Properties of hydrogen bonds in condensed phases  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
108721
Type K
Principal investigator Bakó, Imre
Title in Hungarian Hidrogénkötés tulajdonságai kondenzált fázisokban
Title in English Properties of hydrogen bonds in condensed phases
Keywords in Hungarian hidrogénkötes, kvantumkémia, hálók
Keywords in English hydrogen bond, quantum chemistry, network
Discipline
Physical Chemistry and Theoretical Chemistry (Council of Physical Sciences)100 %
Ortelius classification: Physical chemistry
Panel Natural Sciences Committee Chairs
Department or equivalent Institute of Organic Chemistry (Research Center of Natural Sciences)
Participants Bencsura, Ákos
Kótai, Bianka
Krámos, Balázs
Krezinger (Lábas), Anikó
Mayer, István
Oláh, Julianna
Starting date 2013-09-01
Closing date 2018-05-31
Funding (in million HUF) 11.699
FTE (full time equivalent) 7.14
state closed project
Summary in Hungarian
A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.
Ebben a pályázatban szeretnénk kiterjeszteni korábbi hidrogénhidas (H-hidas)rendszerekkel foglalkozó kutatásainkat, s megvizsgálni különböző rendszerekben található H-hidas hálózatok statikus és dinamikus tulajdonságait. Tervezzük, hogy megvizsgáljuk a H-hidas hálózatok tulajdonságait a (1) víz formamiddal, metanollal, etanollal és etilénglikollal alkotott elegyeiben (2) ezen elegyek felületén (3) Al(NO3)3x9H2O és hasonló kristályvizes kristályokban (4) fehérjékben, többek között citokróm P450 és peroxiredoxin enzimekben. Klasszikus és ab initio molekuladinamikai számításokat fogunk végezni, és ezek trajektóriáit elemezzük kémiai és hálózattudományi eszközökkel. Megvizsgáljuk a hidrogénhidas kölcsönhatások erősségét és irányultságát kvantumkémiai deszkriptorok, mint például a dipólusmomentum, megosztott elektronszám (SEN), kötésrend, töltéseloszlás segítségével. Fehérjék esetében szeretnénk megvizsgálni, hogy vajon a kvantumkémiai deszkriptorok értéke kapcsolatba hozható-e az egyes enzimek aktív helyének a tulajdonságaival (pl. méret, polaritás, aktív hely alakja, kölcsönhatás erőssége a vízmolekulák és fehérje atomjai között). A projekt második felében a trakjektóriákat a hálózat tudomány eszközeivel fogjuk elemezni, megvizsgálva a fentebbi rendszerekben előforduló H-hidas hálózatokból alkotható gráfok tulajdonságait (pl. eloszlási fok, úthossz, klasztereződés, perkoláció, kicsi világ tulajdonság, Laplace spectrum). Az eredmények megbízható értelmezéséhez tervezzük, hogy intézetünkben működi kísérleti csoportokkal együtt működve SFG és röntgen reflektometria segítségével is vizsgálni fogjuk a tanulmányozott víz-oldószer elegyeket.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.
A víz tömbfázisban egy véletlenszerű, háromdimenziós hidrogénhidakkal összekapcsolt hálózatot alkot, ahol az egyes vízmolekulák tetraéderes elrendeződésű hidrogénhidas kötéseket hoznak létre a szomszédos vízmolekulákkal. Noha ezek a kötések pikoszekundumnál kisebb időskálán alakulnak ki és szakadnak fel, mégis egy jól szervezett, szorosan összekapcsolt hálózat marad fenn. Ahhoz, hogy minél jobban megérthessük ezt a létfontosságú folyadékot, szükséges, hogy megismerjük azokat a hatásokat, amelyeken keresztül a hidrogénhidas kölcsönhatások komplex hálózata befolyásolja a víz szerkezeti és fizikai tulajdonságait. Ezért, ebben a pályázatban szeretnénk összekapcsolni egy tradicionálisan kémiai alapú és egy hálózattudományon alapuló megközelítését a hidrogénhidas rendszereknek . Ezért tervezzük, hogy megvizsgáljuk a (1) víz-formamid, víz-metanol, víz-etanol és víz-etilénglikol elegyekben (2) valamint ezek felületén (3) Al(NO3)3x9H2O és hasonló kristályvizet tartalmazó kristályokban (4) fehérjékben, többek között citokróm P450 enzimekben kialakuló H-hidas hálózatokat. Kulcskérdései a következőek: Hogyan alkalmazhatjuk a hálózattudományban újonnan kialakult fogalmakat hidrogénhidas rendszerekre? Nyerhetünk-e többlet információkat hidrogénhidas rendszerek tulajdonságairól, ha a hálózattudomány eszközeit kombináljuk egy alaposan tanulmányozott kémiai módszerrel együtt? Mennyire vihetők át a hálózattudomány fogalmai hidrogénhidas rendszerekre? A víz különböző rendszerekben alkotott H-hidas rendszerei mennyire hasonlóak? Hogyan lehet kombinálni a folyadékok/kristályok/fehérjék molekuladinamikai szimulációiból kinyerhető kémiai információt a hálózattudomány fogalmaival?

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!
A javasolt kutatási téma jelentősége egyrészt annak interdiszciplináris természetében, másrészt egy nagyon fontos, és sokat vizsgált molekula (a víz) tulajdonságainak újszerű megközelítésében rejlik. A munka során szeretnénk kombinálni a fizikai kémiai, biokémiai valamint a hálózattudomány eszközeit és kutatási területeit, valamint tervezzük, hogy a szimulációk során nyert eredményeinket összevetjük intézetünkön belül elérhető kísérleti módszerekkel (SFG és röntgen-reflektometria) nyerhető információkkal. Noha a vizsgált rendszerek (1) víz-formamid, víz-metanol, víz-etanol és víz-etilénglikol elegyek tömbfázisa (2) ezen elegyek gőzzel alkotott határfelülete (3) Al(NO3)3.9H2O és hasonló kristályvizet tartalmazó kristályok (4) fehérjék, többek között citokróm P450 enzimek és peroxiredoxinok alapvetően különböznek, mégis, minket az érdekel, hogy a bennük található vízhálózatok milyen hasonlóságokat és különbségeket mutatnak, s hogy levonhatunk-e közös tulajdonságokat a különböző rendszerek hálózati tulajdonságaival kapcsolatban. Reményeink szerint az elért eredmények segítenek majd (1) jobban megérteni a vizsgált rendszerek tulajdonságait, (2) megmutatják, hogy a hálózattudomány fogalmai hogyan alkalmazhatóak hidrogénhidas rendszerekre, s melyek különösen fontosak ezen hálózatok esetében, (3) utat nyitnak majd egyéb hidrogénhidas rendszerek hálózati tulajdonságainak vizsgálatához.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.
A víz minden életforma számára nélkülözhetetlen. A víz kulcsszerepet játszik az emberi szervezetben is, pl. mint fő alkotóeleme (55-80%), a testben található oldott anyagok oldószere, a vér főalkotórésze, valamint közvetlen résztvevője a test anyagcsere-folyamatainak. A víz mindenhol megtalálható a természetben, és számos tudományterület (pl. biokémia, légkör kémia) alapvető résztvevője. A víz nélkülözhetetlen oldószer az ipari folyamatokban is. Noha látszólag a víz egy igen egyszerű molekula, a viselkedése meglepően összetett. A víz egy véletlenszerű, háromdimenziós hidrogénhidas hálózatot alkot, ahol az egyes vízmolekulák tetraéderes elrendeződésű hidrogénhidas kötéseket hoznak létre a szomszédos vízmolekulákkal. Ahhoz, hogy jobban megérthessük az emberi szervezet és számos fizikai/kémiai/biológiai folyamat működését, lényeges felfedeznünk, hogy a hidrogénhidak bonyolult rendszere hogyan befolyásolja a víz, szerkezeti és fizikai tulajdonságait. Ezért szeretnénk megvizsgálni víz-oldószer elegyekben, kristályokban és fehérjékben kialakuló hidrogénhidas hálózatok tulajdonságait a hálózattudomány eszközeivel. Hálózatok számos, különböző környezetben előfordulnak, pl műszaki (nagy kommunikációs rendszerek, Internet, telefon hálózatok), közlekedési, logisztikai területeken, szociális jelenségek és emberi kapcsolatok terén, valamint biológiai rendszerekben is. Ebben a pályázatban szeretnénk alkalmazni a hálózattudomány vívmányait és fogalmait hidrogénhidas rendszerekre, és megvizsgálni azt, hogy hogyan egészítheti ki egymást, és segítheti elő a víz tulajdonságainak alaposabb megértését egy kémián és egy hálózattudományon alapuló kutatási módszer kombinálása.
Summary
Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.
We aim to extend our studies on hydrogen bond (H-bond) networks and to investigate the static and dynamical properties of H-bond networks of water in various systems. We plan to study the hydrogen bond networks in: (1) the bulk phase of mixtures of water with formamide, methanol, ethanol and ethylene glycol (2) on the sruface of these mixtures (3) Al(NO3)3x9H2O and similar crystal structure (3) proteins including cytochrome P450 enzymes and peroxiredoxins. We plan to carry out molecular dynamics simulations (classical and/or ab initio) on the abovementioned systems and analyze the trajectories using chemical and network science based techniques. We plan to investigate the strength and directionality of hydrogen bond interactions in these environments using quantum chemical descriptors like dipole moment, shared electron number (SEN), bond order and charge distribution. In the case of proteins we would like to see whether these quantum chemical descriptors could be linked to the properties of the active site of individual enzymes (e.g. size, polarity and shape of the active site, strength of interaction between water and protein side chain/backbone atoms). In the second part of the project we will analyze the obtained data by a complementary network science based approach in which we will analyze the properties (e.g. the degree of distribution, path length, clustering, percolation, small world property, Laplacian spectra) of the graphs that describe the water networks found in the studied systems. For the reliable interpretation of the obtained results we plan to study the mixtures of water using SFG and X-Ray reflectometry as well.

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.
Water as bulk liquid is a “random”, three-dimensional hydrogen bonded network system, where individual water molecules form tetrahedral hydrogen bonds with their neighbours. Although, these bonds are formed and broken on subpicosecond timescales, a well-structured and interconnected network persists. To understand this liquid better, it is essential to develop additional insights into how the complex network of hydrogen bonds affects its intermolecular, structural and physical properties. For this reason we would like to combine a chemical approach on hydrogen bonding with a network science driven approach and study the properties of hydrogen bond networks found in four distinct systems: (1) water-formamide, water-methanol, water-ethanol and water-ethylene glycol mixtures (2) and their surfaces (3) Al(NO3)3x9H2O and similar crystal structures (4) proteins including cytochrome P450 enzymes The key questions of our proposal are: How could we use the results of network science and the newly developed concepts in the study of hydrogen bond networks? Could we get additional insight into the properties of hydrogen bond networks in different systems by using a network science oriented approach rather than the extensively employed chemical approach? How transferable are the concepts of network science to hydrogen bond networks? Are the network-related properties of hydrogen bond networks of water in different systems significantly different or do they exhibit similar characteristics? How could we combine the chemical information available on hydrogen bond properties from molecular dynamic simulations of liquids/protein structures with concepts used in network science?

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.
The significance of the proposed research is two-fold. On the one hand it arises from its interdisciplinary nature, as we would like to combine the tools, concepts but also the research fields of physical chemistry, biochemistry and network science. In order to increase the reliability of our resuls obtained from simulations we plan to compare them to experimental data obtained by techniques (SFG and X-Ray reflectometry) available in our institute On the other hand, the proposed research will use a new novel approach for the study of an important, and thoroughly studied molecules(water). Although, the studied systems (1) water-formamide, water-methanol, water-ethanol and water-ethylene glycol mixtures (2) and their surfaces (3) Al(NO3)3.9H2O and similar crystal structures (4) proteins including cytochrome P450 enzymes and peroxiredoxins are fundamentally different, but we are interested in the similar and differing characteristics of water networks found in them, and we would like to see whether we could draw some common conclusions on the network properties of water found in them. We hope that our results will (1) deepen our understanding of the properties of the studied systems (2) show how to apply the concepts of network science to hydrogen bonded networks, and which concepts are especially useful for describing these systems (3) open the way to further studies on the network properties of hydrogen bonded systems in various environments.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.
Water is vital for all life forms. Water plays essential roles in the human body, e.g. as its main constituent (55-80%), as solvent of the body’s solutes, major component of blood, or directly participating in the majority of metabolic reactions. Water is ubiquitous in nature, and it is a key molecule in a range of fields including biochemistry, earth sciences, and atmospheric chemistry. Water is also a key solvents used in industry. Although water is a seemingly simple molecule, the complexity of its behavior is astonishing. Water forms a “random”, three-dimensional hydrogen bonded network system, where individual water molecules form tetrahedral hydrogen bonds with their surrounding water molecules. In order to understand the functioning of the human body and many physical/biological/chemical processes better it is essential to develop additional insights into how the complex network of hydrogen bonds in water affects its intermolecular, structural and physical properties. For this reason we would like to study the hydrogen bond networks found in several, fundamentally different systems (water-organic solvent mixtures, crystals and proteins) using a network science based approach. Networked structures are found in various contexts, e.g. in technological (large communication systems, Internet, telephone networks) and transportation related logistic problems, in social phenomena and in biological systems. In this project we would like to apply the concepts of network science to hydrogen bond networks and investigate how a chemical and a network science based approach could complement each other to deepen our understanding of the properties of water.




 

Final report

  
Results in Hungarian
Megmutattuk, milyen módon használhatók a különböző topológiai mennyiségek vizes oldatok esetében. A víz-formamid rendszerben, megmutattuk, hogy a folyadékelegyben mikroszkopikusan is homogén a keveredés, szemben a korábban a víz-metanol oldatokban találtakkal. Megmutattuk, hogy a hőmérséklet csökkenése hatására hattagú gyűrűk nagyobb számban történő megjelenése figyelhető meg víz-metanol oldatokban. Megmutattuk, hogy az inzulin molekula első szférában elhelyezkedő vízmolekulák lényegesen kevesebb, de erősebb H-kötést képeznek. Megmutattuk, hogy a fehérje hidrofób és hirdofil felszínéhez kötődő víz molekulák lényegesen különböző H-kötéses tulajdonságokkal rendelkeznek. Kvantumkémiai módszerek segítségével megvizsgáltuk egyedi vízmolekulák dipólusmomentumát szilárd fázisban és víz kluszterek esetén. Mayer kötésrendnek, vízmolekulák dipólusmomentumának a vizsgálatával rámutattunk az elektrosztatikus kölcsönhatások fontosságára a molekulák első szféránál távolabbi környezetében. Megmutattuk hogy víz kluszterekben a két- és háromtestkölcsönhatások és a relaxációs energiák milyen módon számolhatók bázis kiterjesztési hiba Valiron Mayer típusú megfogalmazása segítségével. QM/MM módszer segítségével tanulmányoztuk az ösztrogén bioszintézis és lebomlás folyamatát P450 enzim jelenlétében Megmutattuk, hogy az emberi aromatáz enzim katalizálja ezt a folyamatot. Ez a reakció nagyon érzékeny az enzim aktív helye közelében kialakuló molekuláris környezetre.
Results in English
We demonstrated that the topological properties of the hydrogen bond network found in liquid water change with the temperature On the basis of the topological analysis of water-formamide system reveals, that the composition of cyclic entities in these system are very close to ideal in contrast to the behaviour detected in methanol-water mixture. An evolution towards the structure of hexagonal ice, has thus been detected on cooling water-methanol mixtures. The water molecules in the first layer of insuline form significantly less, but stronger hydrogen bonds with each other than in the bulk phase. We investigated the H-bonded entities near the water:vapor and water:n-hexane interfaces. We showed that in the first layer the average H-bond number is smaller than in the other ones. We calculated the molecular electronic properties for hydrated crystals and water clusters using DFT technique. We presented the values of dipole moments of water molecules as well as the results of the bond order calculations indicating the big importance of collective electrostatic effects caused by the non-immediate environment. We discussed the size of two, three body and relaxation energy terms using the Valiron Mayer counterpoise scheme.We studied the estrogen biosynthesis and metabolism by P450 enzymes using QM/MM technique. We focused on the last step of estrogen biosynthesis, the aromatization of ring A of androstenedione
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=108721
Decision
Yes





 

List of publications

  
TC. Zhou, A. McCue, Y. Ghadar,I. Bakó,AE Clark: Structural and Dynamic Heterogeneity of Capillary Wave Fronts at Aqueous Interfaces, J.Phys.Chem B 121. 9052-9062. (2017), 2017
I.Bakó A. Lábas, K, Hermanssoni,J. Oláh: How can we detect hydrogen bond local cooperativity in liquid water: A simulation study, J. Mol Liq.. 140-146. (2017), 2017
Lábas A, Krámos J, Oláh J: Combined docking and quantum chemical study of CYP mediated metabolism of estrogens in man, Chem. Res. tosxicol 30,583.2017, 2017
Bako I, Bencsura A, Hermannson K, Balint S, Grosz T, Chihaia V, Olah J: Hydrogen bond network topology in liquid water and methanol: a graph theory approach, PHYS CHEM CHEM PHYS 15: (36) 15163-15171, 2013
B.Krámos,J.Oláh: The mechanism of human aromatase (CYP 19A1) revisited: DFT and QM/MM calculations support a compound I-mediated pathway for the aromatization process, Structural Chemistry 26 (2015), 279-300, 2015
A. Labas, B. Kramos, I. Bako, J. Oláh: Accurate modeling of cation–p interactions in enzymes: a case study on the CDPCho:phosphocholine cytidylyltransferase complex, Structural Chemistry in press DOI 10.1007/s11224-015-0658-9, 2015
B. Krámos, J. Oláh, T. Szilvási: A new approach for estimating the accuracy of DFT functionals in describing intermolecular interactions, 14th Central European Symposium on Theoretical Chemistry 6-9 Septmber 2015 Banska Bystrica, Slovakia, 2015
Oláh J: Humán citokróm P450 enzimek modellezése kombinált kvantumkémiai molekulamechanikai módszerek segítségével, Feast of the Hungarian Science (Magyar Tudomány Ünnepe), BME Vegyészmérnöki és Biomérnöki Kar, Budapest, Hungary, 21.11.2014, 2014
Imre Bakó,, István Mayer: Hierarchy of the Collective Effects in Water Clusters, J. Phys. Chem. A, 2016, 120 (4), pp 631–638, 2016
Imre BAKÓ and István MAYER: On Dipole Moments and Hydrogen Bond Identification in Water Clusters, J. Phys. Chem. A, 2016, 120 (25), pp 4408–4417, 2016
Imre Bakó, Júlia Oláh, Anikó Lábas, lldikó Pethes: Water-Formamide Mixtures: Topology of Hydrogen Bonded Network, oint EMLG/JMLG Annual Meeting 2016 Platanias - Chania, 2016
Imre Bakó, István Mayer: On Dipole Moments and Hydrogen Bond Identification in Water Clusters, Joint EMLG/JMLG Annual Meeting 2016 Platanias - Chania,, 2016
Imre Bakó, László Teimleitner, László Pusztai: Decreasing temperature enhances the formation of sixfold hydrogen bonded rings in water-rich water-methanol mixtures, SCIENTIFIC REPORTS 7 1073 Published: APR 21 2017, 2017
Imre Bakó. István Mayer: Many-Body Energy Decomposition with Basis Set Superposition Error Corrections, JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 13 1883-1886 Published: MAY 2017, 2017
Anikó Lábas Imre Bakó , Julianna Oláh: Hydration sphere structure of proteins: A theoretical study, Journal of Molecular Liquids 238 (2017) 462–469, 2017
Imre Bakó, Julianna Oláh, Anikó Lábas, Szabolcs Bálint, László Pusztai, Marie Claire Bellissent Funel: Water-Formamide Mixtures: Topology of the Hydrogen-Bonded Network, JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS 228 Pages: 25-31 Published: FEB 2017, 2017
Anikó Lábas, Imre Bakó, Julianna Oláh: Hydration sphere structure of proteins: A theoretical study, J MOL LIQ 238: 462-469, 2017
Bakó I, Pusztai L, Temleitner L: Decreasing temperature enhances the formation of sixfold hydrogen bonded rings in water-rich water-methanol mixtures, SCI REP 7: (1) , 2017
Mayer I, Bako I: Many-Body Energy Decomposition with Basis Set Superposition Error Corrections, J CHEM THEORY COMPUT 13: (5) 1883-1886, 2017
Bako I, Mayer I: On Dipole Moments and Hydrogen Bond Identification in Water Clusters, J PHYS CHEM A 120: (25) 4408-4417, 2016
Bako Imre, Mayer Istvan: Hierarchy of the Collective Effects in Water Clusters, J PHYS CHEM A 120: (4) 631-638, 2016
Imre Bakó, István Mayer: On Dipole Moments and Hydrogen Bond Identification in Water Clusters, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 120 4408-4417, 2016, 2016
Imre Bakó, István Mayer: Hierarchy of the Collective Effects in Water Clusters, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 120 631-638 2016, 2016
Bajnóczi ÉG, Palinko I, Kortvelyesi T, Bálint Sz, Bakó I, Sipos P, Persson I: Speciation and the structure of lead(II) in hyper-alkaline aqueous solution, DALTON T 43: (46) 17539-17543, 2014
Bakó I, Pálinkás G, Grósz T, Bálint S, Tóth G, Radnai T: A new approach to the determination of the uncertainty in neutron diffraction experiments with isotopic substitution method, J MOL LIQ 198: 5-10, 2014
Mitev PD, Bakó I, Eriksson A, Hermansson K: Large polarization but small electron transfer for water around Al 3+ in a highly hydrated crystal, PHYS CHEM CHEM PHYS 16: (20) 9351-9363, 2014
Radnai T, Bálint Sz, Bakó I, Megyes T, Grósz T, Pallagi A, Peintler G, Palinko I, Sipos P: The structure of hyperalkaline aqueous solutions containing high concentrations of gallium – a solution X-ray diffraction and computational study, PHYS CHEM CHEM PHYS 16: (9) 4023-4032, 2014
Bako I, Bencsura A, Hermannson K, Balint S, Grosz T, Chihaia V, Olah J: Hydrogen bond network topology in liquid water and methanol: a graph theory approach, PHYS CHEM CHEM PHYS 15: (36) 15163-15171, 2013
Bako I, Bencsura A, Hermannson K, Balint S, Grosz T, Chihaia V, Olah J: Hydrogen bond network topology in liquid water and methanol: a graph theory approach, PHYS CHEM CHEM PHYS 15: (36) 15163-15171, 2013
Imre Bakó, István Mayer: On Dipole Moments and Hydrogen Bond Identification in Water Clusters, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 120 4408-4417, 2016, 2016
Imre Bakó, István Mayer: Hierarchy of the Collective Effects in Water Clusters, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 120 631-638 2016, 2016
Bako I, Bencsura A, Hermannson K, Balint S, Grosz T, Chihaia V, Olah J: Hydrogen bond network topology in liquid water and methanol: a graph theory approach, PHYS CHEM CHEM PHYS 15: (36) 15163-15171, 2013
Bako I, Bencsura A, Hermannson K, Balint S, Grosz T, Chihaia V, Olah J: Hydrogen bond network topology in liquid water and methanol: a graph theory approach, PHYS CHEM CHEM PHYS 15: (36) 15163-15171, 2013
2. Pavlin D. Mitev, Imre Bakó, Anders Erikssona and Kersti Hermansson: Large polarization but small electron transfer for water around Al3+ in a highly hydrated crystal, PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 2014 16 : 9351-9363, 2014
T. Radnai, S. Bálint, I. Bakó, T. Megyes, T. Grósz, A. Pallagi, G. Peintler, I. Pálinkó, and P. Sipos: 3. The Structure of Hyperalkaline Aqueous Solutions Containing High Concentrations of Gallium - a Solution X-ray Diffraction and Computational Study, PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 2014 16 4023-4032, 2014
Imre Bakó, Gábor Pálinkás, Tamás Grósz, Szabolcs Bálint, Gergely Tóth and Tamás Radnai: A new approach to the determination of the uncertainty in neutron diffraction experiments with isotopic substitution method, J.Mol.Liquids 2014,198,5, 2014
B.Krámos,J.Oláh: The mechanism of human aromatase (CYP 19A1) revisited: DFT and QM/MM calculations support a compound I-mediated pathway for the aromatization process, Structural Chemistry 26 (2015), 279-300, 2015
A. Labas, B. Kramos, I. Bako, J. Oláh: Accurate modeling of cation–p interactions in enzymes: a case study on the CDPCho:phosphocholine cytidylyltransferase complex, Structural Chemistry 2015 16 1411, 2015
Imre BAKÓ and István MAYER: On Dipole Moments and Hydrogen Bond Identification in Water Clusters, J. Phys. Chem. A, 2016, 120 (25), pp 4408–4417, 2016
Imre Bakó, István Mayer: Hierarchy of the Collective Effects in Water Clusters, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A 120 631-638 2016, 2016
Imre Bakó. István Mayer: Many-Body Energy Decomposition with Basis Set Superposition Error Corrections, JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 13 1883-1886 Published: MAY 2017, 2017
Anikó Lábas Imre Bakó , Julianna Oláh: Hydration sphere structure of proteins: A theoretical study, Journal of Molecular Liquids 238 (2017) 462–469, 2017
Imre Bakó, Julianna Oláh, Anikó Lábas, Szabolcs Bálint, László Pusztai, Marie Claire Bellissent Funel: Water-Formamide Mixtures: Topology of the Hydrogen-Bonded Network, JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS 228 Pages: 25-31 Published: FEB 2017, 2017
1. Imre Bakó, Ákos Bencsura, Kersti Hermanson, Szabolcs Bálint, Tamás Grósz, Viorel Chihaia, and Julianna Oláh: Hydrogen bond network topology in liquid water and methanol: a graph theory approa, PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 2013 15 15163-15171, 2014
2. Pavlin D. Mitev, Imre Bakó, Anders Erikssona and Kersti Hermansson: Large polarization but small electron transfer for water around Al3+ in a highly hydrated crystal, PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 2014 16 : 9351-9363, 2014
T. Radnai, S. Bálint, I. Bakó, T. Megyes, T. Grósz, A. Pallagi, G. Peintler, I. Pálinkó, and P. Sipos: 3. The Structure of Hyperalkaline Aqueous Solutions Containing High Concentrations of Gallium - a Solution X-ray Diffraction and Computational Study, PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 2014 16 4023-4032, 2014
Imre Bakó, Gábor Pálinkás, Tamás Grósz, Szabolcs Bálint, Gergely Tóth and Tamás Radnai: A new approach to the determination of the uncertainty in neutron diffraction experiments with isotopic substitution method, J.Mol.Liquids 2014,198,5, 2014
Imre Bakó: Analysis of Hydrogen bond networks in water cluster (2-30) and liquid, CESTC 2014, Central European Symposium on Theoretical Chemistry 2014 Szeptember 21-25Nagybörzsöny, Hungary Lecture, 2014
Imre Bakó: Analysis of Hydrogen bond networks in water cluster (2-30) and liquid, EMLG2014 Molecular Liquids and Soft Matter: from Fundamentals to Applications 2014 Szeptember 7-12 University Roma Tre Aula Magna del Rettorato, 2014
Julianna Oláh,* Balázs Krámos, Anikó Lábas: Application of hybrid quantum mechanics molecular mechanics (QM/MM calculations, CESTC 2014, Central European Symposium on Theoretical Chemistry 2014 Szeptember 21-25Nagybörzsöny, Hungary, 2014




 

Events of the project

  
2017-12-14 16:09:34
Résztvevők változása
2017-03-21 14:27:21
Résztvevők változása
2015-10-13 12:57:59
Résztvevők változása
2014-08-26 11:19:53
Résztvevők változása
2013-09-18 14:22:36
Résztvevők változása



Back »