Biológiai makromolekulák statikus és dinamikus szerkezetvizsgálata multinukleáris, multidimenzionális NMR segítségével
Title in English
Application of multinuclear, multidimensional NMR spectroscopy in Statical and dynamical structure determination of biological macromolecules
Panel
Chemistry 1
Department or equivalent
Institute of Chemistry (Eötvös Loránd University)
Starting date
2004-01-01
Closing date
2007-09-30
Funding (in million HUF)
12.614
FTE (full time equivalent)
0.00
state
closed project
Final report
Results in Hungarian
A multinukleáris, multidimenzionális NMR spektroszkópiát alkalmazva több impulzusszekvenciát adaptáltam.
Jellemeztem néhány biológiailag fontos, gyógyszer hatóanyag jelölt nyílt láncú és ciklikus peptid oldatbeli viselkedését.
Elvégeztem a 178aminosavat tartalmazó homodimer dinein könnyű lánc jelazonosítását, vizsgáltam kötődését miozin fragmensekhez, meghatároztam a kötődési állandót. Megállapítottam, a szabad formában rendezetlen peptid fragmensek kötődés során adott szerkezetet vesznek fel.
31P NMR méréseket alkalmazva elvégeztem a dUTPáz által katalizált hidrolízis kinetikai vizsgálatát, azonosítottam a reakciótermékeket, kiszámoltam a pszeudoelsőrendű sebességi állandót, és megállapítottam, hogy a mechanizmus különbözik fémion jelenlétében és hiányában.
Results in English
One goal of this project was the application of various multinuclear, and multidimensional NMR spectroscopy techniques. I adapted several pulse sequences during the investigation of the following topics:
I characterised the solution structure and behaviour of several open-chained and cyclic peptides, that are drug candidates.
I performed the spectral assignment of the homodimer dynein light chain (DLC), made up from 178 aminoacid residues. I studied the binding properties upon formation of a DLC-myosin complex, and determined the Kd binding constant. I investigated several myosin fragments, and realised that the instrinsecally unorganised peptide fragments adopt a definite structure upon binding.
Making use of 31P NMR measurements I made the kinetic investigation of the hydrolisis reaction catalysed by the dUTPase enzyme. I characterized the reaction products, calculated the pseudo-first order kinetic constant, and proved that the reaction mechanism follows a different route in the presence and absence of metal ion.
A. Orosz, A. Szabó, G. Szeman, T. Janáky, Cs. Somlai, B. Penke, A. Bodor, A. Perczel: Novel nontoxic heat shock protein 90 inhibitors having selective antiproliferative effect, The International Journal of Biochemistry & Cell Biology, 2006, 38, 1352-1362, 2006
Z. Hódi, A. L. Németh, L. Radnai, C. Hetényi, K. Schlett, A. Bodor, A. Perczel, L. Nyitray: Alternatively spliced exon B of myosin Va is essential for binding the tail-associated light chain shared by dynein, Biochemistry, 2006, 45(41), 12582-12595, 2006
M. Gyimesi, B. Kintses, A. Bodor, A. Perczel, S. Fischer, C. R. Bagshaw, A. Málnási-Csizmadia: The mechanism of the reverse recovery-stroke, phosphate release and actin activation of dictyostelium myosin II, J. Biol. Chem. , beküldve, referálás alatt, 2007
M. Manea, A. Kalászi, G. Mező, A. Bodor, A. Perczel, K. Horváti, A. Horváth, Ö. Farkas, M. Przybylski, F. Hudecz: Antibody recognition and conformational flexibility of a plaque-specific β-amyloid epitope modulated by non-native peptide flanking regions, J.Med.Chem. , elfogadva, 2007
O. Barabás, V. Németh-Pongrácz, A. Bodor, A. Perczel, Z. Szabadka, V. Grolmusz, M. Wilmanns, B. G. Vértessy: Structural snapshots of dUTPase-catalysed phosphate ester hydrolysis directly visuelize in-line attack and reaction intermediates, Nature Struct. Mol. Biol , beküldés alatt, 2007
