Membrane and protein interactions of disordered regions in transmembrane proteins  Page description

Help  Print 
Back »

 

Details of project

 
Identifier
127961
Type K
Principal investigator Hegedűs, Tamás Zoltán
Title in Hungarian Transzmembrán fehérjék rendezetlen régióinak membránokkal és fehérjékkel kialakított kölcsönhatása
Title in English Membrane and protein interactions of disordered regions in transmembrane proteins
Keywords in Hungarian transzmembrán fehérjék, rendezetlen fehérjék, fehérje-lipid és fehérje-fehérje kölcsönhatások, foszforiláció, számításos biológia, egyedi molekula erőspektroszkópia, SPR, NMR
Keywords in English transmembrane proteins, intrinsically disordered protein, protein-lipid and protein-protein interactions, phosphorylation, computational biology, single molecule force spectroscopy, SPR, NMR
Discipline
Computational biology (Council of Medical and Biological Sciences)40 %
Bioinformatics (Council of Medical and Biological Sciences)40 %
Structural biology (NMR) (Council of Medical and Biological Sciences)20 %
Panel Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent Dept. of Biophysics and Radiation Biology (Semmelweis University)
Participants Csizmadia, Georgina
Farkas, Bianka Vivien
Kissné Laár, Eszter
Maróti, János Endre
Molnár, Edit
Padányi, Rita
Tordai, Hedvig
Tóth, Ágota
Tóth, Péter
Starting date 2018-12-01
Closing date 2023-05-31
Funding (in million HUF) 47.946
FTE (full time equivalent) 13.68
state closed project
Summary in Hungarian
A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.

Transzmembrán (TM) fehérjék rendezetlen régióinak (IDR, intrinsically disordered region) kölcsönhatásai számos szabályozó folyamatban játszanak fontos szerepet, s ezek a kölcsönhatások nem csak fehérje partnerekkel, hanem a membrán kettősréteggel is kialakulhatnak. Ahhoz, hogy ezeket a kölcsönhatásokat patológiás folyamatokban módosítani tudjuk, atomi szinten kell ismernünk e membránkötő motívumokat (memMoRF, membrane Molecular Recognition Feature). Megfigyeltük, hogy egyes memMoRF szerkezetek láthatóak a PDB adatbázisban, ezért ezeket bioinformatikai módszerekkel összegyűjtjük és elemezzük. Ezen adatok egy standard memMoRF halmazt szolgáltatnak, ami TM fehérje specifikus rendezetlenség jósló program fejlesztését is lehetővé teszi. Az IDR konformációs terét limitálja a sejtmembrán és a TM hélixek, amennyiben két hélix között helyezkedik el. Ezért valószínűsíthető, hogy az eddig főleg oldatban vizsgált IDR-ekről szerzett ismereteink részben torzultak. Bioinformatikai kutatásunk kiegészítve molekuladinamikai szimulációkat végzünk feltételezéseink ellenőrzésére úgy, hogy kényszerfeltételeket alkalmazunk az IDR végein és összehasonlítjuk a memMoRF-ok lipidhez illetve fehérje partnerhez való kötődési folyamatát is. Kísérletesen jellemezzük a klinikailag fontos CFTR fehérje rendezetlen régiójának membrán és fehérje kapcsolatait SPR, NMR és egyedi-molekula erőspektroszkópiai módszerek alkalmazásával. Eredményeink hozzájárulnak az IDR-ek regulációs kölcsönhatásainak megértéséhez, és előmozdítják a cisztás fibrózisban, a tumorgenezisben és neurodegeneratív betegségekben szerepet játszó memMoRF-okat tartalmazó fehérjék modulálására irányuló törekvéseket.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.

Bár transzmembrán (TM) fehérjék rendezetlen régióinak (IDR) fehérjékkel és biológiai membránokkal kialakított kölcsönhatása rendkívül fontos számos fiziológiás és patológiás folyamatban, e rendezetlen szakaszok kötődése nem eléggé ismert atomi szinten ahhoz, hogy stratégiákat dolgozzunk ki e kapcsolatok módosítására. Célunk, hogy a membránkötő motívumok (memMoRF) kötődés hatására bekövetkező feltekeredését és foszforilációjuknak a kölcsönhatásokra kifejtett hatását molekuláris szinten jellemezzük. Főbb kérdésink: (1) TM fehérjék mely rendezetlen régiója tartalmaz membrán kettősréteggel kölcsönhatásba lépő szekvenciákat? Melyek a memMoRF-ok szerkezeti és szekvenciális tulajdonságai? (2) A végek közötti távolság rögzítése hogyan szűkíti a konformációs teret? (3) Mi az eltérés memMoRF-ok membránhoz és fehérjéhez történő kötődésének mechanizmusában? Milyen különbségek figyelhetők meg a nem-foszforilált és foszforilált régiók kötődése között? (4) Kötődik-e a CFTR R doménje lipid kettősréteghez? Ez a kötődés hogyan változtatja meg konformációját és a CFTR szabályozásának jelenlegi hipotézisét? Milyen különbségek figyelhetők meg a kötődésben eltérő körülmények között (pl. foszforiláció) egyedi-molekula erőspektroszkópiai kísérletekben? (5) A kiválasztott rendezetlen/rendezett TM fehérje régiókkal végzett in silico vizsgálataink alapján létrehozunk egy memMoRF adatbázist és számításos munkafolyamatokat definiálunk memMoRF-ok kölcsönhatásának jellemzésére.

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!

IDP-k fehérje-fehérje kölcsönhatásait intenzíven tanulmányozzák, de IDR-ek membránkötődése kevéssé ismert, kivéve néhány, neurodegeneratív betegségben szerepet játszó globuláris fehérjéét. Kevés adat áll rendelkezésünkre TM fehérjék IDR-jéről, melyek között vannak igen fontos, az immunválaszban és tumorgenezisben szerepet játszó fehérjék is. Hogy ezt az űrt betöltsük és a memMoRF-ok membránhoz illetve fehérjékhez történő kötődésének különbségét megértsük, tanulmányoznunk kell a kölcsönhatások molekuláris mechanizmusát. Ez nélkülözhetetlen olyan gyógyszerfejlesztésekhez is, amelyek IDR-kölcsönhatások módosításával a normál működés helyreállítását célozzák. Kutatásunk jelentőségét az alábbiak jelzik:

Még senki sem fedezte fel, hogy egyes memMoRF-ok rendelkeznek atomi koordinátákkal, azaz láthatóak a PDB adatbázisban. Elemezzük TM fehérjék szerkezetét és IDR-jeik szekvenciáját memMoRF-ok azonosításának érdekében. Jellemezzük szekvenciájukat és konformációjukat.

Létrehozunk egy memMoRF adatbázist, amely elősegíti IDR és membrán kölcsönhatások tanulmányozását és TM fehérjékre specifikus rendezetlenséget jósló algoritmus fejlesztését. Inicializálni fogjuk egy ilyen algoritmus létrehozását.

Molekuladinamika szimulációk segítségével kvantitatív módon jellemezzük a memMoRF-ok biológiai membránhoz és fehérje partnerekhez történő kötődését. Tudomásunk szerint nincs olyan tanulmány, amely e folyamatok mechanizmusát és energetikáját összehasonlítaná. Megvizsgáljuk, hogy egy membrán kettősrétegnek, a végek közti távolság rögzítésének, és a foszforilációnak milyen hatása van IDR-ek konformációs sokaságára. Ezeket kísérletesen is vizsgáljuk a CFTR R doménjén.

Az R domén membránkötődésének bizonyítása SPR és NMR kísérletekkel forradalmasíthatja elképzelésünket a nagy rendezetlen régiók sejten belüli szerveződéséről és a CFTR fehérje szabályozásáról.

Egyedi-molekula erőspektroszkópia módszerekkel vizsgáljuk a CFTR R domén foszforiláció-függő kötődését lipid kettősréteghez és az NBD1-hez. Az R domén pontosabb megismerése nemcsak a CFTR reguláció megismeréséhez járul hozzá, hanem mutáns formáinak klorid áteresztőképességét fokozó gyógyszerek fejlesztéséhez is.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.

Fehérjék rendezetlen régiói (IDRs, intrinsically disordered regions) fontos szerepet játszanak számos sejtszintű folyamatban, mint például a génszabályozás és a jelátvitel. Az IDR-ek vizsgálata nehéz, azonosításukban és működésük megértésében különösen fontos szerepet töltenek be a számítógépes módszerek. Vízoldékony fehérjék rendezetlen régióit intenzíven tanulmányozzák, míg transzmembrán (TM) fehérjék rendezetlen szakaszait kevéssé, annak ellenére, hogy a gyógyszerek közel fele TM fehérjén keresztül fejti ki hatását. Ezért nincs jó hatásfokú, TM fehérjére specifikus, rendezetlenséget jósló algoritmus sem. Azon megfigyelésünk alapján, hogy egyes TM fehérjék sejtmembránhoz közel található IDR-je kísérletesen meghatározott szerkezetekben is megfigyelhető, célul tűztük ki egy ilyen algoritmus létrehozását. Összegyűjtjük TM fehérjék rendezetlen régióit és jellemezzük szekvenciájukat. Mivel ezek a membránkötött szakaszok általában szabályozó szekvenciákat is tartalmaznak, molekuladinamikai szimulációkkal tanulmányozzuk foszforilált és nem-foszforilált formáik kölcsönhatását lipid és fehérje partnerekkel. Ez megnyitja a lehetőségét IDR kölcsönhatásokat moduláló vegyületek fejlesztéséhez. Hipotéziseink és számításos eredményeink alátámasztásához kísérleteket is végezünk a cisztás fibrózis transzmembrán regulátor fehérje IDR szakaszával. Eredményeink hozzájárulnak a szabályozó kölcsönhatások jobb megismeréséhez és olyan fejlesztések megvalósításához, amelyek a cisztás fibrózisban, tumorok keletkezésében és neurodegeneratív betegségekben szerepet játszó fehérjék fehérje-membrán kölcsönhatásait célozzák.
Summary
Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.

Interactions of intrinsically disordered regions (IDRs) in transmembrane (TM) proteins are important in many regulatory processes and can be formed not only with a protein partner but also with a membrane bilayer. Developing strategies to modulate these interactions in pathological cases requires atomic level knowledge on the membrane binding molecular recognition features, which we name memMoRFs. We noticed that structures of certain memMoRFs are visible in the PDB database, thus we will perform a large scale bioinformatics study to identify as many memMoRFs as possible and analyze their sequences. This data will yield a gold standard set of memMoRFs, contributing to the development of a disorder predictor for TM proteins. IDR folding on membrane and the constrained distance between the IDR ends, if located between TM helices, limit the conformational space. Therefore, we predict that our current knowledge on IDR-ensembles based on studies in solution is biased. To complement our in silico studies, we will assess this hypothesis by molecular dynamics simulations in both the absence and presence of constraints at IDR ends and also compare the molecular events of memMoRF binding to a bilayer and a protein binding partner. We will experimentally characterize the membrane and protein interactions of the IDR of the clinically important CFTR, as well as the effect of constraining its ends, using SPR, NMR, and single molecule force spectroscopy methods. Our results will contribute to the basic understanding of regulatory interactions of IDRs and facilitate efforts to modulate proteins with memMoRFs involved in cystic fibrosis, tumorigenesis, and neurodegenerative disorders.

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.

Although interactions of intrinsically disordered regions (IDRs) of transmembrane (TM) proteins with ordered polypeptides and biological membranes are extremely important in numerous physiological and pathological processes, the binding mechanism of disordered segments are not known at a level sufficient enough to design strategies for modulating these types of interactions. We aim to characterize the molecular events associated with binding of membrane molecular recognition features (memMoRFs) and the effect of phosphorylation on their interactions. Our main questions are the following: (1) Which disordered segments of TM proteins do contain sequences that can associate to a membrane bilayer? What are the structural and sequence properties of memMoRFs? (2) How does constraining the distance of the ends of an IDR limit the conformational space? (3) What is the difference between the mechanism of memMoRF binding to a membrane bilayer and to a protein? How does the binding of non-phosphorylated and phosphorylated disordered regions to a membrane or a protein diverge? (4) Does CFTR R domain bind to a membrane bilayer? In what ways does this binding affect R domain conformation and the current paradigm of regulation? What differences in IDR binding under different conditions (e.g. phosphorylation) are revealed by single molecule force spectroscopy experiments? (5) Based on our results from the in silico investigation of ordered/disordered regions of TM proteins, we will create a memMoRF web database and define computational pipelines for studying memMoRF interactions.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.

Protein-protein interactions of IDPs have been studied extensively, but much less is known on binding of IDRs to membranes, excluding a few globular proteins of neurodegenerative disorders. Data on IDRs of TM proteins, including ones playing crucial roles in regulatory processes, such as in immune response and tumorigenesis, are sparse. To fill this gap and understand the differences between (mem)MoRF binding either to membranes or proteins, studies on the molecular mechanism of forming these interactions are required. They are also indispensable in drug development modifying IDR interactions and restoring normal function. The significance of our research includes:

It has not been noticed before that certain memMoRFs possess atomic coordinates thus are visible in the PDB database. We will analyze the structures of TM proteins and the sequence of IDRs to identify memMoRFs. Their sequences and conformations will be characterized.

A memMoRF database will be created to facilitate studies of IDR/membrane interactions and the development of a disorder predictor specific for TM proteins. We will initiate this progress.

Using molecular dynamics simulations, we will evaluate the binding of memMoRFs to biological membranes and protein partners in a quantitative manner. There is no study comparing the mechanism and energetics of these processes. To this end, we will assess how a membrane bilayer, the distance between the ends, and phosphorylation influence the conformational ensemble of IDRs. These will also be tested experimentally on CFTR R domain.

Confirming the membrane binding of R domain by SPR and NRM will revolutionize our thinking about the organization of longer disordered regions in the cell and the mechanism of CFTR regulation.

We will employ single-molecule force spectroscopy methods to investigate the phosphorylation dependent binding of CFTR R domain to lipid membranes and NBD1. A more in-depth understanding of the interactions of R domain will contribute not only assist in exploring CFTR regulation but in drug development to facilitate chloride permeation of mutant channels.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.

Intrinsically disordered regions (IDRs) in proteins play important roles in many cellular functions, such as gene regulation and signal transduction. Their investigation is challenging and in silico methods play a profound role in IDR identification and in the learning of their conformations. IDRs of soluble proteins are studied extensively, while studies on disordered regions in transmembrane (TM) proteins, which are targeted and bind approximately half of the current prescription drugs, are sparse. Importantly, there is no current tool capable of predicting disorder in TM proteins with high accuracy. Based on our observation, numerous IDRs in TM proteins localized close to the cell membrane are visible in experimentally determined structures, we aim to establish the basis of such a predictor. We will collect IDR structures of TM proteins and characterize their sequence for the predictor development. Since these membrane-bound IDRs usually involve regulatory sequences, we will describe their binding to both lipids and proteins in the absence and presence of phosphorylation with the use of molecular dynamics simulations. This will open the horizon for rational development of drugs for modulation of IDR interactions. In order to verify some of our hypotheses and in silico results, we will perform experiments with the regulatory disordered region of the clinically important cystic fibrosis transmembrane regulator protein. Our results will contribute to the comprehension of regulatory interactions and will facilitate efforts to modulate both soluble and TM proteins with membrane-binding regions, involved in cystic fibrosis, tumorigenesis, and neurodegenerative disorders.





 

Final report

 
Results in Hungarian
Tanulmányunkban a transzmembrán (TM) és membránasszociált fehérjék rendezetlen régióit (IDR) és ezek lipidmembránokkal való kölcsönhatását vizsgáltuk. A kölcsönhatásokban résztvevő IDR-ek, amelyeket MemMoRF-nak neveztük el, jelentős hatással vannak a sejt különböző fiziológiai és patológiai folyamataira. MemMoRF-okat manuális kurációval gyűjtöttük és jellemeztük, valamint ezen goldstandard adathalmaz alapján prediktorokat fejlesztettünk. Molekuladinamikai szimulációkat alkalmaztunk IDR konformációs sokaság jellemzésére oldatban és membrán kettősréteg jelenlétében. Több ilyen szimulációhoz szükséges volt AlphaFold alapú szerkezeti modelleket használnunk. Ezért megvizsgáltuk az új AlphaFold módszerrel generált szerkezetek alkalmazhatóságát MD szimulációkban, és bemutattuk a módszer transzmembrán fehérjéken mutatott magas teljesítményét is. Leírtunk az ABCG2 és CFTR fehérjékhez kapcsolódó transzportfolyamatokat és mutációk szerkezetükre kifejtett hatását. A CFTR fő IDR-je, az R domén jellemzésére különböző kísérleti módszereket alkalmaztunk, beleértve a membrán-lipid kötődési vizsgálatokat, a fluoreszcens nanodisk rendszert és a keresztkötéssel kombinált tömegspektrometriát. Eredményeink hozzájárulnak fontos jelátviteli fehérjék MemMoRF régióival kapcsolatos funkciók jobb megértéséhez, a transzmembrán fehérje szerkezetek minőségének értékeléséhez, és fehérjék 3D adataira vonatkozó szabványok kidolgozásához.
Results in English
We studied intrinsically disordered regions (IDRs) in transmembrane (TM) and membrane associated proteins and their interactions with membranes. These regions, referred to as MemMoRFs, have significant implications in various physiological and pathological processes. We collected and characterized MemMoRFs through manual curation and developed prediction tools based on this gold standard set. Molecular dynamics simulations were employed to study IDR ensembles in solution and their interactions with membranes. Some of these simulations required structural models based on AlphaFold. Therefore, we also explored the use of the structures generated by the novel AlphaFold method in MD simulations and also demonstrated its high performance with transmembrane proteins. Transport processes and effect of mutations associated to ABCG2 and CFTR proteins were also described. In order to characterize the main IDR of CFTR, R domain, we exploited various experimental methods, including membrane overlay assays, a fluorescent nanodisc system, and mass spectrometry combined by cross-linking. Our results contribute to a better understanding of function of important signaling proteins with MemMoRF regions, to estimating the quality transmembrane protein structures in the AI-era, and to developing standards for 3D protein data.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=127961
Decision
Yes





 

List of publications

 
Farkas Bianka, Csizmadia Georgina, Katona Eszter, Tusnády Gábor, Hegedűs Tamás: MemBlob database and server for identifying transmembrane regions using cryo-EM maps, BIOINFORMATICS 0: p. 0., 2019
Farkas Bianka, Tordai Hedvig, Padányi Rita, Tordai Attila, Gera János, Paragi Gábor, Hegedűs Tamás: Discovering the chloride pathway in the CFTR channel, CELLULAR AND MOLECULAR LIFE SCIENCES 0: p. 0., 2019
Mózner Orsolya, Bartos Zsuzsa, Zámbó Boglárka, Homolya László, Hegedűs Tamás, Sarkadi Balázs: Cellular Processing of the ABCG2 Transporter-Potential Effects on Gout and Drug Metabolism., CELLS 8: (10) E1215, 2019
Csizmadia Georgina, Erdős Gábor, Tordai Hedvig, Padányi Rita, Tosatto Silvio, Dosztányi Zsuzsanna, Hegedűs Tamás: The MemMoRF database for recognizing disordered protein regions interacting with cellular membranes, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2020
Geisler Markus, Hegedűs Tamás: A twist in the ABC: Regulation of ABC transporter trafficking and transport by FK506-binding proteins, FEBS LETTERS In press:, 2020
Nagy T., Tóth Á., Telbisz Á., Sarkadi B., Tordai H., Tordai A., Hegedűs T.: The transport pathway in the ABCG2 protein and its regulation revealed by molecular dynamics simulations, CELLULAR AND MOLECULAR LIFE SCIENCES 2020: p. In press., 2020
Sarkadi Balázs, Homolya László, Hegedűs Tamás: The ABCG2/BCRP transporter and its variants - from structure to pathology, FEBS LETTERS In press:, 2020
Hegedűs Tamás, Geisler Markus, Lukács Gergely László, Farkas Bianka: Ins and outs of AlphaFold2 transmembrane protein structure predictions, CELLULAR AND MOLECULAR LIFE SCIENCES 79: (1) 73, 2022
Padányi Rita, Farkas Bianka, Tordai Hedvig, Kiss Bálint, Grubmüller Helmut, Soya Naoto, Lukács Gergely L., Kellermayer Miklós, Hegedűs Tamás: Nanomechanics combined with HDX reveals allosteric drug binding sites of CFTR NBD1, COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL 20: pp. 2587-2599., 2022
Tordai Hedvig, Suhajda Erzsebet, Sillitoe Ian, Nair Sreenath, Varadi Mihaly, Hegedus Tamas: Comprehensive Collection and Prediction of ABC Transmembrane Protein Structures in the AI Era of Structural Biology, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 23: (16) 8877, 2022





 

Events of the project

 
2022-12-02 10:54:53
Résztvevők változása
2021-01-15 14:00:32
Résztvevők változása
2018-10-18 12:53:44
Résztvevők változása




Back »