Ivarplazmában lokalizált RHS-ek azonosítása DNS microarray tecnikával Drosophila melanogasterben
Title in English
Identification of germ plasm specific RHAs by DNA microarray method in Drosophila
Panel
Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent
Institute of Genetics (HUN-REN Biological Research Centre Szeged)
Participants
Szuperák, Milán
Starting date
2005-01-01
Closing date
2007-12-31
Funding (in million HUF)
13.920
FTE (full time equivalent)
6.00
state
closed project
Final report
Results in Hungarian
Drosophila melanogasterben az embrionális ivarsejtek azonosságát a pete poszterior csúcsán, az ivarplazmában lokalizált anyai géntermékek határozzák meg. Pályázatunk célja egy microarray alapú, genomszintű reverz genetikai kísérletsor végrehajtása volt ivarplazmában lokalizált RNS-ek azonosítása érdekében Drosophila melanogasterben. Genetikai módszerekkel ivarplazma hiányos és ivarplazmában túltengő petéket állítottunk elő és azok RNS tartalmát DNS microarray tecnikával hasonlítottuk össze. Polimeráz láncreakción alapuló egyszálú DNS jelölő technikát adaptáltunk pete in situ hibridizációs kísérletünkhöz, mellyel a mikroarray kísérlet eredményét tudjuk megerősíteni. Az ivarplazmában lokalizált RNS-ek funkcionális vizsgálatát kettősszálú RNS interferencia eljárással végeztük. A kettős szálú RNS-ek petébe való bejuttatására nagy tagszámú sorozatkísérlet kivitelezésére alkalmas gene gun technológiát adaptáltuk. Elvégeztük két ivarplazmában lokalizálódó RNS-t kódoló gén részletes funkcionális analízisét.
Results in English
In Drosophila melanogaster, the embryonic germ cells develop under the control of factors that localize in the germ plasm, at the most posterior part of the egg. The goal of the project was to perform a genome-wide reverse genetic experiment in order to isolate novel germ plasm localized RNA species. Making use of special genetic backgrounds, we established germ plasm deficient and germ plasm overproducing Drosophila eggs and compared their RNA content by using microarray technique. The results of the microarray experiments were confirmed with a modified in situ RNA hybridization method in which gene specific single stranded labeled DNA probes were used. The functional analysis of the germ plasm localized RNAs was performed with the help of gene gun mediated double stranded RNA interference. Finally, detailed genetic and cell biological analyses were carried out in the case of two genes which encode for germ plasm localized RNAs.
Szuperák M, Zvara Á, Erdélyi M: Identification of germ plasm-enriched mRNAs in Drosophila melanogaster by the cDNA microarray technique, MOD GEP. 5:717-23, 2005
Jenny A, Hachet O, Zavorszky P, Cyrklaff A, Weston MD, Johnston DS, Erdelyi M, Ephrussi A.: A translation-independent role of oskar RNA in early Drosophila oogenesis, Development. 2006 Aug;133(15):2827-33, 2006
P. Vilmos, L. Henn, M. Szathmári, T. Lukácsovich1, L. Sipos and M. Erdélyi: Application of the dual-tagging gene trap method combined with a novel automatic selection system to identify genes involved in germ cell development in Drosophila melanogaster, Acta Biologica Hungarica 58: Suppl. 81-95, 2007
