 |
Tumorokban és gyulladásos folyamatokban meghatározó szerepet játszó kinázok és foszfodiészterázok fehérje-fehérje kölcsönhatásainak feltérképezése
|
súgó 
nyomtatás 
|
Ezen az oldalon az NKFI Elektronikus Pályázatkezelő Rendszerében nyilvánosságra hozott projektjeit tekintheti meg.
vissza »
|
| |
Projekt adatai |
|
|
| azonosító |
108642 |
| típus |
K |
| Vezető kutató |
Závodszky Péter |
| magyar cím |
Tumorokban és gyulladásos folyamatokban meghatározó szerepet játszó kinázok és foszfodiészterázok fehérje-fehérje kölcsönhatásainak feltérképezése |
| Angol cím |
Mapping, characterization and specific inhibition of allosteric protein-protein interactions in signalling networks involved in tumorigenesis and inflammation. |
| magyar kulcsszavak |
allosztéria, kinázok, jelátviteli útvonalak, rekombináns fehérjék |
| angol kulcsszavak |
allostery, kinases, signal transduction pathways, recombinant proteins |
| megadott besorolás |
| Általános biokémia és anyagcsere (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma) | 80 % | | Ortelius tudományág: Biokémia | | Biofizika (pl. transzport-mechanizmusok, bioenergetika, fluoreszcencia) (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma) | 10 % | | Ortelius tudományág: Molekuláris biofizika | | Biológiai rendszerek elemzése, modellezése és szimulációja (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma) | 10 % |
|
| zsűri |
Immun-, Tumor- és Mikrobiológia |
| Kutatóhely |
Molekuláris Élettudományi Intézet (HUN-REN Természettudományi Kutatóközpont) |
| résztvevők |
Beinrohr László
Buday László
Dobó József
Gál Péter
Gráczer Éva
Györffy Dániel
Hajdú István
Kazinczyné Dr. Vas Mária
Kéri György
Kocsis Andrea
Lorincz Zsolt
Matkovicsné Dr. Varga Andrea
Paréj Katalin
Sajó Ráchel
Szilágyi András
Szimler Tamás Csaba
Végh Barbara Márta
Vonderviszt Ferenc
|
| projekt kezdete |
2013-09-01 |
| projekt vége |
2018-08-31 |
| aktuális összeg (MFt) |
74.076 |
| FTE (kutatóév egyenérték) |
30.39 |
| állapot |
lezárult projekt |
magyar összefoglaló A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.
A tumoros megbetegedések az esetek többségében bonyolult és sok részletében felderítetlen kapcsolatban vannak a gyulladásos folyamatokkal. Ezeket a jelenségeket, amelyek a „normális” jelátviteli folyamatok zavarára vezethetőek vissza, a bennük megvalósuló fehérje-fehérje kölcsönhatások hálózatának részletes megismerése útján érthetjük meg. A sejten belüli jelátviteli utak fontos szereplői a kinázok és a foszfodiészterázok. Ezek a korlátozott specificitású enzimek nagy részben ismeretlen, allosztérikus fehérje–fehérje kölcsönhatások útján rendkívül specifikus jelpályákban vesznek részt. A sejten belüli jelátviteli hálózatok csomópontjaiban feltételezett, patofiziológiailag fontos, allosztérikus kölcsönhatások létének felderítésével, természetének in vitro, molekulaszerkezeti szinten történő leírásával és értelmezésével új in vivo összefüggések feltárását reméljük, s azt, hogy a birtokunkban lévő inhibitor könyvtárra és molekula-modellezési eredményekre támaszkodva specifikus, allosztérikus gátlószereket találunk. Ezek segítségével egyes jelpályákat szelektív módon kikapcsolva új ismereteket nyerhetünk bizonyos rendellenességekben szerepet játszó jelpályák működési mechanizmusáról és élettani jelentőségéről. A kísérleti munkát olyan fehérjékkel indítjuk (AuroraA, ROCK1,2, PGK, LIM kináz, PDE2,3,4,5,10), amelyekkel van már tapasztalatunk, és funkcionálisan releváns fehérje-fehérje kölcsönhatásokban partnerei egymásnak. A kísérleti munkával párhuzamosan bioinformatikai módszereket is bevetünk, hogy az új eredményeket a meglévő ismeretekkel szintézisben értelmezhessük és új célpontokat találjunk. A kezdeti célfehérjék készletét ennek alapján változtatjuk vagy bővítjük.
Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.
Alaphipotézisünk, hogy a tumoros és gyulladásos folyamatok hátterében meghúzódó jelpálya-zavarok egyik oka a bizonyos csomópontokban működő allosztérikus enzim-enzim kölcsönhatások zavara. A rendelkezésre álló jelpálya-hálózatok alapján mód van fontosnak tűnő fehérje-fehérje kölcsönhatások kiválasztására és ezek in vitro ellenőrzésére rekombináns fehérjékkel. A kölcsönhatások kvantitatív jellemzése (Biacore, enzimkinetika) és molekulaszerkezeti hátterének meghatározása fizikai módszerekkel (irányított mutagenezis, röntgen diffrakció, NMR, DSC, FRET, stb.) elvezethet specifikus gátlószerek kiválasztásához és tervezéséhez. A specifikus gátlás lehetőséget ad e csomópontok patofiziológiai jelentőségének ellenőrzésére sejtes környezetben, szerencsés esetben új jelpálya-útvonalak felfedezésére. Rendelkezésre állnak nagy számban olyan adatbázisok, amelyek igazolt és feltételezett fehérje-fehérje kölcsönhatásokat és jelpálya-útvonalakat tartalmaznak. Az adatok egy része azonban kis felbontású vagy megbízhatatlan. A hálózat egyes elemeinek szerepét specifikus inhibitorok tervezésével és alkalmazásával in vivo környezetben is értelmezni kívánjuk. A specifikus inhibitorok tervezésének egyik legnagyobb akadálya az allosztérikus kölcsönhatások atomi felbontású részleteinek tisztázatlansága. Tervünk, hogy a kiválasztott célfehérjék partnereit azonosítsuk, kísérleti úton jellemezzük a kölcsönhatást, és ennek alapján domén-, majd atomi felbontású fehérje-fehérje kölcsönhatási térképet szerkesszünk. Végső célunk, hogy nagyfelbontású képet alkossunk az allosztérikus információterjedés mechanizmusáról a jelátviteli folyamtokban fontos fehérjekomplexek és hálózataik szintjén.
Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!
A kutatás célpontjai olyan fehérjék, amelyek a tumoros és gyulladásos folyamatokban, valamint ezek kapcsolatában jelentős szerepet játszanak. E folyamatok hátterében a sejtek jelátviteli útvonalainak zavara áll. A zavarok megszüntetése érdekében lehetőség szerint úgy kell beavatkozni, hogy csak a hibás folyamatot célozzuk meg, eközben a normális funkciókat érintetlenül hagyva. A hagyományos gyógyszerek többnyire ortosztérikus inhibitorok, amelyek az aktív helyekhez kötődnek, ezért szelektivitásuk alacsony, különösen olyan rendszerek esetében, melyekben sok rokon enzim működik, mint pl. a kinázok. Az allosztérikus inhibitorok ezzel szemben nem az aktív helyhez kötődnek, ezáltal szelektívek és lehetővé teszik a funkció finom szabályozását is. A nagy szelektivitás és a mellékhatások minimalizálása érdekében tehát az allosztérikus gyógyszerek részesítendők előnyben. Az allosztérikus mechanizmusok leírásához, nagy specificitású allosztérikus inhibitorok megtalálásához és tervezéséhez ismernünk kell ezen kölcsönhatások molekulaszerkezeti részleteit. Ezen ismeretekre alapozva – bioinformatikai eszközökkel – szelektív gátlószerek tervezhetőek illetve válogathatóak, amelyek gyógyszerek vezér molekulái lehetnek. Kutatási projektünk a fehérje-fehérje kölcsönhatások vizsgálatára irányul, és arra, hogyan lehet ezeket befolyásolni gyógyszerekkel (inhibitorok, aktivátorok). Az ilyen gyógyszermolekulák tehát voltaképpen nem egyes fehérjéket, hanem azok kölcsönhatásait célozzák meg. A kutatás megnyithatja az utat nagy specificitású, minimális mellékhatással rendelkező, allosztérikus kinázinhibitorok (gyógyszerek) kifejlesztése előtt.
A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.
A tumoros megbetegedések és a krónikus gyulladás a népbetegségek körébe tartozik. Ezen kóros folyamatok hátterében a sejtek bonyolult jelátviteli útvonalainak zavara áll. Ezek a folyamatok kiterjedt fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózatokban kapcsolódnak egymáshoz. Kutatásunk célja ezeknek a fehérje-fehérje kölcsönhatásoknak a feltárása és részletes leírása, mely lehetővé teszi a jelátviteli útvonalak megértését. A gyógyszeres kezelés célja általában az, hogy a káros kölcsönhatásokat befolyásolja, miközben a normális működéshez szükséges folyamatokat érintetlenül hagyja. Munkánk arra irányul, hogy megtaláljuk azokat a célpontokat (fehérjéket) ezekben a hálózatokban, amelyeknek káros kölcsönhatásait szelektíven kiiktatva, azaz mellékhatások okozása nélkül, a baj elhárítható.
| angol összefoglaló Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.
Cancer and inflammation are related and both arise as consequences of disturbances in certain cellular signalling pathways. The signal transduction processes are mostly interpreted in terms of networks. These involve direct and indirect, strong and weak protein-protein interactions. Kinases and phosphodiesterases are important players in signalling pathways. They are enzymes with limited specificity, and are subject to allosteric regulatory mechanisms. Cellular signalling mechanisms are intensively studied at the level of pathways and networks, and the significance of allosteric effects is recognized. The weakest domain of our knowledge is the understanding and quantitative description of allosteric mechanisms, based on the locations and structures of the allosteric binding sites, the binding constants, and the character of the interactions. The aim of this project is to select, verify and map functionally relevant protein-protein interactions, select or design specific inhibitors to switch on and off or modulate individual enzymes, and interpret their function in cellular context. Proteins of pathophysiologcal significance will be targeted. A set of kinases and phoshodiesterases, 10 proteins, (Aurora A, Rock1,2, PGK, LIM kinase 2, PDE2,3,4,5,10) were selected as an initial target pool to begin experimental work. In later phases of the project, the target pool will be extended to other relevant proteins. Computational analyses will be performed in synergy with the experimental work.
What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.
The fundamental thesis is that the complex and partially unravelled links between chronic inflammation and cancer arise as consequences of disturbances in certain cellular signalling networks. Revealing and describing the underlying protein-protein interactions in these networks is the way of understanding these signalling pathways. The complex interaction network of limited specificity kinases and phosphodiesterases results in highly specific signalling systems in the cell. Protein-protein interactions allow information transmission over the network. There is a rich collection of databases comprising verified and suspected protein interaction and signalling networks. However, some of these data are of low confidence and low resolution. In the case of disturbances in a certain signalling pathway, intervention must be specific and the best means to achieve this is to target the specific protein-protein interactions. The major obstacle to developing specific inhibitors of signalling pathways is the lack of detailed knowledge on these interactions. The goal of this project is to identify the binding partners of the target proteins and experimentally characterize their interactions, to build a domain-level and eventually an atomic-structure-level protein-protein interaction map of the protein complexes involved in signalling. By this way we expect to obtain a high-resolution picture of allosteric information transmission within these complexes and over the network.
What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.
The project will target proteins of pathophysiological significance in cancer, inflammation, and the link between them. These pathological phenomena arise as consequences of disturbances in certain cellular signalling networks. In these cases, intervention must be specific to the abnormal process and should not affect the normal function of the organism. Traditional orthosteric inhibitors bind to active sites and their selectivity is limited, particularly in the case of a system where a number of related enzymes are involved, e.g. kinases. Allosteric inhibitors, binding to sites different than the substrate binding sites, promise selectivity and the chance of fine-tuning the function. To describe allosteric regulatory mechanisms and find or design highly specific allosteric inhibitors to switch on/off or modulate selected functions or interactions, detailed information at the level of individual proteins, domains, motifs and even groups of atoms is required. Modern drugs should be specific and minimize side effects. To this end, allosteric and allo-network drugs are often preferable instead of directly targeting a malfunctioning protein. Our project focuses on studying protein-protein interactions and on how they can be influenced by drugs (inhibitors, activators) to favorably affect a disease state. Therefore, the targets to be found are in fact not individual proteins (nodes in the network) but interactions of proteins (edges in the network). These are sometimes called “edgetic drugs”. This research can open up the way to develop highly specific allosteric kinase inhibitors (drugs) with minimized side effects, for the treatment of cancer and inflammation.
Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.
Cancer and inflammation are related and widespread diseases. There is a complex and partially unravelled link between chronic inflammation and cancer. These pathological phenomena arise as consequences of disturbances in certain cellular signalling networks. Revealing and describing the underlying protein-protein interactions in these networks is the way of understanding these signalling pathways. These pathways are organised into networks. In case of disturbances in certain signalling pathways, intervention must be specific to the abnormal process and should not affect the normal function of the organism (side effects). The means to achieve this is to target the specific allosteric protein-protein interactions. The aim of our research is to find the target of intervention which is responsible for the disease, and act on it in a selective way, not disturbing normal functions.
|
|
|
|
|
|
|
|
| |
Közleményjegyzék |
|
|
| Szilagyi A, Zhang Y.: Template-based structure modeling of protein-protein interactions., Curr Opin Struct Biol. 2014 Feb;24:10-23. doi: 10.1016/j.sbi.2013.11.005. Epub 2013 Dec 11., 2014 | | Dobi K, Hajdú I, Flachner B, Fabó G, Szaszkó M, Bognár M, Magyar C, Simon I, Szisz D, Lőrincz Z, Cseh S, Dormán G.: Combination of 2D/3D ligand-based similarity search in rapid virtual screening from multimillion compound repositories. Selection and biological evaluation of potential P, Molecules. 2014 May 28;19(6):7008-39. doi: 10.3390/molecules19067008., 2014 | | Vas M: PHOSPHOGLYCERATE KINASE: A Hinge-Bending Enzyme, Nova Science publishers, 2013 | | Gráczer E, Bacsó A, Kónya D, Kazi A, Soós T, Molnár L, Szimler T, Beinrohr L, Szilágyi A, Závodszky P, Vas M.: Drugs Against Mycobacterium Tuberculosis 3-Isopropylmalate Dehydrogenase Can be Developed using Homologous Enzymes as Surrogate Targets., Protein Pept Lett. 2014 Jun 6. [Epub ahead of print, 2014 | | Than NG, Balogh A, Romero R, Kárpáti E, Erez O, Szilágyi A, Kovalszky I, Sammar M, Gizurarson S, Matkó J, Závodszky P, Papp Z, Meiri H.: Placental Protein 13 (PP13) - A Placental Immunoregulatory Galectin Protecting Pregnancy., Front Immunol. 2014 Aug 20;5:348. doi: 10.3389/fimmu.2014.00348., 2014 | | Paréj K, Hermann A, Donáth N, Závodszky P, Gál P, Dobó J: Dissociation and re-association studies on the interaction domains of mannan-binding lectin (MBL)-associated serine proteases, MASP-1 and MASP-2, provide evidence for het, Mol Immunol. 2014 May;59(1):1-9. doi: 10.1016/j.molimm.2013.12.003, 2014 | | Megyeri M, Jani PK, Kajdácsi E, Dobó J, Schwaner E, Major B, Rigó J Jr, Závodszky P, Thiel S, Cervenak L, Gál P.: Serum MASP-1 in complex with MBL activates endothelial cells., Mol Immunol. 2014 May;59(1):39-45. doi: 10.1016/j.molimm.2014.01.001., 2014 | | Dobó J, Schroeder V, Jenny L, Cervenak L, Závodszky P, Gál P.: Multiple roles of complement MASP-1 at the interface of innate immune response and coagulation., Mol Immunol. 2014 Oct;61(2):69-78. doi: 10.1016/j.molimm.2014.05.013, 2014 | | Sajó R, Liliom K, Muskotál A, Klein A, Závodszky P, Vonderviszt F, Dobó J.: Soluble components of the flagellar export apparatus, FliI, FliJ, and FliH, do not deliver flagellin, the major filament protein, from the cytosol to the export gate., Biochim Biophys Acta. 2014 Nov;1843(11):2414-23. doi: 10.1016/j.bbamcr.2014.07.004., 2014 | | Palló A, Oláh J, Gráczer E, Merli A, Závodszky P, Weiss MS, Vas M.: Structural and Energetic Basis of Isopropylmalate Dehydrogenase Enzyme Catalysis., FEBS J. 2014 Sep 11. doi: 10.1111/febs.13044., 2014 | | Szilagyi A, Zhang Y.: Template-based structure modeling of protein-protein interactions., Curr Opin Struct Biol. 2014 Feb;24:10-23. doi: 10.1016/j.sbi.2013.11.005. Epub 2013 Dec 11., 2014 | | Dobi K, Hajdú I, Flachner B, Fabó G, Szaszkó M, Bognár M, Magyar C, Simon I, Szisz D, Lőrincz Z, Cseh S, Dormán G.: Combination of 2D/3D ligand-based similarity search in rapid virtual screening from multimillion compound repositories. Selection and biological evaluation of potential P, Molecules. 2014 May 28;19(6):7008-39. doi: 10.3390/molecules19067008., 2014 | | Gráczer E, Bacsó A, Kónya D, Kazi A, Soós T, Molnár L, Szimler T, Beinrohr L, Szilágyi A, Závodszky P, Vas M.: Drugs Against Mycobacterium Tuberculosis 3-Isopropylmalate Dehydrogenase Can be Developed using Homologous Enzymes as Surrogate Targets., Protein Pept Lett. 2014;21(12):1295-307., 2014 | | Paréj K, Hermann A, Donáth N, Závodszky P, Gál P, Dobó J: Dissociation and re-association studies on the interaction domains of mannan-binding lectin (MBL)-associated serine proteases, MASP-1 and MASP-2, provide evidence for het, Mol Immunol. 2014 May;59(1):1-9. doi: 10.1016/j.molimm.2013.12.003, 2014 | | Megyeri M, Jani PK, Kajdácsi E, Dobó J, Schwaner E, Major B, Rigó J Jr, Závodszky P, Thiel S, Cervenak L, Gál P.: Serum MASP-1 in complex with MBL activates endothelial cells., Mol Immunol. 2014 May;59(1):39-45. doi: 10.1016/j.molimm.2014.01.001., 2014 | | Dobó J, Schroeder V, Jenny L, Cervenak L, Závodszky P, Gál P.: Multiple roles of complement MASP-1 at the interface of innate immune response and coagulation., Mol Immunol. 2014 Oct;61(2):69-78. doi: 10.1016/j.molimm.2014.05.013, 2014 | | Sajó R, Liliom K, Muskotál A, Klein A, Závodszky P, Vonderviszt F, Dobó J.: Soluble components of the flagellar export apparatus, FliI, FliJ, and FliH, do not deliver flagellin, the major filament protein, from the cytosol to the export gate., Biochim Biophys Acta. 2014 Nov;1843(11):2414-23. doi: 10.1016/j.bbamcr.2014.07.004., 2014 | | Palló A, Oláh J, Gráczer E, Merli A, Závodszky P, Weiss MS, Vas M.: Structural and Energetic Basis of Isopropylmalate Dehydrogenase Enzyme Catalysis., FEBS J. 2014 Nov;281(22):5063-76. doi: 10.1111/febs.13044., 2014 | | Gráczer É, Palló A, Oláh J, Szimler T, Konarev PV, Svergun DI, Merli A, Závodszky P, Weiss MS, Vas M.: Glutamate 270 plays an essential role in K(+)-activation and domain closure of Thermus thermophilus isopropylmalate dehydrogenase., FEBS Lett. 2015 Jan 16;589(2):240-5. doi: 10.1016/j.febslet.2014.12.005., 2015 | | Beinrohr L, Szimler T, Paréj K, Gráczer É, Végh BM, Sajó R, Zsigmond A, Megyeri M, Flachner B, Gál P, Závodszky P, Hajdú I: A unified and modular vector set for expression screening in bacteria, yeast, insect and mammalian cells, Biotechniques, submitted, 2015 | | Gráczer É, Szimler T, Garamszegi A, Konarev PV, Lábas A, Oláh J, Palló A, Svergun DI, Merli A, Závodszky P, Weiss MS, Vas M.: Dual Role of the Active Site Residues of Thermus thermophilus 3-Isopropylmalate Dehydrogenase: Chemical Catalysis and Domain Closure., Biochemistry. 2016 Jan 26;55(3):560-74., 2016 | | Oroszlán G, Kortvely E, Szakács D, Kocsis A, Dammeier S, Zeck A, Ueffing M, Závodszky P, Pál G, Gál P, Dobó J.: MASP-1 and MASP-2 Do Not Activate Pro-Factor D in Resting Human Blood, whereas MASP-3 Is a Potential Activator: Kinetic Analysis Involving Specific MASP-1 and MASP-2 Inhi, J Immunol. 2016 Jan 15;196(2):857-65., 2016 | | Dobó J, Szakács D, Oroszlán G, Kortvely E, Kiss B, Boros E, Szász R, Závodszky P, Gál P, Pál G: MASP-3 is the exclusive pro-factor D activator in resting blood: the lectin and the alternative complement pathways are fundamentally linked., Sci Rep. 2016 Aug 18;6:31877., 2016 | | Sajó R, Tőke O, Hajdú I, Jankovics H, Micsonai A, Dobó J, Kardos J, Vonderviszt F.: Structural plasticity of the Salmonella FliS flagellar export chaperone., FEBS Lett. 2016 Apr;590(8):1103-13, 2016 | | Jani PK, Schwaner E, Kajdácsi E, Debreczeni ML, Ungai-Salánki R, Dobó J, Doleschall Z, Rigó J Jr, Geiszt M, Szabó B, Gál P, Cervenak L.: Complement MASP-1 enhances adhesion between endothelial cells and neutrophils by up-regulating E-selectin expression., Mol Immunol. 2016 Jul;75:38-47., 2016 | | Kjaer TR, Jensen L, Hansen A, Dani R, Jensenius JC, Dobó J, Gál P, Thiel S.: Oligomerization of Mannan-binding Lectin Dictates Binding Properties and Complement Activation., Scand J Immunol. 2016 Jul;84(1):12-9., 2016 | | Oroszlán G, Kortvely E, Szakács D, Kocsis A, Dammeier S, Zeck A, Ueffing M, Závodszky P, Pál G, Gál P, Dobó J.: MASP-1 and MASP-2 Do Not Activate Pro-Factor D in Resting Human Blood, whereas MASP-3 Is a Potential Activator: Kinetic Analysis Involving Specific MASP-1 and MASP-2 Inhibitors., J Immunol. 196(2):857-65., 2016 | | Than NG, Balogh A, Romero R, Kárpáti E, Erez O, Szilágyi A, Kovalszky I, Sammar M, Gizurarson S, Matkó J, Závodszky P, Papp Z, Meiri H.: Placental Protein 13 (PP13) - A Placental Immunoregulatory Galectin Protecting Pregnancy., Front Immunol. 5:348., 2014 | | Szilágyi A, Györffy D, Závodszky P: Segment swapping aided the evolution of enzyme function: the case of uroporphyrinogen III synthase., Proteins (accepted with minor revisions), 2016 | | Gyimesi G, Závodszky P, Szilágyi A: Calculation of configurational entropy differences from conformational ensembles using Gaussian mixtures, Journal of Chemical Theory and Computation (accepted with minor revisions), 2016 | | Szilágyi A, Györffy D, Závodszky P: Segment swapping aided the evolution of enzyme function: the case of uroporphyrinogen III synthase., Proteins. 2017 Jan;85(1):46-53., 2017 | | Gyimesi G, Závodszky P, Szilágyi A: Calculation of configurational entropy differences from conformational ensembles using Gaussian mixtures, J Chem Theory Comput. 2017 Jan 10;13(1):29-41., 2017 | | Dobó J, Pál G, Cervenak L, Gál P.: The emerging roles of mannose-binding lectin-associated serine proteases (MASPs) in the lectin pathway of complement and beyond., Immunol Rev. 2016 Nov;274(1):98-111., 2016 | | Schwaner E, Németh Z, Jani PK, Kajdácsi E, Debreczeni ML, Doleschall Z, Dobó J, Gál P, Rigó J, András K, Hegedűs T, Cervenak L.: Transcriptome analysis of inflammation-related gene expression in endothelial cells activated by complement MASP-1., Sci Rep. 2017 Sep 5;7(1):10462., 2017 | | Szaszkó M, Hajdú I, Flachner B, Dobi K, Magyar C, Simon I, Lőrincz Z, Kapui Z, Pázmány T, Cseh S, Dormán G.: Identification of potential glutaminyl cyclase inhibitors from lead-like libraries by in silico and in vitro fragment-based screening., Mol Divers. 2017 Feb;21(1):175-186., 2017 | | Oroszlán G, Kortvely E, Szakács D, Kocsis A, Dammeier S, Zeck A, Ueffing M, Závodszky P, Pál G, Gál P, Dobó J.: MASP-1 and MASP-2 Do Not Activate Pro-Factor D in Resting Human Blood, whereas MASP-3 Is a Potential Activator: Kinetic Analysis Involving Specific MASP-1 and MASP-2 Inhi, J Immunol. 2016 Jan 15;196(2):857-65., 2016 | | Gyimesi G, Závodszky P, Szilágyi A: Calculation of configurational entropy differences from conformational ensembles using Gaussian mixtures, J Chem Theory Comput. 2017 Jan 10;13(1):29-41., 2017 | | Oroszlán G, Dani R, Szilágyi A, Závodszky P, Thiel S, Gál P, Dobó J.: Extensive Basal Level Activation of Complement Mannose-Binding Lectin-Associated Serine Protease-3: Kinetic Modeling of Lectin Pathway Activation Provides Possible Mechanism., Front Immunol. 2017 Dec 18;8:1821. doi: 10.3389/fimmu.2017.01821. eCollection 2017., 2017 | | Schwaner E, Németh Z, Jani PK, Kajdácsi E, Debreczeni ML, Doleschall Z, Dobó J, Gál P, Rigó J, András K, Hegedűs T, Cervenak L.: Transcriptome analysis of inflammation-related gene expression in endothelial cells activated by complement MASP-1., Sci Rep. 2017 Sep 5;7(1):10462., 2017 | | Szaszkó M, Hajdú I, Flachner B, Dobi K, Magyar C, Simon I, Lőrincz Z, Kapui Z, Pázmány T, Cseh S, Dormán G.: Identification of potential glutaminyl cyclase inhibitors from lead-like libraries by in silico and in vitro fragment-based screening., Mol Divers. 2017 Feb;21(1):175-186., 2017 | | Szilágyi A, Györffy D, Závodszky P: Segment swapping aided the evolution of enzyme function: the case of uroporphyrinogen III synthase., Proteins. 2017 Jan;85(1):46-53., 2017 | | Bencsik P, Kupai K, Görbe A, Kenyeres É, Varga ZV, Pálóczi J, Gáspár R, Kovács L, Weber L, Takács F, Hajdú I, Fabó G, Cseh S, Barna L, Csont T, Csonka C, Dormán G, Ferdinandy P.: Development of Matrix Metalloproteinase-2 Inhibitors for Cardioprotection., Front Pharmacol. 2018 Apr 5;9:296. doi: 10.3389/fphar.2018.00296. eCollection 2018., 2018 | | Dobó J, Kocsis A, Gál P.: Be on Target: Strategies of Targeting Alternative and Lectin Pathway Components in Complement-Mediated Diseases., Front Immunol. 2018 Aug 8;9:1851. doi: 10.3389/fimmu.2018.01851. eCollection 2018. Review., 2018 | | Hajdú I,Szilágyi A,Végh B,Wacha A,Gráczer É,Somogyi M,Gál P,Závodszky P.: Ligand-induced conformational rearrangements regulate the swith among functions of ROCK2, Nature Communications Submitted, 2018 | | Hajdú I, Kardos J, Major B, Fabó G, Lőrincz Z, Cseh S, Dormán G.: Inhibition of the LOX enzyme family members with old and new ligands. Selectivity analysis revisited., Bioorg Med Chem Lett. 2018 Oct 1;28(18):3113-3118. doi: 10.1016/j.bmcl.2018.07.001, 2018 | | Somogyi M, Végh B, Baksa A, Szimler T,Paréj K,Gál P, Hajdú I,Závodszky P,Beinrohr L.: A Unified Modular Vector Set fot Rcombinat Protein Expression, Plos One Submitted, 2018 | | Jenny L, Dobó J, Gál P, Pál G, Lam WA, Schroeder V.: MASP-1 of the complement system enhances clot formation in a microvascular whole blood flow model., PLoS One. 2018 Jan 11;13(1):e0191292. doi: 10.1371/journal.pone.0191292. eCollection 2018., 2018 | | Szimler T,Vas M, Gráczer É, Szilágyi A,Györffy D,Végh B,Závodszky P, Hajdú I.: The functional role of individual domains of the tumour-suppressor RASSF1A in the interaction with the mitotic kinase Aurora A, Scientific reports Submitted, 2018 | | Paréj K, Kocsis A, Enyingi C, Dani R, Oroszlán G, Beinrohr L, Dobó J, Závodszky P, Pál G, Gál P.: Cutting Edge: A New Player in the Alternative Complement Pathway, MASP-1 Is Essential for LPS-Induced, but Not for Zymosan-Induced, Alternative Pathway Activation., J Immunol. 2018 Apr 1;200(7):2247-2252. doi: 10.4049/jimmunol.1701421. Epub 2018 Feb 23., 2018 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
