Biophysics (e.g. transport mechanisms, bioenergetics, fluorescence) (Council of Medical and Biological Sciences)
50 %
General biochemistry and metabolism (Council of Medical and Biological Sciences)
49 %
General biochemistry and metabolism (Council of Medical and Biological Sciences)
1 %
Panel
Molecular and Structural Biology and Biochemistry
Department or equivalent
Institute of Enzymology, BRC, Hungarian Academy of Sciences
Participants
Simon, István
Starting date
2006-02-01
Closing date
2009-01-31
Funding (in million HUF)
10.200
FTE (full time equivalent)
3.40
state
closed project
Summary in Hungarian
Integráns membrán fehérjék teszik ki az eddig részben vagy egészen feltárt genomok által kódolt fehérjék 25-30%-át. Minthogy ezek a fehérjék biztositják a sejt számos létfontosságú funkcióját sőt a sejt és környezete közötti anyag és információ áramlást is, ezek a fehérjék mind az alapkutatás, mind a gyógyszer és egyéb alkalmazott kutatás középpontjában állnak. A transzmembrán fehérjék számitógépes szerkezet becslésére szolgáló módszerek kifejlesztése terén sikerült jelentős eredményeket elérnünk. Az általunk kidolgozott becslő módszereket az egész vilagon, széles körben használják. Ugyancsak jelentős eredményeket értünk el az ismert térszerkezetű transzmembrán fehérjék bioinformatikai analizisének terén is. A 2006-2008 évekre tervezük a már meglévő becslő módszereink továbbfejlesztését, új becslő módszerek kidolgozását, az ismert térszerkezetű integráns membrán fehérjék további szekezet elemzését, valamint további elméleti és/vagy gyakorlati szempontból fontos egyedi transzmembrán fehérjek vizsgálatát.
Summary
Transmembrane proteins represent 25 to 30% of the proteins coded in known genomes. Since these proteins are involved in many important functions of the cell including the transfer of information and materials between the cell and the media around it, the proteins are subject of many basic and applied research. We have developed several topology prediction methods. Some of them are the most accurate and therefore among the most popular methods worldwide. We also made significant contribution on bioinformatical analyzes of transmembrane proteins of known structure. In the frame of this project we plan to upgrade some of our prediction methods, to develop new prediction methods, to go on the in-silico analyzes of transmembrane proteins and to study individual transmembrane proteins of great theoretical and/or practical interest.
Final report
Results in Hungarian
Ebben a pályázatban a FEBS Letters felkérésére összefoglalót készítettünk a humán ABC fehérjék membrán topológiájáról, továbbfejlesztettük a BiSearch PCR primer-tervező szoftvert (http://bisearch.enzim.hu), amelyről a BMC Bioinformatics-ban számoltunk be. Felkérésre írtunk egy összefoglaló könyvfejezetet is erről a témáról, ami a Methods in Molecular Biology-ban jelent meg.
Létrehoztunk továbbá két topológiai adatokat tartalmazó adatbázist, amelyeket TOPDB (http://topdb.enzim.hu) és TOPDOM (http://topdom.enzim.hu) adatbázisnak neveztünk el. A TOPDB adatbázis az ismert szerkezetű transzmembrán fehérjék topológiai adatait, valamint az irodalomban található különböző fizikai-kémiai, molekuláris biológiai módszerrel nyert topológiai adatokat tartalmazza. A TOPDOM adatbázis olyan domén és szekvencia motívum adatokat tartalmaz, amelyek a transzmembrán fehérjékben konzervatív módon találhatóak meg. Ezeket a munkákat a Nucleic Acids Research, illetve a Bioinformatics folyóiratban közöltük.
A pályázatban közreműködő Simon István további 16 cikket publikált a jelen pályázat futamidejében, amelyek közül 13 cikk a T049073 sz. OTKA pályázat zárójelentésében kerültek kifejtésre, illetve 3 a T072569 sz. OTKA pályázat első részjelentésében lesz található.
Results in English
In this project we have written a minireview to the FEBS Letters about the topology of ABC transporters. We improved the BiSearch primer design and PCR algorithm (http://bisearch.enzim.hu), which was reported in BMC Bioinformatics. We also have written a review in this fild in the Methods in Molecular Biology. We have created two databases containing topology data of transmembrane proteins, called TOPDB (http://topdb.enzim.hu) and TOPDOM (http://topdom.enzim.hu), respectively. The TOPDB database contains the topology data of transmembrane proteins with known 3D structure, as well as the details of various physico-chemical and molecular biology experiments carried out to learn about the topology of these proteins. TOPDOM is a collection of domains and sequence motifs located conservatively in one side of transmembrane proteins. These works have been published in Nucleic Acids Research and Bioinformatics, respectively. Moreover, István Simon, the participant of this project has published 16 articles in the time of this project, from which 13 articles have been reported in the final report of the T049073 OTKA project, and 3 articles will be reported in the first progress report of the T072569 OTKA project.
Arányi T, Váradi A, Simon I and Tusnády GE: The BiSearch web server., BMC Bioinformatics 7, 431., 2006
Tusnády GE, Sarkadi B, Simon I and Váradi A: Membrane topology of human ABC proteins, FEBS Lett 580, 1017-22, 2006
T Arányi and GE Tusnády: BiSearch: ePCR tool for native or bisulfite treated genomic template., "PCR primer design" volume in "Methods in Molecular
Biology" series, 2006
Tusnády GE, Kalmár L and Simon I: TOPDB: topology data bank of transmembrane proteins., Nucleic Acids Res 36, D234-9, 2008
Tusnády GE, Kalmár L, Hegyi H, Tompa P and Simon I: TOPDOM: database of domains and motifs with conservative location in transmembrane proteins., Bioinformatics 24, 1469-70, 2008
Tusnády GE and Simon I: Shedding light on transmembrane topology, Protein Structure Prediction: Method and Algorithms. Wiley Book Series on Bioinformatics, 2009
