Osztott modellek a molekuláris számítástudományban
Title in English
Distributed models of molecular computation
Panel
Mathematics and Computing Science
Department or equivalent
HUN-REN Institute for Computer Science and Control
Starting date
2002-01-01
Closing date
2006-12-31
Funding (in million HUF)
1.940
FTE (full time equivalent)
0.00
state
closed project
Final report
Results in Hungarian
A vizsgálódások tárgyai olyan, biokémiai folyamatokat modellező vagy biokémiai folyamatok által inspirált működési elvű számítástudományi eszközök, számítási modellek voltak, melyek fő jellemzője az osztott és párhuzamos működés. A projekt célja volt a molekuláris számítások természetének, a modellek sajátosságainak jobban megfelelő szempontok figyelembe vétele, ezáltal esetleg a biokémiai folyamatok jobb megértése, illetve a formális nyelvek és automaták elméletének továbbfejlesztése, eszköztárának bővítése a biokémiai folyamatok és az osztott modellek által inspirált irányba. Vizsgálódásaink kiterjedtek a DNS rekombináció motiválta számítási eszközök mellett a membrán rendszerek területére, különös tekintettel a membrán automatákra. A kutatás során vizsgáltuk új működési módok tulajdonságait és az ezekből levonható következtetéseket, eredményeket értünk el bizonyos modellek méret-bonyolultságának vizsgálata illetve a formális nyelv fogalmának végtelen ábécére való kiterjesztése terén.
Results in English
Our research concentrated on computational models which are not only based on or inspired by natural, mostly biochemical processes, but work in a distributed and parallel manner. The aim of the project was to investigate and identify those important aspects and special properties describing the nature of molecular computation which might not only help to better understand natural processes, but could also contribute to the extension of the theory of formal languages and automata by introducing new tools and techniques in a nature inspired, nature motivated way. Our investigations not only concerned computational models based on DNA recombination, but also membrane systems and membrane automata. We investigated new modes of operation of existing models, obtained results about the descriptional (size) complexity of certain devices, and about extending the notion of formal language to infinite alphabets.
Csuhaj-Varjú E; Vaszil Gy: New results and research directions concerning P automata, accepting P systems with communication only, pp. 171-179 in: Brainstorming Week on Membrane Computing, Tarragona, February 5-11, 2003. Tarragona, 2003
Dassow J; Vaszil Gy: P finite automata and regular languages over countably infinite alphabets, pp. 367-381 in Membrane Computing. 7th International Workshop, WMC 2006, Leiden, The Netherlands, July 2006. Revised, Selected, and Invited Papers. LNCS 4361, Springer, 2006
Csuhaj-Varjú E; Vaszil Gy: P automata or purely communicating accepting P systems, pp. 219-233 in: Membrane Computing. International Workshop WMC-CdeA, Curtea de Arges, Romania, August 19-23, 2002. Revised Papers. LNCS 2597, Springer, Berlin Heidelberg, 2003
Vaszil Gy: On the size of P systems with minimal symport/antiport, pp. 404-413 in: Membrane Computing. 5th International Workshop, WMC 2004, Milan, Italy, June 14-16, 2004. Revised Selected and Invited Papers. LNCS 3365, Springer, Berlin, 2005
Csuhaj-Varjú E; Kelemen J; Kelemenova A; Paun Gh; Vaszil Gy: Computing with cells in environment: P colonies, Journal of Multiple Valued Logic and Soft Computing 12: 201-215, 2006
Dassow J; Vaszil Gy: Ciliate bio-operations on finite string multisets, pp. 168-179 in Developments in Language Theory 10th International Conference, DLT 2006, Santa Barbara, CA, USA, June 26-29, 2006. Proceedings. LNCS 4036, Springer, Berlin, 2006
Vaszil Gy: On a class of P automata as a machine model for languages over infinite alphabets, pp. 317-325 in: Third Brainstorming Week on Membrane Computing, Sevilla, January 31-February 4, 2005. Fénix Editora, Sevilla, 2005
Csuhaj-Varjú E, Paun Gh, Vaszil Gy: Tissue-like P systems with dynamically emerging requests, közlésre benyújtva, 2007
Besozzi D; Mauri G; Vaszil Gy; Zandron C: Collapsing hierarchies of parallel rewriting P systems without target conflicts, pp. 55-69 in: Membrane Computing. International Workshop, WMC 2003, Tarragona, Spain, July 17-22, 2003. Revised Papers. LNCS 2933, Springer, Berlin Heidelberg, 2004
Csuhaj-Varjú E; Vaszil Gy: Reducing the size of extended gemmating P systems, pp. 296-308 in: Membrane Computing. 5th International Workshop, WMC 2004, Milan, Italy, June 14-16, 2004. Revised Selected and Invited Papers. LNCS 3365, Springer, Berlin, 2005
Vaszil Gy: A class of P automata for characterizing context-free languages, pp. 267-276 in: Fourth Brainstorming Week on Membrane Computing, Sevilla, January 30-February 3, 2006. Volume II. Fénix Editora, Sevilla, 2006
