Using OMICS approach for the analysis of viral gene expression  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
128252
Type FK
Principal investigator Tombácz, Dóra
Title in Hungarian Vírus génexpresszió-analízis különböző OMIKÁ-kal
Title in English Using OMICS approach for the analysis of viral gene expression
Keywords in Hungarian DNS-vírusok, RNS-vírusok, hosszú-read szekvenálás, szabályozó RNS-ek, DNS-metiláció, homológ rekombináció, CRISPR/Cas9 technológia
Keywords in English DNA viruses, RNA viruses, long-read sequencing, regulatory RNAs, DNA methylation, homologous recombination, CRISPR/Cas9 technology
Discipline
Transcriptomics (Council of Medical and Biological Sciences)60 %
Epigenetics and gene regulation (Council of Medical and Biological Sciences)30 %
Bioinformatics (Council of Medical and Biological Sciences)10 %
Panel Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent Department of Medical Biology (University of Szeged)
Participants Boldogkői, Zsolt
Csabai, Zsolt
Dénes, Béla
Jakab, Ferenc
Kakuk, Balázs
Kalmár, Tibor
Megyeri, Klára
Moldován, Norbert
Prazsák, István
Szűcs, Attila
Starting date 2018-09-01
Closing date 2023-02-28
Funding (in million HUF) 27.000
FTE (full time equivalent) 10.97
state closed project
Summary in Hungarian
A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.
Célunk feltérképezni 11 vírus (dsDNS/(+/–)ssRNS vírusok: Humán herpeszvírus 6, Autographa c. nucleopolyhedrovirus, Vakcínia, Vesicular stomatitis, Mumpsz, Kanyaró, Rubeola, Providence, Zika, Krími-kongói vérzéses láz, Coxackie) globális transzkriptom és epigenom profilját; átfogó ismeretet szerezni a génexpresszió szabályozási szintjeiről.
Hosszú-read szekvenálással (HRS; PacBio és Oxford Nanopore: ONT) meghatározzuk a vírus transzkriptek izoformáit, transzkripciós átfedéseket, hosszú nem kódoló (lnc)RNSeket, kinetikájukat. A herpeszvírusokban általunk leírt transzkripciós komplexitás általános előfordulásáról kaphatunk képet. Az RNS polimeráz valósidejű pozíciójának feltérképezését PolII ChIP-Seq-kel, az aktív ORF-ek analízisét Ribo-seq módszerrel végezzük.
Homológ rekombináció és CRISPR/Cas9 módszerekkel mutáns Vakcínia és AcMNPV törzseket hozunk létre, így megváltoztatjuk a transzkripciós átfedéseket, átírásokat. HRS-sel meghatározzuk ezek transzkripciós profilját.
A mikro (mi) és cirkuláris (circ)RNS-eknek fontos szerepe van a génszabályozásban, ám magasabbrendűekhez képest a vírusokat kevésbé vizsgálták. A nevezett vírusokban in silico és kísérletes úton feltérképezzük ezen RNS-eket.
A vírusok Vero sejtek génexpressziójára gyakorolt hatását is analizáljuk.
A metiláció a transzkripció-szabályozás egyik fő résztvevője, a vírusok esetén egy alig vizsgált terület. Célunk a DNS vírusok genomjának metilációs analízise PacBio, ONT és Illumina (biszulfit konverzió) módszerekkel, az RNS vírusok genom analízise ONT-vel, s egy metiláció analízisre alkalmas algoritmus fejlesztése.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.
1. Az általunk három herpesz-, egy circo-, egy retrovírusnál megfigyelt transzkriptom komplexitás általános-e a DNS vírusoknál? Számos DNS genomú víruscsalád tagjait vizsgáljuk
2. Megfigyelhető-e hasonló változatosság a transzkript izoformák tekintetében az RNS vírusoknál is? Különféle RNS vírusok vizsgálatát tervezzük
3. Mutáns vírust előállítva, így beavatkozva a genetikai szabályozásba, milyen globális változások figyelhetők meg a vírus transzkriptomban? Hogyan változnak a transzkripciós átfedések, túlírások, maga a komplexitás, ill. a transzkriptek mennyiségi viszonyai a vad törzshöz képest?
4. A hosszú-nem kódoló RNS-ek mellett a miRNs-ek és circRNS-ek szabályozásban betöltött szerepét fogjuk analizálni
5. Az epigenetika szerepe a vírus génregulációban: DNS és RNS metiláció analízist végzünk
6. Az egyes transzkript variánsok hogyan változnak a vírusfertőzés során? Dinamikus transzkriptom analízist végzünk
7. A vírusfertőzés milyen hatással van a gazdasejt transzkriptomra? Vero sejtvonalon tervezünk ilyen kísérletet
Technikai kérdések:
8. A Hosszú-read szekvenálás (HRS) valóban alkalmas-e a transzkriptek 5’ végének megállapítására? Kontroll: PolII-ChIP-seq
9. A HRS eredményezte potenciális fehérje kódoló gének, valóban kódolnak-e fehérjét? Riboszóma profilalkotással ezt vizsgáljuk
10. A PacBio és az ONT módszerei valóban alkalmasak DNS metiláció detektálásra? Kontroll: Illumina-biszulfit konverzió. E módszerek összehasonlítása, kiértékelése potenciálisan új bioinformatikai pipeline-ok/algoritmusok kidolgozásához vezethet

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!
A projekt eredményeként nagymértékben nőhet ismeretünk a génexpresszió szabályozásáról, mely a molekuláris biológia egy vezető témája az utóbbi években
- Humán- és nem humán patogén (több modell-) vírusok globális génexpressziós profilját határozzuk meg, képet kapunk arról, hogy az adott vírus a fertőzés különböző fázisaiban hogyan működik, milyen RNS-eket, fehérjéket produkál
- További kísérletes bizonyítékot szerezhetünk arról, hogy a transzkripciós komplexitás általános jelenség a vírusoknál
- Várhatóan megsokszorozzuk a vírusok transzkriptjeinek (potenciális fehérje kódoló; hosszú nem kódoló: lnc), transzkript izoformáinak számát
- Új mi- és circRNS-eket írunk le
- A vírusok genom és transzkriptom metilációs státuszáról szerzünk információt. A transzkript izoformák, átírások, lnc-, mi-, circRNSek, a genom metiláció a génexpresszió szabályozásának fontos elemei
- A hosszú-read szekvenálást (HRS) csoportunkon kívül világviszonylatban is kevesen használják még transzkriptom és metiláció analízisre (új módszerek), a kapott eredmények széleskörűen hasznosíthatóak lesznek. Pl. a HRS eredményezte potenciális transzkripciós start helyeket összevetjük a PolII-ChIP-seq adatainkkal, a potenciális fehérje kódoló ORF-eket a Ribo-seq eredményekkel: így a HRS módszert validáljuk e problémákra
- Egy algoritmust fejlesztünk a modifikációk detektálására a három módszer összehasonlítása révén, mely széleskörű érdeklődésre tarthat számot
- A vírusok többségét Vero sejtvonalon (Cerkófmajom vese epitél sejtek) szaporítjuk. Megvizsgáljuk, hogy az egyes vírusok milyen hatással vannak a gazdasejt génjeinek működésére. Megvizsgáljuk a Vero sejtvonal transzkriptomot fertőzetlen állapotban is, így a vírusok patogenitásáról is informálódunk
Habár a projekt alapkutatási jellegű, eredményei használhatóak lesznek potenciális antivirális terápiák fejlesztéséhez, potenciális klinikai relevanciával bírnak.
HRS alkalmazásában csoportunk úttörő hazánkban. Elsőként alkalmaztuk a PacBio RSII-t genom, transzkriptom, a Sequel-t és az ONT-t transzkriptom analízisre. Nemzetközi szinten elsők vagyunk víruspk transzkriptomának HRS-sel való feltérképezésében, a direkt RNS/cDNS módszerek összehasonlításában

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.
Célunk különféle humán és nem humán patogén vírusok analízise a fertőzés során. Meghatározzuk, hogy milyen RNS-ek és fehérjék termelődnek a fertőzés egyes fázisaiban a különféle vírusokban. Fehérje kódoló, illetve különféle, a gének működését szabályozó RNS-eket írunk le. Az ún. hosszú-read szekvenálás módszerét használjuk elsősorban, mely minden korábban alkalmazott módszertől elérően képes arra, hogy az egyes RNS-ek különböző izoformáit (pl hosszvariánsok) detektálja. Eddigi eredményeink szerint a módszer megsokszorozza a már ismert RNS-ek számát, alkalmas hosszú, nem kódoló RNS-ek felfedezésére is, melyeknek fontos szabályozó szerepe lehet a vírusfertőzésben. Teszteljük a korábbi kísérleteink eredményeit, hogy azok általánosíthatóak-e, érvényes-e a komplex transzkripciós aktivitás, a transzkripció szintű szabályozás más vírusokra is. Megvizsgáljuk a vírusfertőzés a gazdasejtek génjeinek működésére gyakorolt hatását.
További szabályozó RNS-ek kimutatását (mikro (mi) és cirkuláris (cirk)RNSek) tervezzük. Számos vírusnál kimutatták, hogy e miRNS-ek kulcsszereppel bírnak a vírus-gazdasejt kölcsönhatásokban, míg a circRNS-ek esetén a miRNS-re gyakorolt hatásuk ismert. A génszabályozásban szintén alapvető DNS és RNS metilációs analízist is elvégezzük különböző módszerekkel, az analízist egy általunk fejleszteni kívánt algoritmussal - is - tervezzük kivitelezni.
Eredményeink természete alapkutatás jellegű, azonban úgy véljük, hogy potenciálisan klinikumban is alkalmazhatóak lesznek az eredmények: pl a virális miRNS-ek megértése új terápiás stratégiákhoz vezethet, eredményeink a génszabályozás terén használhatóak lesznek potenciális antivirális terápiák fejlesztéséhez is.
Summary
Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.
Our aim is to characterize the global transcriptome and epigenome profile of 11 viruses (Human herpesvirus 6, Autographa c. nucleopolyhedrovirus, Vaccinia, Vesicular stomatitis, Mumps, Measles, Rubella, Providence, Zika, Crimian-Congo haemorrhagic fever, Coxackie); to obtain comprehensive knowledge on the various levels of gene expression
We will identify and characterize transcript isoforms, long non-coding (lnc)RNAs, transcriptional overlaps, and their kinetic properties using long-read sequencing (3GS; PacBio, Oxford Nanopore: ONT). We will examine whether the large extent of transcriptional complexity observed in herpesviruses are also present in other viruses
PolII-ChIP-Seq method will be used for the analysis of transcription 'real-time', while for the analysis of the active, protein-coding genes, the Ribo-Seq method will be carried out
We will generate recombinant Vaccinia, AcMNPV viruses using homologous recombination and CRISPR/Cas9 methods. Genetic modifications will be used for altering the extent of the transcriptional overlaps, etc. They will be analyzed by 3GS
Micro and circular RNAs have been found to regulate gene expression. They will be analyzed both in silico and experimentally in the above mentioned viruses
We will examine the effect of viral infection on the gene expression of Vero cell line
One of the important forms of the transcription-regulation is the DNA/RNA methylation. Our aim is to characterize the global methylation pattern of viruses (DNA: PacBio, ONT, Illumina-bisulfite-seq; RNA: ONT). We will develop a new algorithm for the base modification detection

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.
We have published that herpes-, circo-, and retroviruses have very complex transcriptomes. We will analyze other viruses to examine, whether the transcriptome complexity is general among the DNA viruses
Is this diversity also present in RNA viruses? Do they produce various transcript isoforms? We will examine RNA viruses to answer the question
We will generate mutant viruses, and thus alter genetic regulation. What global change can be observed in the viral transcriptomes? How transcriptional overlaps, read-throughs, complexity are changing? We will compare the gene expression levels with the wild-type viruses
We will analyze the role of micro(mi) and circular (circ)RNAs on gene regulation
Is there any role of epigenetics in the regulation of viral gene expression? DNA and RNA methylation analysis will be carried out
Are the various transcript isoforms differentially expressed during the viral infection? The dynamic transcriptome profiles will be analyzed to answer this question
What is the effect of the viral infection on the transcriptome of the host cells? We will test it on Vero cell line
Is the 3GS a suitable tool for the analysis of 5’-end of transcripts? Control: PolII-ChIP-seq
We will obtain putative protein-coding transcripts by 3GS. We will examine it by Ribo-seq whether they really codes for proteins
Are the PacBio and ONT methods suitable for the detection of DNA methylation? Control: Illumina-bisulfite conversion. We will compare these methods. We can potentially develop an algorithm for the analysis of base modifications

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.
The results obtained from the project will definitely lead to the rapid growth of our understanding on genetic regulation, which is one of the leading topic in molecular biology in recent years
- We will determine the gene expression profile of human and non-human pathogenic viruses. We will get data on different transcripts, transcript isoforms, and proteins during the viral infection
- We aim to obtain experimental data for the demonstration of the existence of transcriptional complexity in diverse virus families
- The 3GS methods will multiply the number of viral transcripts
- We will detect novel mi-, and circRNAs
- We will obtain info about the methylation state of viral genomes and transcriptomes. The transcript isoforms, read-throughs, lnc-, mi-, circRNAs and the methylation are important players of gene regulation
- Using 3GS for the analysis of transcriptome and methylation is not common because they are new methods, our group is one of the pioneers. We will compare the potential transcriptional start sites (resulted by the 3GS) with the results of the PolII-ChIP-seq data; and the potentially protein coding ORFs with the Ribo-Seq data. We will validate the 3GS by these approaches.
- We will develop an algorithm for the detection of base modifications by comparing the three methods. This algorithm will potentially be widely used
- Most of the viruses will be propagated on Vero cells (African green monkey kidney epithelial cells). We will analyze the effect of viral infection on the host cell transcriptome. For this, we will sequence the transcriptome of the mock-infected cell-line, so we will obtain data on the effect of viruses on the gene expression of the host cell.
Although, the project plan is basic scientific research, results can be useful for developing potential antiviral therapies and can serve as potential clinical relevance
Our group is pioneer in Hungary in the use of 3GS. The PacBio RSII platform was first used by our group in Hungary for genome and transcriptome sequencing and the Sequel and ONT platforms for transcriptome analysis. We are the 1st in viral transcriptome analysis by 3GS and on the comparison of direct RNA and cDNA sequencing

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.
Our aim is to analyze the gene expression of different human and non-human pathogenic viruses during lytic infection. We will characterize the different RNAs and proteins which are expressed during different time points after infection. We will use the so-called long-read sequencing method, which is able to identify the different length and splice variants of RNAs. According to our previous results, this method is able to multiply the number of known RNAs of an organism. It is capable to detect for example long non-coding RNAs, splice isoforms, transcriptional overlaps, which might have important regulatory role in viral infection
We will test the results of our previous experiments which showed the viral transcriptome is much more complex than it was earlier believed
We will examine the effect of viral infection on gene expression of the host cells
Our aim is to analyze the presence and role of other regulatory RNAs (mi-, circRNAs). It has been shown that miRNAs have key roles in virus-host interactions in several viruses. It has also been demonstrated that circRNAs play a role in the regulation of miRNAs
We will analyze the DNA and RNA methylation patterns of viral genomes by using various methods. It is well known that methylation has an important role on the regulation of gene expression in higher organisms. We will develop an algorithm for the methylation analysis.
Although, the project plan is basic scientific research, results can serve as potential clinical relevance: eg. understanding of viral miRNAs can led to new therapeutic strategies, our data will be useful in the field of gene regulation as well in developing potential antiviral therapies




 

Final report

  
Results in Hungarian
A projekt során számos víruscsalád tagjai dinamikus transzkriptomának feltérképezését végeztük a legmodernebb technológiákkal és elemeztük a vírusok gazdasejtre gyakorolt hatását. Technikai fejlesztéseket is eszközöltünk és az időközben megjelenő technikákat elsőként/elsők között integráltuk virológiai alkalmazásokra. Hagyományos, rövid-read szekvenálás mellett, különféle hosszú-read szekvenálási (LRS) metodikákat alkalmaztunk (PacBio, Oxford Nanopore Technologies, LoopSeq szintetikus LRS módszert). E platformokon számos könyvtárkészítési technikát (pl. direkt RNS szekvenálás) és kiegészítő technikákat (pl. CAGE, Cap analízis, qPCR) alkalmaztunk. Ezen integrált technológiai megközelítés lehetővé tette az egyes vírusok közel teljes transzkriptomának feltárását. Elsősorban az LRS technikának köszönhetően igen nagyszámú RNS izoformát azonosítottunk, ideértve a hossz- és splice variánsokat. Óriási mértékű transzkripciós átfedési hálózatokat fedeztünk fel, ami arra utal, hogy a transzkripciós apparátusok az átírás során kölcsönhatásba lépnek egymással. Továbbá, új, potenciálisan fehérje kódoló, illetve nem kódoló RNS-eket fedeztünk fel. Ezek közül kiemelem a replikációs origók (Ori) körüli nem kódoló RNS-eket, illetve a hosszú mRNS izoformákat, amelyek vagy átfedik az Ori-t, vagy pedig a transzkripciójuk abból indul, ami a replikációs és transzkripciós apparátus kölcsönhatására utal. Összefoglalva: minden vizsgált víruscsaládnál nagyfokú transzkripciós komplexitást írtunk le.
Results in English
In this project, we have analyzed the dynamic transcriptomes of the members of several viral families using cutting edge technologies. We have also examined the effect of viral infection on host cells. Additionally, we have carried out several technical developments and we were the first to integrate techniques to viral transcriptomics, commercialized during the project. Besides the traditional short-read sequencing, we applied various long-read sequencing (LRS) approaches (PacBio, Oxford Nanopore Technologies, LoopSeq synthetic LRS approach). Several library preparation (e.g. direct RNA-seq) and auxiliary (CAGE, Cap analysis, qPCR) techniques have also been applied. This integrated technological approach made it possible to reveal transcriptome architecture of each virus. Due primarily to the LRS technique, we identified a large number of novel RNA isoforms, including lenght- and splice variants. We have discovered an enormously complex network of transcriptional overlaps, which implies an interaction between the transcriptional apparatuses. Furthermore, we have discovered novel, potential protein coding, and non-coding RNAs, of which one of the most interesting transcripts overlap or initiated within the replication origins (Oris). These overlaps potentially indicate an interference between the replication and transcription machineries. In sum, a high degree of transcriptional complexity was described for all examined viral families.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=128252
Decision
Yes





 

List of publications

  
Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Balázs Zsolt, Gulyás Gábor, Csabai Zsolt, Boldogkői Miklós, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Multiple Long-Read Sequencing Survey of Herpes Simplex Virus Dynamic Transcriptome, Frontiers in Genetics, 2019
Tombácz Dóra, Prazsák István, Szűcs Attila, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Dynamic transcriptome profiling dataset of vaccinia virus obtained from long-read sequencing techniques, GigaScience, 2018
Boldogkői Zsolt, Moldován Norbert, Szűcs Attila, Tombácz Dóra: Transcriptome-wide analysis of a baculovirus using nanopore sequencing., Scientific Data, 2018
Boldogkői Zsolt, Balázs Zsolt, Moldován Norbert, Prazsák István, Tombácz Dóra: Novel classes of replication-associated transcripts discovered in viruses, RNA Biology, 2019
Boldogkői Zsolt, Moldován Norbert, Balázs Zsolt, Michael Snyder, Tombácz Dóra: Long-Read Sequencing - A Powerful Tool in Viral Transcriptome Research., Trends in Microbiology, 2019
Balázs Zsolt, Tombácz Dóra, Csabai Zsolt, Moldován Norbert, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Template-switching artifacts resemble alternative polyadenylation, BMC Genomics, 2019
Tombácz Dóra, Torma Gábor, Gulyás Gábor, Moldován Norbert, Snyder Michael, Boldogkői Zsolt: Meta-analytic approach for transcriptome profiling of herpes simplex virus type 1, Scientific Data, 2020
Olasz Ferenc, Tombácz Dóra, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Moldován Norbert, Dörmő Ákos, Prazsák István, Mészáros István, Magyar Tibor, Tamás Vivien, Zádori Zoltán, Boldogkői Zsolt: Short and Long-Read Sequencing Survey of the Dynamic Transcriptomes of African Swine Fever Virus and the Host Cells, Frontiers in Genetics, 2020
Tombácz Dóra, Prazsák István, Csabai Zsolt, Moldován Norbert, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Long-read assays shed new light on the transcriptome complexity of a viral pathogen, Scientific Reports, 2020
Tombácz Dóra, Torma Gábor, Gulyás Gábor, Moldován Norbert, Snyder Michael, Boldogkői Zsolt: Meta-analytic approach for transcriptome profiling of herpes simplex virus type 1, Scientific Data, 2020
Olasz Ferenc, Tombácz Dóra, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Moldován Norbert, Dörmő Ákos, Prazsák István, Mészáros István, Magyar Tibor, Tamás Vivien, Zádori Zoltán, Boldogkői Zsolt: Short and Long-Read Sequencing Survey of the Dynamic Transcriptomes of African Swine Fever Virus and the Host Cells, Frontiers in Genetics, 2020
Tombácz Dóra, Prazsák István, Csabai Zsolt, Moldován Norbert, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Long-read assays shed new light on the transcriptome complexity of a viral pathogen, Scientific Reports, 2020
Moldován Norbert, Torma Gábor, Gulyás Gábor, Hornyák Ákos, Zádori Zoltán, Victoria A Jefferson, Csabai Zsolt, Boldogkői Miklós,Tombácz Dóra, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: Time-course profiling of bovine alphaherpesvirus 1.1 transcriptome using multiplatform sequencing, Scientific Reports, 2020
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Csabai Zsolt, Göbhardter Dániel, Deim Zoltán, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: An Integrated Sequencing Approach for Updating the Pseudorabies Virus Transcriptome, Pathogens, 2021
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Csabai Zsolt,Moldován Norbert, Mészáros István, Zádori Zoltán, Boldogkői Zsolt: Combined Short and Long-Read Sequencing Reveals a Complex Transcriptomic Architecture of African Swine Fever Virus, Viruses, 2021
Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Torma Gábor, Nagy Tibor, Hornyák Ákos, Csabai Zsolt, Gulyás Gábor, Boldogkői Miklós, Victoria A Jefferson, Zádori Zoltán, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: Dynamic Transcriptome Sequencing of Bovine Alphaherpesvirus Type 1 and Host Cells Carried Out by a Multi-Technique Approach, Frontiers in Genetics, 2021
Maróti Zoltán, Tombácz Dóra, Prazsák István, Moldován Norbert, Csabai Zsolt, Torma Gábor, Balázs Zsolt, Kalmár Tibor, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Time-course transcriptome analysis of host cell response to poxvirus infection using a dual long-read sequencing approach, BMC Research Notes, 2021
Maróti Zoltán, Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Torma Gábor, Victoria A. Jefferson, Csabai Zsolt, Gulyás Gábor, Dörmő Ákos, Boldogkői Miklós, Kalmár Tibor, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: Time course profiling of host cell response to herpesvirus infection using nanopore and synthetic long-read transcriptome sequencing, Scientific Reports, 2021
Kakuk Balázs, Tombácz Dóra, Balázs Zsolt, Moldován Norbert, Csabai Zsolt, Torma Gábor, Megyeri Klára, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Combined nanopore and single-molecule real-time sequencing survey of human betaherpesvirus 5 transcriptome, Scientific Reports, 2021
Tombácz Dóra, Prazsák István, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Balázs Zsolt, Moldován Norbert, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Time-Course Transcriptome Profiling of a Poxvirus Using Long-Read Full-Length Assay, Pathogens, 2021
Kakuk Balázs, Kiss András Attila, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Prazsák István, Mizik Máté, Megyeri Klára, Tombácz Dóra, Boldogkői Zsolt: Nanopore Assay Reveals Cell-Type-Dependent Gene Expression of Vesicular Stomatitis Indiana Virus and Differential Host Cell Response, Pathogens, 2021
Boldogkői Zsolt, Csabai Zsolt, Tombácz Dóra, Janovák László, Balassa Lilla, Deák Ágota, Tóth Péter S, Janáky Csaba, Duda Ernő, Dékány Imre: Visible Light-generated Antiviral Effects on Plasmonic TiO2-based Reactive Nanocomposite Thin Films, Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2021
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Csabai Zsolt, Göbhardter Dániel, Deim Zoltán, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: An Integrated Sequencing Approach for Updating the Pseudorabies Virus Transcriptome, Pathogens, 2021
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Csabai Zsolt,Moldován Norbert, Mészáros István, Zádori Zoltán, Boldogkői Zsolt: Combined Short and Long-Read Sequencing Reveals a Complex Transcriptomic Architecture of African Swine Fever Virus, Viruses, 2021
Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Torma Gábor, Nagy Tibor, Hornyák Ákos, Csabai Zsolt, Gulyás Gábor, Boldogkői Miklós, Victoria A Jefferson, Zádori Zoltán, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: Dynamic Transcriptome Sequencing of Bovine Alphaherpesvirus Type 1 and Host Cells Carried Out by a Multi-Technique Approach, Frontiers in Genetics, 2021
Maróti Zoltán, Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Torma Gábor, Victoria A. Jefferson, Csabai Zsolt, Gulyás Gábor, Dörmő Ákos, Boldogkői Miklós, Kalmár Tibor, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: Time course profiling of host cell response to herpesvirus infection using nanopore and synthetic long-read transcriptome sequencing, Scientific Reports, 2021
Kakuk Balázs, Tombácz Dóra, Balázs Zsolt, Moldován Norbert, Csabai Zsolt, Torma Gábor, Megyeri Klára, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Combined nanopore and single-molecule real-time sequencing survey of human betaherpesvirus 5 transcriptome, Scientific Reports, 2021
Tombácz Dóra, Prazsák István, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Balázs Zsolt, Moldován Norbert, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Time-Course Transcriptome Profiling of a Poxvirus Using Long-Read Full-Length Assay, Pathogens, 2021
Kakuk Balázs, Kiss András Attila, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Prazsák István, Mizik Máté, Megyeri Klára, Tombácz Dóra, Boldogkői Zsolt: Nanopore Assay Reveals Cell-Type-Dependent Gene Expression of Vesicular Stomatitis Indiana Virus and Differential Host Cell Response, Pathogens, 2021
Boldogkői Zsolt, Csabai Zsolt, Tombácz Dóra, Janovák László, Balassa Lilla, Deák Ágota, Tóth Péter S, Janáky Csaba, Duda Ernő, Dékány Imre: Visible Light-generated Antiviral Effects on Plasmonic TiO2-based Reactive Nanocomposite Thin Films, Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2021
Fülöp Ádám, Torma Gábor, Moldován Norbert, Szenthe Kálmán, Bánáti Ferenc, Almsarrhad Islam AA, Csabai Zsolt, Tombácz Dóra, Minárovits János, Boldogkői Zsolt: Integrative profiling of Epstein-Barr virus transcriptome using a multiplatform approach, Virology Journal, 2022
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Fülöp Ádám, Prazsák István, Csabai Zsolt, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Dual isoform sequencing reveals complex transcriptomic and epitranscriptomic landscapes of a prototype baculovirus, Scientific Reports, 2022
Koopmans F, Prjibelski AD, Mikheenko A, Belchikov N, Jarroux J, Lucas AB, Palkovits Miklós, Luo W, Milner TA, Ndhlovu LC, Smit AB, Trojanowski JQ, Lee VMY, Fedrigo O, Sloan SA, Tombácz Dóra, Ross ME, Jarvis E, Boldogkői Zsolt, Gan L, Tilgner HU.: Single-nuclei isoform RNA sequencing unlocks barcoded exon connectivity in frozen brain tissue, Nature Biotechnology, 2022
Tombácz Dóra, Kakuk Balázs, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Gulyás Gábor, Tamás Vivien, Zádori Zoltán, Victoria A. Jefferson, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: In-Depth Temporal Transcriptome Profiling of an Alphaherpesvirus Using Nanopore Sequencing, Viruses, 2022
Prazsák István, Csabai Zsolt, Torma Gábor, Papp Henrietta, Földes Fanni, Kemenesi Gábor, Jakab Ferenc, Gulyás Gábor, Fülöp Ádám, Megyeri Klára, Dénes Béla, Boldogkői Zsolt, Tombácz Dóra: Transcriptome dataset of six human pathogen RNA viruses generated by nanopore sequencing, Data in Brief, 2022
Hardwick SA, Hu W, Joglekar A, Fan L, Collier PG, Foord C, Balacco J, Lanjewar S, Sampson MM, Koopmans F, Prjibelski AD, Mikheenko A, Belchikov N, Jarroux J, Lucas AB, Palkovits Miklós, Luo W, Milner TA, Ndhlovu LC, Smit AB, Trojanowski JQ, Lee VMY, Fedrigo O, Sloan SA, Tombácz Dóra, Ross ME, Jarvis E, Boldogkői Zsolt, Gan L, Tilgner HU.: Single-nuclei isoform RNA sequencing unlocks barcoded exon connectivity in frozen brain tissue, Nature Biotechnology, 2022
Tombácz D, Dörmő Á, Gulyás G, Csabai Z, Prazsák I, Kakuk B, Harangozó Á, Jankovics I, Dénes B, Boldogkői Z.: High temporal resolution Nanopore sequencing dataset of SARS-CoV-2 and host cell RNAs, GigaScience, 2022
Tombácz Dóra, Torma Gábor, Gulyás Gábor, Fülöp Ádám, Dörmő Ákos, Prazsák István, Csabai Zsolt, Mizik Máté, Hornyák Ákos, Zádori Zoltán, Kakuk Balázs, Boldogkői Zsolt: Hybrid Sequencing Reveals Novel Features in the Transcriptomic Organization of Equid Alphaherpesvirus, Heliyon (Preprint), 2022
Kakuk Balázs, Dörmő Ákos, Csbai Zsolt, Kemenesi Gábor, Jiří Holoubek, Daniel Růžek, Prazsák István, Dani Virág Éva, Dénes Béla, Torma Gábor, Jakab Ferenc, Tóth Gábor Endre, Földes Fanni, Zana Brigitta, Lanszki Zsófia, Harangozó Ákos, Fülöp Ádám, Harangozó Ákos, Mizik Máté, Kiss András Attila, Tombácz Dóra, Boldogkői Zsolt: In-depth Temporal Transcriptome Profiling of Monkeypox and Host Cells using Nanopore Sequencing, bioRxiv, 2022
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Islam AA Almsarrhad, Csabai Zsolt, Nagy Gergely Ármin, Kakuk Balázs, Gulyás Gábor, Lauren McKenzie Spires, Ishaan Gupta, Fülöp Ádám, Dörmő Ákos, Prazsák István, Mizik Máté, Dani Virág Éva, Csányi Viktor, Zádori Zoltán, Toth Zsolt, Boldogkői Zsolt: Novel Herpesvirus Transcripts with Putative Regulatory Roles in DNA Replication and Global Transcription, bioRxiv, 2023




 

Events of the project

  
2020-07-20 18:04:54
Résztvevők változása



Back »