Vírusok detektálása által és intercelluláris kapcsolatokon keresztül indukált szignálok integrációja dendritikus sejtekben
Title in English
Systematic discovery of modules integrating virus- and host-induced responses in dendritic cells
Keywords in Hungarian
génszabályozó régiók, ChIP-seq, dendritikus sejt, szignál-integráció, TLR, tömeg-spektrométer alapú proteomika
Keywords in English
enhancer mapping, ChIP-seq, signal integration, dendritic cells, TLR, mass spectrometry-based proteomics
Discipline
Molecular biology (Council of Medical and Biological Sciences)
40 %
Ortelius classification: Molecular biology
Immunology (Council of Medical and Biological Sciences)
30 %
Ortelius classification: Immunology
Epigenetics and gene regulation (Council of Medical and Biological Sciences)
30 %
Panel
Immunity, Cancer and Microbiology
Department or equivalent
Department of Medical Genetics (University of Debrecen)
Participants
Csumita, Mária Czipa, Erik Lányi, Árpád Póliska, Szilárd Szalmás, Anita Uray, Karen Lee
Starting date
2017-12-01
Closing date
2022-11-30
Funding (in million HUF)
36.238
FTE (full time equivalent)
7.03
state
running project
Final report
Results in Hungarian
Az első tanulmányunkban három interferon reguláló faktor (IRF) kötőhelyeit azonosítottuk dendritikus sejtekben. ChIP-seq módszer segítségével meghatároztuk azokat a genomi régiókat, ahol jelentős különbség volt az IRF3, IRF5 és IRF9 kötésében. Elemzéseink azt mutatták, hogy az IRF3-, IRF5- és IRF9-domináns régiókban az IRF-ek kötését az ISRE félhelyek bázisai, az 5′ és 3′ túlnyúló bázisok, az együttműködő transzkripciós faktorok és a kromatin környezet együttesen határozzák meg. Megállapítottuk, hogy az IRF3-, IRF5- és IRF9-domináns kötőhelyeknek kiemelt szerepe van bizonyos transzkripciós programok szabályozásában.
A második tanulmányunkban az effektor funkcióval rendelkező interferon szabályozott gének (ISG-ek) szabályozó régióit azonosítottuk. RNA-seq módszer segítségével az IFNb által indukált géneket, ChIP-seq módszerrel pedig az ISGF3 alegységeinek kötőhelyeit azonosítottuk dendritikus sejtekben. Elemzéseink azt mutatták, hogy a legtöbb effektor ISG-nek volt legalább egy ISGF3-kötő régiója a transzkripciós starthelyhez közel, és az effektor ISG-k csak egy kisebb részéhez tartozott három vagy több ISGF3-kötő régió. A transzkripciós starthelyhez közeli régiókban az IRF9 szignálok nagyobbak, míg az ISRE motívumok erősebbek voltak, mint a távoli regiókban. Megállapítottuk, hogy az erős ISRE motívumok és az univerzálisan nyitott promoter régiók, amelyek robusztus indukciót tesznek lehetővé számos sejttípusban, az effektor ISG-k szabályozói régiónak legfontosabb jellemzői.
Results in English
In our first study, the binding sites of three interferon regulatory factors (IRFs) were identified in dendritic cells. To uncover regions occupied predominantly by IRF3, IRF5 or IRF9, we performed ChIP-seq experiments. Our results suggested that specific enhancer selection by IRF3, IRF5 and IRF9 was determined by ISRE half-sites, 5′ and 3′ flanking bases, collaborating transcription factors and the chromatin environment in a combinatorial fashion. We found that specific transcriptional programs were often associated with IRF3-, IRF5- and IRF9-dominant regions.
In our second study the regulatory regions of IFN-stimulated genes (ISGs) encoding antiviral effector proteins were analysed. We identified the genes regulated by IFNb in dendritic cells using RNA-seq. We also determined the binding sites of ISGF3 subunits by ChIP-seq. We found that most effector ISGs had at least one ISGF3 binding region proximal to the transcription start site (TSS), and only a subset of effector ISGs was associated with three or more ISGF3 binding regions. The IRF9 signals were typically higher, and ISRE motifs were stronger in TSS-proximal versus TSS-distal regulatory regions. Our results indicate that strong ISRE motifs and universally accessible promoter regions that permit robust, widespread induction are characteristic features of effector ISGs.
Göczi Loránd, Csumita Mária, Attila Horváth, Nagy Gergely, Póliska Szilárd, Matteo Pigni, Christoph Thelemann, Bence Dániel, Mianesaz Hamidreza, Tamás Varga, Kaushik Sen, Sunil K. Raghav, John W. Schoggins, Nagy Laszlo, Hans Acha-Orbea, Felix Meissner, Walter Reith, Széles Lajos: A Multi-Omics Approach Reveals Features That Permit Robust and Widespread Regulation of IFN-Inducible Antiviral Effectors, JOURNAL OF IMMUNOLOGY 209: (10) pp. 1930-1941., 2022
Events of the project
2023-04-26 20:00:56
Résztvevők változása
2020-02-12 07:28:50
Kutatóhely váltás
A kutatás helye megváltozott. Korábbi kutatóhely: ÁOK Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet (Debreceni Egyetem), Új kutatóhely: ÁOK Humángenetikai Tanszék (Debreceni Egyetem).
