standardizálását igényli. Elegendő számú mintát kell gyűjteni és feldolgozni ahhoz, hogy bármilyen lehetséges vakcinálással kapcsolatos esemény bekövetkeztét azonosítani lehessen (pl. vakcinázással nyert immunitást áttörő törzsek, vakcina és vad-típusú törzs közötti reasszortáció). A laboratóriumok közötti eltérések minimalizálása érdekében a tipizálási módszereket standardizálni kell. Ezek a változtatások alapvető fontosságúak a vakcina különböző törzsekkel szembeni hatékonyságának felderítésében és segíthet azonosítani a növekvő oltóanyag használatot lehetségesen kísérő változásokat a cirkuláló törzsek prevalenciájában. Ezzel összefüggésben jelen kutatás alapkérdései és kihívásai a következők: Tudja-e egy teljes genomszekvencián alapuló surveillance megfelelően helyettesíteni a standard technikákat? Megvalósítható és költség-hatékony-e ez a megközelítés egyáltalán? Tudja-e mindazon információkat nyújtani, amelyek szükségesek ahhoz, hogy a jelenlegi vakcinációs programokat támogassa? Alkalmas-e arra, hogy felismerje a főbb evolúciós folyamatokat és magyarázni lehessen mindezekkel a rotavírus fertőzés összetett járványtani mintázatát?



Mi a kutatás jelentősége?

A teljes vírus genomszekvenciákon alapuló molekuláris epidemiológiai vizsgálatok alapötlete nem újdonság, mégis, kevés területen alkalmazzák. Az oltással megelőzhető vírusfertőzések közül ez a megközelítés leginkább az influenza vírusok surveillance-ében jelenik meg. A virológia más területein a molekuláris epidemiológiai vizsgálatok leginkább részleges genomszekvenciákon alapulnak; a vizsgált szakaszok viszont gyakran rövidebbek a teljes genom 1%-ánál, ami elfedhet egy sor lehetségesen fontos molekuláris változást a genom nem vizsgált részein, jelentősen leszűkítve ezzel az epidemiológiai sajátságokra és az evolúciós folyamatokra vonatkozó következtetések körét. Jelen kutatási terv javaslat jelentősége és újdonsága az, hogy teljes genomszekvencia szintjén még sehol a világon nem vizsgálták a rotavírus fertőzések (e globálisan fontos, vakcinázással megelőzhető betegség) molekuláris járványtanát. A rotavírus azon tulajdonságai, hogy képes a gazdafajok közötti határok átlépésére, reasszortációra és rekombinációra, pontmutációk halmozására, a genom egyes részeinek megkettőződésére vagy elvesztésére, azt sejteti, hogy egy teljes genom alapú tipizálás lehet a legmegfelelőbb módszertani megközelítés a vakcinák bevezetésének korában. Feltételezzük, hogy ez a legjobb, ha nem az egyetlen út ahhoz, hogy a rotavírusok evolúcióját a kellő mélységben megismerhessük és megérthessük a VP4 és VP7 géneken kívüli rotavírus gének szerepét a rotavírus elleni védelemben. Nem mellesleg, a vírus evolúciójának jobb megértése alapvetően fontos a még hatékonyabb és biztonságosabb oltóanyagok fejlesztésében.



A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára

A rotavírusok évente 100 milliónál több fertőzést okoznak az 5 évesnél fiatalabb gyermekek körében; ebből 2 millió eset kórházi ápolást igényel, >500000 pedig halállal végződik. 2006-2007 óta két vakcina kapható világszerte, hazánkban is. A vakcinák hatásosságát nagy figyelem kíséri, és ismerve a vírus változékonyságát, számos országban állítottak fel törzsfigyelő hálózatot a cirkuláló törzsek azonosítására és nyomon követésére. A monitorozást rutinszerűen a két felszíni (ún. neutralizációs) fehérje változatainak meghatározásával végzik. Az itt tervezett vizsgálatok elsődleges célja és újdonsága az, hogy a teljes genomszekvencia szintjén vizsgálná a Magyarországon keringő rotavírus törzseket. A pályázat egyrészt lehetővé tenné, hogy a 20 éve működő hazai rotavírus monitorozás folytonossága fennmaradjon, másrészt olyan mélységben és részletességgel tudná tanulmányozni ezeknek a vírusoknak az epidemiológiai és evolúciós sajátságait, ami korábban elképzelhetetlen volt. A vizsgálatok kivitelezésének nyitja az új generációs genomszekvenálásban rejlik, amely segítségével költség-hatékonyan, egyetlen futtatással rotavírus törzsek tucatjai genomszekvenciájának meghatározása is lehetséges. A vizsgálatok során tanulmányoznánk a vírustörzsek földrajzi és időszakos megoszlásának változásait, vizsgálnánk a hazánkban is kapható rotavírus vakcinák hatását a keringő vírustörzsek gyakoriságára, és azonosíthatnánk olyan változatokat, amelyek vad típusú és vakcina törzsek kölcsönhatásából jöttek létre, illetve olyan lehetséges törzseket, amelyek a vakcina törzs(ek)ből mutációk révén visszanyerték megbetegítő képességüket. Így nem csupán a molekuláris epidemiológiai vizsgálatok mélyebb szintű elvégzésének lehetőségét várjuk ettől a tanulmánytól, hanem a kórokozó képesség genetikai hátterének megismerését is, ami a jelenlegieknél is jobb és biztonságosabb oltóanyagok fejlesztéséhez vezethetnek el.
Summary
Summary of proposed research including key goals for scientifically qualified assessors.

Rotavirus strain surveillance has been launched recently in numerous countries to support ongoing or anticipated vaccination programs. In Hungary, rotavirus surveillance dates back to the pre rotavirus vaccine era and has been conducted uninterruptedly over the last 20 years using standard typing methodology. The whole genome sequence based surveillance of rotaviruses would be undertaken in order to gather comprehensive information on the rotavirus genomic diversity in Hungary encompassing at least 9 consecutive rotavirus seasons, from 2006/2007 to 2014/2015 in selected surveillance areas of the Hungarian rotavirus strain monitoring network.

The main objectives of the study are:
(i) to describe in detail the molecular epidemiology of rotavirus infections in Hungary, during consecutive rotavirus seasons at a depth that could not be imagined until recently;
(ii) to monitor the emergence and spread of common and novel rotavirus strains in Hungary;
(iii) to monitor the possible vaccine-induced emergence of antibody escape mutants;
(iv) to identify the possible emergence in the general population of reassortants between vaccine and naturally circulating wild-type strains;
(v) to identify revertant vaccine strains that causes disease and spread from vaccinees to siblings or other susceptible individuals;
(vi) to trace the evolution of rotaviruses in immunocompetent and immunocompromised patients.



What is the research question?

There is a consensus that with the availability of rotavirus vaccines throughout the world, continuation of strain surveillance in the future will be required. This post-vaccine strain surveillance is facing several new challenges. To improve data quality surveillance should be standardized. Sufficient numbers of samples to be able to identify potential vaccine driven events (eg., vaccine breakthrough strains, reassortment events between vaccine and wild type strains) should be characterized. To help with this effort, typing methods need to be standardized across laboratories to minimize inter-laboratory differences. These changes will be critical to precisely assess the vaccine efficacy against various strains and document any changes in strain prevalence associated with increased vaccine use. The primary research questions and main challenges are: How could a whole genome sequence based surveillance substitute the standard techniques in this era? Is it feasible? Is it cost-effective? Does it provide the amount of information needed to adequately support existing vaccination programs? Is it suitable to recognize the main evolutionary mechanisms and explain the complex epidemiologic features of rotavirus?



What is the significance of this research?

The perspectives to investigate viral molecular epidemiology based on whole genome sequences has been recognized many years ago, however, very few studies have been carried out to date. Among vaccine preventable viral infections, the most intensive whole genome based characterization has been carried out with the influenza viruses. In other fields of virology, molecular epidemiological investigations mostly rely on the analysis of partial gene sequences; these fragments are often shorter than 1% of the whole genome, thus masking potentially relevant molecular changes in other genomic regions and permitting only limited conclusions on epidemiological features and evolutionary mechanisms to be made. The significance and novelty of the present project is that a whole genome based surveillance for rotavirus, a globally important vaccine preventable infection, has not been initiated anywhere in the world. Due to the ability of rotaviral genomes to undergo zoonotic transmission, reassort or recombine, accumulate mutations, duplicate or lose parts of the genome, whole genome based sequencing could be the best methodological approach during the vaccine era. This is the only approach that may uncover rotavirus evolution at the desired depth and could help understand the genes other than VP4 and VP7 that are important in immunity to rotavirus. Also, a better understanding of the evolutionary mechanisms is key to design more efficacious and safer vaccines.




 

Final report

  
Results in Hungarian
Vírusmetagenomikai módszert adaptáltunk a rotavírus törzsek székletmintából történő kimutatására és teljes genom szekvenálására. Folytatva az 1980-as években elindított hazai rotavírus törzsmonitorozási programot, a 2012-2015 közötti időszakban együttműködő mikrobiológus, laboratóriumi orvos és klinikus kollégákkal közösen vizsgáltuk a magyarországi rotavírus fertőzések molekuláris epidemiológiai jellegzetességeit. Évről évre ugyanazt az öt gyakori genotípus kombinációt (G1P8, G2P4, G3P8, G4P8, G9P8) azonosítottuk, de új metodikával, melynek során >750 rotavírus genomot szekvenáltunk meg. Elvégeztük további 250 magyarországi rotavírus genom szekvenálását is, a 2012 előtti időszakból. Külföldi együttműködésben vizsgáltuk egyes genotípus kombinációkat hordozó törzsek (pl. G3P8, G12P8) evolúciós mechanizmusait és több zoonotikus törzset (pl. G3P3, G8P14, G12P9) is jellemeztünk. Újonnan felbukkanó törzseket azonosítottunk (pl G6P6 törzseket Kamerunban, szokatlan G3P8 törzseket Magyarországon), ritka törzsek jellemzése közben pedig több új genotípus (pl. G29, R12, C12, M11 és N12) leírásában vettünk részt.
Results in English
We adapted a virus metagenomic method to detect and whole genome sequence rotavirus strains in stool samples. To continue the routine rotavirus strain monitoring program that dates back to mid-1980s in Hungary, we studied the molecular epidemiology of rotavirus infections between 2012 and 2015 in collaboration with microbiologists, laboratory doctors and clinicians. By using the new methodology we identified five major genotype combinations (G1P8, G2P4, G3P8, G4P8, G9P8) in this period and sequenced the genomes of over 750 strains. In addition, we whole genome sequenced another 250 Hungarian strains from the period preceding 2012. In international collaborations we examined the evolutionary mechanisms of selected genotype combinations (eg G3P8, G12P8) and characterized multiple zoonotic strains (eg. G3P3, G8P14, G12P9). We identified some newly emerging rotavirus strains (eg. G6P6 strains from Cameroon and unusual G3P8 strains from Hungary). While characterizing unusual rotavirus strains we discovered some new genotypes (eg. G29, R12, C12, M11 and N12).
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=100727
Decision
Yes





 

List of publications

  
Wu FT, Bányai K, Wu HS, Yang DCF, Lin JS, Hsiung CA, Huang YC, Hwang KP, Jiang B, Gentsch JR: Identification of a G8P[14] rotavirus in a Taiwanese child: evidence for relationship to bovine rotaviruses, JAPANESE JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES 65: 455-457., 2012
Hwang KP, Wu, FT, Bányai K, Wu HS, Yang DC, Huang YC, Lin JS, Hsiung CA, Huang JC, Jiang B, Gentsch JR: Identification of porcine rotavirus-like genotype P[6] strains in Taiwanese children, JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY 61: 990-997., 2012
László B, Kónya J, Dandár E, Deák J, Farkas Á, Gray J, Grósz G, Iturriza-Gomara M, Jakab F, Juhász Á, Kisfali P, Kovács J, Lengyel Gy, Martella V, Melegh B, Mészáros J, Molnár P, Nyúl Z, Papp H, Pátri L, Puskás E, Sántha I, Schneider F, Szomor K, Tóth A, Tóth E, Szűcs Gy, Bányai K: Surveillance of human rotaviruses in 2007-2011, Hungary: exploring the genetic relatedness between vaccine and field strains, JOURNAL OF CLINICAL VIROLOGY 55: 140-146., 2012
Mladenova Z, Papp H, Lengyel G, Kisfali P, Steyer A, Steyer AF, Esona MD, Iturriza-Gómara M, Bányai K: Detection of rare reassortant G5P[6] rotavirus, Bulgaria, INFECTION, GENETICS AND EVOLUTION 12: 1676-1684., 2012
Dallos Bianka (szakdolgozat, témavezető: Bányai Krisztián): Humán rotavírusok molekuláris biológiai vizsgálata, filogenetikai kapcsolatainak feltárása állati eredetű törzsekkel összehasonlítva, BME, 2012
Borzák Réka (diplomamunka, témavezető: Bányai Krisztián): Ritka humán G4P[6] rotavírusok molekuláris elemzése, ELTE, 2012
Antalné László Brigitta: Posztvakcinációs rotavírus surveillance Magyarországon, 2007-2011, Debreceni Egyetem, Gyógyszerészeti Tudományok Doktori Iskola, 2013
Ndze VN, Achidi EA, Papp H, Kovács E, Farkas SL, Adiogo D, Kisfali P, Ngeng MB, Abena MTO, Martella V, Esona MD, Bányai K: Shared G12 VP7 gene among human and bovine rotaviruses detected in Cameroonian villages, ACTA MICROBIOLOGICA ET IMMUNOLOGICA HUNGARICA 60: 21-28., 2013
Ndze VN, Papp H, Akum AE, Hortense GK, László B, Farkas S, Kisfali P, Melegh B, Esona MD, Bowen MD, Bányai K, Gentsch JR, Obama Abena MT: One Year Survey of Human Rotavirus Strains Suggests the Emergence of Genotype G12 in Cameroon, JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY 85: 1485-1490., 2013
Papp H, Borzák R, Farkas S, Kisfali P, Lengyel G, Molnár P, Melegh B, Matthijnssens J, Jakab F, Martella V, Bányai K: Zoonotic transmission of reassortant porcine G4P[6] rotaviruses in Hungarian pediatric patients identified sporadically over a 15 year period, INFECTION, GENETICS AND EVOLUTION 19: 71-80., 2013
Papp H, László B, Jakab F, Ganesh B, De Grazia S, Matthijnssens J, Ciarlet M, Martella V, Bányai K: Review of group A rotavirus strains reported in swine and cattle, VETERINARY MICROBIOLOGY 165: 190-199., 2013
Papp H, Matthijnssens J, Martella V, Ciarlet M, Bányai K: Global distribution of group A rotavirus strains in horses: A systematic review, VACCINE 31: 5627-5633., 2013
Esona MD, Mijatovic-Rustempasic S, Foytich K, Roy S, Banyai K, Armah GE, Steele AD, Volotão EM, Gomez MM, Silva MFM, Gautam R, Quaye O, Tam KI, Forbi JC, Seheri M, Page N, Nyangao J, Ndze VN, Aminu M, Bowen MD, Gentsch JR: Human G9P[8] rotavirus strains circulating in Cameroon, 1999-2000: genetic relationships with other G9 strains and detection of a new G9 subtype, INFECTION, GENETICS AND EVOLUTION 18: 315-324., 2013
Papp H, Borzák R, Farkas S, Kisfali P, Lengyel G, Molnár P, Melegh B, Matthijnssens J, Jakab F, Martella V, Bányai K: Zoonotic transmission of reassortant porcine G4P[6] rotaviruses in Hungarian pediatric patients identified sporadically over a 15 year period, INFECTION, GENETICS AND EVOLUTION 19: 71-80., 2013
Papp H, Malik YS, Farkas SL, Jakab F, Martella V, Bányai K: Rotavirus strains in neglected animal species including lambs, goats and camelids, VirusDisease 25: 215-222, 2014
Papp H, Marton S, Farkas LS, Jakab F, Martella V, Malik YS, Palya V, Bányai K: Classification and characterization of a laboratory chicken rotavirus strain carrying G7P[35] neutralization antigens on the genotype 4 backbone gene configuration, Biologicals 42: 299–304, 2014
Papp H, Rigó D, Dán Á, Farkas LS, Oldal M, Jakab F, Bányai K: Szokatlan rotavírus antigén kombináció azonosítása fiatal fácánban, Magyar Állatorvosok Lapja 136: 729-735, 2014
Ndze VN, Esona MD, Achidi EA, Gonsu KH, Dóró R, Marton S, Farkas S, Ngeng MB, Ngu AF, Obama-Abena MT, Bányai K: Full genome characterization of human Rotavirus A strains isolated in Cameroon, 2010-2011: Diverse reassortments of G and P genes and lack of reassortment of the backbone, Infection, Genetics and Evolution 28: 537-560, 2014
Wu F-T, Bányai K, Jiang B, Wu C-Y, Chen H-C, Fehér E, Huang Y-C, Lin J-S, Huang F-C, Hsiung CA, Huang JC, Wu H-S: Molecular epidemiology of human G2P[4] rotaviruses in Taiwan, 2004-2011, Infection, Genetics and Evolution 28: 530-536, 2014
Malik YS, Kumar N, Sharma K, Ghosh S, Bányai K, Balasubramanian G, Kobayashi N, Matthijnssens J: Molecular analysis of non-structural rotavirus group A enterotoxin gene of bovine origin from India, Infection, Genetics and Evolution 25: 20-27, 2014
Leshem E, Lopman B, Glass R, Gentsch J, Bányai K, Parashar U, Patel M: Distribution of rotavirus strains and strain-specific effectiveness following vaccine introduction: a systematic review and meta-analysis, Lancet Infectious Diseases 14: 847-856, 2014
Giammanco GM, Bonura F, Zeller M, Heylen E, Van Ranst M, Martella V, Bányai K, Matthijnssens J, De Grazia S: Evolution of DS-1-like human G2P[4] rotaviruses assessed by complete genome analyses, Journal of General Virology 95: 91-109, 2014
Dóró R, Mihalov-Kovács E, Marton S, László B, Deák J, Jakab F, Juhász Á, Kisfali P, Martella V, Melegh B, Molnár P, Sántha I, Schneider F, Bányai K: Large-scale whole genome sequencing identifies country-wide spread of an emerging G9P[8] rotavirus strain in Hungary, 2012., Infection, Genetics and Evolution 28: 495-512, 2014
Dóró R, László B, Martella V, Leshem E, Gentsch J, Parashar U, Bányai K: Review of global rotavirus strain prevalence data from six years post vaccine licensure surveillance: is there evidence of strain selection from vaccine pressure?, Infection, Genetics and Evolution 28: 446–461, 2014
Bányai K, Jon Gentsch.: Special issue on ‘Genetic diversity and evolution of rotavirus strains: Possible impact of global immunization programs’, Infection, Genetics and Evolution 28: 375-376, 2014
Wu FT, Bányai K, Lin JS, Wu HS, Hsiung CA, Huang YC, Hwang KP, Jiang B, Gentsch JR.: Putative canine origin of rotavirus strain detected in a child with diarrhea, Taiwan, Vector-borne and Zoonotic Diseases 12: 170-173, 2012
Papp H, Al-Mutairi LZ, Chehadeh W, Farkas SL, Lengyel G, Jakab F, Martella V, Szűcs G, Bányai K: Novel NSP4 genotype in a camel G10P[15] rotavirus strain, Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica 59: 411-421, 2012
Ndze VN, Akum AE, Hortense GK, Enjema LE, Esona MD, Banyai K, Obama AMT: Epidemiology of rotavirus diarrhea in children < 5 years in Northern Cameroon, Pan African Medical Journal 11: 73, 2012
Midgley SE, Bányai K, Buesa J, Halaihel N, Hjulsager CK, Jakab F, Kaplon J, Larsen LE, Monini M, Polsak-Prijatelj M, Pothier P, Ruggeri FM, Steyer A, Koopmans M, Böttinger B: Diversity of rotaviruses in swine and cattle across Europe, Veterinary Microbiology 156: 238-245, 2012
Matthijnssens J, Mino S, Papp H, Potgieter C, Novo L, Heylen E, Zeller M, Garaicoeachea L, Badaracco A, Lengyel G, Kisfali P, Collins P, Ciarlet M, O'Shea H, Parreno V, Banyai K, Barrandeguy M, Van Ranst M.: Complete molecular genome analyses of equine rotavirus A strains from different continents reveal several new genotypes and a largely conserved genotype constellation., Journal of General Virology 93: 866-875, 2012
Bányai K, László B, Duque J, Steele AD, Nelson EAS, Gentsch JR, Parashar UD: Systematic review of regional and temporal trends in global rotavirus strain diversity in the pre rotavirus vaccine era: Insights for understanding the impact of rotaviru, Vaccine 30S: A122-A130, 2012
ALESSANDRO MAGRI (MSc thesis; tutor: Krisztián Bányai): MOLECULAR EPIDEMIOLOGY AND WHOLE GENOME ANALYSIS OF HUMAN ROTAVIRUS G3P[8] STRAINS, UNIVERSITA’ DEGLI STUDI DI PARMA, 2014
Valantine NGUM NDZE (PhD thesis; supervisors: ABENA OMT, ACHIDI EA, ESONA MD, BÁNYAI K): MOLECULAR DIVERSITY OF SOME HUMAN AND ANIMAL ROTAVIRUSES IN CAMEROON: IMPACT ON DIAGNOSIS AND VACCINE DEVELOPMENT, THE UNIVERSITY OF YAOUNDE I, 2014
Giammanco GM, Bonura F, Di Bernardo F, Cascio A, Ferrera G, Dones P, Saporito L, Collura A, Terranova DM, Valenzise M, Allù MT, Casuccio N, Palermo M, Bányai K, Martella V, De Grazia S: Introduction and prolonged circulation of G12 rotaviruses in Sicily, EPIDEMIOLOGY AND INFECTION, 2016
Bányai K, Pitzer V: Molecular epidemiology and evolution of rotaviruses, In (Svensson L, Desselberger U, Estes MK, Greenberg HB (eds) Viral gastroenteritis: Molecular epidemiology and pathogenesis. Elsevier, 2016
Dóró R, Farkas SL, Martella V, Bányai K.: Zoonotic transmission of rotavirus: surveillance and control., EXPERT REVIEW OF ANTI-INFECTIVE THERAPY 13: pp. 1337-1350., 2015
De Grazia S, Giammanco GM, Dóró R, Bonura F, Marton S, Cascio A, Martella V, Bányai K.: Identification of a multi-reassortant G12P[9] rotavirus with novel VP1, VP2, VP3 and NSP2 genotypes in a child with acute gastroenteritis., INFECTION GENETICS AND EVOLUTION 35: pp. 34-37., 2015
Marton S, Deák J, Dóró R, Csata T, Farkas SL, Martella V, Bányai K.: Reassortant human group C rotaviruses in Hungary., INFECTION GENETICS AND EVOLUTION 34: pp. 410-414., 2015
Papp H, Mihalov-Kovács E, Dóró R, Marton S, Farkas SL, Giammanco GM, De Grazia S, Martella V, Bányai K.: Full-genome sequencing of a Hungarian canine G3P[3] Rotavirus A strain reveals high genetic relatedness with a historic Italian human strain., VIRUS GENES 50: pp. 310-315., 2015
Hungerford D, Vivancos R, EuroRotaNet network members (Aberle S, Van Ranst M, Matthijnssens J, Zeller M, Mladenova Z, Midgley S, Fischer TK, Syriopoulou VP, Koukou DM, Bányai K, Dóró R, Kaplon J, Pothier P, Maunula L, Ruggeri FM, Fiore L, Usonis V, Ivaskeviciene I, Vennema H, Kroneman A, Poljsak-Prijatelj M, Steyer A, Buesa J, Cilla G, Montes M, Brytting M, Schloss L, Mas Marques A, Allen DJ, Nawaz S), Read JM, Pitzer VE, Cunliffe N, French N, Iturriza-Gómara M.: In-season and out-of-season variation of rotavirus genotype distribution and age of infection across 12 European countries before the introduction of routine vaccination,, EUROSURVEILLANCE, 2016
Kattoor JJ, Malik YS, Sasidharan A, Rajan VM, Dhama K, Ghosh S, Bányai K, Kobayashi N, Singh RK.: Analysis of codon usage pattern evolution in avian rotaviruses and their preferred host., INFECTION GENETICS AND EVOLUTION 34: pp. 17-25., 2015
Marton S, Mihalov-Kovács E, Dóró R, Csata T, Fehér E, Oldal M, Jakab F, Matthijnssens J, Martella V, Bányai K.: Canine Rotavirus C strain detected in Hungary shows marked genotype diversity., JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 96: pp. 3059-3071., 2015
Mihalov-Kovács E, Gellért Á, Marton S, Farkas SL, Fehér E, Oldal M, Jakab F, Martella V, Bányai K.: Candidate new rotavirus species in sheltered dogs, Hungary., EMERGING INFECTIOUS DISEASES 21: pp. 660-663., 2015
Wu FT, Bányai K, Wu HS, Yang DCF, Lin JS, Hsiung CA, Huang YC, Hwang KP, Jiang B, Gentsch JR: Identification of a G8P[14] rotavirus in a Taiwanese child: evidence for relationship to bovine rotaviruses, JAPANESE JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES 65: 455-457., 2012
Hwang KP, Wu, FT, Bányai K, Wu HS, Yang DC, Huang YC, Lin JS, Hsiung CA, Huang JC, Jiang B, Gentsch JR: Identification of porcine rotavirus-like genotype P[6] strains in Taiwanese children, JOURNAL OF MEDICAL MICROBIOLOGY 61: 990-997., 2012
László B, Kónya J, Dandár E, Deák J, Farkas Á, Gray J, Grósz G, Iturriza-Gomara M, Jakab F, Juhász Á, Kisfali P, Kovács J, Lengyel Gy, Martella V, Melegh B, Mészáros J, Molnár P, Nyúl Z, Papp H, Pátri L, Puskás E, Sántha I, Schneider F, Szomor K, Tóth A, Tóth E, Szűcs Gy, Bányai K: Surveillance of human rotaviruses in 2007-2011, Hungary: exploring the genetic relatedness between vaccine and field strains, JOURNAL OF CLINICAL VIROLOGY 55: 140-146., 2012
Mladenova Z, Papp H, Lengyel G, Kisfali P, Steyer A, Steyer AF, Esona MD, Iturriza-Gómara M, Bányai K: Detection of rare reassortant G5P[6] rotavirus, Bulgaria, INFECTION, GENETICS AND EVOLUTION 12: 1676-1684., 2012
Ndze VN, Achidi EA, Papp H, Kovács E, Farkas SL, Adiogo D, Kisfali P, Ngeng MB, Abena MTO, Martella V, Esona MD, Bányai K: Shared G12 VP7 gene among human and bovine rotaviruses detected in Cameroonian villages, ACTA MICROBIOLOGICA ET IMMUNOLOGICA HUNGARICA 60: 21-28., 2013
Ndze VN, Papp H, Akum AE, Hortense GK, László B, Farkas S, Kisfali P, Melegh B, Esona MD, Bowen MD, Bányai K, Gentsch JR, Obama Abena MT: One Year Survey of Human Rotavirus Strains Suggests the Emergence of Genotype G12 in Cameroon, JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY 85: 1485-1490., 2013
Papp H, László B, Jakab F, Ganesh B, De Grazia S, Matthijnssens J, Ciarlet M, Martella V, Bányai K: Review of group A rotavirus strains reported in swine and cattle, VETERINARY MICROBIOLOGY 165: 190-199., 2013
Papp H, Matthijnssens J, Martella V, Ciarlet M, Bányai K: Global distribution of group A rotavirus strains in horses: A systematic review, VACCINE 31: 5627-5633., 2013
Esona MD, Mijatovic-Rustempasic S, Foytich K, Roy S, Banyai K, Armah GE, Steele AD, Volotão EM, Gomez MM, Silva MFM, Gautam R, Quaye O, Tam KI, Forbi JC, Seheri M, Page N, Nyangao J, Ndze VN, Aminu M, Bowen MD, Gentsch JR: Human G9P[8] rotavirus strains circulating in Cameroon, 1999-2000: genetic relationships with other G9 strains and detection of a new G9 subtype, INFECTION, GENETICS AND EVOLUTION 18: 315-324., 2013
Papp H, Marton S, Farkas LS, Jakab F, Martella V, Malik YS, Palya V, Bányai K: Classification and characterization of a laboratory chicken rotavirus strain carrying G7P[35] neutralization antigens on the genotype 4 backbone gene configuration, Biologicals 42: 299–304, 2014
Ndze VN, Esona MD, Achidi EA, Gonsu KH, Dóró R, Marton S, Farkas S, Ngeng MB, Ngu AF, Obama-Abena MT, Bányai K: Full genome characterization of human Rotavirus A strains isolated in Cameroon, 2010-2011: Diverse reassortments of G and P genes and lack of reassortment of the backbone, Infection, Genetics and Evolution 28: 537-560, 2014
Wu F-T, Bányai K, Jiang B, Wu C-Y, Chen H-C, Fehér E, Huang Y-C, Lin J-S, Huang F-C, Hsiung CA, Huang JC, Wu H-S: Molecular epidemiology of human G2P[4] rotaviruses in Taiwan, 2004-2011, Infection, Genetics and Evolution 28: 530-536, 2014
Malik YS, Kumar N, Sharma K, Ghosh S, Bányai K, Balasubramanian G, Kobayashi N, Matthijnssens J: Molecular analysis of non-structural rotavirus group A enterotoxin gene of bovine origin from India, Infection, Genetics and Evolution 25: 20-27, 2014
Leshem E, Lopman B, Glass R, Gentsch J, Bányai K, Parashar U, Patel M: Distribution of rotavirus strains and strain-specific effectiveness following vaccine introduction: a systematic review and meta-analysis, Lancet Infectious Diseases 14: 847-856, 2014
Giammanco GM, Bonura F, Zeller M, Heylen E, Van Ranst M, Martella V, Bányai K, Matthijnssens J, De Grazia S: Evolution of DS-1-like human G2P[4] rotaviruses assessed by complete genome analyses, Journal of General Virology 95: 91-109, 2014
Dóró R, Mihalov-Kovács E, Marton S, László B, Deák J, Jakab F, Juhász Á, Kisfali P, Martella V, Melegh B, Molnár P, Sántha I, Schneider F, Bányai K: Large-scale whole genome sequencing identifies country-wide spread of an emerging G9P[8] rotavirus strain in Hungary, 2012., Infection, Genetics and Evolution 28: 495-512, 2014
Dóró R, László B, Martella V, Leshem E, Gentsch J, Parashar U, Bányai K: Review of global rotavirus strain prevalence data from six years post vaccine licensure surveillance: is there evidence of strain selection from vaccine pressure?, Infection, Genetics and Evolution 28: 446–461, 2014
Wu FT, Bányai K, Lin JS, Wu HS, Hsiung CA, Huang YC, Hwang KP, Jiang B, Gentsch JR.: Putative canine origin of rotavirus strain detected in a child with diarrhea, Taiwan, Vector-borne and Zoonotic Diseases 12: 170-173, 2012
Giammanco GM, Bonura F, Di Bernardo F, Cascio A, Ferrera G, Dones P, Saporito L, Collura A, Terranova DM, Valenzise M, Allù MT, Casuccio N, Palermo M, Bányai K, Martella V, De Grazia S: Introduction and prolonged circulation of G12 rotaviruses in Sicily, EPIDEMIOLOGY AND INFECTION, 2016
Dóró R, Farkas SL, Martella V, Bányai K.: Zoonotic transmission of rotavirus: surveillance and control., EXPERT REVIEW OF ANTI-INFECTIVE THERAPY 13: pp. 1337-1350., 2015
Marton S, Deák J, Dóró R, Csata T, Farkas SL, Martella V, Bányai K.: Reassortant human group C rotaviruses in Hungary., INFECTION GENETICS AND EVOLUTION 34: pp. 410-414., 2015
Papp H, Mihalov-Kovács E, Dóró R, Marton S, Farkas SL, Giammanco GM, De Grazia S, Martella V, Bányai K.: Full-genome sequencing of a Hungarian canine G3P[3] Rotavirus A strain reveals high genetic relatedness with a historic Italian human strain., VIRUS GENES 50: pp. 310-315., 2015
Hungerford D, Vivancos R, EuroRotaNet network members (Aberle S, Van Ranst M, Matthijnssens J, Zeller M, Mladenova Z, Midgley S, Fischer TK, Syriopoulou VP, Koukou DM, Bányai K, Dóró R, Kaplon J, Pothier P, Maunula L, Ruggeri FM, Fiore L, Usonis V, Ivaskeviciene I, Vennema H, Kroneman A, Poljsak-Prijatelj M, Steyer A, Buesa J, Cilla G, Montes M, Brytting M, Schloss L, Mas Marques A, Allen DJ, Nawaz S), Read JM, Pitzer VE, Cunliffe N, French N, Iturriza-Gómara M.: In-season and out-of-season variation of rotavirus genotype distribution and age of infection across 12 European countries before the introduction of routine vaccination,, EUROSURVEILLANCE, 2016
Kattoor JJ, Malik YS, Sasidharan A, Rajan VM, Dhama K, Ghosh S, Bányai K, Kobayashi N, Singh RK.: Analysis of codon usage pattern evolution in avian rotaviruses and their preferred host., INFECTION GENETICS AND EVOLUTION 34: pp. 17-25., 2015
Marton S, Mihalov-Kovács E, Dóró R, Csata T, Fehér E, Oldal M, Jakab F, Matthijnssens J, Martella V, Bányai K.: Canine Rotavirus C strain detected in Hungary shows marked genotype diversity., JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 96: pp. 3059-3071., 2015
Mihalov-Kovács E, Gellért Á, Marton S, Farkas SL, Fehér E, Oldal M, Jakab F, Martella V, Bányai K.: Candidate new rotavirus species in sheltered dogs, Hungary., EMERGING INFECTIOUS DISEASES 21: pp. 660-663., 2015
De Grazia S, Dóró R, Bonura F, Marton S, Cascio A, Martella V, Bányai K, Giammanco GM: Complete genome analysis of contemporary G12P[8] rotaviruses reveals heterogeneity within Wa-like genomic constellation, Infection, Genetics and Evolution 44: 85-93, 2016
Dóró R, Marton S, Bartókné Horváth A, Lengyel G, Agócs Z, Jakab F, Bányai K: Equine-like G3 rotavirus in Hungary, 2015 – is it a novel intergenogroup reassortant pandemic strain?, Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica 63: 243-255, 2016
Kumar N, Malik Y, Kumar S, Sharma K, Sircar S, Saurabh S, Gulati B, Singh N, Kumar A, Joshi V, Banyai K, Dhama K: Peptide-recombinant VP6 protein based enzyme immunoassay for detection of group A rotaviruses, Plos ONE 11: e0159027, 2016
Malik YS, Kumar N, Sharma K, Saurabh S, Dhama K, Prasad M, Ghosh S, Bányai K, Kobayashi N, Singh RK: Multispecies reassortant bovine rotavirus strain carries a novel simian G3-like VP7 genotype, Infection, Genetics and Evolution 41: 63-72, 2016
Medici MC, Tummolo F, Martella V, Arcangeletti MC, De Conto F, Chezzi C, Magrì A, Fehér E, Marton S, Calderaro A, Banyai K: Whole genome sequencing reveals genetic heterogeneity of G3P[8] rotaviruses circulating in Italy, Infection, Genetics and Evolution 40: 253-261, 2016
Medici MC, Tummolo F, Martella V, Arcangeletti MC, De Conto F, Chezzi C, Fehér E, Marton S, Calderaro A, Banyai K: Analysis of the full genome of human group C rotaviruses reveals lineage diversification and reassortment, Journal of General Virology in press, 2016




 

Events of the project

  
2014-11-18 11:17:17
Résztvevők változása



Back »