Biophysics (e.g. transport mechanisms, bioenergetics, fluorescence) (Council of Medical and Biological Sciences)
100 %
Panel
International cooperation panel
Department or equivalent
Institute of Enzymology, BRC, Hungarian Academy of Sciences
Starting date
2006-01-01
Closing date
2007-12-31
Funding (in million HUF)
2.700
FTE (full time equivalent)
3.00
state
closed project
Summary in Hungarian
Jelen pályázat célja az EU-FP6 projektünk (No.:012127, "Finding promising drug candidates against tuberculosis with multidisciplinary protocol based non-conventional search") kiterjesztése oly módon, hogy a vizsgált cél fehérjék körét kibővítjük olyan transzmembrán fehérjékkel, amelyek a jelenlegi OTKA projektünk (No.: T049073, "Transzmembrán fehérjék bioinformatikai szerkezet vizsgálata") kutatási területét képezi. Az EU-FP6-os projektet egy nemzetközi konzorcium valósítja meg. Ez egy két éves projekt, ami 2005 júniusában indult. Csoportom 98.000 EUR támogatással részesedik a két évre. Az OTKA projekt 2005. januártól 2007. decemberig fut. A 12.250 MFt támogatást kizárólag a projekt együttműködőjének, Dr. Tusnády Gábor fizetésére és a bér járulékainak fedezésére kapjuk. Reméljük, hogy a transzmembrán fehérjék, mint cél fehérjék bevonása, jelentősen hozzájárul a TBC elleni hatóanyag kutatás sikeréhez.
Summary
This is a proposal to extend our EU-FP6 project (No: 012127) entitled:
'Finding promising drug candidates against tuberculosis with multidisciplinary protocol based non-conventional search'
by incorporating transmembrane proteins as targets in the search as an extension of our current OTKA project (No: T 049073) entitled:
'Studies of transmembrane protein structures by bioinformatics tools'
The EU-FP6 project is completed by an international consortium. It is a two year project started in June 2005. My group will receive 98000 EUR for the two year period. The OTKA project run from January 2005 to December 2007. The 12,25M HUF support is received for exclusively the salary, and salary related expenses for Gabor Tusnady, the only co-participant of my project. We hope that incorporating transmembrane proteins as targets, will significantly improve our search for promising drug candidates against tuberculosis.
Final report
Results in Hungarian
Ez a 64307 számú pályázatra elnyert támogatás nem önálló projektet finansziroz hanem a 49073 számú pályázatra elnyert összeg kiegészitése volt a 2006. és 2007. évekre. Ennek megfelelően az eredmények azonosak a 49073 számú projekt keretében, annak második és harmadik évében elért eredményeivel. Ezek közűl az eredmények közüűl itt azokat ismertetűk amelyek eléréséhez szűkség volt a kiegészitő támogatásra. Ezt a jelentést a 49073 számú pályázat jelentésével együtt kell tekinteni. A közleményekben mindig az alappályázatra hivatkoztunk és úgy tekintetjűk, hogy ezek az OTKA támogatásával készűlt munkák voltak.
Results in English
The support granted for this proposal No. 64307 is not for financing a project but for additional support for the already existed project No. 49073. Thus the products are the same as it can be found in the report of project No. 49073 for the second and for the third year. In this report we are listing those results which can not be obtaind without this supplementary financial support. The report should be considered together with our report on the project No. 49073. In the publications the basic project have been acknowledged and these papers considered as supported by the OTKA.
Dosztanyi Z, Chen J, Dunker AK, Simon I, Tompa P: Disorder and Sequence Repeats in Hub Proteins and Their Implications for Network Evolution, J PROTEOME RES 5: 2985-2995, 2006
Solt I, Magyar C, Simon I, Tompa P, Fuxreiter M: Phosphorylation-induced transient intrinsic structure in the kinase-inducible domain of CREB facilitates its recognition by the KIX domain of CBP, PROTEINS 64: 749-757, 2006
Tompa P, Dosztányi Z, Simon I: Prevalent Structural Disorder in E. coli and S. cerevisiae Proteomes, J PROTEOME RES 5: 1996-2000, 2006
Tusnady G E, Sarkadi B, Simon I, Varadi A: Membrane topology of human ABC proteins, FEBS LETT 580: 1017-1022, 2006
Dosztanyi Z, Sandor M, Tompa P, Simon I: Prediction of Protein Disorder at the Domain Level, CURR PROTEIN PEPT SC 8: 161-171, 2007
Fuxreiter M, Tompa P, Simon I: Local structural disorder imparts plasticity on linear motifs, BIOINFORMATICS 23: 950-956, 2007
Meszaros B, Tompa P, Simon I, Dosztanyi Z: Molecular principles of the interactions of disordered proteins, J MOL BIOL 372: 549-561, 2007
Nemeth-Pongracz V, Barabas O, Fuxreiter M, Simon I, Pichova I, Rumlova M, Zabranska H, Svergun D, Petoukhov M, Harmat V, Klement E, Hunyadi-Gulyas E, Medzihradszky KF, Konya E, Vertessy BG: Flexible segments modulate co-folding of dUTPase and nucleocapsid proteins, NUCLEIC ACIDS RES 35: 495-505, 2007
Tusnady GE, Kalmar L, Simon I: TOPDB: topology data bank of transmembrane proteins, NUCLEIC ACIDS RES 36: D234-D239, 2008
