Study on the mitochondrial genome organisation of some microscopic fungi  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
37584
Type K
Principal investigator Pfeiffer, Ilona Anikó
Title in Hungarian Mikroszkópikus gombák (Aspergillus, Fusarium, Cryptococcus) mitokondriális genomszerveződésének összehasonlító elemzése
Title in English Study on the mitochondrial genome organisation of some microscopic fungi
Panel Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent Department of Biotechnology and Microbiology (University of Szeged)
Participants Avasiné dr. Kucsera, Judit
Hamari, Zsuzsanna
Juhász, Ákos
Láday, Miklós
Litter, Judit
Szécsi, Árpád
Starting date 2002-01-01
Closing date 2006-12-31
Funding (in million HUF) 13.003
FTE (full time equivalent) 0.00
state closed project





 

Final report

  
Results in Hungarian
Munkánk során meghatároztuk egy Aspergillus niger (1a típus, 31103 bp) és egy A. tübingensis (2b típus, 33656 bp) törzs teljes mitokondriális DNS szekvenciáját. A két genom géntartalma és a gének sorrendje megegyezik, különbséget mindössze a restrikciós enzimek hasítási mintázatában tapasztaltunk. Megállapítottuk, hogy a méretbeli eltérésekért a cox1, atp9 és a ndh4L gének intron-tartalma felelős. Elkészítettük a korábban már RFLP mintázat alapján elkülönített hat A. tübingensis mtDNS fizikai és funkcionális térképét. Eredményeink bizonyították, hogy a tapasztalt intraspecifikus polimorfizmus intron-szerzéssel illetve restrikciós hasítóhelyeket érintő pontmutációkkal magyarázható. Növény-patogén Fusarium törzsek biodiverzitását a mtDNS RFLP mintázata alapján tanulmányoztuk. Több haplotípust sikerült elkülönítenünk a vizsgált 3 fajban. Meghatároztuk e haplotípusok gazdanövény szerinti eloszlását. F. proliferatum lineáris, mitokondriumban lokalizált DNS plazmidjának teljes szekvenálását elvégeztük. A plazmid funkciójára jelenleg nincs bizonyítékunk. Cryptococcus neoformans két varietas-ának mtDNS szerveződését hasonlítottuk össze. Megállapítottuk, hogy a tapasztalt méretbeli különbséget a cox1, cob és LRNS gének eltérő intron-tartalma okozza. Egy másik vizsgált faj, a Trichosporon pullulans 18 kb méretű mtDNS-e a legkisebb, NADH géneket is tartalmazó mtDNS-nek bizonyult élesztőgombák között.
Results in English
In the present work the complete mitochondrial DNA (mtDNA) of Aspergillus niger mtDNA type 1a (31103 bp) was sequenced and compared to the Aspergillus tubingensis type 2b (33656 bp) mtDNA. The patterns of restriction sites were similar, the gene content and order was identical. The size difference was principally attributed to the intron content of their cox1, atp9 and ndh4L genes. A. tubingensis isolates were earlier classified into six groups on the basis of the mtDNA RFLP pattern. The reason of the intraspecific mtDNA variability was investigated and proved that polymorphism due to intron acquisition and also sporadic point mutations affecting the recognition motifs of the restriction enzymes. Biodiversity of plant-pathogenic Fusarium isolates belonging to 3 different species were studied. On the basis of the RFLP pattern of their mtDNA several haplotypes were identified. The distribution of these haplotypes among host species was determined. The complete nucleotide sequence of a 10 kb linear DNA plasmid was identified, however, its function is still unknown. The functional map of the mtDNAs of two Cryptococcus neoformans varities was constructed. Characteristic sequences were cloned, sequenced and verified that the intron-content of coxI, cob and LRNA genes are responsible for the size differences of the two strains. The study of the organisation of Trichosporon pullulans mtDNA revealed that it is smallest known mtDNA among yeast carrying NADH dehidrogenase genes.
Full text http://real.mtak.hu/264/
Decision
Yes





 

List of publications

  
Láday M, Juhász Á, Mule G, Moretti A, Szécsi Á, Logrieco A: Mitochondrial DNA diversity and lineage determination of European isolates of Fusarium graminearum (Gibberella zeae), Eur J Plant Pathol 110: 563-571, 2004
Juhász Á, Engi H, Hamari Zs, Kevei F: Comparative analysis of polymorphic mtDNAs of Aspergillus tubingensis strains, In: Abstract Book of 14th International Congress of the Hungarian Society for Microbiology, Balatonfüred, Magyarország: 2003. p. 204, 2003
Juhász Á, Hamari Zs, Kevei F: Mitokondriális transzmissziót követő intron homing fekete Aspergillusoknál, A Magyar Mikrobiológiai Társaság 2002. évi Nagygyűlésének Előadás és Poszter Összefoglalói, Balatonfüred, Magyarország. 2002, 2002
Juhász Á, Engi H, Pfeiffer I., Kucsera J., Vágvölgyi Cs., Hamari Zs: Interpretation of mtDNA RFLP variability among Aspergillus tubingensis isolates, Antonie van Leeuwenhoek, közlésre elfogadva, 2006
Hamari Zs., Pfeiffer I., Juhász Á.: Reorganisation of mitochondrial DNA in Aspergillus niger and Aspergillus tubingensis hybrids, Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica. 52(2) p.245, 2005
Hamari Zs, Tóth B, Beer Zs, Gácser A, Kucsera J, Pfeiffer I, Juhász Á, Kevei F: Interpretation of intraspecific variability in mtDNAs of Aspergillus niger strains and their mtDNA rearrangement following mitochondrial transmission, FEMS Microbiol Lett 221: 63-71, 2003
Láday M, Mule G, Moretti A, Hamari Zs, Juhász Á, Szécsi Á, Logrieco A: Mitochondrial DNA variability in Fusarium proliferatum (Gibberella intermedia), Eur J Plant Pathol 110: 545-550, 2004
Varga J, Juhász Á, Kevei F, Kozakiewicz Z: Molecular diversity of agriculturally important Aspergillus species, Eur J Plant Pathol 110: 627-640, 2004
Juhász Á, Láday M, Gácser A, Kucsera J, Pfeiffer I, Kevei F, Hamari Zs: Mitochondrial DNA organisation of the mtDNA type 2b of Aspergillus tubingensis compared to the Aspergillus niger mtDNA type 1a, FEMS Microbiol Lett 241: 119-126, 2004
Juhász Á, Engi H, Pfeiffer I., Hamari Zs: Study of mtDNA variability among Aspergillus tubingensis strains, Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica. 52(2) p.248, 2005
Kevei F, Juhász Á, Hamari Zs: Detection of a highly invasive intron in mitochondrial transmission experiments, In: Abstract Book of 6th European Conference on Fungal Genetics, Pisa, Italy: 2002. p.87, 2002
Juhász Á, Hamari Zs, Kevei F: Characterisation of instable mitochondrial recombinants of Aspergillus japonicus, In: Abstract Book of 6th European Conference on Fungal Genetics, Pisa, Italy: 2002. p.89, 2002
Hamari Zs, Juhász Á, Kevei F: Study of mtDNA variability among Aspergillus niger isolates, In: Abstract Book of 6th European Conference on Fungal Genetics, Pisa, Italy: 2002. p.423, 2002
Juhász Á, Engi H, Hamari Zs, Kevei F: Interpretation of mtDNA polymorphisms of Aspergillus tubingensis strains, In: Abstract Book of 1st FEMS Congress of European Microbiologists, Ljubljana, Szlovénia: 2003. p. 204, 2003
Juhász Á, Engi H, Hamari Zs: Aspergillus tübingensis törzsek mtDNS elemzése, In: Abstract Book, A Magyar Mikrobiológiai Társaság 2004. évi Nagygyűlése, Keszthely, Magyarország: 2004. p.52, 2004
Pfeiffer I., Kucsera J., Golubev W.: Analysis of the complete mitochondrial genome of Nadsonia fulvescens var. elongata, Yeast 22 (S1) S207, 2005
Pfeiffer I., Kucsera J., Golubev W.: Analysis of the complete mitochondrial genome of Nadsonia fulvescens var. elongata, Yeast, 2005




 

Events of the project

  
2024-11-15 11:00:29
Kutatóhely váltás
A kutatás helye megváltozott. Korábbi kutatóhely: Mikrobiológiai Tanszék (Szegedi Tudományegyetem), Új kutatóhely: Biotechnológiai Tanszék (Szegedi Tudományegyetem).



Back »