 |
Role of phase transitions of fusion proteins in cancer
|
Help 
Print 
|
Here you can view and search the projects funded by NKFI since 2004
Back »
|
| |
Details of project |
|
|
| Identifier |
124670 |
| Type |
K |
| Principal investigator |
Tompa, Péter |
| Title in Hungarian |
Fúziós fehérjék fázisátmeneteinek szerepe rákban |
| Title in English |
Role of phase transitions of fusion proteins in cancer |
| Keywords in Hungarian |
NPM-ALK, szolid tumor, fázisátmenetek |
| Keywords in English |
NPM-ALK, solid tumor, liquid-liquid phase transitions |
| Discipline |
| Molecular biology (Council of Medical and Biological Sciences) | 80 % | | Ortelius classification: Molecular biology | | Signal transduction (Council of Medical and Biological Sciences) | 20 % |
|
| Panel |
Immunity, Cancer and Microbiology |
| Department or equivalent |
Institute of Molecular Life Sciences (Research Center of Natural Sciences) |
| Participants |
Ács, Veronika
Némethné Szabó, Beáta
Schád, Éva
|
| Starting date |
2017-09-01 |
| Closing date |
2022-08-31 |
| Funding (in million HUF) |
48.000 |
| FTE (full time equivalent) |
6.63 |
| state |
closed project |
Summary in Hungarian A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.
A vezető halálokok közé tartozó rákos megbetegedések közös oka a felhalmozódott genetikai rendellenességek következtében kontrollálatlanná váló sejtosztódás, melyet a genomstabilitás gyengülése is súlyosbít. Ennek elsősorban a hematológiás (nem-szolid) tumorok esetében gyakori megnyilvánulása fúziós fehérjék megjelenése. Kiindulópontunk az a felismerés, hogy a fúziós fehérjék egyre nagyobb jelentőségre tesznek szert szolid tumorokban is.
A munka során olyan fúziós fehérjék vizsgálatát tervezzük, amelyekben az anaplasztikus limfóma kináz (ALK) különböző partnerekkel, pl. NPM, képez kiméra fehérjék. Mivel ezek szolid tumorok, például nem kissejtes tüdőrák (NSCLC) kialakulásához vezethetnek, a kezelésük hagyományosan kináz inhibitorokkal (TKI), pl. crizotinib-et, történik. Célunk a probléma radikálisan új és provokatív irányból történő megközelítése, annak vizsgálata, hogy a rákos transformációt okozhatják-e a fúziós fehérjék aberráns kölcsönhatásai, pl. homodimerizáció, folyadék fázisátmenet, és/vagy aggregáció. A kérdés bioinformatikai, szerkezetbiológiai, polimerfizikai és sejtbiológiai módszerek vizsgálatával azonosítjuk az NSCLC kialakulásában szerepet játszó legfontosabb ALK fúziós fehérjéket, majd molekuláris szinten jellemezzük funkciójukat és szerkezetüket, és vizsgáljuk, hogy mennyire hajlamosak patológiás fehérje-fehérje kölcsönhatások kialakítására. Mindez nem csak az ilyen rákos megbetegedések molekuláris hátterének alaposabb megértését segíti elő, de reményeink szerint új irányokat is kijelöl a rákellenes szerek fejlesztésében.
Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.
Kutatásunk célja az ALK fúziós fehérjék szerepének vizsgálata szolid tumorok, elsősorban NSCLC, kialakulásában. Céljaink közé tartozik hatásmechanizmusuk tanulmányozása, és ezen keresztül új (nem Tyr-kináz) gyógyszerjelöltek kifejlesztése, amelyek fehérje-fehérje kölcsönhatások gátlásán keresztül fejtik ki a hatásukat. Kutatásunk fő kérdései a következők:
1) Hány különböző partnerrel képez az ALK szolid tumorokban fúziós fehérjét? Melyek a leggyakrabban előfororduló fúziós fehérjék, amelyeket érdemes részletesen tanulmányozni? A szekvenciák elemzésével annak megválaszolása, hogy a fúziós partnerek i) PDB szerkezetekkel mutatott homológiája, ii) low-complexity régiók megállapítása, és iii) aggregációra hajlamos (prion-szerű) szekvenciák azonosítása, azon partnerek azonosítása, amelyek aberráns fehérje-fehérje kölcsönhatásokba léphetnek.
2) Mi az ALK fúziós fehérjék aktivitásának szerkezeti alapja, jelesül, a i) szerkezeti rendezetlenség, és a ii) homodimerizáció, fázisátmenetek és aggregáció lehetsége szerepe. A különböző mechanizmusú fehérje-fehérje kölcsönhatások gátlása megakadályozza-e az alegységek közötti kölcsönhatások, és kölcsönös foszforiláció megvalósulását?
3) In vitro és in vivo teszteléssel tudunk-e olyan kis molekulákat találni, amelyek meggátolják a homodimerizációt és transz-foszforilációt?
4) Az ALK-fúziós partner kölcsönhatások gátlása megszünteti a fúziós fehérjék sejtekre kifejtett transzformáló hatását?
Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!
A rákos megbetegedések, melyek a vezető halálokok közé tartoznak, sok esetben kezelhetők, de folyamatos kutatások szükségesek ahhoz, hogy a mögöttes folyamatokat alaposabban megértsük, újabb célpontokat találjunk és így új gyógyszerjelölt molekulákat fejleszthessünk. Az utóbbi évtizedben nyilvánvalóvá vált, hogy a rendezetlen fehérjék fontos szerepet töltenek be a sejtben, és számos rákkal kapcsolatos fehérjében igen magas a rendezetlenség aránya. Jelen pályázat célja, hogy két terület – a rendezetlen fehérjék és a rákkutatás – összekapcsolásával új szempontból közelítsük meg a rák kialakulásának kutatását, remélhetőleg lehetőséget adva új hatásmechanizmusú gyógyszerjelölt molekulák kifejlesztésére. A fúziós fehérjék, ezek közül is az ALK fehérjét tartalmazók jelentőségét szolid tumorokban csak az utóbbi időben fedezték fel, és eddig részletesen alig vizsgálták. Kevés figyelmet szenteltek a rendezetlenség által lehetővé váló aberráns fehérje-fehérje kölcsönhatások lehetséges szerepének is. A jelen munkában több módszer ötvözésével szeretnénk feltárni ezt az eddig nem kutatott területet. A fúziós fehérjék eddigi vizsgálata a Tyr-kináz domén gátlására fókuszált (pl. Gleevec az ABL, és Crizotinib az ALK- fúziós fehérjék esetében). Mivel a tervezett munka során alkalmazott megközelítések teljesen újszerűek, a más laboratóriumban ezen fehérjéken folyó munkákkal kiegészítő, és nem kompetitív viszonyban lesznek. Munkánk során szerkezeti és molekuláris biológiai módszerekkel fogjuk feltárni ezen fehérjék hatásmechanizmusát, elsősorban a fehérje-fehérje kölcsönhatásoknak az intramolekuláris kommunikációban és transzfoszforilációban játszott szerepére koncentrálva. A mechanisztikus részletek lehetővé teszik, hogy számítógépes és kísérletes úton is szűrjünk olyan kis molekulákat, melyek megakadályozzák az ALK fúziós fehérjék patológiás kölcsönhatásait, és így a Tyr-kináz inhibítorokkal szemben mutatott rezisztencia esetén reményteljes kezelési alternatívát kínálnak.
A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.
A rák a modern világ járványa, mely évente milliók halálát okozza. A rák elnevezés egy változatos betegségcsoportot takar, melyek számtalan kiváltó okra vezethetők vissza. Ezek közül az egyik legjelentősebb ok a sejtek genetikai állományában történő hibák felhalmozódása. Az ilyen hibák egyik érdekes példája a genetikai állomány (kromoszómák) fizikai törése, amit a nem megfelelő helyen történő kapcsolódás (fúzió) követ. Ennek következtében olyan kiméra fehérjék jönnek létre, melyek korábban nem fordultak elő a sejtben. Ilyen fehérjéket leggyakrabban leukémiában (hematológiai, nem szolid tumorok) találtak, de az utóbi időben szolid tumorok kialakulásában is egyre inkább bizonyított a jelentőségük. Mivel ezek a fúziós fehérjék csak a rákos sejtekben fordulnak elő, a gyógyszerkutatás elsődleges célpontjai közé tartoznak. A jelen pályázatban kitűzött célunk az, hogy részletes vizsgálatokat végezzünk az anaplasztikus limfóma kináz (ALK) fúziós fehérjéin, amelyek a nem kissejtes tüdőrák (NSCLC) kialakulását okozzák. Ez a fehérje, és a rák kialakulásában betöltött szerepe, eddig még nem volt mélyreható kutatások tárgya. Jelen munkánkban számítástechnikai, molekuláris- és szerkezetbiolgóiai, valamint sejtbiológiai módszerek ötvözésével kívánjuk az NSCLC-ben legfontosabb ALK fúziós fehérjéket azonosítani, és részletesen jellemezni. Reményeink szerint kutatásaink nem csupán a rák kialakulásának molekuláris hátterét segítik jobban feltérképezni, hanem új hatásmechanizmussal rendelkező gátló molekulák felfedezéséhez is elvezetnek, amelyek új típusú gyógyszerek kifejlesztését teszik majd lehetővé.
| Summary Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.
Cancer, a leading cause of death in the world, is characterized by a loss of control over cell growth caused by the accumulation of genetic defects aggravated by deteriorating genome stability. Often, this manifests itself in the appearance of fusion proteins, primarily in hematological (non-solid) cancers. Our premise here is that fusion events are increasingly recognized in solid tumors, which deserve a similar level of attention to develop novel drug candidates.
The goal of this project is to take a novel look at cancer-related fusion proteins, primarily the ones in which anaplastic lymphoma kinase (ALK) forms protein chimeras with partners, such as NPM. Such fusion events may lead to solid tumors, for example non-small cell lung cancer (NSCLC), traditionally targeted by tyrosine kinase inhibitors (TKIs), such as crizotinib. We plan to take a radically different and provocative look at this phenomenon, by addressing if cancer can be caused by aberrant protein-protein interactions, exemplified by homodimerization, liquid-liquid phase separation and, ultimately, aggregation, of fusion proteins. By the combination of bioinformatics, structural molecular biology, polymer physics and cell biology, we will identify the most important ALK-fusion proteins in NSCLC, characterize their structure and function in molecular detail and point to their tendency to engage in various types of pathological interactions. These studies will not only lead to a better understanding of the molecular causes of this range of cancers, but will hopefully raise leads of novel mechanisms of action in cancer drug development.
What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.
Our major research aims is to identify the involvement of ALK fusion phenomenon in solid tumors, primarily in NSCLC, study their mechanism of action and raise new drug candidates based not on Tyr-kinase inhibition but interference with protein-protein interactions. The primary questions we aim to answer are the following.
1) With how many different partners ALK makes fusion products in solid tumors? What are the most pertinent fusion products for further studies? By search for i) homologies in the Protein Data Bank (PDB), ii) low complexity regions and iii) aggregation-prone (prion-like) segments, identify the partners potentially involved in aberrant protein-protein interactions, phase transitions and aggregation.
2) What is the structural underpinning of the action of ALK-fusion proteins, in particular, i) their level of structural disorder in isolation, and ii) their tendency to engage in homodimerization, phase transitions and aggregation. Does interference with such protein-protein interactions can abrogate the crosstalk between different subunits and abolish trans-phosphorylation?
3) Can we identify in in silico and in vitro screens small molecules that interfere with the action of ALK-fusion proteins, in particular their protein-protein interactions (homodimerization, phase transition and aggregation) and the ensuing trans-phosphorylation?
4) Does inhibition of protein-protein interactions of ALK-fusion partner interfaces impair the transforming activity of these proteins in cellular assays?
What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.
Cancer, one of the leading causes of death, can be treated well in several cases, but continuous research is required to identify the underlying mechanisms, propose new targets and raise novel drugs. In the last decade, we have suggested that structural disorder is an important feature in the proteome, and many cancer-related fusion proteins have a high level of functionally important structural disorder. Here we aim to connect two fields, structural disorder of proteins and cancer development, to generate specific knowledge that enables new ways of interference with cancer proteins, leading to drug candidates of a novel mechanism of action. The importance of fusion proteins, in particular those involving ALK, in solid tumors has just been recognized, and they have not yet been studied in great detail, in particular not form the point of view of the role of structural disorder and aberrant protein-protein interactions. Here we plan to combine several approaches that will provide insight into this thus-far understudied area. Studies of fusion proteins have led to discovering drugs based on Tyr-kinase inhibition (e.g. Gleevec in the case of ABL- and Crizotinib in the case of ALK- fusion products). Since our studies approach these questions from an entirely different angle, they are complementary to parallel efforts in other labs: our structural and molecular biology studies will outline the operation of ALK-fusion proteins and point to the importance of aberrant protein-protein interactions in their intramolecular communication and transphosphorylation reactions. Motivated by these mechanistic details, small molecules will be computationally and experimentally screened for interference with protein-protein interactions, in hope of raising a novel line of drugs applicable under conditions of resistance to Tyr-kinase inhibitors.
Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.
Cancer is a modern epidemic, which causes millions of deaths yearly in the world. Cancer is a diverse range of diseases that have many causes, the primary one being the accumulation of genetic defects in cells. An interesting type of defect is the physical break and erroneous joining of the genetic material (chromosomes) of the cell, which causes the appearance of chimeric protein products not previously seen in the cell. Such fusion proteins have been mostly observed in leukemias (hematological, non-solid cancers), but recently their involvement in solid tumors, such as lung cancer, has been raised. Because these fusion proteins only occur in cancer cells, they are prime targets for drug development. The purpose of research outlined in this proposal is to conduct detailed studies of the fusion products of the protein anaplastic lymphoma kinase (ALK), which leads to non-small cell lung cancer (NSCLC). This protein and its role in cancer development has not yet been characterized in much detail, and here we would like to combine computational approaches, structural biology techniques, and molecular and cell biological studies to identify the most important ALK-fusion proteins in NSCLC and characterize their mechanisms of action in detail. We hope this research will not only provide a better insight into the molecular events in cancer development, it will also enable to raise inhibitory molecules that act by novel mechanisms that might lead to the development of new drugs.
|
|
|
|
|
|
|
|
| |
List of publications |
|
|
| Van Lindt, Joris ; Lazar, Tamas ; Pakravan, Donya ; Demulder, Manon ; Meszaros, Attila ; Van Den Bosch, Ludo ; Maes, Dominique ; Tompa, Peter: F/YGG-motif is an intrinsically disordered nucleic-acid binding motif, RNA BIOLOGY 19 : 1 pp. 622-635. , 14 p., 2022 | | Bratek-Skicki, A. ; Van, Nerom M. ; Maes, D. ; Tompa, P.: Biological colloids: Unique properties of membraneless organelles in the cell, ADVANCES IN COLLOID AND INTERFACE SCIENCE 310 Paper: 102777, 2022 | | Boeynaems, S., Bogaert, E., Kovacs, D., Konijnenberg, A., Timmerman, E., Volkov, A., Guharoy, M., De Decker, M., Jaspers, T., Ryan, V. H., Janke, A. M., Baatsen, P., Vercruysse, T., Kolaitis, R.-M., Daelemans, D., Taylor, J. P., Kedersha, N., Anderson, P., Impens, F., Sobott, F., Schymkowitz, J., Rousseau, F., Fawzi, N. L., Robberecht, W., Van Damme, P., Tompa, P. and Van Den Bosch, L.: Phase Separation of C9orf72 Dipeptide Repeats Perturbs Stress Granule Dynamics, Mol. Cell, 2017 | | Pancsa Rita, Schad Eva, Tantos Agnes, Tompa Peter: Emergent functions of proteins in non-stoichiometric supramolecular assemblies, BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS S1570-9639(19)30043-3, 2019 | | Macossay-Castillo, Mauricio ; Marvelli, Giulio ; Guharoy, Mainak ; Jain, Aashish ; Kihara, Daisuke ; Tompa, Peter ; Wodak, Shoshana J: The Balancing Act of Intrinsically Disordered Proteins: Enabling Functional Diversity while Minimizing Promiscuity., JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2019 | | Deryusheva, Evgenia ; Nemashkalova, Ekaterina ; Galloux, Marie ; Richard, Charels-Adrien ; Eleouet, Jean-Francois ; Kovacs, Denis ; Van, Belle Karo ; Tompa, Peter ; Uversky, Vladimir ; Permyakov, Sergei: Does Intrinsic Disorder in Proteins Favor Their Interaction with Lipids?, PROTEOMICS 19 : 6, 2019 | | Nguyen, Hung Huy ; Tompa, Peter ; Pauwels, Kris: Calpain Purification Through Calpastatin and Calcium: Strategy and Procedures, METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY 1929 pp. 233-244., 2019 | | Boeynaems Steven, Holehouse Alex S, Weinhardt Venera, Kovacs Denes, Van Lindt Joris, Larabell Carolyn, Van Den Bosch Ludo, Das Rhiju, Tompa Peter S, Pappu Rohit V, Gitler Aaron D: Spontaneous driving forces give rise to protein-RNA condensates with coexisting phases and complex material properties., PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2019 | | Tsytlonok Maksym, Sanabria Hugo, Wang Yuefeng, Felekyan Suren, Hemmen Katherina, Phillips Aaron H, Yun Mi-Kyung, Waddell M Brett, Park Cheon-Gil, Vaithiyalingam Sivaraja, Iconaru Luigi, White Stephen W, Tompa Peter, Seidel Claus A M, Kriwacki Richard: Dynamic anticipation by Cdk2/Cyclin A-bound p27 mediates signal integration in cell cycle regulation., NATURE COMMUNICATIONS 10 : 1 p. 1676, 2019 | | Bekesi A., Abdellaoui S., Holroyd N., Van Delm W., Pardon E., Pauwels J., Gevaert K., Steyaert J., Derveaux S., Borysik A., Tompa P.: Challenges in the Structural–Functional Characterization of Multidomain, Partially Disordered Proteins CBP and p300: Preparing Native Proteins and Developing Nanobody Too, METHODS IN ENZYMOLOGY 611 pp. 607-675. ,, 2018 | | Boeynaems, S ; Tompa, P ; Van, Dan Bosch L: Phasing in on the cell cycle, CELL DIVISION 13 : 1, 2018 | | Lazar, T ; Guharoy, M ; Schad, E ; Tompa, P: Unique Physicochemical Patterns of Residues in Protein-Protein Interfaces., JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING 58 : 10 pp. 2164-2173., 2018 | | Tsytlonok M., Hemmen K., Hamilton G., Kolimi N., Felekyan S., Seidel C.A.M., Tompa P., Sanabria H.: Specific Conformational Dynamics and Expansion Underpin a Multi-Step Mechanism for Specific Binding of p27 with Cdk2/Cyclin A, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY (2020), 2020 | | Nguyen Phuong N, Tossounian Maria-Armineh, Kovacs Denes S, Thu Tran T, Stijlemans Benoit, Vertommen Didier, Pauwels Jarne, Gevaert Kris, Angenon Geert, Messens Joris, Tompa Peter: Dehydrin ERD14 activates glutathione transferase Phi9 in Arabidopsis thaliana under osmotic stress., BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS 1864 : 3 Paper: 129506 (2020), 2020 | | Nguyen H.H., Ábrányi-Balogh P., Petri L., Mészáros A., Pauwels K., Vandenbussche G., Keserű G.M., Tompa P.: Targeting an Intrinsically Disordered Protein by Covalent Modification, METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY 2141 pp. 835-854., 2020 | | Murvai Nikoletta, Kalmar Lajos, Szalaine Agoston Bianka, Szabo Beata, Tantos Agnes, Csikos Gyorgy, Micsonai András, Kardos József, Vertommen Didier, Nguyen Phuong N., Hristozova Nevena, Lang Andras, Kovacs Denes, Buday Laszlo, Han Kyou-Hoon, Perczel Andras, Tompa Peter: Interplay of Structural Disorder and Short Binding Elements in the Cellular Chaperone Function of Plant Dehydrin ERD14, CELLS 9 : 8 Paper: 1856, 2020 | | Mészáros Bálint, Erdős Gábor, Szabó Beáta, Schád Éva, Tantos Ágnes, Abukhairan Rawan, Horváth Tamás, Murvai Nikoletta, Kovács Orsolya P, Kovács Márton, Tosatto Silvio C E, Tompa Péter, Dosztányi Zsuzsanna, Pancsa Rita: PhaSePro: the database of proteins driving liquid-liquid phase separation., NUCLEIC ACIDS RESEARCH 48 : D1 pp. D360-D367., 2020 | | Lazar T., Guharoy M., Vranken W., Rauscher S., Wodak S.J., Tompa P.: Distance-Based Metrics for Comparing Conformational Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins, BIOPHYSICAL JOURNAL 118 : 12 pp. 2952-2965., 2020 | | Kosol S., Contreras-Martos S., Piai A., Varadi M., Lazar T., Bekesi A., Lebrun P., Felli I.C., Pierattelli R., Tompa P.: Interaction between the scaffold proteins CBP by IQGAP1 provides an interface between gene expression and cytoskeletal activity, SCIENTIFIC REPORTS 10 : 1 Paper: 5753, 2020 | | Hatos András, Hajdu-Soltész Borbála, Monzon Alexander M, Palopoli Nicolas, Álvarez Lucía, Aykac-Fas Burcu, Bassot Claudio, Benítez Guillermo I, Bevilacqua Martina, Chasapi Anastasia, Chemes Lucia, Davey Norman E, Davidović Radoslav, Dunker A Keith, Elofsson Arne, Gobeill Julien, Foutel Nicolás S González, Sudha Govindarajan, Guharoy Mainak, Horvath Tamas, Iglesias Valentin, Kajava Andrey V, Kovacs Orsolya P, Lamb John, Lambrughi Matteo, Lazar Tamas, Leclercq Jeremy Y, Leonardi Emanuela, Macedo-Ribeiro Sandra, Macossay-Castillo Mauricio, Maiani Emiliano, Manso José A, Marino-Buslje Cristina, Martínez-Pérez Elizabeth, Mészáros Bálint, Mičetić Ivan, Minervini Giovanni, Murvai Nikoletta, Necci Marco, Ouzounis Christos A, Pajkos Mátyás, Paladin Lisanna, Pancsa Rita, Papaleo Elena, Parisi Gustavo, Pasche Emilie, Barbosa Pereira Pedro J, Promponas Vasilis J, Pujols Jordi, Quaglia Federica, Ruch Patrick, Salvatore Marco, Schad Eva, Szabo Beata, Szaniszló Tamás, Tamana Stella, Tantos Agnes, Veljkovic Nevena, Ventura Salvador, Vranken Wim, Dosztányi Zsuzsanna, Tompa Peter, Tosatto Silvio C E, Piovesan Damiano: DisProt: intrinsic protein disorder annotation in 2020, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 48 : D1 pp. D269-D276., 2020 | | Csermely P., Kunsic N., Mendik P., Kerestély M., Faragó T., Veres D.V., Tompa P.: Learning of Signaling Networks: Molecular Mechanisms, TRENDS IN BIOCHEMICAL SCIENCES 45 : 4 pp. 284-294., 2020 | | Bratek-Skicki Anna, Pancsa Rita, Meszaros Balint, Van Lindt Joris, Tompa Peter: A Guide to Regulation of the Formation of Biomolecular Condensates., FEBS JOURNAL 287 : 10 pp. 1924-1935., 2020 | | Bokor M., Tantos Á., Tompa P., Han K.-H., Tompa K.: WT and A53T α-Synuclein Systems: Melting Diagram and Its New Interpretation, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 21 : 11 Paper: 3997, 2020 | | Van Lindt J., Bratek-Skicki A., Nguyen P.N., Pakravan D., Durán-Armenta L.F., Tantos A., Pancsa R., Van Den Bosch L., Maes D., Tompa P.: A generic approach to study the kinetics of liquid–liquid phase separation under near-native conditions, COMMUNICATIONS BIOLOGY, 2021 | | Quaglia, F. ; Lazar, T. ; Hatos, A. ; Tompa, P. ; Piovesan, D.; Tosatto, S.C.E.: Exploring Curated Conformational Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins in the Protein Ensemble Database, Current Protocols 1 : 7, 2021 | | https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2665928X2100012X: “Protein” no longer means what it used to, Current Research in Structural Biology 3 pp. 146-152., 2021 | | Necci M., Piovesan D., Hoque M.T., Walsh I., Iqbal S., Vendruscolo M., Sormanni P., Wang C., Raimondi D., Sharma R., Zhou Y., Litfin T., Galzitskaya O.V., Lobanov M.Y., Vranken W., Wallner B., Mirabello C., Malhis N., Dosztányi Z., Erdős G., Mészáros B., Gao J., Wang K., Hu G., Wu Z., Sharma A., Hanson J., Paliwal K., Callebaut I., Bitard-Feildel T., Orlando G., Peng Z., Xu J., Wang S., Jones D.T., Cozzetto D., Meng F., Yan J., Gsponer J., Cheng J., Wu T., Kurgan L., Promponas V.J., Tamana S., Marino-Buslje C., Martínez-Pérez E., Chasapi A., Ouzounis C., Dunker A.K., Kajava A.V., Leclercq J.Y., Aykac-Fas B., Lambrughi M., Maiani E., Papaleo E., Chemes L.B., Álvarez L., González-Foutel N.S., Iglesias V., Pujols J., Ventura S., Palopoli N., Benítez G.I., Parisi G., Bassot C., Elofsson A., Govindarajan S., Lamb J., Salvatore M., Hatos A., Monzon A.M., Bevilacqua M., Mičetić I., Minervini G., Paladin L., Quaglia F., Leonardi E., Davey N., Horvath T., Kovacs O.P., Murvai N., Pancsa R., Schad E., Szabo B., Tantos A., Macedo-Ribeiro S., Manso J.A., Pereira P.J.B., Davidović R., Veljkovic N., Hajdu-Soltész B., Pajkos M., Szaniszló T., Guharoy M., Lazar T., Macossay-Castillo M., Tompa P., Tosatto S.C.E., CAID Predictors, DisProt Curators: Critical assessment of protein intrinsic disorder prediction, NATURE METHODS, 2021 | | Murvai, N. ; Kalmar, L. ; Szabo, B. ; Schad, E. ; Micsonai, A. ; Kardos, J. ; Buday, L. ; Han, K.-H. ; Tompa, P. ; Tantos, A.: Cellular chaperone function of intrinsically disordered dehydrin erd14, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 22 : 12 Paper: 6190, 2021 | | Lazar Tamas, Martínez-Pérez Elizabeth, Quaglia Federica, Hatos András, Chemes Lucía B, Iserte Javier A, Méndez Nicolás A, Garrone Nicolás A, Saldaño Tadeo E, Marchetti Julia, Rueda Ana Julia Velez, Bernadó Pau, Blackledge Martin, Cordeiro Tiago N, Fagerberg Eric, Forman-Kay Julie D, Fornasari Maria S, Gibson Toby J, Gomes Gregory-Neal W, Gradinaru Claudiu C, Head-Gordon Teresa, Jensen Malene Ringkjøbing, Lemke Edward A, Longhi Sonia, Marino-Buslje Cristina, Minervini Giovanni, Mittag Tanja, Monzon Alexander Miguel, Pappu Rohit V, Parisi Gustavo, Ricard-Blum Sylvie, Ruff Kiersten M, Salladini Edoardo, Skepö Marie, Svergun Dmitri, Vallet Sylvain D, Varadi Mihaly, Tompa Peter, Tosatto Silvio C E, Piovesan Damiano: PED in 2021: a major update of the protein ensemble database for intrinsically disordered proteins., NUCLEIC ACIDS RESEARCH 49 : D1 pp. D404-D411., 2021 | | Elgin Korkmazhan, Peter Tompa & Alexander R. Dunn: The role of ordered cooperative assembly in biomolecular condensates, NATURE REVIEWS MOLECULAR CELL BIOLOGY, 2021 | | Farahi, N. ; Lazar, T. ; Wodak, S.J. ; Tompa, P. ; Pancsa, R.: Integration of data from liquid–liquid phase separation databases highlights concentration and dosage sensitivity of llps drivers, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 22 : 6 pp. 1-26. Paper: 3017 ,, 2021 | | Ahmed, Junaid ; Meszaros, Attila ; Lazar, Tamas ; Tompa, Peter: DNA ‐binding domain as the minimal region driving RNA ‐dependent liquid–liquid phase separation of androgen receptor, PROTEIN SCIENCE Paper: pro.4100, 2021 | | Guharoy, Mainak ; Lazar, Tamas ; Macossay-Castillo, Mauricio ; Tompa, Peter: Degron masking outlines degronons, co-degrading functional modules in the proteome, COMMUNICATIONS BIOLOGY 5 : 1 Paper: 445, 2022 | | Lazar, Tamas ; Tantos, Agnes ; Tompa, Peter ; Schad, Eva: Intrinsic protein disorder uncouples affinity from binding specificity, PROTEIN SCIENCE 31 : 11 Paper: e4455, 2022 | | Quaglia Federica, Mészáros Bálint, Salladini Edoardo, Hatos András, Pancsa Rita, Chemes Lucía B, Pajkos Mátyás, Lazar Tamas, Peña-Díaz Samuel, Santos Jaime, Ács Veronika, Farahi Nazanin, Fichó Erzsébet, Aspromonte Maria Cristina, Bassot Claudio, Chasapi Anastasia, Davey Norman E, Davidović Radoslav, Dobson Laszlo, Elofsson Arne, Erdős Gábor, Gaudet Pascale, Giglio Michelle, Glavina Juliana, Iserte Javier, Iglesias Valentín, Kálmán Zsófia, Lambrughi Matteo, Leonardi Emanuela, Longhi Sonia, Macedo-Ribeiro Sandra, Maiani Emiliano, Marchetti Julia, Marino-Buslje Cristina, Mészáros Attila, Monzon Alexander Miguel, Minervini Giovanni, Nadendla Suvarna, Nilsson Juliet F, Novotný Marian, Ouzounis Christos A, Palopoli Nicolás, Papaleo Elena, Pereira Pedro José Barbosa, Pozzati Gabriele, Promponas Vasilis J, Pujols Jordi, Rocha Alma Carolina Sanchez, Salas Martin, Sawicki Luciana Rodriguez, Schad Eva, Shenoy Aditi, Szaniszló Tamás, Tsirigos Konstantinos D, Veljkovic Nevena, Parisi Gustavo, Ventura Salvador, Dosztányi Zsuzsanna, Tompa Peter, Tosatto Silvio C E, Piovesan Damiano: DisProt in 2022: improved quality and accessibility of protein intrinsic disorder annotation, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 50 : D1 pp. D480-D487., 2022 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
