A comprehensive geno-glycomic approach to discover new lung cancer biomarkers

Help

Back »

Details of project

Identifier

116263

Type

Principal investigator

Guttman, András

Title in Hungarian

Egy átfogó geno-glikomikai megközelités új tüdőrák markerek felfedezésére

Title in English

A comprehensive geno-glycomic approach to discover new lung cancer biomarkers

Keywords in Hungarian

genetika, glikomika, tüdőrák, COPD, biomarkerek

Keywords in English

genomics, glycomics, lung cancer, COPD, biomarkers

Discipline

Experimental pharmacology, drug discovery and design (Council of Medical and Biological Sciences)	75 %
Medical engineering and technology (Council of Medical and Biological Sciences)	25 %

Panel

Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology

Department or equivalent

Research Centre for Molecular Medicine (University of Debrecen)

Participants

Csánky, Eszter
Rónai, Zsolt

Starting date

2015-09-01

Closing date

2019-08-31

Funding (in million HUF)

35.880

FTE (full time equivalent)

2.60

state

closed project

Summary in Hungarian

A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.
A projekt célja egy forradalmian új geno-glikomikai platform kidolgozása olyan genetikai rizikófaktorok azonosítására, melyek a glikozilációs mintázat megváltoztatásával szerepet játszhatnak a COPD és a tüdőrák genetikai hátterében. A glikozil-transzferázok genetikai variánsainak elemzése (lokális SNP és globális mRNS expresszió) rávilágíthat a megváltozott glikozilációs mintázat hátterében álló genetikai okokra, ily módon segítheti a betegségek molekuláris szintű patomechanizmusának megértését. A munka glikomikai részében immunaffinitási módszert, tripszines emésztést, boronsavas szétválasztást, RP-HPLC elválasztást és lézer-indukált fluoreszcenciával kapcsolt kapilláris elektroforézist valamint tömegspektrometriát ötvöző platformot fejlesztünk ki, mely minden eddiginél érzékenyebb (néhány fmol) elemzést tesz lehetővé. Az összes 1% fölötti glikoformát részletesen karakterizáljuk. A geno-glikomikai módszer standard glikoproteineken való validálása után humán mintában található biomarker glikoproteinek különböző kötőhelyein található specifikus glikozidációs formákat hasonlítjuk össze tüdőrák (adenocarcinoma, 3B és 4), COPD (krónikus gyulladás, Gold C és D) és kevert (tüdő rák + COPD) minták esetén a kontrollcsoporttal. Elővizsgálatok során hasonlítjuk össze a tüdőszövetben (műtéti rezekció, bronchus mosó folyadék) ill. a plazmában kimutatható változásokat. Ezáltal a glikánok variabilitásáról és betegség specifitásáról nyerünk fontos adatokat. A kapott részletes cukorszerkezeti információk nemcsak a funkcionális genomika és proteomika számára de mint új klinikai markerek is kiemelt jelentőségűek. A jövőben tervezzük ezen betegségek korai stádiumú vizsgálatát is (1&2, A&B).

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.
Korunk biomedicinális kutatásainak egyik fontos kérdése a biológiai rendszerek célfehérjéinek (sejtmembrán felszíni receptorok, jelátviteli folyamatok fontos fehérjéi, enzimek vagy a különböző biomarkerek) szerepének vizsgálata. Ezen fehérjék szerkezetében különböző poszt-transzlációs módosítások (PTM-ek) találhatók, mint pl. a glikoziláció, mely a fehérjefunkciók szempontjából kritikus jelentőségű. Bár teljes genom asszociáció analízis (GWAS) vizsgálatok a tüdőrák és a COPD számos genetikai rizikófaktorát feltárták, a kórképek öröklődésében szerepet játszó genetikai variációk listája még távolról sem teljes. Mivel a megváltozott glikoprotein mintázat és a betegségek kapcsolata jól ismert, felmerül, hogy az ennek hátterében álló enzimek genetikai variációi a kórképek rizikófaktorai lehetnek. A tervezett kutatás célja a glikozil-transzferázok génjeiben lévő szabályozó polimorfizmusok populáció szintű vizsgálata ill. ezen variánsok és a megváltozott glikoprotein struktúrák közötti kapcsolat jobb megértése. Mivel a glikozilációs struktúra nagy jelentőséggel bír a biológiai folyamatokban, a fehérjékhez kötött cukrokról és kötőhelyeikről nyert információ lényeges az életfunkciók és betegségek kialakulásának megértése szempontjából. Mindemellett egy adott kötőhelyen nagy lehet a cukorstruktúrák variabilitása (mikroheterogenitás), és egy fehérjének több kötőhelye is lehet (helyspecificitás), így a glikozidációs karakterizálás, különösképpen a biológiai rendszerekre jellemző koncentrációtartományban még nagyobb kihívást jelent a kutatók számára, melyet jelentősen megkönnyítené az itt javasolt megközelítés bevezetése.

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!
A pályázatban ismertetett átfogó stratégia hatékonyan alkalmazható a genetikai polimorfizmusok és a lehasított kis mennyiségben jelen lévő valamint bizonyos betegségekre jellemző komplex cukrok struktúráinak és helyspecifikusságának jellemzésére és így a geno-glikomikai összefüggések feltárására. A vizsgálat a promoter régióban található SNP-ek azonosítása és globális mRNS expressziós analízis után a fehérjék immunprecipitálásával majd tripszines emésztésével folytatódik, majd az így kapott glikopeptidek cukorspecifikus szétválasztásával, folyadék kromatográfiás frakcionálásával és az azt követő CE-LIF illetve MS analízissel zárul. Ha szükséges CE-MS technikát is alkalmazunk a glikánok azonosítására. Azzal, hogy alacsony femtomoláris tartományban azonosítani tudjuk az immunológiai módszerekkel tisztított fehérjék egyedi kötőhelyein lévő glikánok főbb szerkezeteit, az elméleti és klinikai kutatások számára egy új, nagy jelentőségű megoldást kínálunk. A rák biomarkerkutatásban a helyspecifikus struktúrák azonosítása sokkal szélesebb spektrumú vizsgálatok lehetőségét nyújthatja, mintha csak egyszerűen a globális glinkánprofilt jellemeznénk. A pályázat támogatásával kidolgozandó módszerek alkalmazásával új lehetőségek nyílhatnak meg nagy érzékenységű specifikus biomarkerek felfedezésére, akár a betegség legkezdetibb stádiumában is. A tervezett munka során az átfogó megoldásokra koncentrálunk, ennek érdekében különös hangsúlyt fektetünk a 1) lokális és globális genetikai–genomikai elővizsgálatokra, 2) mintaelőkészítésre, 3) a biológiai minták elválasztására, 4) az adatfeldolgozásra és -elemzésre valamint 5) az eredmények biológiai jelentőségének feltárására. A genetikai analízis a COPD-ben és tüdőrákban megfigyelhető megváltozott glikozil-transzferáz funkciók pontosabb megértését célozza, ami az elméleti ismereteken túl a kórképek megelőzésének, korábbi diagnózisának és célzott kezelésének hasznos eszköze lehet.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.
A tervezett munka célja egy forradalmian átfogó geno-glikomikai platform kifejlesztése a fehérjék egyik legjelentősebb szervezetbeli módosításának, az N-glikozilációnak jellemzésére rákos és gyulladásos betegségekben. Ilyen átfogó módszer jelenleg nem áll az orvostudomány rendelkezésére. Ezzel az új vizsgálati megközelítéssel új lehetőségek nyílhatnak meg a medicina számára a fent említett fehérjemódosítások biológiai szerepének megértéséhez súlyos betegségek, pl. a tüdőrák (adenokarcinóma) és egyes krónikus gyulladásos tudőbetegségek pl. COPD, esetleg ezek együttes jelenlétének korai megkülönböztetésére a megfelelő kezelés érdekében. Mindemellett a javasolt eljárás lehetőséget nyújthat új, érzékenyebb és szelektívebb rákmarkerek felfedezésére és ennek megfelelően esélyt ad a kezelés minél korábbi megkezdésére, az esetek nagy részében még az áttétek kialakulása előtt. A kutatás futamidejének végére kutatócsoportunk a tüdőrákra (adenokarcinóma) jellemző biomarker célfehérjék teljes glikomikai jellemzésével kívánja bemutatni az új megközelítésben rejlő diagnosztikai lehetőségeket. Az ún. „komplex” jellegek kialakulásában mind környezeti tényezők (pl. dohányzás), mint örökletes faktorok fontos szerepet játszanak. Bár a humán örökítőanyag (a humán genom, azaz a kromoszómák DNS-ének bázissorrendje) már több, mint egy évtizede ismert, mégis nem teljes a listája azon genetikai „hibáknak”, amelyek pl. a tumorok kialakítására hajlamosítanak. Ezek megismerése klinikai szempontból alapvető, mivel a célzott kezelés és hatékony megelőzés (szűrés) fontos eszköze lehet.

Summary

Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.
The goal of the proposed project is to develop a revolutionary and comprehensive geno-glycomic approach to identify new genetic risk factors that play a role in the glycosynthetic patways of important proteins in COPD and lung cancer. Understanding the effect of the genetic variants (local SNP level and global mRNA expression profiling) of glycosyltransferases and glycosydases may shed light on the genetic factors of glycosylation changes in various diseases. We will develop the tools by integrating immunoaffinity pull-down, tryptic digest, glycoaffinity partitioning, reversed phase liquid chromatography fractionation and capillary electrophoresis - laser induced fluorescence (CE/LIF) as well as mass spectrometry to provide analysis at the extent and sensitivity levels (low fmole) not possible for the time being. All major glycoforms 1% will be characterized. After validation of the platform with standard glycoproteins, we apply to the analysis of glycoproteins in human plasma samples of lung cancer (LC, adenocarcinoma, stages 3B and 4), chronic inflammatory lung diseases such as COPD (stages Gold C and D) and co-morbidity LC+COPD patients along with the examination of the genetic factors (SNPs) that govern the expression of glycosynthetic enzymes. A pilot analysis focuses on the comparison of functional changes in lung tissue (obtained from surgical resection in case of adenocarcinoma or bronchial lavage sample from COPD patients) and plasma. The detailed glycosylation information will play a critical role in the field of functional glycomics and proteomics as well as biomarker discovery. In the future we plan on examining earlier stages of these diseases (1&2, A&B).

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.
One of the recent major focuses of biomedical sciences is glycoprotein targets of interest in biological systems. Examples include cell surface membrane receptors, critical proteins in signaling pathways, enzymes, or biomarkers in various biological matrices. Most of these targeted proteins possess a variety of post-translational modifications (PTMs) including glycosylation, which is critical to the function of proteins. Although, genome wide association studies of lung cancer and COPD have already revealed numerous risk factors, it does provide adequate information for the full understanding of the issue. Since the structure of glycosylation is very important in biological processes, it is important to reveal the genetic polymorphisms in glycosyl transferases and glycosidases. To understand the biological function of glycosylation it is necessary to characterize such proteins as completely as possible with respect to their glycosylation structure, attachment site and level. The shape of the overall glycan structure can be important in biological function, information about sugar linkages and positions are necessary components in the elucidation of glycosylation. In addition, a variety of glycans can be possibly present at a particular site (microheterogeneity), and a protein may have multiple sites (site specificity) making characterization even more challenging, especially at the concentration levels in biological systems. The suggested platform would significantly ease up this challenging endeavor.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.
The comprehensive geno-glycomics approach outlined in this proposal for characterization genetic polymorphisms (local SNP level and global mRNA expression profiling) responsible for the expression of the enzymes of glycan biosynthesis and identification of low level glycan structures and site specificity includes the combination of immunoprecipitation, triptic digestion, boronic acid partitioning, liquid chromatographic fractionation of glycopeptides and CE-LIF, as well as MS analysis of the subsequently released glycans. If necessary, CE-MS methods will be used for glycan structure elulcidation. The ability to identify and quantitate important glycan structures at individual sites for immunopurified proteins at the low fmole level will offer the biomedical and clinical communities an important new bioanalytical toolset. In the biomarker discovery area, identification of site specific structures will provide the potential for much greater specificity and sensitivity than currently used (no site specificity) global glycan profiling methods. Thus, the information provided by the proposed work will open up opportunities to find sensitive and specific markers, even at early disease stages. In this proposed work we focus on platform solutions, rather than individual technologies, and consequently, we are particularly addressing issues related to 1) local and global genetic/genomic studies, 2) sample preparation, 3) bioseparations, 4) data processing, data analysis, and 5) biological relevance of the results. The genetic study aims to understand the effect of the expression level of glycosyl transferases and glycosydases in lung cancer and COPD that can be used for diagnostics purposes beyond the basic research goals of this application.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.
Our goal is to develop a revolutionary geno-glycomic platform to fully characterize of one of the most important post translational modifications, the N-linked glycosylation (site specificity and microheterogeneity) of target glycoproteins at levels heretofore not available at this time. Through the extensive glycosylation identification and quantitation our approach would offer, researchers will have important new capabilities to shed light on biological function and disease. Furthermore, there will be a significant opportunity to discover new biomarkers with higher sensitivity and specificity, e.g., to distinguish between lung cancer (adenocarcinoma) and inflammation (COPD) or reveal their coexistence in early stages for better treatment. It is well understoood that glycosylation changes can be sensitive markers for early stages of disease or malignancy prior to metastasis. We will illustrate some of the potentials by full glycomic characterization of target proteins in lung cancer. Both environmental factors (e.g. smoking) and genetic components play crucial role in the development of complex traits. Although the human genetic information (i.e. the human genome, the DNA-sequence of the chromosomes) was identified more than a decade ago, despite the complete list of those genetic modifications that are risk factors of tumors as an example are not yet known. Identification of these genetic variations is however crucial from a clinical point of view, because this knowledge can be used to develop efficient prevention and therapeutic protocols.

Final report

Results in Hungarian

A projekt célja egy új geno-glikomikai platform kidolgozása olyan genetikai rizikófaktorok és lehetséges globális N-glikomikai változások azonosítására, melyek fontos szerepet játszhatnak COPD-ben és tüdőráknál, valamint egy glikobiomarker panel kidolgozása a hozzá tartozó gén expressziós információkkal. A glikoziltranszferázok genetikai variánsainak elemzése (lokális SNP és globális mRNS expresszió) rávilágított a megváltozott glikozilációs mintázat hátterében álló genetikai okokra, segítve a krónikus és rosszindulatú tüdőbetegségek molekuláris szintű patomechanizmusának megértését. A genetikai vizsgálatokhoz kereskedelmi forgalomban kapható kit-eket használtunk. A teljes körű N-glikán analízishez kicsapódás mentes hőmérséklet gradiens denaturálást, inhibíció mentes endoglikozidáz emésztést, glikoaffinitás elkülönítést, lézer-indukált fluoreszcenciával kapcsolt kapilláris elektroforézis analízist valamint tömegspektrometriát integráló platformot fejlesztettünk ki. Az összes 1% fölötti glikoformát részletesen jellemeztük és a fontosabb glikozilációs változásokat (>33%) biomarkerként vettük figyelembe. A módszer validálása után 317 tüdőrákos (LC), krónikus gyulladásos tüdőbetegség (COPD) és 220 mindkét betegséggel diagnosztizált (LC+COPD) beteg vérplazma mintájának analízisét végeztük el. Felállítottunk egy 13 N-glikánból álló panelt, amely az MGAT5 expressziójának ismeretével együtt alkalmas rosszindulatú daganatos és a gyulladásos tüdőbetegesek megkülönböztetésére.

Results in English

The goal of the research project was to develop a comprehensive geno-glycomic approach to identify and correlate genetic risk factors that play roles in the glycosynthetic pathways in COPD and lung cancer possibly causing global N-glycomics changes and set up a glycobiomarker panel with the associated gene expression information. Understanding the effect of the genetic variants (local SNP level and global mRNA expression profiling) of glycosyltransferases and glycosidases shed light on the genetic factors of N-glycosylation changes in chronic and malignant lung diseases. On the genomics side we used commercially available kits. For the deep N-glycomic study, we developed new tools by integrating precipitation free temperature gradient denaturation, inhibition free endoglycosidase digestion, glycoaffinity partitioning, capillary electrophoresis - laser induced fluorescence analysis as well as mass spectrometry for global N-glycomics analysis. All major glycoforms >1% were characterized and the significant N-glycosylation changes (>33%) were considered as biomarkers. After validation we applied the platform to the analysis of the collected human plasma samples of 317 lung cancer (LC), 304 chronic inflammatory lung disease (COPD) and 220 co-morbidity LC+COPD patients. We established a panel of 13 N-glycans capable to distinguish between malignant and inflammatory lung diseases when used together with MGAT5 expression level information.

Full text

https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=116263

Decision

Yes

List of publications

Jodie L. Abrahams, Ghazaleh Taherzadeh, Gabor Jarvas, Andras Guttman, Yaoqi Zhou, Matthew P. Campbell: Recent Advances in Glycoinformatic Platforms for Glycomics and Glycoproteomics, Current Opinion in Structural Biology, Under Review, 2019

L.Hajba, A. Guttman: Recent advances in capillary electrochromatography of proteins and carbohydrates in the biomedical field, Chemical Science, Submitted, 2019

Zs.Kovács, B.Hurják, L.Muszbek, A.Guttman: Comprehensive N-glycosylation analysis of the blood coagulation factor XIII-B, Journal of Thrombosis and Haemostasis, Submitted, 2019

A. Szekrenyes, M. Szigeti, V. Vorakova, G. Jarvas, A. Guttman: Quantitative comparison of mAb N-glycosylation using the Glycosimilarity Index, A Tutorial, Trends in Analytical Chemistry, Under Review, 2019

G.Jarvas, A.Guttman, N.Miekus, T.Baczek, S.Jeong, D.S.Chung, V.Patoprsty, M.Masar, M.Hutta, V.Datinska, F.Foret: Practical sample pretreatment techniques coupled with capillary electrophoresis for real samples in complex matrices, Trends in Analytical Chemistry, Accepted, 2019

A.Komaromy, B.Reider, G.Jarvas, A.Guttman: Mass spectrometric analysis of COPD and lung cancer specific glycoproteins with special focus on serum IgG, Analytica Chimica Acta, Under Review, 2019

A. Guttman: Analytical Glycomics, ISSS Conference, Vienna, Austria, Sept 19-22, 2017

A. Guttman, M. Szigeti: Automated Glycan Sequencing, Soul, South Korea, Nov 5-9, 2017

A. Guttman, B. Donczo, A. Farkas, A. Domokos: Capillary electrophoresis as a molecular diagnostics discovery tool for common mechanisms of diseases, RECOOP 2018, Zagreb, Croatia, Apr 12-15, 2018

A. Guttman, T. Szilágyi, B. Vecseri, Zs. Kiss, L. Hajba: Determination of the oligosaccharide composition in different wort samples by capillary gel electrophoresis and monitoring their metabolism of different yeasts, EU Food Chemistry, Budapest, Hungary, Oct 4-6, 2017

A. Guttman: Estimating the Effect of Simulated Space Radiation on Human Immunoglobulin Glycans, ISSS, Jasna, Slovakia, June 17-20, 2018

A. Guttman: New Advances in comprehensive glycosylation analysis of biopharmaceuticals, FL&CE 2018, Hradec Kralova, Czech Republik, June 25-27, 2018

G. Járvás, T. Varga, M. Szigeti, L. Hajba, P. Fürjes, I. Rajta, A. Guttman: Tilted pillar array fabrication by the combination of proton beam writing and soft lithography for microfluidic cell capture Part 2: Image sequence analysis based eval., Electrophoresis, 39(3): 534-539, 2018

G. Járvás, M. Szigeti, A. Guttman: Structural identification of N-linked carbohydrates using the GUcal application: A tutorial, Journal of Proteomics, 171: 107-115, 2018

B. Meszaros, G. Jarvas, L. Hajba, M. Szigeti, A. Dallos, A. Guttman: Quantitative characterization of plasma treated PDMS microfluidic substrates by inverse gas chromatography, Sensors and Actuators B, 258: 1184-1190, 2018

L.Hajba, A. Szekrenyes, B. Borza, A. Guttman: On the glycosylation aspects of biosimilarity, Drug Discovery Today, 23(3): 616-625, 2018

B. Borza, M. Szigeti, A. Szekrenyes, L. Hajba, A. Guttman: Glycosimilarity assessment of biotherapeutics 1: Quantitative comparison of the N-glycosylation of the innovator and a biosimilar version of etanercept, Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, 153: 182-185, 2018

G. Jarvas, M. Szigeti, A. Guttman: Effect of the flow profile on separation efficiency in pressure-assisted reversed-polarity capillary zone electrophoresis of anions: Simulation and experimental eval., Journal of Separation Science, 41(11): 2473-2478, 2018

T. G. Szilágyi, B. Hegyesné Vecseri, Zs. Kiss, L. Hajba, A. Guttman: Analysis of the oligosaccharide composition in wort samples by capillary electrophoresis with laser induced fluorescence detection, Food Chemistry, 256: 129-132, 2018

B. Donczo, A. Guttman: Biomedical analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue samples: The Holy Grail for molecular diagnostics, Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, 155: 125-134., 2018

B. Reider, M. Szigeti, A. Guttman: Evaporative fluorophore labeling of carbohydrates via reductive amination, Talanta, 185: 365-369, 2018

M. Szigeti, J. Chapman, B. Borza, A. Guttman: Quantitative assessment of mAb Fc glycosylation of CQA importance by capillary electrophoresis, Electrophoresis, 39(18):2340-2343, 2018

M. Szarka, S. Szilasi, B. Donczo, D. Sarkozy, I. Rajta, A. Guttman: The effect of simulated space radiation on the N-glycosylation of human immunoglobulin G1, Electrophoresis, DOI: 39(22):2872-2876, 2018

M. Szabó, L. Hajba, R. Kun, A. Guttman, E. Csánky: Proteomic and Glycomic Markers to Differentiate Lung Adenocarcinoma from COPD, CURRENT MEDICINAL CHEMISTRY, DOI: 10.2174/0929867325666181017112939, 2019

Zs. Kovács, A. Guttman: Utilization of Analytical Omics Tools in the Molecular Diagnostics of Multiple Myeloma, CURRENT MOLECULAR MEDICINE, 18(4): 260-272, 2018

M. Szarka, M. Szigeti, A. Guttman: Imaging Laser-Induced Fluorescence Detection at the Taylor Cone of Electrospray Ionization Mass Spectrometry, Analytical Chemistry, 91(12):7738-7743, 2019

B. Donczo, G. Kiraly, A. Guttman: Effect of the elapsed time between sampling and formalin fixation on the N-glycosylation profile of mouse tissue specimens, Electrophoresis, DOI: 10.1002/elps.201900109, 2019

Csenge Filep, Beata Borza, Gabor Jarvas, Andras Guttman: N-glycosylation analysis of biopharmaceuticals by multicapillary gel electrophoresis: Generation and application of a new glucose unit database, Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, DOI: 10.1016/j.jpba.2019.112892, 2019

A. Guttman: Microfluidics based molecular diagnostics discovery for common mechanisms of diseases, RECOOP, Bratislava, SK, Oct 12-13, 2018

A. Guttman, M. Szigeti: Fully automated sequencing of complex carbohydrates, LACE 2018, Mendoza, Argentina, Dec 2-4, 2018

A. Szekrényes, M. Szigeti, A. Guttman: Validation of a fast and high resolution capillary electrophoresis based mAb N-glycan profiling method, AT Europe 2019, Dublin, Ireland, 12-15 March, 2019

A. Guttman: Comparative Glycosylation Analysis of Biotherapeutics and their Biosimilars, Pittcon 2019, Philadelphia, PA, USA, March 17-21, 2019

A. Guttman, A. Szekrenyes, M. Szigeti: LC or CE? Maybe both! Towards comprehensive characteri-zation of N-glycosylation modifications of protein biopharmaceuticals, HPLC 2019, Milan, Italy, June 16-20, 2019

A. Guttman, M. Szigeti. L. Hajba: Comprehensive N-glycosylation characterization of therapeutic antibodies by capillary electrophoresis and mass spectrometry, EuroCARB 2019, Leiden, The Netherlands, Jun 30-July 4, 2019

Zs. Elek, Zs. Kovács, G. Keszler, M. Szabó, E. Csanky, J. Luo, A. Guttman, Zs. Rónai: High throughput multiplex SNP-analysis in chronic obstructive pulmonary disease and lung cancer, Current Molecular Medicine, DOI: 10.2174/1566524019666191017123446, 2019

B. Meszaros, G. Jarvas, A. Farkas, M. Szigeti, Zs. Kovacs, R. Kun, M. Szabo, E. Csanky, A. Guttman: Comparative analysis of the human serum N-glycome in lung cancer, COPD and their comorbidity using capillary electrophoresis, Journal of Chromatography B, Under Review, 2019

M.L.A.De Leoz, … A.Guttman, M.Szigeti, … S.E.Stein: NIST Interlaboratory Study on Glycosylation Analysis of Monoclonal Antibodies: Comparison of Results from Diverse Analytical Methods, Molecular and Cellular Proteomics, DOI: 10.1074/mcp.RA119.001677, 2019

M.Szabó, R.Kun, L.Hajba, R.Koncz, A.Guttman, E.Csanky: The potential role of proteomic and glycomic biomarkers in chronic obstructive pulmonary disease diagnostic, Orvosi Hetilap, Under Review, 2019

A. Farkas, B. Mészáros, M. Szigeti, A. Guttman: A simple approach for simultaneous N-glycosylation analysis of five high abundant glycoproteins involved in chronic and malignant lung diseases, Current Molecular Medicine, In Preparation, 2019

M. Szigeti, A. Guttman: Sample preparation scale-up for deep N-glycomic analysis of human serum by capillary electrophoresis and CE-ESI-MS, Molecular and Cellular Proteomics, Accepted, 2019

M. Szigeti, A. Guttman: High Resolution Glycan Analysis by Temperature Gradient Capillary Electrophoresis, Analytical Chemistry, 89: (4) 2201-2204, 2017

Z. Kovacs, A. Simon, Z. Szabo, Z. Nagy, L. Varoczy, I. Pal, E. Csanky, A. Guttman: Capillary electrophoresis analysis of N-glycosylation changes of serum paraproteins in multiple myeloma, Electrophoresis, 38: (17) 2115-2123, 2017

L. Hajba, A. Guttman: Recent advances in column coatings for capillary electrophoresis of proteins, Trends in Analytical Chemistry, 90: 38-44, 2017

B. Donczo, M. Szarka, J. Tovari, Gy. Ostoros, E. Csanky, A. Guttman: Molecular glycopathology by capillary electrophoresis: Analysis of the N-glycome of formalin fixed paraffin embedded mouse tissue samples, Electrophoresis, 38: (12) 1602-1608, 2017

Zs. Kovács, G. Papp, H. Horváth, F. Joó, A. Guttman: A novel carbohydrate labeling method utilizing transfer hydrogenation-mediated reductive amination, Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, 142: 324-327, 2017

G. Járvás, M. Szigeti, A. Guttman: Structural identification of N-linked carbohydrates using the GUcal application: A tutorial, Journal of Proteomics, doi: 10.1016/j.jprot.2017.08.017, In Press, 2017

M. Szigeti, A. Guttman: Automated N-glycosylation sequencing of biopharmaceuticals by capillary electrophoresis, Scientific Reports, In Press, 2017

L. Hajba, A. Guttman: Continuous flow based microfluidic systems for therapeutic monoclonal antibody production and organ-on-a-chip drug testing, Journal of Flow Chemistry, In Press, 2017

A. Guttman, B. Donczo: Glycohistopathology of formalin fixed – paraffin embedded (FFPE) samples, ITP 2016, Minneapolis, Sept 18-21, 2016

A. Guttman, B. Fonslow, M. Szigeti: Characterization of N-linked carbohydrates in CE-LIF and CESI-MS modes: The versatility of the CESI 8000 system, CESI conference, Amsterdam, NL, Oct 6-7, 2016

A. Guttman: Multilevel characterization of therapeutic glycoproteins by CE-LIF and CE-MS, 10th CEEPC, Budapest, Hungary, Oct 11-14, 2016

A. Guttman: Glycohistopathology: Mining The FFPE Depositories, CECE, Brno, Czech, Oct 17-19, 2016

A.Guttman: Analytical Glycomics, International Chemistry Conference, Temesvar, Romania, Nov 3-6, 2016

A. Guttman: Capillary electrophoresis in Glycohistopathology, LACE 2016, Santiago, Chile, Dec 4-6, 2016

A. Guttman: Analytical Glycomics, Pittcon 2017, Chicago, IL, Marc 5-9, 2017

A. Guttman: Fast Glycan Labeling and Analysis, AT-Europe, Brussels, Belgium, March 14-17, 2017

A. Guttman: Molecular Glycopathology By Capillary Electrophoresis: Analysis of the N-glycome of formalin fixed paraffin embedded mouse tissue samples, US-HUPO, San Diego, March 19-22, 2017

A. Guttman: Glycan analysis by temperature gradient capillary electrophoresis. Some like it hot, MSB 2017, Noordwijkerhout, NL, March 26-29, 2017

G. Jarvas, M. Szigeti, J. Chapman, A. Guttman: Glucose Unit Calculation For Capillary Electrophoresis Analysis Without The Use Of The Maltooligosaccharide Ladder, MSB 2017, Noordwijkerhout, NL, March 26-29, 2017

A. Guttman: Fast sample preparation and analysis of N-glycans of biopharmaceutical and biomedical interest, Translational Glycobiology, Dubrovnik, Croatia, May 6-9, 2017

A. Guttman: Fast Glycan Labeling and Analysis by CE-LIF, CE User Meeting, Berlin, Germany, May 17-18, 2017

A. Guttman: Temperature gradient capillary electrophoresis, HPLC-2017, Prague, CZ, June 18-22, 2017

A. Guttman: Analytical Glycomics: Biopharmaceutical Applications, Glycobiology, London, UK, June 26-28, 2017

M. Szigeti, A. Guttman: High Resolution Glycan Analysis by Temperature Gradient Capillary Electrophoresis, Analytical Chemistry, 89(4): 2201-2204, 2017

L. Hajba, A. Guttman: Recent advances in column coatings for capillary electrophoresis of proteins, Trends in Analytical Chemistry, 90: 38-44, 2017

G. Járvás, M. Szigeti, A. Guttman: Structural identification of N-linked carbohydrates using the GUcal application: A tutorial, Journal of Proteomics, 171: 107-115, 2018

M. Szigeti, A. Guttman: Automated N-glycosylation sequencing of biopharmaceuticals by capillary electrophoresis, Scientific Reports, 7(1): 11663, 2017

L. Hajba, A. Guttman: Continuous flow based microfluidic systems for therapeutic monoclonal antibody production and organ-on-a-chip drug testing, Journal of Flow Chemistry, 7(3–4), 118–123, 2017

M. Szarka, A. Guttman: Smartphone cortex controlled real-time image processing and reprocessing for concentration independent LED induced fluorescence detection in capillary electrophoresis, Analytical Chemistry, 89(20): 10673–10678, 2017

L.Hajba, A. Szekrenyes, B. Borza, A. Guttman: On the glycosylation aspects of biosimilarity, Drug Discovery Today, 23(3): 616-625, 2018

B. Reider, M. Szigeti, A. Guttman: Evaporative fluorophore labeling of carbohydrates via reductive amination, Talanta, 185: 365-369, 2018

M. Szigeti, J. Chapman, B. Borza, A. Guttman: Quantitative assessment of mAb Fc glycosylation of CQA importance by capillary electrophoresis, Electrophoresis, DOI: 10.1002/elps.201800076, 2018

A. Guttman: Rapid glycan labeling and separation by CE-LIF, CE-Pharm, Boston, MA, Sept 17-20, 2017

G. Jarvas, M. Szigeti, A. Guttman: Database Search Assisted Glycan Structure Assignation Methods, HPLC 2017, Jeju, South Korea, 5-9 November, 2017

A.Guttman, M.Szarka, Sz.Szilasi: Modeling of the effect of deep space Galactic Cosmic Rays and Solar Energetic Particles on the glycosylation of human immunoglobulins, LACE 2017, Mexico City, Mexico, Dec 2-5, 2017

A. Guttman, G. Jarvas, M. Szigeti: Simulation and Practical Evaluation of Separation Efficiency in Pressure Assisted Capillary Zone Electrophoresis in the Presence of Counter EOF, MSB-2018, Rio de Janeiro, Brazil, Feb 18-21, 2018

A. Szekrenyes, B. Borza, L. Hajba, A. Guttman: The Glycosimilarity Index and its Potential Applications in Biopharmaceutical Development and Quality Control, AT Europe 2018, Barcelona, Spain, March 6-9, 2018

A. Guttman: The Glycosylation Aspects of Biosimilarity, Eurobiosimilars, Rome, Italy, Apr 26-27, 2018

A. Guttman, M. Szigeti, G. Jarvas: Capillary Electrophoresis analysis of anionically tagged N-linked carbohydrates by simultaneous LIF and MS detection, ASMS, San Diego, CA, June 3-7, 2018

B. Juneja, M. Szigeti, S. Yeung, K. Muthusamy, W. Matousek, JK. Luo, A. Guttman, E. Pyles: Automated Cleanup Methods for N-Linked Oligosaccharide Analysis, WCBP 2016, Washington DC, Jan 26-28, 2016

A. Guttman, G. Jarvas: GUcal: A New Glyco-informatics Toolset to Interpret and Assign Capillary Electrophoresis – Glycan Profiles, AT Europe 2016, Vienna, Austria, March 15-18, 2016

B. Fonslow, M. Szigeti, A. Guttman: High Resolution CESI-MS Analysis of APTS-Labeled N-Glycans of Biopharmaceutical Interest, 64th ASMS Conference, San Antonio, TX, USA, June 5-9, 2016

B. Donczo, M. Salem, A. Guttman: Glycohisto-pathology: Mining The FFPE Depositories, HPLC 2016, San Francisco, CA, June 19-25, 2016

M. Kerekgyarto, G. Jarvas, L. Novak, A. Guttman: Activation energy associated with the electromigration of oligosaccharides through viscosity modifier and polymeric additive containing background electrolytes, Electrophoresis 37: (4) 573-578, 2016

J. Bodnar, A. Szekrenyes, M. Szigeti, G. Jarvas, J. Krenkova, F. Foret, A. Guttman: Enzymatic removal of N-glycans by PNGase F coated magnetic microparticles, Electrophoresis 37: (10) 1264-1269, 2016

Zs. Kovacs, M. Szarka, M. Szigeti, A. Guttman: Separation window dependent multiple injection (SWDMI) for large scale analysis of therapeutic antibody N-glycans, Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis 128: 367-370, 2016

Zs. Elek, R. Dénes, P. Susanne, A. Somogyi, H. Yowanto, J. Luo, M. Souquet, A. Guttman, Zs. Rónai: Multicapillary gel electrophoresis based analysis of genetic variants in the WFS1 gene, Electrophoresis, 37: (17-18) 2313-2321, 2016

B. Donczo, M. Szigeti, Gy. Ostoros, A. Gacs, J. Tovari, A. Guttman: N-glycosylation analysis of formalin fixed paraffin embedded samples by capillary electrophoresis, Electrophoresis, 37: (17-18) 2292-2296, 2016

G. Jarvas, M. Kerekgyarto, A. Guttman: On the electromigration of charged fluorophore-labeled oligosaccharides in polyethylene oxide solutions, Electrophoresis, 37: (17-18) 2347-2351, 2016

M. Szigeti, J. Bodnar, D. Gjerde, Zs. Keresztessy, A. Szekrenyes, A. Guttman: Rapid N-glycan release from glycoproteins by immobilized PNGase F microcolumns, Journal of Chromatography B, 1032: 139-143, 2016

L. Hajba, A. Guttman: Magnetic nanoparticles in cancer theranostic: Towards handheld point of care devices, Biotechnology Advances 34: (4) 354-361, 2016

L. Hajba, E. Csanky, A. Guttman: Liquid phase separation methods for N-glycosylation analysis of glycoproteins of biomedical and biopharmaceutical interest. A critical review, Analytica Chimica Acta, 943: 8-16, 2016

J. Bodnar, L. Hajba, A. Guttman: A fully automated linear polyacrylamide coating and regeneration method for capillary electrophoresis of proteins, Electrophoresis, 37: (23-24) 3154-3159, 2016

G. Jarvas, M. Szigeti, J. Chapman, A. Guttman,: Triple-Internal Standard Based Glycan Structural Assignment Method for Capillary Electrophoresis Analysis of Carbohydrates, Analytical Chemistry 88: (23) 11364–11367, 2016

A. Guttman, M. Kerekgyarto, G. Jarvas: The effect of separation temperature on structure specific glycan migration in capillary electrophoresis, Analytical Chemistry 87: (23) 11630-11634, 2015

G. Jarvas, M. Kerekgyarto, A. Guttman: On the electromigration of charged fluorophore-labeled oligosaccharides in polyethylene oxide solutions, Electrophoresis, doi: 10.1002/elps.201600183, In Press, 2016

L. Hajba, A. Guttman: Magnetic nanoparticles in cancer theranostic: Towards handheld point of care devices, Biotechnology Advances 34: (4) 354-361, 2016

M. Szigeti, G. Jarvas, L. Hajba, P. Furjes, A. Guttman: Design, Validation and Evaluation of Bioaffinity based Flow-Biochemistry Devices, Flow Chemistry 2015, San Diego, CA, Sept 15-16, 2015

G. Jarvas , I. Rajta, R. Huszank, A. Szabo, L. Nagy, S. Szilasi, P. Fürjes, E. Holczer, Z. Fekete, M. Szigeti, L. Hajba, J. Bodnar, A. Guttman: Tilted micropillars: a new alternative to increase microfluidic cell capture efficiency, CECE 2015 12th International Interdisciplinary Meeting on Bioanalysis, Brno, Czech Republic, September 21-23, 2015

A. Guttman: Utilization of glycosylation fingerprints in diagnostics and therapy, Borders of Oncology Workshop, Debrecen, Hungary, Oct 15-17, 2015

A. Guttman: Glylcosylation biomarkers, Lung Therapy Mosaic Symposium, Miskolc, Hungary, Oct 16-17, 2015

A. Guttman, B. Donczo: Capillary electrophoresis analysis of N-linked carbohydrates released from formalin fixed paraffin embedded samples, LACE 2015, Cartagena, Dec 6-8, 2015

A. Guttman, M. Szigeti, C. Lew: Fully automated one-hour sample preparation protocol for CE-LIF based N-glycosylation analysis of biotherapeutics, WCBP 2016, Washington DC, Jan 26-28, 2016

A. Guttman: Fully automated, one hour sample preparation for ultrafast N-glycosylation analysis of antibody therapeutics, SCIEX Webinar, Redwood Shores, CA, March 10, 2016

A. Guttman, B. Donczo: Treasurehunt for glycobiomarkers: mining the FFPE depositories, 32nd MSB, Niagara-on-the-Lake, Canada, April 3-7, 2016

G. Jarvas, A. Guttman: Introducing GUcal: a new application for capillary electrophoresis based glycan analysis, 32nd MSB, Niagara-on-the-Lake, Canada, April 3-7, 2016

A. Guttman: Rapid level-3 characterization of therapeutic antibodies by CESI-MS, SCIEX User Meeting, Budapest, Hungary, Apr. 27, 2016

Zs. Elek, M. Souquet, A. Somogyi, J. Luo, H. Yowanto, A. Guttman, Zs. Rónai: Polymorphic miRNA binding sites in the WFS1 gene are risk factors of diabetes mellitus, SCIEX Webinar, May 9, 2016

A.Guttman: Comprehensive N-glycosylation analysis of biopharmaceuticals by capillary electrophoresis and mass spectrometry, International Carbohydrate Symposium, New Orleans, July 17-22, 2016

A. Guttman: High Throughput Assays for Evaluation of Post-Translational Modifications, CHI’s 8th Annual Bioprocessing Summit, Boston, MA, August 15-19, 2016

G. Jarvas, M. Szigeti, M. Kerekgyarto, A. Guttman: Fully Automated Sample Preparation for Ultrafast N-glycosylation Analysis of Antibody Therapeutics, CE-Pharm 2015, Brooklyn, NY, Sept 21-23, 2015

A. Guttman, B. Donczo, M. Szigeti, Gy. Ostoros, A. Gacs, J. Tovari: N-glycosylation analysis of formalin fixed paraffin embedded samples by capillary electrophoresis, HUPO, Vancouver, CA, Sept 27-30, 2015

Back »