Global physico-chemical and mathematical invetigation of reaction paths/profiles, and critical points on potential energy surfaces  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
32190
Type K
Principal investigator Bán, Miklós István
Title in Hungarian Kémiai reakciók potenciálfelületének, reakcióútjának és ezek kritikus pontjainak globális vizsgálata elméleti fizi-kai-kémiai és matematikai módszerekkel.
Title in English Global physico-chemical and mathematical invetigation of reaction paths/profiles, and critical points on potential energy surfaces
Panel Chemistry 1
Department or equivalent Department of Physical Chemistry and Materials Science (University of Szeged)
Participants Dömötör, Gyula
Stachó, László
Starting date 2000-01-01
Closing date 2005-12-31
Funding (in million HUF) 3.859
FTE (full time equivalent) 0.00
state closed project





 

Final report

  
Results in Hungarian
A ''dinamikusan meghatározott reakcióút (DDRP)'' módszer algoritmusának finomítását követően kis és közepesen nagy molekulák konformációváltozását tanulmányoztuk molekulamechanikai és ab inicio kvantumkémiai módszerek alkalmazásával. Vizsgáltuk a módszer hatékonyságát és alkalmazhatóságát különböző modell rendszerek esetében. A módszert sikeresen alkalmaztuk kis molekulák esetében, nagyobb molekuláknál az algoritmus további fejlesztése szükséges. Vizsgáltuk a paraméterek hatását a módszer hatékonyságára. Kis molekulák konformációváltozása esetében a két kezdeti kiindulópont sikeresen alkalmazható volt. Nagyobb molekulák esetében azonban több probléma is fellépett: nem elegendő a két kiindulasi (reaktáns és termék) pont, a lineáris mentén felvett kezdeti reakcióút nem elfogadható. Molekuladinamikai számításokban kapott eredmények felhasználásával elfogadható eredmények adódnak, azonban ezek a konformációváltozások kicsinyek. Nagy molekulák esetében nem elegendő két kezdeti pont, a reakcióút több pontjának ismerete szükséges a potenciális energia felületen.
Results in English
After the refinement of DDRP (Dynamically Defined Reaction Path) method, the conformational change of small and medium molecules were studied by molecular mechanics and ab initio quantum chemical methods. The method was successfully applied in the case of small molecules, while the algorithm needs further development for larger molecules. The effect of the parameters was studied on the effectiveness of the method. At the conformational change of small molecules the two initial points are enough to describe the reaction path. At larger molecules we had problems: the two initial point (reactant and product) is not enough, the initial reaction path along a linear is unacceptable.The results of molecular dynamics calculations support with a smaller conformational change the effectiveness of the methos. At the conformational change of large molecules the two initial point with a linear initial raction path is not enough, it is necessarry more points on the reaction path on the potential energy surface.
Full text http://real.mtak.hu/1/
Decision
Yes





 

List of publications

  
L.L. Stachó, Gy. Dömötör, M.I. Bán: On the reaction path concept of Olender and Elber, J. Math. Chem., 28, 241-246, 2000
L. Stachó: On reaction Paths in Quantum Chemistry, 4th International Conference APLIMAT Proceedings,Bratislava, Slovakia, 211-220, 2006
T.Körtvélyesi, L.L.Stachó, Gy.Dömötör, B.Jójárt, M.I.Ban: Pathway of the Conformational Transitions in Flexible Molecules, J.Mol.Struct.(THEOCHEM), 725, 145-149(2005)., 2005
E.A.Hoffmann, T.Körtvélyesi, E.Wilusz, L.S.Korugic-Karasz, F.E.Karasz, Z.A. Fekete: Relation Between C1s XPS Binding Energy and Calculated Partial Charge of Carbon Atoms in Polymers, J.Mol.Struct.(THEOCHEM), 725, 5-8, 2005
György Keglevich, Henrietta Forintos and T. Körtvélyesi: Synthesis and reactions of β-keto Phosphoranes/ylides with cyclic or acyclic P-moiety., Current Org. Chem., 8(14), 1245-1261., 2004
Gy. Keglevich, T. Körtvélyesi, A.Ujvari, E. Dudas,: A study on a novel inverse Wittig reaction of P=O + C≡C type, J.Organomet. Chemistry. 690(10), 2497-2503., 2005
Gyula. Dömötör, Reinhard Hentschke: Atomistically modeling the chemical potential of small molecules in dense systems, J. Phys.Chem. B, 108, 2413-2417, 2004
T.Körtvélyesi, M.Silberstein, G. Sós, S. Vajda: Motion of Small and Native Ligand Molecules in the Receptor Site of Proteins, EURO-QSAR 2004, Istanbul, 4-10, B87 (P). September,, 2004
T. Körtvélyesi, G.Dömötör, L.Stachó, M.I.Bán: Dynamically Defined Reaction Path Calculations of Association of Biomolecules., CESTC2004, Tihany, 30 September-3 October, Hungary (P), 2004
G.Dömötör, T. Körtvélyesi, L.Stachó, M.I.Bán: Dynamically Defined Reaction Path Calculations of Conformational Change in Biomolecules., CESTC2004, Tihany, 30 September-3 October, Hungary. (P), 2004
T. Körtvélyesi, G.Dömötör, L.Stachó, M.I.Bán: Biomolekulák konformációváltozásának tanulmányozása DDRP módszer felhasználásával., KeMoMo (SZAB és MKE Kemometriai és Molekulamodellezési MB), 2005.április 7-8. Szeged., 2005
Gyula. Dömötör, Reinhard Hentschke: Equilibrium swelling of an epoxy-resin in contact with water . A molecular dynamics simulation study., Macromolecular Theory and Simulations, 13, 506-511., 2004
G.Keglevich, J. Kovács, H. Szelke, T. Körtvélyesi: A study ont he ability of 2,5-dihydro and 2,3,4,5-tetrahydro-1H-phosphate oxides, as well as 7-phosphanorbornene 7-oxide derivatives to undergo UV-light mediated fragmentation-related phosphinylation of methanol, . J. Heterocyclic Chemistry, Nyomdában, 2006
T. A. K. Kehoe, M. R. Peterson, G. A. Chass, B. Viskolcz, L.L. Stachó, I. G. Csizmadia: The Fitting and Functional Analysis of a Double Rotor Potential Energy Surface for the R and S enantiomers of 1-chloro-3-floro-isobutane, J.Mol. Struct. (THEOCHEM), 666-677, 79-87, 2003
T.Körtvélyesi, M.Silberstein, G. Sos, S. Vajda,: Motion of Small and Native Ligand Molecules in the Receptor Site of Proteins, EURO-QSAR 2004 Proceedings, 2006
T.Körtvélyesi, M.Silberstein, G. Sos, S. Vajda,: Motion of Small and Native Ligand Molecules in the Receptor Site of Proteins, Proteins (Function, Genetics, Bioinformatics), előkészületben., 2006
Z.A. Fekete, E. Wilusz, F.E. Karasz and Cs. Visy: Ion beam irradiation of conjugated polymers for preparing new membrane materials - a theoretical study, PERMEA2005: 2nd Membrane Science and Technology Conference of Visegrad Countries, Polanica Zdrój, Poland,September 2005. (P), 2005
T.Körtvélyesi, Gy. Dömötör, R. Rajkó, L. Stachó: Refinement of Small Ligands Dockings/Mapping on Biomolecules, J. Mol.Struct.(THEOCHEM), előkészületben, 2006
Z.A. Fekete: Polimerek ionbesugárzásának Monte Carlo szimulációja, SZAB KeMoMo 4, Szeged, 2005. (L)., 2005
Z.A. Fekete, E. Wilusz and F.E. Karasz: Integrally skinned barrier layer preparation by medium energy ion beam irradiation of ionomers, PERMEA2005: 2nd Membrane Science and Technology Conference of Visegrad Countries, Polanica Zdrój, Poland, September 2005. (P), 2005
T.Körtvélyesi, Gy. Dömötör, R. Rajkó, L. Stachó: Refinement of Small Ligands Docking/Mapping on Biomolecules, CHEMOMETRICA Conference 2005, Hajduszoboszló (P), 2005
E.A.Hoffmann, T.Körtvélyesi, Z.A. Fekete: , Reply to Comment of Dr. Meier on Relation Between C1s XPS Binding Energy and Calculated Partial Charge of Carbon Atoms in Polymers, E.A.Hoffmann, et al.J.Mol.Struct.(THEOCHEM), 725, 5-8 (2005)., al.J.Mol.Struct.(THEOCHEM), 725, 5-8, 2005
E.A.Hoffmann, Z.A. Fekete: Szemiempírikus molekulamodellezési módszer polimerek XPS energiáinak számítására, SZAB KeMoMo 3, Szeged, 2004 (L), 2004
T. Körtvélyesi, G.Paragi, F.Bogár, B.Penke, G. Keglevich,: Reaction Path of the Pseudo Rotation in P(V) Compounds, J. Mol.Struct.(THEOCHEM), Prepared for publication., 2006
Gy. Dömötör, L.L. Stachó, M.I. Bán: Comparison of some global path-following methods, J.Mol.Struct.(THEOCHEM), 501-502, 509-518., 2000
L.L. Stachó, Gy. Dömötör, M.I. Bán: On the reply on the paper ''On the Elber-Karplus reaction path following methods and related procedures'',, J. Math. Chemistry, 29, 169-176., 2000
Z.A. Fekete, E. Wilusz, F.E. Karasz and Cs. Visy: Ion beam irradiation of conjugated polymers for preparing new membrane materials - a theoretical study, Separation and Purification Technology, submitted., 2006
T.Körtvélyesi, Gy.Dömötör, L. Stachó: Application of DDRP (Dynamically Defined Reaction Path) int he Conformational Change of Larger Biomolecules, , J.Mol.Struct.(THEOCHEM). (Közlése előkészületben)., 2006
L. Stachó: On reaction Paths in Quantum Chemistry, 4th International Conference APLIMAT,Bratislava, Slovakia (L), 2006



Back »