Association beetween genomic alterations and gene expression, search for genetic markers in association with melanoma metastasis formation  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
48750
Type K
Principal investigator Balázs, Margit
Title in Hungarian Genomiális eltérések és génexpresszió közötti kapcsolat vizsgálata, melanomák metasztázisképzésre jellemző genetikai markerek kutatása
Title in English Association beetween genomic alterations and gene expression, search for genetic markers in association with melanoma metastasis formation
Panel Immunity, Cancer and Microbiology
Department or equivalent Department of Public Health and Epidemiology (University of Debrecen)
Participants Ádány, Róza
Bégány, Ágnes
Ecsedi, Szilvia
Lázár, Viktória
Rákosy, Zsuzsa
Treszl, Andrea
Starting date 2005-10-01
Closing date 2009-09-30
Funding (in million HUF) 16.790
FTE (full time equivalent) 4.71
state closed project





 

Final report

  
Results in Hungarian
A projekt keretében melanomák genom és génexpressziós eltéréseit analizáltuk. Q-PCR-el gyakori mutációt találtunk a BRAF és NRAS onkogénekre. BRAF mutációval asszociálódott jellegzetes eltérések a 7p22, 7q21, 7q31 szakaszok többlete és a 10q21, 10q26 lókuszok vesztése voltak. Hierachikus klaszter analizissel két jellegzetes molekuláris alosztályt figyeltünk meg, amely a kevésbé aggresszív tumoroktól az agresszív daganatokat egyértelműen elválasztották. 1095 eltérő expressziójú gén az ulcerációval asszociálódott. Közülük 1021 gén alulregulált volt a rosszprognózisú csoportban, és érdekes, hogy ugyanezek a gének magas expressiójuak voltak a másik csoportban. Metasztázisok génexpressziója az ulcerációval mutatott azonos mintázatot. Az ulcerált felszínű melanomákban csökkent expressziójú gének funkcióját vizsgálva kimutattuk, hogy többségük a bőr- és szőrfejlődési funkció, dermatológiai betegségek, daganatfejlődés, sejtosztódás a sejtciklus, sejt-sejt interakció és sejtmotilitás szabályozó folyamatokhoz tartozik, a p53, ERK/MAP, IP3/AKT és WNT/ katenin, Nf-B molekulási útvonalakon hatva. Interfázisos FISH analízissel kimutattuk, hogy az EGFR génkópiaszám többlete, primer melanomákban rossz prognózissal társul. A 9p21-es lokusz delécióját mind a korai, mind a késői melanomákban megfigyeltük. Nem találtunk szoros korrelációt a 9p21-es lokusz genetikai eltérései és a daganatok klinikopatológiai tulajdonságai között.
Results in English
Within the framework of this project using Q-PCR we found frequent mutation of the BRAF and NRAS oncogenes in primary melanomas. Genom alterations exclusively associated with BRAF mutation were gains of 7p22, 7q21, 7q31, and losses of 10q21, 10q26. Unsupervised cluster analysis of geneexpression data revealed two characteristic molecular subclasses of melanoma, segregating aggressive tumors from less aggressive ones. Differentially expressed genes (1095) were associated with ulceration. Majority these (1021) were downregulated in subclass with bad prognosis and upregulated in the less aggressive group. Geneexpression signature of metastastases displayed similar signature, majority of the genes defined for the ulcerated lesions showed reduced expression in metastatic tumors. Using functional annotations five networks were identified belonging into the hair and skin development-, cancer-, cellular growth- and proliferation and affect the p53, Wnt/-catenin and Nf-B signaling pathways. By FISH we demonstrated that elevated copies of EGFR gene is associated with poor prognosis. Outcome of patients whose primary tumors had highly amplified EGFR gene was poor. Correlation between the gene amplification, mRNA level and protein expression was not linear. 9p21 deletion was present in early and late stages of the disease with similar frequency. We could not find strong correlation the 9p21 status of melanomas and the patients’ clinical parameters.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=48750
Decision
Yes





 

List of publications

  
Lázár V, Ecsedi S, Szöllosi AG, Tóth R, Vízkeleti L, Rákosy Z, Bégány A, Adány R, Balázs M.: Characterization of candidate gene copy number alterations in the 11q13 region along with BRAF and NRAS mutations in human melanoma., Modern Pathology 22(10):1367-78., 2009
Rákosy Zs., Vízkeleti L., Ecsedi Sz., Vokó Z., Bégány Á., Ádány R. and Balázs M.:: EGFR gene alterations doesn’t associate with mRNA and protein overexpression in primary cutaneous malignant melanomas, Int J Cancer. 15;121(8):1729-37, 2007
Balazs M.: Single-cell comparative genomic hybridization analysis of micronucleated cells., Cytometry A. 75(7):557-9., 2009
Barok M, Balázs M, Nagy P, Rákosy Z, Treszl A, Tóth E, Juhász I, Park JW, Isola J, Vereb G, Szöllosi J.: Trastuzumab decreases the number of circulating and disseminated tumor cells despite trastuzumab resistance of the primary tumor., Cancer Genet Cytogenet. 2008 Apr 15;182(2):116-21., 2008
Umemura N, Saio M, Suwa T, Kitoh Y, Bai J, Nonaka K, Ouyang GF, Okada M, Balazs M, Adany R, Shibata T, Takami T.eleti L, Ecsedi S, Bégány A, Emri G, Adány R, Balázs M.: Tumor-infiltrating myeloid-derived suppressor cells are pleiotropic-inflamed monocytes/macrophages that bear M1- and M2-type characteristics., J Leukoc Biol. 2008 May;83(5):1136-44. Epub 2008 Feb 19., 2008
Nonaka K, Saio M, Suwa T, Frey AB, Umemura N, Imai H, Ouyang GF, Osada S, Balazs M, Adany R, Kawaguchi Y, Yoshida K, Takami T.: Skewing the Th cell phenotype toward Th1 alters the maturation of tumor-infiltrating mononuclear phagocytes., J Leukoc Biol. 2008 Sep;84(3):679-88. Epub 2008 Jun 19., 2008
Ecsedi Sz, Rákosy Zs, Vízkeleti L, Juhász A, Sziklai I, Ádány R., Balázs M.:: GChromosomal imbalances are associated with increased proliferation and might contribute to bone destruction in cholesteatoma, EOtolaryngology-Head and Neck Surgery 139. 635-640., 2008
Rákosy Z, Vízkeleti L, Ecsedi S, Bégány A, Emri G, Adány R, Balázs M.: Characterization of 9p21 copy number alterations in human melanoma by fluorescence in situ hybridization, Cancer Genet Cytogenet. 2008 Apr 15;182(2):116-21., 2008
Juhász A, Sziklai I, Rákosy Z, Ecsedi S, Adány R, Balázs M.: Elevated level of tenascin and matrix metalloproteinase 9 correlates with the bone destruction capacity of cholesteatomas., Otol Neurotol. 30(4):559-65., 2009
Fehér LZ, Balázs M, Kelemen JZ, Zvara A, Németh I, Varga-Orvos Z, Puskás LG.: 18.Improved DOP-PCR-based representational whole-genome amplification using quantitative real-time PCR., Diagn Mol Pathol. 2006 Mar;15(1):43-8., 2006
Adám B, Tóth L, Pásti G, Balázs M, Adány R.: Contact stimulation of fibroblasts for tenascin production by melanoma cells., Melanoma Res. 16(5):385-91., 2006
Treszl A., Rákosy Zs., Ladányi A., Ádány R., Balázs M: Complex cytogenetic analysis of a new metastatic melanoma cell line., Frontiers in Bioscience, 11:1844-1853., 2006
Székvölgyi L., Rákosy Zs., Bálint L B., Kókai E., Imre L., Vereb Gy., Bacsó Zs., Goda K., Varga S., Balázs M, Dombrádi V., Nagy L. and Szabó G.: Ribonucleoprotein-masked nicks at 50-kbp intervals in the eukaryotic genomic DNA, Proc Natl Acad Sci U S A, 18;104(38):14964-14969., 2007
Kovács T, Békési G, Fábián A, Rákosy Z, Horváth G, Mátyus L, Balázs M, Jenei A.:: DNA flow cytometry of human spermatozoa: Consistent stoichiometric staining of sperm DNA using a novel decondensation protocol., Cytometry A. 2008 Jul 31. [Epub ahead of print], 2008
Balázs M, Rákosy Zs, Treszl A, Bégány Á, Ádány R.:: Genome-wide array comparative genomic hybridization reveals novel alterations in malignant melanoma., European Association for Cancer Research-19, 1- 4 July 2006 Budapest, Hungary (előadás, a „top eight abstracts” kategóriában), 2006
Balázs M: Array CGH alkalmazási lehetőségei a klinikai gyakorlatban, Semmelweis Symposium, Sejtanalitika-Molekuláris Gasztroenterológia Konferencia Kiadványa, p36-40., 2007
Balázs M., Lázár V., Rákosy Zs., Vízkeleti L., Ecsedi Sz., Bégány Á., Emri G: Array CGH and fluoreszcence in situ hibridization analyses reveal new genomic alterations in malignant melanoma, MAP 10th Conference Saltzburg 2007, 2007
Balázs M., Lázár V., Rákosy Zs., Bégány Á., Emri G., Ádány R.: Genetics markers of melanoma progression, VII. Hungarian Genetics Congress, apr 15-17 2007 Balatonfüred, 2007
Rákosy Zs., Ádány R., Balázs M.:: Classification of primer melanoma based on the gene expression pattern, VII. Hungarian Genetics Congress, apr 15-17 2007 Balatonfüred, 2007
Vízkeleti Laura:: A 7q31-es lokusz genetikai alterációi humán malignus melanomákban., CXVIII. OTDK Biológia szekció: Molekuláris biológia I. tagozat: III.hely,, 2007
Ecsedi Szilvia: Eltérő viselkedésű cholesteatomák citogenetikai analízise FISH-el, CXVIII. OTDK Biológia szekció: Genetika biológia I. tagozat: Külön díj, 2007., 2007
Vízkeleti L., Lázár V., Ecsedi Sz., Rákosy Zs., Bégány Á., Ádány R., Balázs M.:: Array Comparative Genomic hybridization Analysis of Cutaneous Melanoma, Marie Curie - Genome Architecture in Relation to Disease: Array techniques to identify copy number variations. Workshop 1, Helsinki, Finland, Szeptember 11 – 15. 2007., 2008
Balázs M.:: A daganatprogresszió genetikai markerei., Előadás a Népegészségügyi Képző- és Kutatóhelyek első országos találkozóján. Hajdúszoboszló, 2007. november 15-17., 2008
Rákosy Zs., Bégány Á., Emri G.,Vízkeleti L., Ecsedi Sz., Ádány R., Balázs M.:: EGFR génamplifikáció szerepe a melanoma progresszió során., Magyar Dermatológiai Társulat 80. Nagygyűlése, 2007. december 13-15., 2008
Vízkeleti L., Szöllősi A., Ecsedi Sz., Rákosy Zs., Bégány Á., Ádány R., Balázs M:: Altered gene expression on the FRA7G fragile site in human malignant melanomas., XXIV ISAC International Congress, Május 17-21. 2008., 2008
Rákosy Zs., Ádány R., Balázs M.:: Global gene expression analysis of primary malignant melanoma reveals distinct set of genes associated with poor prognosis, XXIV ISAC International Congress, 2008. május 17-21., 2008
Rákosy Zsuzsa:: Melanoma progresszióval összefüggő genetikai és génexpressziós változások., Egészségtudományok Doktori Iskola, Debreceni Egyetem Orvos és Egészségtudományi Centrum, Népegészségügyi Kar 2008. április, 2008
Palkó Enikő: Hypopharynx daganat és metasztázisának genetikai analízise fluoreszcencia in situ hibridizációs módszerrel., TDK dolgozat, Debreceni Egyetem Orvos és Egészségtudományi Centrum, Általános Orvostudományi Kar, 2008., 2008




 

Events of the project

  
2022-01-25 09:37:30
Kutatóhely váltás
A kutatás helye megváltozott. Korábbi kutatóhely: Népegészségügyi Kutató Intézet (Debreceni Egyetem), Új kutatóhely: ÁOK Népegészség- és Járványtani Intézet (Debreceni Egyetem).
2020-02-13 10:29:34
Kutatóhely váltás
A kutatás helye megváltozott. Korábbi kutatóhely: NK Megelőző Orvostani Intézet (Debreceni Egyetem), Új kutatóhely: Népegészségügyi Kutató Intézet (Debreceni Egyetem).



Back »