Renewing the virus taxonomy in the age of metagenomics

Help

Back »

Details of project

Identifier

140356

Type

Principal investigator

Harrach, Balázs

Title in Hungarian

A vírusrendszertan megújítása a metagenomika korában

Title in English

Renewing the virus taxonomy in the age of metagenomics

Keywords in Hungarian

virusrendszertan, metagenomika, új generációs szekvenálás, új vírusok felfedezése, genomszerveződés felderítése, adatbányászás, bioinformatika, filogenetika, összehasonlító virológia

Keywords in English

virus taxonomy, metagenomics, new generation sequencing, novel virus discovery, genome annotating, data mining, bioinformatics, phylogenetics, comparative virology

Discipline

Microbiology: virology, bacteriology, parasitology, mycology (Council of Medical and Biological Sciences)	40 %
Ortelius classification: Virology
Bioinformatics (Council of Medical and Biological Sciences)	32 %
Epidemiology, veterinary microbiology (Council of Complex Environmental Sciences)	28 %

Panel

Plant and animal breeding

Department or equivalent

Veterinary Medical Research Institute

Participants

Benkő, Mária
Doszpoly, Andor
Kaján, Győző
Papp, Tibor
Tarján, Zoltán László
Vidovszky, Márton

Starting date

2021-04-01

Closing date

2023-12-31

Funding (in million HUF)

17.123

FTE (full time equivalent)

3.91

state

closed project

Summary in Hungarian

A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.
A metagenomika térhódítása nyomán az új vírus szekvenciák rohamosan növekvő mennyiségének feldolgozásával a hivatalos rendszertan alig tud lépést tartani. A Nemzetközi Vírusrendszertani Bizottság (ICTV) klasszikus eljárása, hogy minden vírusfajról évente egyesével döntenek, mára nem elég hatékony. A megújítás elkezdődött, de szükség lesz új, félig automatizált módszerek bevezetésére legalább az új vírusfajok kijelöléséhez. A vírusok elkülönítésére használt kritériumokat is újra kell fogalmazni lehetőleg úgy, hogy a különféle víruscsaládokban egységesen alkalmazhatók legyenek. Mára elegendő számú vírust ismerünk a különböző gazdaszervezetekből ahhoz, hogy megérthessük a vírusok evolúcióját és távolabbi kapcsolatait. Hamarosan lehetőség nyílik a jelenlegi legmagasabb szintnél, a rendnél magasabb taxonok létrehozására is. Az ICTV Állati DNS-Vírusok és Retrovírusok Albizottságának elnökeként elsősorban az ide tartozó víruscsaládok rendszertanának megújítása a feladatom, de egyre nyilvánvalóbb az igény a vírusrendszertan mindenre kiterjedő egységesítése iránt is. A jelen pályázat nyújtotta támogatás segítségével tervezzük új vírusok („hiányzó láncszemek”) felfedezését és azonosítását, új összehasonlító módszerek bevezetését, valamint a jelenleg alkalmazott számos elkülönítő és rendszertani besoroló eljárásnak legalább részleges egységesítését. E módszereket lehetőség szerint automatizálni kell – mindezt folyamatosan támaszkodva a többi vírusokkal foglalkozó szakemberek tapasztalataira is. Végül, de nem utolsó sorban célunk mindenki számára biztosítani a szabad hozzáférést a teljes vírusrendszertanhoz. Az én felelősségem ezt felügyelni az állati DNS-vírusokra vonatkozóan.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.
A metagenomika rengeteg ismeretlen vírusszerű szekvenciát eredményez, gyakran valószínűsíthető teljes genomokat. Hogyan bizonyítható, hogy ezek szaporodóképes vírusokból származnak, és a feltételezett teljes genom összeállított szekvenciája egyetlen vírusból származik? Az ICTV döntött, hogy vírusként besorolhatók ezek a szekvenciák, de csak e kérdések egyértelmű megválaszolása után. Feltételezzük, hogy a bioinformatika segítségével a fenti kérdések eldönthetők. Pontos elhatároló kritériumokat lehet meghatározni a különböző víruscsaládokban, melyek segítik a nukleotid-szekvenciák jellemzését. A figyelembe vehető kritériumok között lehet a teljes hossz, a G+C arány, a feltételezett géntartalom és -szerveződés. Lehetséges, hogy a besorolatlan vírusok ijesztően nagy száma ellenére sokkal kevesebb a valódi vírusfajok száma. Automatizált vizsgálattal könnyen megkülönböztethetnénk a valódi vírusfaj-jelölteket a nem kellően különbözőktől. További kérdés, hogy célzott szűrővizsgálatokkal felismerhetünk-e „hiányzó láncszemnek” tekinthető vírusokat. Korábbi tapasztalataink szerint egzotikus állatokban és alacsonyabb gerincesekben lehet ilyeneket találni, mert ezeket a gazdákat még nem tanulmányozták kellő alapossággal. Konszenzusos PCR primerekkel akár új nemzetségbe tartozó vírusok is felfedezhetők. Szeretnénk megbizonyosodni, arról, hogy egyes fontos kórokozóknak, például az afrikai sertéspestis vírusának, valóban nem léteznek közeli rokonai. Nemrég amőbában találtak némileg hasonló vírusokat. Ezek külön családokba vagy esetleg az Asfarviridae családba sorolandók-e? Kérdés, hogy az adatbányászat valóban alkalmas-e új vírusok felismerésére, amint azt mostanában megfigyeltük.

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!
Számos új DNS-vírus felfedezésére számítunk, ami várhatóan új vírusnemzetségek, esetleg még családok létrehozását is eredményezheti. A bioinformatika felgyorsíthatja a hivatalos vírusrendszertan megújítását, könnyítve a metagenomika útján vagy ismeretlen gazdákból nyert vírusszekvenciák besorolását. A hivatalos vírus taxonok szintje várhatóan megduplázódik, és ezekből számosat alkalmaznánk az állati DNS-vírusok és retrovírusok rendszertanában is. Új evolúciós kapcsolatok feltárására és elemzésére számítunk például az állati és növényi vagy amőba vírusok között. E négy évben megtörténik a hivatalos vírusrendszertani „jelentés” megújítása és közzététele, benne 20-nál több, interneten elérhető fejezet a felügyeletem alá tartozó állati DNS-vírusokról és retrovírusokról. A fejezetek összefoglalóit (ICTV Rendszertani Profilok) a Journal of General Virology közli. A fejezeteket évente fogjuk frissíteni, amint új vírusokkal gazdagodnak. Megújul az egész vírusrendszertan (nevek, besorolások, elkülönítő kritériumok, alkalmazott számítógépes programok), ezért tervezzük ezt komoly nemzetközi együttműködésben végezni. Ezek által gyakorlati segítséget nyújtunk az egész virológiai közösségnek (összefoglaló tudás, egyértelmű javaslatok a kimutatott vírusok besorolásának önálló elvégzésére, az újonnan felfedezett vírusok hivatalos rendszertani besorolásának gyorsabb elfogadására). A rendszertani információkra komoly igény van, amit az évente megjelelő rendszertani hírek magas idézettsége mutat. A metagenomikából származó feltételezett vírusszekvenciák egyszerűbb besorolhatósága reményeink szerint stimulálni fogja a rendszertani javaslatok benyújtását gyorsítva a rendszertan megújulását. Esetleges riválisaink inkább a vírus felfedezés területén vannak, és nem a kevésbé népszerű taxonómia jellegű munkában. A legtöbb tudós a metagenomikai vizsgálatok végzését részesíti előnyben a rendszertannal szemben. Ezért olyan magas az osztályozatlan vírusok száma, melyeket sosem nyújtottak be az ICTV-hez. A vírus felfedezés területén laboratóriumunk az adenovírusok elismert, vezető szakértője. Ugyanis mi voltunk az elsők, akik megkezdték az alacsonyabb rendű gerincesek és egzotikus állatok célzott szűrését adenovírusok jelenlétére.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.
Manapság az új molekuláris technikák (metagenomika) lehetővé teszik a virális genomszekvenciák kinyerését a gazdaszervezetből vagy a környezetből a vírus szövettenyészeten való izolálása nélkül is. Ez az új megközelítés olyan mennyiségű feltételezett új vírus kimutatását eredményezi, hogy a vírusrendszertan alig képes időben történő osztályozásukkal megbirkózni. Közös erőfeszítéseket tervezünk a vírusok besorolási folyamatának korszerűsítésére és egységesítésére. Bioinformatikai, félig automatizált módszereket fogunk alkalmazni az újonnan talált vírusok azonosításának felgyorsítására, és vagy egy meglévő, vagy egy új vírusfajba történő sorolásáról, amennyiben a megfelelő mértékű különbség indokolja azt. Jelenleg a vírusrendszertanban elfogadott és alkalmazott legmagasabb taxon a rend (order). Az állatok, növények és egyéb sejtes organizmusok rendszertanához hasonlóan több kategória kialakítását és bevezetését tervezzük. Az állatok DNS-vírusaira és retrovírusaira vonatkozóan az első ilyen javaslatok várhatók. Tervezzük a kevésbé vizsgált alacsonyabb rendű gerincesek és egzotikus állatok szűrését is új DNS-vírusokra. Várhatóan találunk "hiányzó láncszemeket" bizonyos ismert vírusvonalak között. A szekvencia adatbázisokon számítógépes szűrést (adatbányászatot) is végzünk majd fel nem ismert vírusok keresésére. A nemzetség szintű elkülönítésre szolgáló kritériumokat tisztáznánk és finomítanánk, hogy pontosabban meghatározhassuk a módszert és eltérési fokot, ami alapot ad a vírusok közös vagy külön nembe sorolására. Most első alkalommal a teljes, korszerű vírusrendszertan mindenki számára ingyen elérhetővé válik, jól szerkesztett, interneten megtalálható fejezetek formájában.

Summary

Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.
The wide use of metagenomics results in a tremendous increase of novel viral sequences so that the official taxonomy is almost unable to cope with it. The International Committee on Taxonomy of Virus (ICTV) is facing the problem that the classical approach of deciding about the individual virus species one-by-one at yearly meetings does not seem to be enough efficient. Some steps have already been taken but probably we have to introduce semiautomatic methods to select at least the candidates for novel species. We have to redefine the demarcation criteria for the different taxon levels, preferably by using more general criteria across the different virus families. It seems that by now adequate number of viruses are known from the different hosts to understand the higher relatedness of viruses, their evolution. The possibility of establishing novel taxon levels even higher than the presently existing highest one, the order, will be soon opening. As chair of the Animal DNA Viruses and Retroviruses Subcommittee of ICTV, my task is mainly the updating of the taxonomy of the particular virus families classified here, yet the need for a universal classification scheme is becoming obvious. In the frames of the present grant, we plan to find and identify novel viruses (missing links), to introduce novel comparative methods, to unify at least partially many different demarcation and classification methods applied presently. These should be automated if possible – all these performed by tapping to the expertise of colleagues dealing with the rest of viruses. Finally, all taxonomy data must be made freely available. My responsibility will be overseeing this for animal DNA viruses.

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.
Metagenomics yields huge amounts of hitherto unknown virus-like sequences, often likely full genomes. How can we prove that these originate from replication-competent viruses, the presumed genome is indeed a complete one and the assembled sequence is from a “single” virus? ICTV decided to classify them only if the former questions can be answered unambiguously. We assume that with the use of bioinformatics such questions can be answered. Exact demarcation criteria could be determined for the different virus families which help the characterisation of nucleotide sequence. Criteria like overall length, G+C content, putative gene content and arrangement, etc. should be considered. It is possible that the shockingly high number of unclassified viruses represents actually a much lower number of viruses that would merit separate virus species. An automated approach could easily identify the species candidates and those that are not adequately different. Another question is if we can find missing links by targeted screening. According to our previous experiences, such viruses might be present in the exotic animals or lower vertebrates that are not too intensively studied. We can discover members of new genera in these hosts by consensus PCRs. We aim to find out if it is possible that certain important pathogens, like the African swine fever virus do not have any close relatives. Intriguingly, slightly similar viruses have just been identified in amoebae recently. Should these viruses be assigned to separate new families or to Asfarviridae? Can data mining find novel viruses not recognized as such before? Our experience shows such examples.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.
Many novel DNA viruses will be identified, which is expected to lead to the establishment of novel virus genera, perhaps even families. Bioinformatics would speed up the renewal of official virus taxonomy, lower the lag of the classification of virus sequences acquired by metagenomics and from unknown hosts. The official virus taxon levels are expected to double and many would be applied for the animal DNA viruses and retroviruses. Evolutionary relations will be discovered and analysed between animal and plant or amoebae viruses. The official virus taxonomy report will be updated and published during these years, including more than 20 chapters available online and corresponding summaries published by the Journal of General Virology (ICTV Taxonomy Profile) on animal DNA viruses and retroviruses under my supervision. These chapters will be updated yearly as novel viruses are classified there. The whole virus taxonomy (naming, classification, demarcation criteria, computer programs applied) will be renewed (that is why we plan to do it with strong international cooperation). These will provide practical help for the entire virology community (summarized knowledge, clear proposed techniques for performing the classification by the virologists themselves, quicker release of the official taxonomy for the newly discovered viruses). Virologists need the taxonomical information very much as exemplified by the high citation of the yearly releases of the novel taxons. By opening the possibilities for easy classification of putative viral sequences derived from metagenomics, the virology community is expected to be more willing to submit taxonomic proposals, speeding further the rate of taxonomical renewal. The rivals on this scientific field are rather in the virus discovery field and not as much in the taxonomy-related work that is generally unpopular. Most scientists would prefer doing the metagenomics. This is why there are so many unclassified viruses never submitted to ICTV. In the field of virus discovery, our laboratory is acknowledged as a leading expert on adenoviruses. Indeed we were the first to start targeted screening for adenoviruses in lower vertebrates and exotic animals.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.
Nowadays, novel molecular techniques (metagenomics) make possible to get viral genome sequences from host organism or the environment even without the need for isolation of the virus on tissue cultures. This new approach started to yield an overwhelming number of presumed novel viruses and the virus taxonomy could not always keep up with their timely classification. We propose collaborative efforts to modernize and unify the virus classification process. Bioinformatics, semiautomatic methods will be applied to speed up the identification of novel candidate viruses and decide about their grouping in an existing virus species, or in a new candidate taxon if adequate divergence warrants it. Presently, the highest taxon level, accepted and applied in virus taxonomy is the order. We plan to establish and introduce more and higher taxon levels, comparable to those used for animals, plants, and other cellular organisms. We would like to make the first such examples for the animal DNA viruses and retroviruses. We also plan screenings to find novel DNA viruses in lower vertebrates and exotic animals that are relatively less studied. We expect to find “missing links” between certain known virus lineages. Data mining, i.e. screening databases for putative viral sequences, will also be performed to find unrecognized viruses. We would further clarify and fine-tune the genus demarcation criteria to determine more precisely what kind of characterisation and what level of difference is required between viruses for their separate classification. For the first time, the complete up-to-date virus taxonomy will be made freely available for everybody in form of well edited online chapters.

Final report

Results in Hungarian

AAz új molekuláris technikák, különösen a metagenomika, rengeteg új vírusszekvenciát tártak fel. A Nemzetközi Vírustaxonómiai Bizottság (ICTV) úgy döntött, hogy ezek alapján hivatalos vírusfajokat lehet létrehozni. Az ICTV Végrehajtó Bizottságának tagjaként (az Állati DNS-vírusok és retrovírusok albizottságának elnökeként) és néhány tanulmányi csoportjának elnökeként/tagjaként célunk volt a vírustaxonómia megújítása, és a víruscsaládokról szóló új összefoglaló munkák megjelentetése. Mi írtuk az Adenoviridae fejezetet, részt vettünk a Herpesviridae előkészítésében, és ezekben az években további 10 fejezetet én szerkesztettem az állati DNS-vírusokról, retrovírusokról és szatellitjeikről. PCR, metagenomika, vírusizolálás, bioinformatika segítségével számos, korábban ismeretlen vírusszekvenciát mutattunk ki és jellemeztünk házi és vadon élő állatokból, hogy feltárjuk a diverzitásukat. Számos taxonómiai javaslatot tettünk, és a 2019-2020-as időszakban az albizottságban az összes többi javaslatot is kezeltem/szerkesztettem. Hatékonyan hozzájárultunk a vírusszisztematika megújításához: a vírustaxonok korábbi 5 szintje helyett ma már 15 szint használható, és a korábban különálló víruscsaládok ma már 6 önállóan kialakult birodalomba tartoznak. Így láthatjuk a vírusok rövid és hosszú távú evolúcióját és rokonságát. Minden faj új, binomiális nevet kapott. Az adenovírusokhoz latinizált neveket, a herpeszvírusokhoz és a cirkovírusokhoz szabad formátumú binomiális neveket javasoltunk.

Results in English

New molecular techniques, especially metagenomics, have revealed a wealth of new viral sequences. The International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) has decided that these can be a basis for the establishment of official virus species. As a member of the Executive Committee of the ICTV (chair of the Subcommittee on Animal DNA Viruses and Retroviruses) and chair/member of some of its study groups, our aim was to renew the virus taxonomy, and publish new summary works (reports) on all virus families here. We wrote the chapter Adenoviridae, participated in preparing Herpesviridae, and I edited 10 more chapters on animal DNA viruses, retroviruses and their satellites during these years. Using PCR, metagenomics, virus isolation, bioinformatics, we detected and characterized many previously unknown viral sequences from domestic and wild animals to reveal their diversity. We made numerous taxonomical proposals, and I handled/edited also all the other proposals in the Subcommittee in 2019-2020. We have effectively contributed to the renewal of virus systematics: instead of the previous 5 levels of virus taxa, 15 levels can now be used, and previously separate virus families now belong to 6 realms arisen independently. Thus, we can see the short- and long-term evolutionary patterns and relationships of viruses. All species has been renamed by binomial names. We proposed Latinised names for adenoviruses, and free form binomials for herpesviruses or circoviruses.

Full text

https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=140356

Decision

Yes

List of publications

Podgorski Iva I., Harrach Balázs, Benkő Mária, Papp Tibor: Characterization of monkey adenoviruses with three fiber genes, INFECTION GENETICS AND EVOLUTION 108: 105403, 2023

Postler Thomas S., Rubino Luisa, Adriaenssens Evelien M., Dutilh Bas E., Harrach Balázs, Junglen Sandra, Kropinski Andrew M., Krupovic Mart, Wada Jiro, Crane Anya, Kuhn Jens H., Mushegian Arcady, Rūmnieks Jānis, Sabanadzovic Sead, Simmonds Peter, Varsani Arvind, Zerbini F. Murilo, Callanan Julie, Draper Lorraine A., Hill Colin, Stockdale Stephen R.: Guidance for creating individual and batch latinized binomial virus species names, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 103: (12) 001800, 2022

Surphlis Austin C., Dill-Okubo Jennifer A., Harrach Balázs, Waltzek Thomas, Subramaniam Kuttichantran: Genomic characterization of psittacine adenovirus 2, a siadenovirus identified in a moribund African grey parrot (Psittacus erithacus), ARCHIVES OF VIROLOGY 167: (3) pp. 911-916., 2022

Vidovszky Márton Z., Böszörményi Kinga P., Surján András, Varga Tamás, Dán Ádám, Benkő Mária, Harrach Balázs: First DNA sequence proof for the occurrence of bovine adenovirus types 10 and 11 in continental Europe, TRANSBOUNDARY AND EMERGING DISEASES 69: (6) pp. e3479-e3486., 2022

Zadravec Marko, Račnik Joško, Slavec Brigita, Ballmann Mónika Z., Kaján Győző L., Doszpoly Andor, Zorman-Rojs Olga, Marhold Cvetka, Harrach Balázs: Novel adenoviruses from captive psittacine birds in Slovenia, COMPARATIVE IMMUNOLOGY MICROBIOLOGY AND INFECTIOUS DISEASES 90-91: 101902, 2022

Kraberger Simona, Oswald Stephen A., Arnold Jennifer M., Schmidlin Kara, Custer Joy M., Levi Grace, Benkő Mária, Harrach Balázs, Varsani Arvind: Novel adenovirus associated with common tern (Sterna hirundo) chicks, ARCHIVES OF VIROLOGY 167: pp. 659-663., 2022

Kaján Győző L., Schachner Anna, Gellért Ákos, Hess Michael: Species Fowl aviadenovirus B consists of a single serotype despite genetic distance of FAdV-5 isolates, VIRUSES 14: (2) 248, 2022

Benkő Mária, Aoki Koki, Arnberg Niklas, Davison Andrew J., Echavarría Marcela, Hess Michael, Jones Morris S., Kaján Győző L., Kajon Adriana E., Mittal Suresh K., Podgorski Iva I., San Martín Carmen, Wadell Göran, Watanabe Hidemi, Harrach Balázs: ICTV Virus Taxonomy Profile: Adenoviridae 2022, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 103: (3) 001721, 2022

Dastjerdi Akbar, Jeckel Sonja, Davies Hannah, Irving Jennifer, Longue Camille, Plummer Charlotte, Vidovszky Márton Z., Harrach Balázs, Chantrey Julian, Martineau Henny, Williams Jonathan: Novel adenovirus associated with necrotizing bronchiolitis in a captive reindeer (Rangifer tarandus), TRANSBOUNDARY AND EMERGING DISEASES 69: (5) pp. 3097-3102., 2022

Gellért Ákos, Benkő Mária, Harrach Balázs, Peters Martin, Kaján Győző L.: The genome and phylogenetic analyses of tit siadenoviruses reveal both a novel avian host and viral species, INFECTION GENETICS AND EVOLUTION 103: 105326, 2022

Walker Peter J., Siddell Stuart G., Lefkowitz Elliot J., Mushegian Arcady R., Adriaenssens Evelien M., Alfenas-Zerbini Poliane, Davison Andrew J., Dempsey Donald M., Dutilh Bas E., García María Laura, Harrach Balázs, Harrison Robert L., Hendrickson R. Curtis, Junglen Sandra, Knowles Nick J., Krupovic Mart, Kuhn Jens H., Lambert Amy J., Łobocka Małgorzata, Nibert Max L., Oksanen Hanna M., Orton Richard J., Robertson David L., Rubino Luisa, Sabanadzovic Sead, Simmonds Peter, Smith Donald B., Suzuki Nobuhiro, Van Dooerslaer Koenraad, Vandamme Anne-Mieke, Varsani Arvind, Zerbini Francisco Murilo: Changes to virus taxonomy and to the International Code of Virus Classification and Nomenclature ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2021), ARCHIVES OF VIROLOGY 166: (9) pp. 2633-2648., 2021

Kraberger Simona, Opriessnig Tanja, Celer Vladimir, Maggi Fabrizio, Okamoto Hiroaki, Blomström Anne-Lie, Cadar Dániel, Harrach Balázs, Biagini Philippe, Varsani Arvind: Taxonomic updates for the genus Gyrovirus (family Anelloviridae): recognition of several new members and establishment of species demarcation criteria, ARCHIVES OF VIROLOGY 166: (10) pp. 2937-2942., 2021

Varsani Arvind, Opriessnig Tanja, Celer Vladimir, Maggi Fabrizio, Okamoto Hiroaki, Blomström Anne-Lie, Cadar Dániel, Harrach Balázs, Biagini Philippe, Kraberger Simona: Taxonomic update for mammalian anelloviruses (family Anelloviridae), ARCHIVES OF VIROLOGY 166: (10) pp. 2943-2953., 2021

Vidovszky Márton Z., Kapitány Szilvia, Gellért Ákos, Harrach Balázs, Görföl Tamás, Boldogh Sándor A., Kohl Claudia, Wibbelt Gudrun, Mühldorfer Kristin, Kemenesi Gábor, Gembu Guy-Crispin, Hassanin Alexandre, Tu Vuong Tan, Estók Péter, Horváth Anna, Kaján Győző L.: Detection and genetic characterization of circoviruses in more than 80 bat species from eight countries on four continents, VETERINARY RESEARCH COMMUNICATIONS 47: pp. 1561-1573., 2023

Benkő Mária, Harrach Balázs, Kaján Győző L.: Phylogenetic analysis of all available monkeypox virus strains shows the close relatedness of contemporary ones, HELIYON 9: (1) e12895, 2023

Harrach Balázs, Megyeri Annamária, Papp Tibor, Ursu Krisztina, Boldogh Sándor A., Kaján Győző L.: A screening of wild bird samples enhances our knowledge about the biodiversity of avian adenoviruses, VETERINARY RESEARCH COMMUNICATIONS 47: pp. 297-303., 2023

Herczeg D, Holly D, Kásler A, Bókony V, Papp T, Takács‐Vágó H, Ujszegi J, Hettyey A: Amphibian larvae benefit from a warm environment under simultaneous threat from chytridiomycosis and ranavirosis, OIKOS 2023: (11) e09953 Ecology, Evolution, Behavior and Systematics 49/706 (Q1), 2023

Surján András, Gonzalez Gabriel, Gellért Ákos, Boldogh Sándor, Carr Michael J., Harrach Balázs, Vidovszky Márton Z.: First detection and genome analysis of simple nosed bat polyomaviruses in Central Europe, INFECTION GENETICS AND EVOLUTION 112: 105439, 2023

Walker Peter J., Siddell Stuart G., Lefkowitz Elliot J., Mushegian Arcady R., Dempsey Donald M., Dutilh Bas E., Harrach Balázs, Harrison Robert L., Hendrickson R. Curtis, Junglen Sandra, Knowles Nick J., Kropinski Andrew M., Krupovic Mart, Kuhn Jens H., Nibert Max, Rubino Luisa, Sabanadzovic Sead, Simmonds Peter, Varsani Arvind, Zerbini Francisco Murilo, Davison Andrew J.: Changes to virus taxonomy and the International Code of Virus Classification and Nomenclature ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2019), ARCHIVES OF VIROLOGY 164: (9) pp. 2417-2429., 2019

Walker Peter J., Siddell Stuart G., Lefkowitz Elliot J., Mushegian Arcady R., Adriaenssens Evelien M., Dempsey Donald M., Dutilh Bas E., Harrach Balázs, Harrison Robert L., Hendrickson R. Curtis, Junglen Sandra, Knowles Nick J., Kropinski Andrew M., Krupovic Mart, Kuhn Jens H., Nibert Max, Orton Richard J., Rubino Luisa, Sabanadzovic Sead, Simmonds Peter, Smith Donald B., Varsani Arvind, Zerbini Francisco Murilo, Davison Andrew J.: Changes to virus taxonomy and the Statutes ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2020), ARCHIVES OF VIROLOGY 165: (11) pp. 2737-2748., 2020

Vidovszky Márton Z., Tan Zhizhou, Carr Michael J., Boldogh Sándor, Harrach Balázs, Gonzalez Gabriel: Bat-borne polyomaviruses in Europe reveal an evolutionary history of intrahost divergence with horseshoe bats distributed across the African and Eurasian continents, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 101: (10) pp. 1119-1130., 2020

Vidovszky Márton Z., Szeredi Levente, Doszpoly Andor, Harrach Balázs, Hornyák Ákos: Isolation and complete genome sequence analysis of a novel ovine adenovirus type representing a possible new mastadenovirus species, ARCHIVES OF VIROLOGY 164: (8) pp. 2205-2207., 2019

Siddell Stuart G., Walker Peter J., Lefkowitz Elliot J., Mushegian Arcady R., Dutilh Bas E., Harrach Balázs, Harrison Robert L., Junglen Sandra, Knowles Nick J., Kropinski Andrew M., Krupovic Mart, Kuhn Jens H., Nibert Max L., Rubino Luisa, Sabanadzovic Sead, Simmonds Peter, Varsani Arvind, Zerbini Francisco Murilo, Davison Andrew J.: Binomial nomenclature for virus species: a consultation, ARCHIVES OF VIROLOGY 165: (2) pp. 519-525., 2020

Siddell Stuart G., Walker Peter J., Lefkowitz Elliot J., Mushegian Arcady R., Adams Michael J., Dutilh Bas E., Gorbalenya Alexander E., Harrach Balázs, Harrison Robert L., Junglen Sandra, Knowles Nick J., Kropinski Andrew M., Krupovic Mart, Kuhn Jens H., Nibert Max, Rubino Luisa, Sabanadzovic Sead, Sanfaçon Hélène, Simmonds Peter, Varsani Arvind, Zerbini Francisco Murilo, Davison Andrew J.: Additional changes to taxonomy ratified in a special vote by the International Committee on Taxonomy of Viruses (October 2018), ARCHIVES OF VIROLOGY 164: (3) pp. 943-946., 2019

Pénzes Judit J., Söderlund-Venermo Maria, Canuti Marta, Eis-Hübinger Anna Maria, Hughes Joseph, Cotmore Susan F., Harrach Balázs: Reorganizing the family Parvoviridae: a revised taxonomy independent of the canonical approach based on host association, ARCHIVES OF VIROLOGY 165: (9) pp. 2133-2146., 2020

Pénzes Judit J., Szirovicza Leonóra, Harrach Balázs: The complete genome sequence of bearded dragon adenovirus 1 harbors three genes encoding proteins of the C-type lectin-like domain superfamily, INFECTION GENETICS AND EVOLUTION 83: 104321, 2020

Kaján GL, Affranio I, Tóthné Bistyák A, Kecskemét S, Benkő M: An emerging new fowl adenovirus genotype, Heliyon 5 (5) e01732, 2019

Harrach Balázs, Tarján Zoltán L., Benkő Mária: Adenoviruses across the animal kingdom: a walk in the zoo, FEBS LETTERS 593: (24) pp. 3660-3673., 2019

Doszpoly Andor, Harrach Balázs, LaPatra Scott, Benkő Mária: Unconventional gene arrangement and content revealed by full genome analysis of the white sturgeon adenovirus, the single member of the genus Ichtadenovirus, INFECTION GENETICS AND EVOLUTION 75: (11) 103976, 2019

Alexander E Gorbalenya, Mart Krupovic, Arcady Mushegian, Andrew M Kropinski, Stuart G Siddell, Arvind Varsani, Michael J Adams, Andrew J Davison, Bas E Dutilh, Balázs Harrach, Robert L Harrison, Sandra Junglen, Andrew M Q King, Nick J Knowles, Elliot J Lefkowitz, Max L Nibert, Luisa Rubino, Sead Sabanadzovic, Hélène Sanfaçon, Peter Simmonds, Peter J Walker, F Murilo Zerbini, Jens H Kuhn: The new scope of virus taxonomy: partitioning the virosphere into 15 hierarchical ranks, NATURE MICROBIOLOGY 5: (5) pp. 668-674., 2020

Krupovic Mart, Varsani Arvind, Kazlauskas Darius, Breitbart Mya, Delwart Eric, Rosario Karyna, Yutin Natalya, Wolf Yuri I., Harrach Balázs, Zerbini F. Murilo, Dolja Valerian V., Kuhn Jens H., Koonin Eugene V.: Cressdnaviricota: a virus phylum unifying Seven families of Rep-encoding viruses with single-stranded, circular DNA genomes, JOURNAL OF VIROLOGY 94: (12) e00582-20, 2020

de Oliveira APJ, Rangel MCV, Vidovszky MZ, Rossi JL Jr, Vicentini F, Harrach B, Kaján GL: Identification of two novel adenoviruses in smooth-billed ani and tropical screech owl, PLOS ONE 15: (2) e0229415, 2020

Böszörményi Kinga P., Podgorski Iva I., Vidovszky Márton Z., Sós Endre, Benkő Mária, Harrach Balázs: Full genome sequence analysis of a novel adenovirus from a captive polar bear (Ursus maritimus), VIRUS RESEARCH 277: p. 197846., 2020

Gatherer Derek, Depledge Daniel P., Hartley Carol A., Szpara Moriah L., Vaz Paola K., Benkő Mária, Brandt Curtis R., Bryant Neil A., Dastjerdi Akbar, Doszpoly Andor, Gompels Ursula A., Inoue Naoki, Jarosinski Keith W., Kaul Rajeev, Lacoste Vincent, Norberg Peter, Origgi Francesco C., Orton Richard J., Pellett Philip E., Schmid D. Scott, Spatz Stephen J., Stewart James P., Trimpert Jakob, Waltzek Thomas B., Davison Andrew J.: ICTV Virus Taxonomy Profile: Herpesviridae 2021, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 102: 001673, 2021

Benkő Mária, Harrach Balázs, Kaján Győző L.: Phylogenetic analysis of all available monkeypox virus strains shows the close relatedness of contemporary ones, HELIYON 9: (1) e12895, 2023

Podgorski Iva I., Harrach Balázs, Benkő Mária, Papp Tibor: Characterization of monkey adenoviruses with three fiber genes, INFECTION GENETICS AND EVOLUTION 108: 105403, 2023

Abbas Arwa, Taylor Louis J., Collman Ronald G., Bushman Frederic D., ICTV Report Consortium (Siddell Stuart G., Davison Andrew J., Lefkowitz Elliot J., Sabanadzovic Sead, Simmonds Peter, Smith Donald B., Orton Richard J., Harrach Balázs): ICTV Virus Taxonomy Profile: Redondoviridae, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 102: (1) 001526, 2021

Coffin John, Blomberg Jonas, Fan Hung, Gifford Robert, Hatziioannou Theodora, Lindemann Dirk, Mayer Jens, Stoye Jonathan, Tristem Michael, Johnson Welkin, ICTV Consortium (Siddell Stuart G, Davison Andrew J, Lefkowitz Elliot J, Sabanadzovic Sead, Simmonds Peter, Smith Donald B, Orton Richard J, Harrach Balázs): ICTV Virus Taxonomy Profile: Retroviridae 2021, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 102: (12) 001712, 2021

Llorens Carlos, Soriano Beatriz, Krupovic Mart, Siddell Stuart G., Davison Andrew J., Lefkowitz Elliot J., Sabanadzovic Sead, Simmonds Peter, Smith Donald B., Orton Richard J., Harrach Balázs: ICTV Virus Taxonomy Profile: Pseudoviridae, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 102: 001563, 2021

Llorens Carlos, Soriano Beatriz, Krupovic Mart, Siddell Stuart G, Davison Andrew J, Lefkowitz Elliot J, Sabanadzovic Sead, Simmonds Peter, Smith Donald B, Orton Richard J, Harrach Balázs: ICTV Virus Taxonomy Profile: Metaviridae, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 101: (11) pp. 1131-1132, 2020

Kaján GL, Doszpoly A, Tarján ZL, Vidovszky MZ, Papp T: Virus-host coevolution with focus on animal and human DNA viruses, JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION 88: (1) pp. 41-56, 2020

Abbas Arwa, Taylor Louis J., Collman Ronald G., Bushman Frederic D., Siddell Stuart G., Davison Andrew J., Lefkowitz Elliot J., Sabanadzovic Sead, Simmonds Peter, Smith Donald B., Orton Richard J., Harrach Balázs: ICTV Virus Taxonomy Profile: Redondoviridae, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 102: (1) 001526, 2021

Harrach Balázs, Benkő Mária: Adenoviruses (Adenoviridae), In: Dennis, H. Bamford; Mark, Zuckerman (szerk.) Encyclopedia of Virology, Elsevier (2021) pp. 3-16., 2021

Cotmore Susan F., Agbandje-McKenna Mavis, Canuti Marta, Chiorini John A., Eis-Hubinger Anna-Maria, Hughes Joseph, Mietzsch Mario, Modha Sejal, Ogliastro Mylène, Pénzes Judit J., Pintel David J., Qiu Jianming, Soderlund-Venermo Maria, Tattersall Peter, Tijssen Peter, Lefkowitz Elliot J., Davison Andrew J., Siddell Stuart G., Simmonds Peter, Sabanadzovic Sead, Smith Donald B., Orton Richard J., Harrach Balázs: ICTV Virus Taxonomy Profile: Parvoviridae, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 100: (3) pp. 367-368., 2019

Kaján GL, Affranio I, Tóthné Bistyák A, Kecskemét S, Benkő M: An emerging new fowl adenovirus genotype, Heliyon 5 (5) e01732, 2019

Kariithi Henry M., Vlak Just M., Jehle Johannes A., Bergoin Max, Boucias Orion G., Abd-Alla Adly M. M., Lefkowitz Elliot J., Davison Andrew J., Siddell Stuart G., Simmonds Peter, Sabanadzovic Sead, Smith Donald B., Orton Richard J., Harrach Balázs: ICTV Virus Taxonomy Profile: Hytrosaviridae, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 100: (9) pp. 1271-1272., 2019

Papp T, Marschang RE: Detection and characterization of invertebrate iridoviruses found in reptiles and prey insects in Europe over the past two decades, Viruses 11 (7) E600, 2019

Wang Han-Ching, Hirono Ikuo, Maningas Mary Beth Bacano, Somboonwiwat Kunlaya, Stentiford Grant, Lefkowitz Elliot J., Davison Andrew J., Siddell Stuart G., Simmonds Peter, Sabanadzovic Sead, Smith Donald B., Orton Richard J., Harrach Balázs: ICTV Virus Taxonomy Profile: Nimaviridae, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 100: (7) pp. 1053-1054., 2019

Papp T, Gellért Á, Marschang RE: Genome sequence analysis of an invertebrate iridovirus isolated from a high-casqued chameleon (Chamaeleo hoehnelii), The 5th International Symposium on Ranaviruses, 4–6 June, Townsville, Australia, 2019

Surján A, Harrach B, Vidovszky M: First detection of polyomaviruses in European bats, Abstracts of the 18th International Congress of the Hungarian Society for Microbiology, Acta Microbiol Immunol Hung 66 (Suppl 1) 190-191, 2019

Harrach B, Kaján GL, Benkő M: Major changes in the taxonomy of viruses, Abstracts of the 18th International Congress of the Hungarian Society for Microbiology, Acta Microbiol Immunol Hung 66 (Suppl 1) 138-139, 2019

Papp T, Marschang RE: Detection and characterization of invertebrate iridoviruses found in reptiles and prey insects in Europe over the past two decades, VIRUSES 11: (7) p. E600, 2019

Harrison Robert L., Herniou Elisabeth A., Bézier Annie, Jehle Johannes A., Burand John P., Theilmann David A., Krell Peter J., van Oers Monique M., Nakai Madoka (kollaborációs közreműködők: Siddell Stuart G, Davison Andrew J, Lefkowitz Elliot J, Sabanadzovic Sead, Simmonds Peter, Smith Donald B, Orton Richard J, Harrach Balázs): ICTV Virus Taxonomy Profile: Nudiviridae, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 101: (1) pp. 3-4., 2020

Kaján GL, Doszpoly A, Tarján ZL, Vidovszky MZ, Papp T: Virus-host coevolution with t focus on animal and human DNA viruses, JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION 88: (1) pp. 41-56, 2020

Magnius Lars, Mason William S., Taylor John, Kann Michael, Glebe Dieter, Dény Paul, Sureau Camille, Norder Heléne (kollaborációs közreműködők: Siddell Stuart G., Davison Andrew J., Lefkowitz Elliot J., Simmonds Peter, Sabanadzovic Sead, Smith Donald B., Orton Richard J., Harrach Balázs: ICTV Virus Taxonomy Profile: Hepadnaviridae, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 101: (6) pp. 571-572., 2020

Cotmore SF, Agbandje-McKenna M, Canuti M, Chiorini JA, Eis-Hubinger AM, Hughes J, Mietzsch M, Modha S, Ogliastro M, Pénzes JJ, Pintel DJ, Qiu J, Soderlund-Venermo M, Tattersall P, Tijssen P (kollaborációs együttműködő: Lefkowitz EJ, Davison AJ, Siddell SG, Simmonds P, Sabanadzovic S, Smith DB, Orton RJ, Harrach B): ICTV Virus Taxonomy Profile: Parvoviridae, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 100: (3) pp. 367-368., 2019

Harrach Balázs, Tarján Zoltán L., Benkő Mária: Adenoviruses across the animal kingdom: a walk in the zoo, FEBS LETTERS 593: (24) pp. 3660-3673., 2019

Kaján GL, Affranio I, Tóthné Bistyák A, Kecskemét S, Benkő M: An emerging new fowl adenovirus genotype, Heliyon 5 (5) e01732, 2019

Kariithi HM, Vlak JM, Jehle JA, Bergoin M, Boucias OG, Abd-Alla AMM (kollaborációs szerzők: Lefkowitz EJ, Davison AJ, Siddell SG, Simmonds P, Sabanadzovic S, Smith DB, Orton RJ, Harrach B): ICTV Virus Taxonomy Profile: Hytrosaviridae, JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY 100: (9) pp. 1271-1272., 2019

Siddell SG, Walker PJ, Lefkowitz EJ, Mushegian AR, Adams MJ, Dutilh BE, Gorbalenya AE, Harrach B, Harrison RL, Junglen S, Knowles NJ, Kropinski AM, Krupovic M, Kuhn JH, Nibert M, Rubino L, Sabanadzovic S, Sanfaçon H, Simmonds P, Varsani A, Zerbini FM, Davison AJ: Additional changes to taxonomy ratified in a special vote by the International Committee on Taxonomy of Viruses (October 2018), ARCHIVES OF VIROLOGY 164: (3) pp. 943-946., 2019

Walker PJ, Siddell SG, Lefkowitz EJ, Mushegian AR, Dempsey DM, Dutilh BE, Harrach B, Harrison RL, Hendrickson RC, Junglen S, Knowles NJ, Kropinski AM, Krupovic M, Kuhn JH, Nibert M, Rubino L, Sabanadzovic S, Simmonds P, Varsani A, Zerbini FM, Davison AJ: Changes to virus taxonomy and the International Code of Virus Classification and Nomenclature ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2019), ARCHIVES OF VIROLOGY 164: (9) pp. 2417-2429., 2019

Back »