A stabilizációs centrumokra vonatkozó információ beépítése fehérje szekvencia-térszerkezet párosító (threading) eljárásba
Title in English
Incorporation of stabilization centers into threading
Panel
Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent
Institute of Enzymology, BRC, Hungarian Academy of Sciences
Participants
Magyar, Csaba
Starting date
2003-01-01
Closing date
2006-12-31
Funding (in million HUF)
5.640
FTE (full time equivalent)
0.00
state
closed project
Final report
Results in Hungarian
A 2003-2006 időszakban végzett kutatómunkám a stabilizációs centrumok azonosítására szolgáló SCIDE nyilvános szerver világhálóra telepítésével kezdődött. A program közepétől tevékenységem kiterjedt a globuláris vízoldható fehérjéken túlra is. Egyrészt kidolgoztuk a TMDET nevű algoritmust, amely alkalmas a transzmembrán fehérjék automatizált megkülönböztetésére és ennek segítségével létrehoztuk a hetente folyamatosan frissülő PDB_TM adatbázist. Emellett elkezdtem foglalkozni az időben állandó térszerkezettel nem rendelkező, úgynevezett rendezetlen fehérjékkel. Ezen a területen a legfontosabb eredményem, hogy kidolgoztam egy eredeti módszert rendezetlen fehérjék illetve fehérje szegmenseknek szekvenciából történő becslésére.
Results in English
I started the research period of 2003-2006 with setting up the freely accessible web server SCIDE for the identification of stabilization centers. Form the middle of the program my research interest gradually shifted beyond water soluble globular proteins. First, we developed the TMDET algorithm suitable for the automated discrimination of globular and transmembrane proteins, and this allowed establishing the PDB_TM database which is updated on a weekly basis. Furthermore, I become interested in the so-called disordered proteins which do not have a stable well defined three-dimensional structure. My main result on this area was the development of an original method for the prediction of disorder protein and protein segments from the amino acid sequence.
Dosztányi Zs; Magyar Cs; Tusnády GE; Simon I: SCide: identification of stabilization centers in proteins, Bioinformatics 19, 899-900, 2003
Tusnády GE; Dosztányi Zs; Simon I: Transmembrane proteins in the Protein Data Bank: identification and classification, Bioinformatics 20, 2964-2972, 2004
Tüdős E; Fiser A ; Simon Á ; Dosztányi Zs; Fuxreiter M ; Magyar Cs ; Simon I: Noncovalent Cross-links in Context with Other Structural and Functional Elements of Proteins, J Chem Inf Comput Sci 44, 347-351, 2004
Robinson A; Wu PS; Harrop SJ; Schaeffer PM; Dosztanyi Zs; Gillings MR; Holmes AJ; Nevalainen KM; Stokes HW; Otting G; Dixon NE; Curmi PM; Mabbutt BC: Integron-associated mobile gene cassettes code for folded proteins: the structure of Bal32a, a new member of the adaptable alpha+beta barrel family, J. Mol. Biol. 346, 1229-1241, 2005
Tusnády GE; Dosztányi Zs ; Simon I: TMDET: web server for detecting transmembrane regions of proteins by using their 3D coordinates., Bioinformatics 21, 1276-1277, 2005
Dosztányi Zs; Csizmók V; Tompa P; Simon I: The Pairwise Energy Content Estimated from Amino Acid Composition Discriminates between Folded and Intrinsically Unstructured Proteins, J. Mol. Biol. 347, 827-839, 2005
Dosztányi Zs ; Csizmók V; Tompa P; Simon I: IUPred: web server for the prediction of intrinsically unstructured regions of proteins based on estimated energy content, Bioinformatics 21, 3433-3433, 2005
Tusnády GE; Dosztányi Zs ; Simon I: PDB_TM: selection and membrane localization of transmembrane proteins in the protein data bank, Nucleic Acid Res 33 Database Issue D275-278, 2005
Dosztányi Zs ; Magyar Cs; Tusnády GE; Cserző M; Fiser A; Simon I: Servers for sequence-structure relationship analysis and prediction, Nucleic Acids Res 31, 3359-3363, 2003
Tompa P; Dosztányi Zs ; Simon I: Prevalent Structural Disorder in E. coli and S. cerevisiae Proteomes, J Proteome Res 5, 1996-2000, 2006
Dosztányi Zs ; Chen J; Dunker AK; Tompa P; Simon I: Disorder and Sequence Repeats in Hub Proteins and Their Implications for Network Evolution., J Proteome Res 5, 2985-2995, 2006
Dosztányi Zs; Sándor M; Tompa P; Simon I: Prediction of Protein Disorder at the Domain Level, Current Prot Pept Sci in press, 2007
Dosztányi Zs; Tompa P: Prediction of Protein Disorder, Methods Mol. Biol., 2007
Csizmók V; Dosztányi Zs; Simon I;Tompa P: Towards Proteomic approaches for the Identification of Protein Disorder, Current Prot Pept Sci in press, 2007
