Bioinformatics approaches to transmembrane protein structures  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
49073
Type K
Principal investigator Simon, István
Title in Hungarian Transzmembrán fehérjék bioinformatikai szerkezet vizsgálata
Title in English Bioinformatics approaches to transmembrane protein structures
Panel Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent Institute of Enzymology, BRC, Hungarian Academy of Sciences
Participants Tusnády, Gábor
Starting date 2005-01-01
Closing date 2007-12-31
Funding (in million HUF) 12.025
FTE (full time equivalent) 4.80
state closed project





 

Final report

  
Results in Hungarian
Kidolgoztunk egy eljárást, a TMDET-et, amivel meghatározható a fehérjék elhelyezkedése és orientációja a membránhoz képest (http://tmdet.enzim.hu/). A TMDET felhasználásával elkészitettük az ismert térszerkezetű transzmembrán fehérjék adatbázisát a PDB_TM-et (http://pdbtm.enzim.hu/). Készitettünk továbbá egy transzmembrán fehérje topológiai adatbázist a TOPDB-t (http://topdb.enzim.hu/). Az adatbázisokhoz kereső és elemző programokat is készitettünk. Korábban kifejlesztett topologia becslő algoritmusainkkal valamint a fenti szerverekkel összeállitást készitettünk a humán ABC transzporter fehérjékről. A kizárólag transzmembrán fehérjéket érintő módszerek mellett ki kellett dolgozni, általános minden fehérjét érintőket eljárásokai is. IUPred néven algoritmust dolgoztunk ki fehérjék rendezetlen szegmenseinek becslésére (http://iupred.enzim.hu/). Meghatároztuk, hogyan változott a rendezetlenség mértéke a törzsfejlődés során, milyen szerepet játszanak ezek a rendezetlen szakaszok a fehérjék makromolekularis kölcsönhatásaiban valamint fehérje hálózatok szerveződésében. További algoritmusokat dolgoztunk ki fehérjék stabilitásáért felelős aminosavak azonositására (http://sride.enzim.hu/) és fehérjetervezések segitésére (http://bisearch.enzim.hu/). Meghatároztuk egyes fémionok szerkezet módositásának funkciónalis szerepét és megvizsgáltunk két gyakorlati szempontból fontos fehérjét. Az eredményeket 22 cikkben közöltűk és 6 nyilvános szervert telepitettűnk a világhálóra.
Results in English
An algorithm, TMDET, have been developed to identify the position and orientation of the proteins relative to the membrane (http://tmdet.enzim.hu/). The TMDET algorithm was used to develop the PBD_TM databank of transmembrane proteins of known X-ray structure (http://pdbtm.enzim.hu/). A transmembrane protein topology database, TOPDB, were also developed (http://topdb.enzim.hu/). The databank have been furnised with search engin and data analysers. With these server and our topology prediction methods, developed earlier, a survey in human ABC transporter protein have been made. Beside these ''transmembrane protein only'' projects, we have developed additional methods which can be use on both transmembrane and water soluble proteins. An algorithm, IUPred, have been developed to predict unstructured protein segments (http://iupred.enzim.hu/). The evolutionary changes of the frequence of desordered protein (segments), and the role of the unstructured segments in the macromolecular interactions and and network building have been determined. Two other algorithms were also developed. One to locate residues responsible for protein stability, the other to support protein engineering. Finally we have determine the role of certain metal ion in function related structural changes in protein and the structure function relationship in to protein of practical interest. The results have been published in 22 papers and 6 public servers were established into the WWW.
Full text http://real.mtak.hu/1910/
Decision
Yes





 

List of publications

  
Tusnády GE, Sarkadi B, Simon I and Váradi A: Membrane topology of human ABC proteins., FEBS Lett 580, 1017-1022, 2006
Tompa P, Dosztányi Zs and Simon I: Prevalent Structural Disorder in E. coli and S. cerevisiae Proteomes, J Proteome Res 5, 1996-2000, 2006
Solt I, Magyar Cs, Simon I, Tompa P and Fuxreiter M: Phosphorylation-induced transient intrinsic structure in the kinase-inducible domain of CREB facilitates its recognition by the KIX domain of CBP, Proteins 64, 749-757., 2006
Dosztányi Zs, Chen J, Dunker AK, Simon I and Tompa P: Disorder and Sequence Repeats in Hub Proteins and Their Implications for Network Evolution, J Proteome Res 5, 2985-2995., 2006
Tusnády GE, Kalmár L and Simon I: TOPDB: topology data bank of transmembrane proteins., Nucleic Acids Res 36, D234-D239, 2008
Dosztanyi Z, Sandor M, Tompa P, Simon I: Prediction of Protein Disorder at the Domain Level, CURR PROTEIN PEPT SC 8: 161-171, 2007
Fuxreiter M, Tompa P, Simon I: Local structural disorder imparts plasticity on linear motifs, BIOINFORMATICS 23: 950-956, 2007
Meszaros B, Tompa P, Simon I, Dosztanyi Z: Molecular principles of the interactions of disordered proteins, J MOL BIOL 372: 549-561, 2007
Mones L, Simon I, Fuxreiter M: Metal-binding sites at the active site of restriction endonuclease BamHI can conform to a one-ion mechanism, BIOL CHEM 388: 73-78, 2007
Mones L, Kulhanek P, Florián J, Simon I, Fuxreiter M: Probing the Two-Metal Ion Mechanism in the Restriction Endonuclease BamHI, BIOCHEMISTRY-US 46: 14514-14523, 2007
Nemeth-Pongracz V, Barabas O, Fuxreiter M, Simon I, Pichova I, Rumlova M, Zabranska H, Svergun D, Petoukhov M, Harmat V, Klement E, Hunyadi-Gulyas E, Medzihradszky KF, Konya E, Vertessy BG: Flexible segments modulate co-folding of dUTPase and nucleocapsid proteins, NUCLEIC ACIDS RES 35: 495-505, 2007
Solt I, Simon I, Csaszar AG, Fuxreiter M: Electrostatic versus Nonelectrostatic Effects in DNA Sequence Discrimination by Divalent Ions Mg2+ and Mn2+, J PHYS CHEM B 111: 6272-6279, 2007
Dosztányi Zs, Csizmók V, Tompa P and Simon I: The Pairwise Energy Content Estimated from Amino Acid Composition Discriminates between Folded and Intrinsically Unstructured Proteins., J Mol Biol 347, 827-39., 2005
Dosztányi Zs, Csizmók V, Tompa P and Simon I: IUPred: web server for the prediction of intrinsically unstructured regions of proteins based on estimated energy content., Bioinformatics 21, 3433-4., 2005
Fuxreiter M, Magyar Cs, Juhász T, Szeltner Z, Polgár L and Simon I: Flexibility of prolyl oligopeptidase: molecular dynamics and molecular framework analysis of the potential substrate pathways., Proteins 60, 504-12., 2005
Fuxreiter M, Mezei M, Simon I and Osman R: Interfacial Water as a "Hydration Fingerprint" in the Noncognate Complex of BamHI., Biophys J 89, 903-11., 2005
Magyar Cs, Gromiha MM, Pujadas G, Tusnády GE and Simon I: SRide: a server for identifying stabilizing residues in proteins., Nucleic Acids Res 33, W303-5., 2005
Tusnády GE, Dosztányi Zs and Simon I: PDB_TM: selection and membrane localization of transmembrane proteins in the protein data bank., Nucleic Acids Res 33 D275-D278., 2005
Tusnády GE, Dosztányi Zs and Simon I: TMDET: web server for detecting transmembrane regions of proteins by using their 3D coordinates., Bioinformatics 21, 1276-1277., 2005
Tusnády GE, Simon I, Váradi A and Arányi T: BiSearch: primer-design and search tool for PCR on bisulfite-treated genomes., Nucleic Acids Res 33, e9., 2005
Arányi T, Váradi A, Simon I and Tusnády GE: The BiSearch web server, BMC Bioinformatics 7, 431, 2006
Csizmok V, Dosztanyi Z, Simon I, Tompa P: Towards Proteomic approaches for the Identification of Protein Disorder, CURR PROTEIN PEPT SC 8: 173-179, 2007



Back »