Development and application of mass spectrometric techniques for the analysis of peptides and proteins  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
43538
Type K
Principal investigator Vékey, Károly
Title in Hungarian Új tömegspektrometriás módszerek kifejlesztése és alkalmazása a peptid- és fehérjekutatásban
Title in English Development and application of mass spectrometric techniques for the analysis of peptides and proteins
Panel Chemistry 1
Department or equivalent Core Technologies Centre (Research Center of Natural Sciences)
Participants Drahos, László
Imre, Tímea
Mező, Gábor
Schlosser, Gitta Zsófia
Takáts, Zoltán
Starting date 2003-01-01
Closing date 2005-12-31
Funding (in million HUF) 9.912
FTE (full time equivalent) 0.00
state closed project





 

Final report

  
Results in Hungarian
Kutatásaink során peptidek, proteinek, polilizinek és molekuláris komplexek tömegspektrometriás vizsgálatával foglalkoztunk. Molekuláris komplexek körében mind szolvatált fémionokkal, mind pedig antitest-antigén komplexekkel foglalkoztunk, ezeket sikeresen előállítottunk és tömegspektrometriával jellemeztünk. Legfontosabb eredményünk egy olyan új peptidfragmentációs modell kidolgozása, mely peptidek tömegspektrumának, tandem tömegspektrumának elméleti meghatározását teszi lehetővé. A modell alapján egy olyan új szoftvert fejlesztettünk ki, mely a világon egyedülálló, prediktív jellegű és a gyakorlatban jól használható. A modell „szemi-empirikus” megoldás: az elméleti, általunk kifejlesztett MassKinetics algoritmus alapján működik, a fragmentáció leírásához szükséges fizikai, fiziko-kémiai paramétereket viszont empirikusan meghatározott paraméterekkel helyettesíti. A program a proteomika eszköztárát jelentősen továbbfejleszti, szabadalmaztatást követően világszerte elérhetővé tesszük.
Results in English
We have studied peptides, proteins, polylysins and various molecular complexes by mass spectrometry. In the latter class we have produced and characterized both solvated metal ions and antibody-antigen complexes. Our most important result is development of a new peptide fragmentation model which allows theroretical prediction of tandem mass spectra. Based on this model a new software has been developed which is unique, has predictive value and can be used easily. It is a „semi-empirical” method, as it is based on the theoretical MassKinetics algorithm, but the physical and physico-chemical parameters needed to describe peptide fragmentation are determined by an empirical approach. The program can be advantageously used in the proteomics field and will be made widely available after patenting.
Full text http://real.mtak.hu/1123/
Decision
Yes





 

List of publications

  
Gomory, A.; Vegh, P.; Sztaray, J.; Drahos, L.; Vekey, K: Kinetic energy release of protonated methanol clusters using the low-temperature fast-atom bombardment: experiment and theory combined, European Journal of Mass Spectometry, 10, 213-220, 2004
Nagy K, Jakab A, Fekete J, Vekey K: An HPLC-MS approach for analysis of very long chain fatty acids and other apolar compounds on octadecyl-silica phase using partly miscible solvents, ANALYTICAL CHEMISTRY 76, 1935-1941, 2004
Nemes P, Schlosser G, Vekey K: Amino acid cluster formation studied by electrospray ionization mass spectrometry, J. Mass Spectrom., 40, 43-49, 2005
Vekey K., Drahos L., Herrmann K., Somogyi A: Combination of Low and High Energy Excitation in FT-ICR MS/MS Measurements, 52nd ASMS Conference on Mass Spectrometry, Nashville, Tennesse, USA /May 23-27, 2004/ (ThPH 136, 110 oldal, poszter), 2004
Drahos L, Peltz C, Vekey K: Accuracy of enthalpy and entropy determination using the kinetic method: are we approaching a consensus?, JOURNAL OF MASS SPECTROMETRY 39, 1016-1024, 2004
Naban-Maillet J, Lesage D, Bossee A, Gimert Y,BSztaray J, Vekey K, Tabet J-C.: Internal energy distribution in electrospray ionization, Journal of Mass Spectrometry 40,1-8, 2005
Pollreisz F, Gomory A, Sztaray J, Vegh P, Drahos L, Kiss A, Vekey K: Very high critical energy fragmenations observed in CID, INTERNATIONAL JOURNAL OF MASS SPECTROMETRY 243,41-47, 2005
Pollreisz F, Gomory A, Schlosser G, Vekey K, Solt I, Csaszar G. A: Mass Spectrometric and quantum-chemical study on the structure, stability, and chirality of protonated serine dimers, CHEM. EUR. J. 11, 5908-5916, 2005
Takats Z, Nanita C. S, Schlosser G, Vekey K, Cooks G.R.: Atmospheric pressure gas-phase H/D exchange of serine octamers, Analytical Chemistry, 75, 6147-6154, 2003
Imre T, Zsila F, Szabo PT.: Electrospray mass spectrometric investigation of the binding of cis-parinaric acid to bovine beta-lactroglobulin and study of the ligand-binding site of the protein using limited proteolysis, Rapid Communication in Mass Spectrometry 17, 2464-2470, 2003
Schlosser G, Zakats Z, Vekey K.: Formation of solvated ions in the atmospheric interface of an electrospray ionization triple-quadrupole mass spectrometer, Journal of Mass Spectrometry 38, 1245-1251, 2003
Peltz Cs, Vekey K, Drahos L: Asymmetric cleavage of macromolecules, 23rd Informal Meeting on Mass Spectrometry, Fiera di Primiero, ITALY/May 15-19, 2005/ (T3, 31 oldal), 2005
Schlosser G, Pocsfalvi G, Malorni A, Puerta A, Frutos d. M, Vekey K: Detection of immune complexes by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry, Rapid Communication in Mass Spectrometry 17, 2741-2747, 2003
Drahos L, Vekey K: Entropy evaluation using the kinetic method: is it feasible?, Journal of Mass Spectrometry 38, 1025-1042, 2003
Takats Z, Schlosser G, Vekey K: Hydrogen/deuterium excange of electrosprayed ions in the atmospheric interface of a commercial triple-quadrupole mass spectrometer, International Journal of Mass Spectrometry 228, 729-741, 2003
Gitta Schlosser, Gabriella Pocsfalvi, Emőke Huszár, Antonio Malorni, Ferenc Hudecz: MALDI-TOF mass spectrometry of a combinatorial peptide library: effect of matrix composition on signal suppression, J. Mass Spectrom., 40: 1590-1594, 2005
Jakab Annamária, Schlosser Gitta, Mező Gábor, Vékey Károly, Hudecz Ferenc: Oligolizin peptidek előállítása polilizin polimerek méretének tömegspektrometriás meghatározásához, Vegyészkonferencia, Hajdúszoboszló, 2003. június 26.-28, 2003




 

Events of the project

  
2015-01-05 09:42:58
Kutatóhely váltás
A kutatás helye megváltozott. Korábbi kutatóhely: Szerves Kémiai Intézet (MTA Természettudományi Kutatóközpont), Új kutatóhely: Műszercentrum (MTA Természettudományi Kutatóközpont).
2012-01-03 13:32:06
Kutatóhely váltás
A kutatás helye megváltozott. Korábbi kutatóhely: Szerkezeti Kémiai Intézet (MTA Természettudományi Kutatóközpont), Új kutatóhely: Szerves Kémiai Intézet (MTA Természettudományi Kutatóközpont).



Back »