Single nucleotide polymorphisms in hypodontia  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
75782
Type K
Principal investigator Tarján, Ildikó
Title in Hungarian Foghiányokat kísérő egyszerű nukleotid polimorfizmusok hypodontiában
Title in English Single nucleotide polymorphisms in hypodontia
Keywords in Hungarian hypodontia, fogcsírahiány, fogorvostudomány, SNP, genomika, gyermekfogászat
Keywords in English hypodontia, oligodontia, dentistry, SNP, genomics, pedodontics
Discipline
Public health, health services, environmental and occupational medicine, epidemiology, medical ethics (Council of Medical and Biological Sciences)100 %
Ortelius classification: Odontology
Panel Clinical Medicine
Department or equivalent Dept. of Pedodontics and Orthodontics (Semmelweis University)
Participants Bánóczy, Jolán
Hermann, Péter
Jobbágy-Óvári, Gabriella
Knolmayer, Judit
Kocsis S., Gábor
Madléna, Melinda
Páska, Csilla
Szalai, Csaba
Varga, Gábor
Vitályos, Géza
Starting date 2008-10-01
Closing date 2012-09-30
Funding (in million HUF) 19.796
FTE (full time equivalent) 7.12
state closed project
Summary in Hungarian
Vizsgálataink célja a gyakori veleszületett fogazati rendellenesség, a fogcsírahiány genomikai hátterének megismerése a magyar populációban. Olyan egyedi nukleotid polimorfizmusokat keresünk, amelyekről korábban nem tudtuk, hogy a hypodontia rizikótényezői.

Fő céljaink a következők:
1. Már ismert, a foghiányok kialakulásában feltételezhetően szerepet játszó Msx1, Pax9 és Axin2 gének egyedi polimorfizmusainak célzott feltérképezése a magyar populációban.

2. Vizsgálataink második, populáció genetikai/,-genomikai fázisában a fogfejlődésben valószínűsíthetően szerepet játszó gének, illetve a fog és fogkörnyéki szövet struktúrfehérjéit kódoló és a fogak organogenezisében kulcsszerepet játszó nagyszámú gén polimorfizmusait vizsgáljuk nagyteljesítményű génpolimorfizmus analizáló berendezés segítségével.

Vizsgálataink eredményeként a hazai populációra nézve átfogó képet kaphatunk a fogak csírahiányát befolyásoló gének egyedi nukleotid polimorfizmusairól. Ezen felül új géneket azonosíthatunk, amelyeket korábban nem hoztak összefüggésbe a hypodontia kialakulásával. Várakozásaink szerint mindezek hozzájárulhatnak a fogak számát, formáját és pozícióját meghatározó mechanizmusok megismeréséhez a fogfejlődés során. A genetikai/genomikai háttér felderítése jó alapot szolgáltathat új diagnosztikus módszerek kifejlesztésére és a génterápia megalapozására a szájüregi kórfolyamatok kezelésében.
Summary
The purpose of our study is to map single nucleotide polymorphisms (SNP) related to hypodontia in the Hungarian population, and to identify the genetic/genomic risk factors associated with the disease. Furthermore, new SNPs will be identified that have not been considered previously as hazards for hypodontia.

Our major objectives are the followings:
1. Targeted single gene polymorphism studies with genes Msx1, Pax9 and Axin2, which are potentially involved in the development of hypodontia.

2. Population genetic/genomic studies on the SNPs of a large number of genes that are likely involved in hypodontia and tooth development using a high throughput genotyping system. In this phase of our work we will study the SNPs of the genes of structural and regulatory proteins that probably play a role in tooth organogenesis using a high throughput genotyping system.

As a result of our investigation, we may provide a representative picture on the single nucleotide polymorphisms affecting tooth agenesis. In addition we can identify new genes, which were previously not implicated as factors promoting the development of hypodontia. We expect that our work will help the better recognition of molecular factors determining the number, position and form of teeth during normal development as well. The understanding of this genetic/genomic background may also provide a good basis for the development of appropriate diagnostic tools and for the treatment of dental disorders by gene therapy.




 

Final report

  
Results in Hungarian
Komplex megközelítéssel tanulmányoztuk a fogcsírahiányban feltehetőleg résztvevő több egyszerű nukleotid polimorfizmust (SNP) a magyar populációban. A PAX9, az MSX1, az FGFR1, az IRF6 és az AXIN2 nyolc polimorfizmusát vizsgáltuk 192 hipodonciás, 17 oligodonciás és 260 egészséges önkéntes esetében. Az eset-kontroll analízisben mind az allél, mind a genotípus asszociációk gyakoriságát, valamint a haplotípus szintű asszociációk gyakoriságát tanulmányoztuk. Többváltozós Bayes hálózat alapú többszintű valószínűségi analízist (BN-BMLA) és logisztikus regressziót végeztünk. A hagyományos statisztikák azt mutatták, hogy a PAX9 -912-es SNP és az MSX1 SNP megváltoztatta a hipodoncia előfordulását, de korrekció után a hatások csak marginális tendenciát mutattak. A többszörös hipotézis tesztelésre alkalmasabb BN-BMLA analízist használva a PAX9 SNP-k szinergikus hatást adtak. Ezt megerősítette más többváltozós analízis is, és az összefüggés szignifikáns maradt a többszörös hipotézis tesztelés után is . A PAX9-1031-A-PAX9-912-T haplotípus volt a legjelentősebb kombináció ami csírahiányt okozott. PAX9 és MSX1 között az együtthatás gyengébb volt, míg más SNP-nek nem volt hatása a hipodonciára. Komplex analízisünk megmutatta a PAX9 és MSX1-es SNP-k együtthatásának fontos szerepét a fogcsírahiányra, míg az IRF6, FGFR1 és Axin2 SNP-knek nem volt detektálható szerepe a magyar populációban. A mi eredményeink is rávilágítanak a populációk közötti eltérések jelentőségére.
Results in English
We studied the role of multiple single nucleotide polymorphisms (SNP) in tooth agenesis in the Hungarian population using a complex approach. Eight SNPs of PAX9, MSX1, FGFR1, IRF6 and AXIN2 were studied in 192 hypodontia and 17 oligodontia cases and in 260 healthy volunteers. Case-control analysis was performed to test both allelic and genotypic associations as well as associations at the level of haplotypes. Multivariate exploratory Bayesian network based multilevel analysis of relevance (BN-BMLA) as well as logistic regression analysis were performed. Conventional statistics showed that PAX9 SNP -912 C/T and the MSX1 SNP changed the incidence of hypodontia, although after correction the effects were only borderline tendencies. Using a statistical analysis better suited for handling multiple hypotheses, the BN-BMLA, PAX9 SNPs clearly showed a synergistic effect. This was confirmed by other multivariate analyses and it remained significant after corrections for multiple hypothesis testing. The PAX9-1031-A-PAX9-912-T haplotype was the most relevant combination causing hypodontia. Interaction was weaker between PAX9 and MSX1, while other SNPs had no joint effect on hypodontia. Our complex analysis shows the important role of PAX9 and MSX1 SNPs and of their interactions in tooth agenesis, while IRF6, FGFR1 and AXIN2 SNPs had no detectable role in the Hungarian population. Our results also reveal the variations of risk factors in hypodontia.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=75782
Decision
Yes





 

List of publications

  
G. JOBBÁGY-ÓVÁRI, C. PÁSKA, P. STIEDL,, B. TRIMMEL, D. HONTVÁRI, B. SOÓS, P. HERMANN, ZS. TÓTH, M. MARTONOSI, K. NAGY, D. NAGY, I. SZÁNTÓ, Á. NAGY, B. KEREKES-MÁTHÉ, M. SZÉKELY, É. HADADI, C. SZALAI, G. HULLÁM, G. TEMESI, P. ANTAL, G. VARGA, I. TARJÁN: Genomic variations of five candidate genes in association with hypodontia in the Hungarian population, Acta Odontol Scand, közlésre beküldve, 2013
G. Varga, E. Bori, K. Kálló, K. Nagy,I. Tarján, GZ Rácz: Novel Possible Pharmaceutical Research Tools: Stem Cells, Gene Delivery and their Combination, Curr Pharm Des 19 (1): 133-141 (publ ahead 2012 Aug 23), 2013
Páska Csilla, Jobbágy-Óvári Gabriella, Stiedl Péter, Hontvári Dorina, Trimmel Bálint, Soós Borbála, Hermann Péter, Tóth Zsuzsanna, Martonosi Mihály, Nagy Ákos, Szántó Ildikó, Nagy Dávid, Kerekes-Máthé Bernadett, Hadadi Éva, Szalai Csaba, Hullám Gábor, Temesi Gábor, Antal Péter, Tarján Ildikó, Varga Gábor: A CSÍRAHIÁNY GENETIKAI HÁTTERE A MAGYAR POPULÁCIÓBAN, MFE Árkövy Vándorgyűlés, Pécs, 2012. szeptember 20-22, 2012
G. JOBBÁGY-OVARI, C. PÁSKA, P. STIEDL, D. HONTVÁRI, B. TRIMMEL, B. SOÓS, P. HERMANN, Z. TÓTH, M. MARTONOSI, I. SZÁNTÓ, Á. NAGY, D. NAGY, B. KEREKES-MÁTHÉ, É. HADADI, C. SZALAI, G. HULLÁM, G. TEMESI, P. ANTAL, M. MADLÉNA, I. TARJÁN, G. VARGA,: Genetic Determinants of Tooth Agenesis in the Hungarian Population, J Dent Res 90B: 530, 2011
Rencz B., Iinuma M., Remport B., Fábián G., Tarján I.: Comparing the root-crown ratio of Japanese, Hungarian and German young population., 22nd Congress of IAPD München, Int.J of Paed. Dent 19 (S1): 125, 2009
Rózsa N., Nagy K., Vajó Z., Gábris K., Károlyházi K., Alberth M.,Tarján I.: A maradó szemfog aplasia előfordulási aránya és kezelési lehetőségei orthodonciai betegeken., MFE Magyar Gyermekfogászati és Fogszabályozási Társaságának IV. Tóth Pál Vándorgyűlése, Szeged, 2009
B. RENCZ, M. IINUMA, B. REMPORT, I. TARJÁN, G. FÁBIÁN: Importance of the root-crown ratios in different populations, J Dent Res 90B: 499, 2011
K. DÉRI, I. TARJÁN, I. SIMON, N. RÓZSA: The prevalence of talon cusp in primary dentition, J Dent Res 90B: 45, 2011
K. KÁROLYHÁZY, N. RÓZSA, L. KÁDÁR, I. TARJÁN: Interdisciplinary treatment approach of two young patients. Case presentation, J Dent Res 90B: 462, 2011
B. NEMES, G. JOBBÁGY-OVARI, C. PÁSKA, G. VARGA, A. VEGH: CLP Patients and Hypodontia, a Single Nucleotide Polymorphism Study, IADR World Congress, 2011, San Diego, J Dent Res 90A: 3675, 2011
Kiraly M, Kadar K, Horváthy DB, Nardai P, Racz GZ, Lacza Z, Varga G, Gerber G.: Integration of neuronally predifferentiated human dental pulp stem cells into rat brain in vivo, Neurochem Int. 2011 Sep;59(3): 371-81, 2011
Jobbágy-Óvári Gabriella, Soós Borbála, Hermann Péter, Varga Gábor, Tarján Ildikó: Génpolimorfizmusok lehetséges szerepe a foghiányok kialakulásában, Az MFE Magyar Gyermekfogászati és Fogszabályozási Társaságának IV. Tóth Pál Vándorgyűlése, Szeged, 2009
Jobbágy-Óvári Gabriella, Tarján Ildikó, Varga Gábor,: Hypodontia és parodontitis kialakulásában szerepet játszó génplimorfizmusok vizsgálata, „Consilium Silvanus, Pone Navata” Applied Biosystems tudományos előadások, Visegrád, 2009
Rózsa N, Nagy K, Vajó Z, Gábris K, Soós A, Alberth M, Tarján I.: Prevalence and distribution of permanent canine agenesis in dental paediatric and orthodontic patients in Hungary., Eur J Orthod. 2009 Aug;31(4):374-9., 2009
K. Kádár, M. Király, B. Porcsalmy, B. Molnár, J. Blazsek G.Z. Rácz, K. Kálló, E.L. Szabó, I. Gera, G. Gerber, G. Varga: Differentiation potential of stem cells from human dental origin – promise for tissue engineering, Journal of Physiology and Pharmacology 2009, 60 (S7): 167-175, 2009
P. STIEDL, D. HONTVÁRI, G. JOBBÁGY-OVÁRI, B. SOÓS, P. HERMANN, Z. TÓTH, B. KEREKES-MÁTHÉ, M. MARTONOSI, K. NAGY, I. SZÁNTÓ, Á. NAGY, I. TARJÁN, G. VARGA: Hypodontia Associated with Fgfr1 and Pax9 Polymorphisms in Hungarian Population, IADR World Congress, 2010 Barcelona, J Dent Res 89B: 1250, 2010
Hontvári D, Stiedl P, Jobbágy-Óvári G, Soós B, Hermann P, Madléna M, Tarján I, Varga G: FOGCSÍRAHIÁNYOK KIALAKULÁSÁBAN SZEREPET JÁTSZÓ FGFR1 ÉS PAX9 SNP-K VIZSGÁLATA A MAGYAR POPULÁCIÓBAN, Magyar Élettani Társaság Vándorgyűlése, Szeged 2010 julius, 2010




 

Events of the project

  
2011-03-18 10:56:43
Résztvevők változása



Back »