The role of the transcription factor BACH1 in macrophage function and tissue homeostasis  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
124298
Type K
Principal investigator Nagy, László
Title in Hungarian A BACH1 transzkripcios faktor szerepe makrofagokban es szoveti homeosztazisban
Title in English The role of the transcription factor BACH1 in macrophage function and tissue homeostasis
Keywords in Hungarian BACH1, makrofag, szoveti regeneracio, transzkripcio, lipid metabolizmus
Keywords in English BACH1, macrophage, tissue regeneration, transcription, lipid metabolism
Discipline
Immunology (Council of Medical and Biological Sciences)80 %
Ortelius classification: Immunology
Clinical pharmacology, gene therapy, cell therapy, regenerative medicine (Council of Medical and Biological Sciences)10 %
Epigenetics and gene regulation (Council of Medical and Biological Sciences)10 %
Panel Immunity, Cancer and Microbiology
Department or equivalent Department of Biochemistry and Molecular Biology (University of Debrecen)
Participants Czimmerer, Zsolt
Gerzsenyi, Tímea Beatrix
Halász, László
Nagy, Gergely
Patsalos, Andreas
Póliska, Szilárd
Széles, Lajos
Tzerpos, Petros
Varga, János
Starting date 2017-12-01
Closing date 2021-11-30
Funding (in million HUF) 48.000
FTE (full time equivalent) 9.04
state closed project
Summary in Hungarian
A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.
szövetekben. A fenotípusukat jellemző diverzitás a kialakulásukat szabályozó differenciálódási program és a mikrokörnyezetükből érkező szigálok hatásának eredője. Ez vezet a makrofágok specializálódásához és a szerv-specifikus funkciójukhoz. Ismereteink rendkivül hiányosak arról, hogy hogyan alakul ki a makrofágok funkcionális sokfélesége. Az előzetes eredmények arra utalnak, hogy a BACH1 hem-regulált transzkripciós faktor egy fontos regulátora a makrofágoknak. Azt találtuk, hogy kiterjedt kötődést mutat a kromatinhoz, és a sejtspecifikus mester szabályozó molekulák mint a PU.1 és CEBP/a közelében kötődik a genomben. Azt is találtuk, hogy a jelenleg elérhető BACH1 mutációt tartalmazó állatmodell nem teljes funkcióvesztést tartalmazó mutáció, hanem egy hypomorf allél és az ezzel a modellel végzett kísérletek alábecsülik a BACH1 szerepét. Ezek alapján azt feltételezzük, hogy BACH1 közvetlenül köt metabolitokat és így a környezet érzékelésén keresztül integráló szerepet tölt be és szabályozza a makrofágok specifikációját. A javasolt kísérletek során új genetikai modelleket fogunk létrehozni, amiket transzkripciós és és kromatinszintű valamint funkcionális analízisnek vetjük alá. A kísérleti munkánk eredményeként 1) megmutatjuk, hogy BACH1 szerepet játszik a makrofág sejt azonosság kialakításában, 2) megmutatjuk a BACH1-függő homeosztatikus és gyulladásos transzkripciós programot rezidens és inflammatórikus makrofágokban és izom regeneráció során, 3) azonosítunk makrofág eredetű effector mechanizmusokat, amik a szövetek közötti kommunikációt biztosítják.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.
A szöveti makrofágok fenotípusos diverzitásának alapjai a differenciálódás és polarizáció transzkripciós és epigenomikai programjai. Ezek a programok lehetnek tranziensek, stabilok vagy permanensek, amik megfelelnek a sejt aktiválásnak polarizációnak és differenciációnak. Az, hogy az individuális komponensei ezeknek a komplex és egymással szorosan összefüggő szabályozási programok hogyan járulnak az egyedi makrofág fenotípusok kialakulásához az egy alapvető kérdés a makrofág biológiában. A BACH1 transzkripciós faktor egy kíváló jelölt arra, hogy fontos szerepet töltsön be ezekben a folyamatokban. Az a tulajdonsága, hogy képes a lipidkörnyezet változását érzékelni metabolitok (hem) kötése által és ezzel kapcsolatot biztosítani a külvilág és a genom kifejeződése között kíváló kutatási és potenciális gyógyszercélponttá is teszi. Ezen tulajdonságai által képes döntően befolyásolni a különböző makrofág szubtípusok kialakulásának transzkripciós programjait. A javasolt kutatási tervben meg fogjuk vizsgálni 1) az embrionális szíkzacskóból keletkezett szöveti makrofágok kialakulására gyakorolt hatását (teljes test knock out állatokon) 2) kondicionális BACH1 KO állatok segítségével a dynamikus immunválaszra gyakorolt hatását egy akut steril gyulladas és szoveti regeneráció modellben. Az azonosított fenotípusok közötti hasonlóságok és különbségek segítenek feltárni a differenciálódásban és homeosztázisban szerept játszó transzkripciós programokat és szövetek közötti kölcsönhatásokat.

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!
A pályázatban javasolt state-of-the-art kutatási módszerekkel feltárjuk a BACH1 transzkripciós faktor in vivo szerepét a szignálintegrációban és a makrofág szubtípusok kialakulásának transzkripciós szabályozásában. Ezek a kutatások tovább bővítik és eősítik azt a koncepciót, amely szerint a szöveti mikrokörnyezet folyamatosan hatással van a makrofágok tranziens, stabil és permanens transzkripciós programjára és a szabályozott transzkripciós faktor szerepe végül “szervül” és úgy működik mint egy sejtvonal-specifikus transzkripciós faktor. Ennek megmutatására 1) használni fogunk magasan integrált, innovative bioinformatikai megközelítéseket, amelyek segítségével genom szinten fogjuk tanulmányozni a transzkripciós faktorok aktivitását, azonosítjuk a szabályozott enhancer elemeket és hozzákapcsoljuk a szabályozott génekhez. Ehhez használjuk a 2) Cardiotoxin-indukálta izomregenerációt mint ideális steril gyulladásos modellt, amiben dinamikusan és jól jellemezhetően változnak a makrofág sejttípusok. Ezen kívül megvizsgáljuk a májban lévő szöveti makrofágokat is. Ezen módszerek kombinációjával a közelmúltban munkacsoportunk azonosította a PPARg transzkripciós faktor által szabályozott TGFb családhoz tartozó GDF3 növekedési faktort, ami segíti az izomregenerációt (Varga et al. Immunity 2016). A tervezett kutatások logikus folytatását képezik ezeknek a vizsgálatoknak amennyiben a BACH1 hem-regulált transzkripciós faktor szerepét kívánjuk vizsgálni epigenomikai és in vivo módszerek kombinációjával. A tervezett kutatások elvi jelentőségén túl két új genetikailag módosított állatmodell is elkészül, ami jelentős helyzeti előnyt fog munkacsoportunknak biztosítani a területen. Ezeken felül a BACH1 transzkripciós faktor által szabályozott az izomregenerációt befolyásoló új effector molekulák felfedezése és jellemzése új lehetőségeket biztosít az ezen folyamatot érintő jelentős megoldatlan orvosi problémát okozó betegségekben, mint a Duchenne izomdisztrófia és máj cirrózis.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.
A makrofágon az immunrendszer sejtjei. A makrofáguk nevüket a görög (negy evő) kifejezéstől kapták és képesek bekebelezni baktériumokat, gombákat, idegen testeket, rákos sejteket, és általában mindent, amit nem úgy ismernek fel mint, ami egészséges. Ezek a sejtek különböző állapotokban létezhetnek pl. gyulladásos formában, más immunsejteket vonzanak, máskor szüveti regenerációt segítenek elő. A sejten belül ezen kívül nem csak “evéssel” foglalkoznak, hanme képesek érzékelni a környezetüket az élettani és anyagcsere változásokat, szöveti sérüléseket. Sérülés esetén a makrofágok az érpályából a sérült szövetbe vándorolnak gyulladásos formájukat veszik fel, a sérölt sejteket eltakarítják majd “átkapcsolnak” a regenerációt segítő üzemmódba. Munkánk során szeretnénk a) meghatározni olyan genetikai programokat és új molekulákat, amik segítik a makrofágok környezetének érzékelését és funkciójának kifejezését, b) kihasználni ezeket az újonnan felismert folyamatok gyulladások, izom sérülések és krónikus betegségek mint például a Duchenne izomdisztrófia és máj cirrózis kezelésében.
Summary
Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.
Macrophages are heterogeneous immune cell populations with a remarkable diversity of functions and activation states in different anatomic locations. Their diverse phenotype is the result of a complex interplay between tissue micro-environmental signals and a hardwired differentiation program that determines macrophage identity and fulfills organ-specific and systemic trophic functions. However our knowledge is limited regarding the development of macrophage subtype specification and functional diversity. Our preliminary results laboratory pinpoint that the heme-regulated transcription factor, BACH1 is an important regulator in macrophages. It is found to bind extensively to chromatin sites and largely to co-localize with the master regulators PU.1 and CEBP/a. We found that existing BACH1 deficient mouse model likely underestimates BACH1’s function as it is a hypomorph mutant and not a KO.. We propose that BACH1 with its capacity to directly bind metabolites and sense the tissue micro-environment acts as a signal integrator sensing different tissue stimuli and shape transcriptional programs in macrophage subtypes. We will use new genetic tools coupled with transcriptomic and chromatin assays to readdress and dissect the contribution of BACH1 to macrophage specification in vivo. Our proposed experimental plan aims 1) to place BACH1 as part of the core macrophage master regulator complexes regulating macrophage identity/function, 2) to reveal BACH1- dependent homeostatic and inflammatory transcriptional programs in resident and inflammatory macrophages during muscle injury and 3) identify downstream effector molecules and macrophage-tissue crosstalk loops.

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.
Phenotypic diversity of tissue macrophages is a combination of differentiation and polarization transcriptional/epigenomic programs that can be transient, stable or permanent, corresponding to cellular activation, polarization and differentiation, respectively. How these complex and intertwined regulatory programs individually contribute to shaping each tissue macrophage subtype is of fundamental importance to macrophage biology. The transcription factor BACH1 is a novel candidate regulatory molecule of macrophage function. Its capacity to directly bind metabolites and sense the tissue microenvironment makes it an attractive model to test how such signal integrators sense different tissue stimuli and shape distinct transcriptional programs and diverse macrophage subtypes both during development and upon acute inflammatory insults such as tissue injury. We will use new genetic models coupled with transcriptomic and chromatin assays to dissect 1) the contribution of BACH1 in shaping embryo-derived tissue resident macrophage transcriptional programs using a full body BACH1 KO mouse, and 2) a new macrophage conditional BACH1 KO mouse to study the BACH1-dependent transcriptional programs in dynamic inflammatory responses in an acute muscle injury/regeneration model. The phenotype of each model will help us to identify common and distinct regulatory programs used during development and homeostasis.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.
Our diverse experimental approaches will shed light on the molecular mechanisms of BACH1 function in vivo and will provide mechanistic insights on how key regulator signal integrators sense different tissue stimuli and shape different transcriptional programs and diverse macrophage subtypes. Our study will expand the general notion that microenvironmental signals in a given tissue constantly shape transient, stable or permanent transcriptional programs and that transcription factors that control such programs become equivalent to lineage-determining master regulators. We will use 1) highly integrated innovative epigenomic and bioinformatics approaches to link genome-wide transcription factor localization to enhancer activity and to target gene identification in a comprehensive manner and 2) the cardiotoxin (CTX) induced skeletal muscle injury model, as an ideal experimental system to study physiological sterile inflammation dynamics and tissue regeneration using the mouse as a model. In addition liver Kupffer cells will also be studied Combining these two diverse and complementary approaches, our laboratory has recently reported that PPARg regulates the expression of the secreted TGF-b family member, GDF3, in repair macrophages which in turn regulates muscle regeneration (Varga et al, Immunity, 2016). The presented proposal is a logical extension of this study and it is based on a combination of molecular and in vivo preliminary observations suggestive of a novel and largely unexpected and underestimated role of BACH1 in macrophage function. The generation of two new genetic models and our expertise in implementing highly integrative genomic approaches coupled with in vitro and in vivo experimental setups in genetic models puts our laboratory is in a unique position to readdress and dissect the contribution of BACH1 in macrophages in vivo. In addition, identification of BACH1 target effector molecules and secreted proteins that act in paracrine way on muscle or other cell types can be high importance to delineate new regulatory mechanisms organ homeostasis and in tissue regeneration and contribute in improving treatment protocols for diseases like Duchenne muscular dystrophy and liver cirrhosis.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.
Macrophages are large white blood cells that are an important part of our immune system. Macrophages (from the Greek for “big eater”) engulf and digest bacteria, fungi, foreign particles, dead cells, and cancer cells—anything they don’t recognize as native and healthy. They can exist in multiple states, including a pro-inflammatory form that attracts other immune cells, and one that triggers tissue restoration. However, besides being just our body’s professional big eaters, macrophages can also function as sensors of physiological and metabolic perturbations and tissue damage signals. Following an injury, macrophages in the bloodstream move into the damaged area and take on the inflammatory state, and as the broken cells are cleared, they switch to the restoration function secreting growth factors to help rebuild our tissues. Our research aims a)to identify genetic programs and new molecules that help macrophages sense and respond to normal and pathological conditions and b) to contribute to improve current treatments for infections, muscle injuries and chronic diseases like Duchenne muscular dystrophy and liver cirrhosis.




 

Final report

  
Results in Hungarian
Eddigi ismereteink szerint a BACH1 transzkripciós represszor aktivitása hem-függő folyamat. A BACH1 represszálja a hem anyagcserében szerepet játszó fehérjéket kódoló géneket (Hmox1), amelyek megjenését a BACH1 hemmel való kötődése, majd a BACH1 kromatinról való leválása indítja be. A jelen pályázati időszak alatt kapott eredményeink alapvetően megváltoztatják ezen ismereteinket a BACH1 molekuláról. A BACH1 mintegy új, jelfüggő transzkripciós faktorként írható le, amely a makrofág epigenom egyik fő vezérlője: 1) A naiv makrofágokban a BACH1 cisztróm kiterjedt valamennyi enhanszer csoportban, ami meglepő módon dinamikusan változik gyulladásos stimulus alatt. Kimutattuk, hogy a BACH1 aktív represszor funkciója szabályozza a gyulladáshoz köthető gén és- enhanszercsoportok aktivitását. 2) Adataink alapján a BACH1 represszálja a monocita-makrofág fejlődésben szerepet játszó gének megjelenését, a BACH1 deficienciája pedig érett makrofágok feldúsulását okozza a vérkeringésben. 3) A steril gyulladással járó izomsérüléses modellünkben a BACH1 myeloid-specifikus deficienciája módosítja a gyulladásban és szöveti regenerációban szerepet játszó gének aktivitását a makrofág altípusokban. Összefoglalva megállapíthatjuk, hogy a BACH1 egy új, jelfüggő transzkripciós regulátor, amely fehérjének fontos szerepe van a makrofágok fejlődését és polarizációját irányító transzkripciós molekulahálózatokban, valamint a makrofágok által kiváltott gyulladásos folyamatok dinamikájának irányításában.
Results in English
The role of the heme-regulated BACH1 repressor has been shown so far to be limited to controlling heme metabolism and acting as a strictly heme-dependent repressive transcription factor (TF) with few known direct target genes (eg. Hmox1). Our work in this grant period have changed this view fundamentally; and we now identified a signal-dependent TF, the heme-regulated repressor BACH1, with properties of a master regulator of the macrophage epigenome. Our novel findings are: 1) We have found that the BACH1 cistrome is extensive in all enhancer classes of naïve macrophages but surprisingly dynamic upon inflammatory stimuli. Also, we showed that BACH1-dependent active repression is safeguarding the enhancer activity and proper inflammatory gene activation and expression magnitude. 2) We have found that BACH1 represses differentiation gene batteries implicated to monocyte-to-macrophage development and importantly, deletion of BACH1 leads to the accumulation of differentiated macrophages in the circulation in steady state. 3) We have also found that myeloid specific deletion of BACH1 heavily affects both the temporal segregation of inflammatory and resolving gene expression in bulk populations and the timely macrophage specification dynamics during muscle regenenation after injury. Our data have established BACH1 as a novel signal-dependent master regulator and as part of the core hardwired transcriptional circuit of macrophages safeguarding proper inflammation dynamics.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=124298
Decision
Yes





 

List of publications

  
Horvath Attila, Daniel Bence, Szeles Lajos, Cuaranta-Monroy Ixchelt, Czimmerer Zsolt, Ozgyin Lilla, Steiner Laszlo, Kiss Mate, Simandi Zoltan, Poliska Szilard, Giannakis Nikolas, Raineri Emanuele, Gut Ivo G, Nagy Benedek, Nagy Laszlo: Labelled regulatory elements are pervasive features of the macrophage genome and are dynamically utilized by classical and alternative polarization signals, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 47: (6) pp. 2778-2792., 2019
Patsalos Andreas, Tzerpos Petros, Halasz Laszlo, Nagy Gergely, Pap Attila, Giannakis Nikolas, Lyroni Konstantina, Koliaraki Vasiliki, Pintye Eva, Dezso Balazs, Kollias George, Spilianakis Charalampos G., Nagy Laszlo: The BACH1–HMOX1 Regulatory Axis Is Indispensable for Proper Macrophage Subtype Specification and Skeletal Muscle Regeneration, JOURNAL OF IMMUNOLOGY 203: pp. 1532-1547., 2019
Piaszyk-Borychowska Anna, Széles Lajos, Csermely Attila, Chiang Hsin-Chien, Wesoły Joanna, Lee Chien-Kuo, Nagy Laszlo, Bluyssen Hans A. R.: Signal Integration of IFN-I and IFN-II With TLR4 Involves Sequential Recruitment of STAT1-Complexes and NFκB to Enhance Pro-inflammatory Transcription, FRONTIERS IN IMMUNOLOGY 10: 1253, 2019
Póliska Szilárd, Besenyei Tímea, Végh Edit, Hamar Attila, Pusztai Anita, Váncsa Andrea, Bodnár Nóra, Szamosi Szilvia, Csumita Mária, Kerekes György, Szabó Zoltán, Nagy Zoltán, Szűcs Gabriella, Szántó Sándor, Zahuczky Gábor, Nagy László, Szekanecz Zoltán: Gene expression analysis of vascular pathophysiology related to anti-TNF treatment in rheumatoid arthritis, ARTHRITIS RESEARCH & THERAPY 21: (1) pp. 1-11., 2019
Smith David G., Martinelli Roberta, Besra Gurdyal S., Illarionov Petr A., Szatmari Istvan, Brazda Peter, Allen Mary A., Xu Wenqing, Wang Xiang, Nagy László, Dowell Robin D., Rook Graham A. W., Rosa Brunet Laura, Lowry Christopher A.: Identification and characterization of a novel anti-inflammatory lipid isolated from Mycobacterium vaccae, a soil-derived bacterium with immunoregulatory and stress resilience properties, PSYCHOPHARMACOLOGY 236: (5) pp. 1653-1670., 2019
Czimmerer Zsolt, Daniel Bence, Horvath Attila, Rückerl Dominik, Nagy Gergely, Kiss Máté, Budai Marietta M., Cuaranta-Monroy Ixchelt, Simandi Zoltan, Steiner Laszlo, Nagy Bela Ifj., Poliska Szilard, Banko Csaba, Bacso Zsolt, Schulman Ira G., Sauer Sascha, Deleuze Jean-Francois, Allen Judith E., Benko Szilvia, Nagy Laszlo: The Transcription Factor STAT6 Mediates Direct Repression of Inflammatory Enhancers and Limits Activation of Alternatively Polarized Macrophages, IMMUNITY 48: (1) pp. 75-90., 2018
Patsalos Andreas, Simandi Zoltan, Hays Tristan T., Peloquin Matthew, Hajian Matine, Restrepo Isabella, Coen Paul M., Russell Alan J., Nagy Laszlo: In vivo GDF3 administration abrogates aging related muscle regeneration delay following acute sterile injury, AGING CELL 17: (5) e12815, 2018
Simándi Zoltán, Pajer Krisztián, Károlyi Katalin, Sieler Tatiana, Jiang Lu-Lin, Kolostyák Zsuzsanna, Sári Zsanett, Fekecs Zoltán, Pap Attila, Patsalos Andreas, Contreras Gerardo Alvarado, Rehó Bálint, Papp Zoltán, Guo Xiufang, Horváth Attila, Kiss Gréta, Keresztessy Zsolt, Vámosi György, Hickman James, Xu Huaxi, Dormann Dorothee, Hortobágyi Tibor, Antal Miklós, Nógrádi Antal, Nagy László: Arginine Methyltransferase PRMT8 Provides Cellular Stress Tolerance in Aging Motoneurons, JOURNAL OF NEUROSCIENCE 38: (35) pp. 7683-7700., 2018
Dániel Bence, Nagy Gergely, Czimmerer Zsolt, Horváth Attila, Hammers David W., Cuaranta-Monroy Ixchelt, Póliska Szilárd, Tzerpos Petros, Kolostyák Zsuzsanna, Hays Tristan T., Patsalos Andreas, Houtman René, Sauer Sascha, Francois-Deleuze Jean, Rastinejad Fraydoon, Bálint Bálint László, Sweeney H. Lee, Nagy László: The Nuclear Receptor PPAR[gamma] Controls Progressive Macrophage Polarization as a Ligand-Insensitive Epigenomic Ratchet of Transcriptional Memory, IMMUNITY 49: (4) pp. 615-626., 2018
Horvath Attila, Daniel Bence, Szeles Lajos, Cuaranta-Monroy Ixchelt, Czimmerer Zsolt, Ozgyin Lilla, Steiner Laszlo, Kiss Mate, Simandi Zoltan, Poliska Szilard, Giannakis Nikolas, Raineri Emanuele, Gut Ivo G, Nagy Benedek, Nagy Laszlo: Labelled regulatory elements are pervasive features of the macrophage genome and are dynamically utilized by classical and alternative polarization signals, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 47: (6) pp. 2778-2792., 2019
Smith David G., Martinelli Roberta, Besra Gurdyal S., Illarionov Petr A., Szatmari Istvan, Brazda Peter, Allen Mary A., Xu Wenqing, Wang Xiang, Nagy László, Dowell Robin D., Rook Graham A. W., Rosa Brunet Laura, Lowry Christopher A.: Identification and characterization of a novel anti-inflammatory lipid isolated from Mycobacterium vaccae, a soil-derived bacterium with immunoregulatory and stress resilience properties, PSYCHOPHARMACOLOGY 236: (5) pp. 1653-1670., 2019
Piaszyk-Borychowska Anna, Széles Lajos, Csermely Attila, Chiang Hsin-Chien, Wesoły Joanna, Lee Chien-Kuo, Nagy Laszlo, Bluyssen Hans A. R.: Signal Integration of IFN-I and IFN-II With TLR4 Involves Sequential Recruitment of STAT1-Complexes and NFκB to Enhance Pro-inflammatory Transcription, FRONTIERS IN IMMUNOLOGY 10: 1253, 2019
Patsalos Andreas, Tzerpos Petros, Halasz Laszlo, Nagy Gergely, Pap Attila, Giannakis Nikolas, Lyroni Konstantina, Koliaraki Vasiliki, Pintye Eva, Dezso Balazs, Kollias George, Spilianakis Charalampos G., Nagy Laszlo: The BACH1–HMOX1 Regulatory Axis Is Indispensable for Proper Macrophage Subtype Specification and Skeletal Muscle Regeneration, JOURNAL OF IMMUNOLOGY 203: pp. 1532-1547., 2019
Póliska Szilárd, Besenyei Tímea, Végh Edit, Hamar Attila, Pusztai Anita, Váncsa Andrea, Bodnár Nóra, Szamosi Szilvia, Csumita Mária, Kerekes György, Szabó Zoltán, Nagy Zoltán, Szűcs Gabriella, Szántó Sándor, Zahuczky Gábor, Nagy László, Szekanecz Zoltán: Gene expression analysis of vascular pathophysiology related to anti-TNF treatment in rheumatoid arthritis, ARTHRITIS RESEARCH & THERAPY 21: (1) pp. 1-11., 2019
Czimmerer Zsolt, Halasz Laszlo, Nagy Laszlo: Unorthodox Transcriptional Mechanisms of Lipid-Sensing Nuclear Receptors in Macrophages: Are We Opening a New Chapter?, FRONTIERS IN ENDOCRINOLOGY 11: 609099, 2020
Daniel Bence, Czimmerer Zsolt, Halasz Laszlo, Boto Pal, Kolostyak Zsuzsanna, Poliska Szilard, Berger Wilhelm K., Tzerpos Petros, Nagy Gergely, Horvath Attila, Hajas Gyorgy, Cseh Timea, Nagy Aniko, Sauer Sascha, Francois-Deleuze Jean, Szatmari Istvan, Bacsi Attila, Nagy Laszlo: The transcription factor EGR2 is the molecular linchpin connecting STAT6 activation to the late, stable epigenomic program of alternative macrophage polarization, GENES & DEVELOPMENT 34: (21-22) pp. 1474-1492., 2020
Fadel Lina, Rehó Bálint, Volkó Julianna, Bojcsuk Dóra, Kolostyák Zsuzsanna, Nagy Gergely, Müller Gabriele, Simándi Zoltán, Hegedüs Éva, Szabó Gábor, Tóth Katalin, Nagy Laszlo, Vámosi György: Agonist binding directs dynamic competition among nuclear receptors for heterodimerization with retinoid X receptor, JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 2020
Nagy Gergely, Daniel Bence, Cuaranta-Monroy Ixchelt, Nagy Laszlo: Unraveling the hierarchy of cis and trans factors that determine the DNA binding by PPARγ, MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY *: MCB.00547-19, 2020
Nagy Gergely, Nagy Laszlo: Motif grammar: The basis of the language of gene expression, COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL 18: pp. 2026-2032., 2020
Giannakis Nikolas, Sansbury Brian E., Patsalos Andreas, Hays Tristan T., Riley Colin O., Han Xianlin, Spite Matthew, Nagy Laszlo: Publisher Correction: Dynamic changes to lipid mediators support transitions among macrophage subtypes during muscle regeneration, NATURE IMMUNOLOGY 20: (6) pp. 765-767., 2019
Daniel B, Nagy G, Horvath A, Czimmerer Z, Cuaranta-Monroy I, Poliska S, Hays TT, Sauer S, Francois-Deleuze J, Nagy L: The IL-4/STAT6/PPARgamma signaling axis is driving the expansion of the RXR heterodimer cistrome, providing complex ligand responsiveness in macrophages., NUCLEIC ACIDS RESEARCH 46: (9) pp. 4425-4439., 2018
Bene Krisztian, Halasz Laszlo, Nagy Laszlo: Transcriptional repression shapes the identity and function of tissue macrophages, FEBS OPEN BIO 11: (12) pp. 3218-3229., 2021
Patsalos Andreas, Tzerpos Petros, Wei Xiaoyan, Nagy Laszlo: Myeloid cell diversification during regenerative inflammation: Lessons from skeletal muscle, SEMINARS IN CELL & DEVELOPMENTAL BIOLOGY 119: pp. 89-100., 2021
Czimmerer Zsolt, Daniel Bence, Horvath Attila, Rückerl Dominik, Nagy Gergely, Kiss Máté, Budai Marietta M., Cuaranta-Monroy Ixchelt, Simandi Zoltan, Steiner Laszlo, Nagy Bela Ifj., Poliska Szilard, Banko Csaba, Bacso Zsolt, Schulman Ira G., Sauer Sascha, Deleuze Jean-Francois, Allen Judith E., Benko Szilvia, Nagy Laszlo: The Transcription Factor STAT6 Mediates Direct Repression of Inflammatory Enhancers and Limits Activation of Alternatively Polarized Macrophages, IMMUNITY 48: (1) pp. 75-90., 2018
Dániel Bence, Nagy Gergely, Czimmerer Zsolt, Horváth Attila, Hammers David W., Cuaranta-Monroy Ixchelt, Póliska Szilárd, Tzerpos Petros, Kolostyák Zsuzsanna, Hays Tristan T., Patsalos Andreas, Houtman René, Sauer Sascha, Francois-Deleuze Jean, Rastinejad Fraydoon, Bálint Bálint László, Sweeney H. Lee, Nagy László: The Nuclear Receptor PPAR[gamma] Controls Progressive Macrophage Polarization as a Ligand-Insensitive Epigenomic Ratchet of Transcriptional Memory, IMMUNITY 49: (4) pp. 615-626., 2018
Patsalos Andreas, Simandi Zoltan, Hays Tristan T., Peloquin Matthew, Hajian Matine, Restrepo Isabella, Coen Paul M., Russell Alan J., Nagy Laszlo: In vivo GDF3 administration abrogates aging related muscle regeneration delay following acute sterile injury, AGING CELL 17: (5) e12815, 2018
Simándi Zoltán, Pajer Krisztián, Károlyi Katalin, Sieler Tatiana, Jiang Lu-Lin, Kolostyák Zsuzsanna, Sári Zsanett, Fekecs Zoltán, Pap Attila, Patsalos Andreas, Contreras Gerardo Alvarado, Rehó Bálint, Papp Zoltán, Guo Xiufang, Horváth Attila, Kiss Gréta, Keresztessy Zsolt, Vámosi György, Hickman James, Xu Huaxi, Dormann Dorothee, Hortobágyi Tibor, Antal Miklós, Nógrádi Antal, Nagy László: Arginine Methyltransferase PRMT8 Provides Cellular Stress Tolerance in Aging Motoneurons, JOURNAL OF NEUROSCIENCE 38: (35) pp. 7683-7700., 2018




 

Events of the project

  
2021-07-19 15:12:37
Résztvevők változása
2019-11-20 15:31:45
Résztvevők változása
2017-12-21 10:39:09
Résztvevők változása



Back »