Epigenetikailag és terápiásan fontos peptid komplexek szerkezetének és termodinamikájának számítása

súgó

nyomtatás

vissza »

Projekt adatai

azonosító

123836

típus

Vezető kutató

Hetényi Csaba

magyar cím

Epigenetikailag és terápiásan fontos peptid komplexek szerkezetének és termodinamikájának számítása

Angol cím

Calculation of structure and thermodynamics of peptide complexes of epigenetic and therapeutic importance

magyar kulcsszavak

energia kölcsönhatás molekuláris mechanika hidratáció hálózat dokkolás

angol kulcsszavak

energy interaction molecular mechanics hydration network docking

megadott besorolás

Bioinformatika (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)

100 %

zsűri

Genetika, Genomika, Bioinformatika és Rendszerbiológia

Kutatóhely

Farmakológiai és Farmakoterápiai Intézet (Pécsi Tudományegyetem)

résztvevők

Bálint Mónika Enikő
Bayarsaikhan Bayartsetseg
Börzsei Rita Judit
Paragi Gábor
Schilli Gabriella Krisztina
Zsidó Balázs Zoltán

projekt kezdete

2017-09-01

projekt vége

2022-08-31

aktuális összeg (MFt)

25.480

FTE (kutatóév egyenérték)

14.29

állapot

lezárult projekt

magyar összefoglaló

A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.
Tervezett kutatásunk célja az epigenetikának és a terápiának a fizikai kémiával való összekapcsolása a fehérje-peptid komplexeken, mint közös pontokon keresztül. A fehérje-peptid komplexek központi szerepet játszanak az epigenetikus szabályozásban és a gyógyszerkutatás különböző területein is használják őket. Tekintettel e komplexek bonyolultságára és méretére, atomi szintű szerkezetük és kölcsönhatási termodinamikájuk számítása egyelőre még kihívást jelent. Kutatásaink integrálni fogják a jelenlegi megközelítéseket és új megoldásokat is kínálnak majd a komplex szerkezet és kötési termodinamika számításának szűk keresztmetszetét jelentő olyan kérdésekre mint a dokkolás a teljes célpont felszínen, releváns potenciális energia-függvények fejlesztése, az elektronikus hatások figyelembe vétele, az explicit szolvatációs modellek és az entrópikus járulékok számítása. A terápiás szempontból fontos rendszerek között, eredményeinket használni fogjuk például a termodinamikai számítások kihívást jelentő területén: a fehérje oligomerizációban, amely kulcskérdés az aggregációgátló gyógyszerek és a peptid nanocsövek tervezésében, vagy a jelátviteli szempontból fontos fehérje kináz komplexek esetében. A kötési termodinamika kalkulátorok és a számítógépes dokkolási módszerek fejlesztése párhuzamosan történik majd. A kifejlesztendő, „blind docking” kategóriájú dokkolót kiterjedten alkalmazhatják majd a célmolekula-ligand komplex szerkezetek meghatározására a gyógyszerkutatásban és a molekulamérnökségben, különösen olyan esetekben, ahol a ligandum kötődésének a helye megközelítőleg sem ismert, vagy több (alloszterikus) kötési hely is létezik.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.
A fehérje-peptid kölcsönhatások szerkezetének és termodinamikájának számítása összetett kérdéskör, amely a következő, a jelen pályázatban megválaszolni célzott elemeket tartalmazza. 1) A peptidek nagyfokú kombinatórikus variabilitása és flexibilitása nehézségekhez vezet kölcsönhatásaik meghatározásakor. Mind a fehérje-peptid kölcsönhatások, mind a biológiailag fontos fehérjék vagy peptidek önaggregációja dinamikus megközelítést igényel és új módszereket a kötési entrópiaváltozás becslésére. 2) A kölcsönhatásban részt vevő fehérjék kötőzsebei nagyon különböző oldallánc karakterisztikával rendelkezhetnek az ionostól az aromás-hidrofóbig. A „klasszikus” Coulomb-féle elektrosztatikus és Lennard-Jones-féle van der Waals kölcsönhatásokon túl a peptidek gyakran részt vesznek „exotikus” kölcsönhatásokban is, mint például a kation-pi, amelyek a potenciális energia-függvény továbbfejlesztését és az elektronszerkezet komplexképzéskor fellépő megváltozásának figyelembe vételét is igénylik. 3) A komplex szerkezetének és ezen belül a hidrátszerkezetnek a meghatározása nehéz. Mivel a fehérje-peptid komplexek mindkét kölcsönható partnere jelentős számú vízmolekulához kötődik a komplexálódást megelőzően, ezért nagyon lényeges, hogy a komplexképződés dehidratációs folyamatát precízen kövessük, hogy a hidratáló interfész vízrétegekre észszerű szerkezeteket kapjunk a precíz energiaszámoláshoz. Sok esetben ugyanis a közvetítő interfész vízmolekulák térbeli pozíciója nem kerül meghatározásra kísérletesen. Nemrég kifejlesztett hidratációs eljárásaink dokkolásra való adaptálása e probléma kezelését lehetővé teszik a jelen pályázat keretein belül.

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!
Ez elmúlt évtizedekben a biomedicina területén számos konceptuális felfedezés történt, amely alapos fizikai-kémiai magyarázatot igényelne. Bár nagymértékű előrehaladás történt, mégis a biomedicina új felfedezéseinek csak egy kis része nyert értelmezést molekulaszerkezeti és termodinamikai szinten. Javasolt projektünk eredményei segíteni fognak a biomedicina nagy és fontos területén, a molekuláris komplexeknél hiányzó értelmezések és előrejelzések megtételében.
A molekuláris komplexek szerkezetének és termodinamikájának meghatározása vagy előrejelzése kutatásuk központi kérdése. Számos kísérleti technika létezik a komplexek szerkezetének és kötési termodinamikai adatainak előállítására. Mindazonáltal az olyan kísérletes technikák, mint az izotermális titrációs kalorimetria általában nagy mennyiségű, tiszta mintát kíván meg a célfehérjéből, ami nem mindig áll rendelkezésre a precíz mérésekhez, vagy nagyon drága nagy mennyiségben.
A 2013-as kémiai Nobel-díj rávilágított arra, hogy a biomolekula-komplexek szerkezetének és kötési termodinamikájának számítása a költséges kísérletek reális alternatívája még a nagy biológiai komplexek esetében is. A ligandumokkal komplexált fehérjék számítása még mindig nagy kihívás a fizikai biokémia számára, a fehérje-peptid interfész képződésének szerkezeti és dinamikus összetettsége miatt. Ugyanakkor a fehérje-peptid komplexeknek kulcsszerepe van az epigenetikai szabályozásban és a gyógyszerkutatásban és ezért számításuk gyakorlati szempontból is nagyon fontos lenne.
Javasolt projektünk a fenti kihívásoknak megfelelően célul tűzi ki egy dokkoló módszer és kötési termodinamikai kalkulátorok kifejlesztését a problematikus fehérje-peptid komplexek esetére. Érdemes megjegyezni, hogy az említett dokkoló és kalkulátor eljárások a célpont-alapú gyógyszerkutatás és molekulamérnökség alapvető eszközei, így eredményeink közvetlenül hasznosulnak e területeken.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.
A biotechnológia, a gyógyszerkutatás és az űrkorszak új (nano) anyagai mind-mind a szerkezeti kölcsönhatások ügyes, molekuláris szintű mérnöki tervezésén alapulnak. A molekulamérnökség kulcsfeladata az anyagot felépítő molekulák közötti kölcsönhatások szerkezetének és erősségének a meghatározása. Jóllehet rendelkezésünkre állnak kísérletes technikák a molekuláris kölcsönhatások meghatározására, a próbálgatós stratégiák során sokszor megismételt precíz mérések nagyon költségesek, mivel nagy mennyiségben igényelnek tiszta vegyszereket. A pénzügyi költségeken túl környezeti károkat is okoz a nagymértékű kísérletezés. A 2013-as kémiai Nobel-díj rávilágított arra, hogy számítógépes módszerek sikerrel alkalmazhatók a molekuláris kölcsönhatások szerkezetének és erősségének számítására, valós alternatívát kínálva a költséges kísérleteknek még nagy biológiai komplexek esetében is. Projektünk célul tűzi ki a számítógépes eszköztár további bővítését azáltal, hogy új eljárásokat fejlesztünk ki a fehérje-peptid komplexek szerkezetének és kötéserősségének számítására. E komplexek problematikus eseteket jelentenek számítási szempontból, de ugyanakkor terápiás és epigenetikai szempontból is fontosak. Így eredményeink mind a kifejlesztendő módszerek, mind a számított komplexek terén közvetlenül hasznosulnak a biotechnológiában és a gyógyszerkutatásban.

angol összefoglaló

Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.
The present proposal aims at linking epigenetics and therapeutics with physical chemistry using protein-peptide complexes as common points. Protein-peptide complexes have a key role in epigenetic regulations and also used at various fields of drug discovery. Considering the complexity and size of such complexes, precise, atomic level calculation of their structure and interaction thermodynamics is still challenging. Our calculators will integrate available approaches and provide new solutions for the bottle-neck problems of calculation of structure and binding thermodynamics including the development of docking methods working on the entire target surface, relevant potential energy functions, consideration of electronic effects, explicit solvation models, and calculation of entropic contributions. Among systems of therapeutic importance, we will also apply our results e.g. in the challenging field of calculation of thermodynamics of protein oligomerization, a key issue of the design of anti-aggregation drugs and peptide nanotubes or protein kinase complexes important in signaling. The development of binding thermodynamics calculators and docking methods will proceed simultaneously. The newly developed blind docking method can be extensively used for determination of target-ligand complex structures in drug discovery and molecular engineering especially in cases where even the approximate ligand binding site is unknown or there are multiple (allosteric) sites.

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.
Calculation of structure and thermodynamics of protein-peptide interactions is a complex problem including the following issues addressed by the present proposal. 1) High degree of combinatorial variability and flexibility of peptides leads to difficulties of determination of their interactions. Calculation of both protein-peptide interactions and self-aggregation of biologically important proteins or peptides require a dynamical approach and new methods of estimation of binding entropy change. 2) Binding sites of different interacting proteins can adopt very different side-chain characteristics ranging from ionic to aromatic-hydrophobic. Beyond “classical” Coulomb-type electrostatics or Lennard-Jones-type van der Waals interactions, peptides are often involved in other “exotic” interactions such as cation-pi requiring development of potential energy functions and consideration of the change of the electronic structure during complexation. 3) Hydration structure is difficult to resolve. As both interacting partners of the protein−peptide complexes are bound to considerable number of hydrating water molecules before complexation, it is essential to follow the dehydration process of complex formation precisely to obtain reasonable structures of the hydration interface water layers for precise energy calculations. In many cases, the spatial position of mediating interface water molecules is not determined experimentally. Adoption of our recently developed hydration method for docking would solve such determination problems within the proposed project.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.
In the past decades, there have been several conceptual explorations in biomedicine that would urgently need in-depth physico-chemical explanations. Although significant progress has been made, only a minority of new biomedical explorations has been elucidated sufficiently at the level of molecular structure and thermodynamics. The results of our proposed project will help to provide missing elucidations and predictions in the considerably large and important field of molecular complexes of biomedicine.
Determination or prediction of structure and binding thermodynamics of molecular complexes is a central question of their research. There are various experimental techniques for generation of structure and binding thermodynamics data of complexes. However, experimental techniques such as isothermal titration calorimetry generally require large amount of pure samples of the target protein, which is not always available for precise measurements or very expensive at a large scale. The 2013 Nobel Prize in Chemistry highlighted that structure-based computational calculation of binding thermodynamics is a real alternative of costly experiments even in the case of large biological complexes. However, thermodynamic calculation of proteins in complex with peptide ligands is still a big challenge of chemical biophysics due to the structural and dynamical complexity of formation of the protein-peptide interface. At the same time, protein-peptide complexes have a key role in epigenetic regulation and drug discovery, and therefore, their calculation would be practically very important, as well.
Our proposed project answers the above challenges and aims at the development of docking method and binding thermodynamics calculators for the problematic cases of protein-peptide complexes. Notably, such docking methods and calculators are fundamental tools of target-based drug design and molecular engineering. Thus, our results will be directly applicable in these fields.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.
Biotechnology, drug discovery, and fabrication of new (nano) materials of the Space Age are all based on skilful engineering of structural interactions at the molecular level. A key task of molecular engineering is the determination of structure and strength of interactions between the molecules building up materials. Although there are experimental techniques for the determination of structure and strength of molecular interactions, precise measurements repeated several times in trial and error strategies often have high costs requiring large amount of pure chemicals. Besides monetary costs there are environmental deficits caused by extensive experimenting. The 2013 Nobel Prize in Chemistry highlighted that computational methods can be successfully used for determination of structure and strength of molecular interactions providing a real alternative of costly experiments even in the case of large biological complexes. Our project aims at further extension of the computational toolkit by the development of calculators of structure and strength of interactions of protein-peptide complexes. Such complexes are problematic cases for calculations but at the same time they are important in therapy and epigenetics. Thus, our results on both the developed methods and the calculated complexes can be directly used in biotechnology and drug discovery.

Zárójelentés

kutatási eredmények (magyarul)

The project aimed at further development and test of our blind docking (BD) methodology, its combination with interface hydration techniques, and structure-based calculation of binding thermodynamics of ligands. Our new method, Wrap ‘n’ Shake combines the advantages of fast BD and molecular dynamics. A fragment-based BD approach was also introduced on histone and somatostatin complexes which are challenging due to their extensive flexibility and hydration. The techniques were successfully applied for finding prerequisite binding modes and a new method, NetBinder was published which provides a binding network for uncovering the ligand binding mechanism. Fragmenter, a fragmentation and hydration protocol was also elaborated for quantum mechanical calculation of binding enthalpy. HydroDock, another new protocol was also developed and published for calculation of hydrated, atomic resolution target-ligand complex structures. HydroDock was tested on binding of ligands to transmembrane ion channels of influenza and SARS-CoV-2 viruses. In the cases of viral ion channels, hydration is a key to drug action. Thus, HydroDock will help antiviral drug design against not only COVID-19, but also other viral diseases. The results of the project were published in 26 research papers (with a total impact factor of 127.985), 3 PhD dissertations, two web sites, and further disseminated at several conferences to the scientific community.

kutatási eredmények (angolul)

A projekt célul tűzte ki a blind docking (BD) metodikánk továbbfejlesztését és tesztelését, kombinálását interfész-hidratáló technikákkal és a ligandumok kötési termodinamikájának szerkezeti alapú számítását. Új módszerünk, a Wrap ‘n’ Shake a BD és molekuláris dinamika előnyeit kombinálja. Szintén bevezettünk egy fragmens-alapú BD megközelítést hiszton és szomatosztatin komplexekre, amelyek kihívást jelentenek a kiterjedt flexibilitásuk és hidratációjuk miatt. Az új technikákat sikeresen alkalmaztuk prerekvizit kötési módok megtalálására és egy új módszer, a NetBinder került publikálásra, amely egy kötési hálózaton keresztül tárja fel a ligandum kötési mechanizmusát. Kidolgoztuk a Fragmentert, egy fragmentáló és hidratációs protokollt a kötési entalpiaváltozás kvantummechanikai szintű számításához. Kidolgozásra és publikálásra került a HydroDock új protokollja is, a hidratált célpont-ligandum komplexek atomi felbontású szerkezetének számításához. A HydroDockot az influenza és SARS-CoV-2 vírusok transzmembrán ioncsatornájának ligandum kötésére teszteltük le. A virális ioncsatornák esetében a hidratáció kulcsfontosságú a gyógyszer hatásmechanizmusában. Így a HydroDock nem csak a COVID-19, de más vírusos betegségek esetében is segíteni fogja az antivirális tervezést. A projekt eredményeit 26 tudományos cikkben (összesített impakt faktoruk 127,985), 3 doktori disszertációban, 2 web oldalon közöltük le, valamint számos további konferencián ismertettük meg a tudományos közönséggel.

a zárójelentés teljes szövege

https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=123836

döntés eredménye

igen

Közleményjegyzék

Miklós Poór, Mónika Bálint, Csaba Hetényi, Beatrix Gődér, Sándor Kunsági-Máté, Tamás Kőszegi, Beáta Lemli: Investigation of non-covalent Interactions of aflatoxins (B1, B2, G1, G2, and M1) with serum albumin, Toxins, 9:(11) Paper 339., 2017

Mónika Bálint, Norbert Jeszenői, István Horváth, David van der Spoel , Csaba Hetényi: Systematic exploration of multiple drug binding sites, J Cheminformatics 9:(1) Paper 65., 2017

Mónika Bálint, Norbert Jeszenői, István Horváth, István M. Ábrahám, Csaba Hetényi: Dynamic changes in binding interaction networks of sex steroids establish their non-classical effects, Sci Rep 7: Paper 14847., 2017

Zelma Faisal, Beáta Lemli, Dénes Szerencsés, Sándor Kunsági-Máté, Mónika Bálint, Csaba Hetényi, Mónika Kuzma, Mátyás Mayer, Miklós Poór: Interactions of zearalenone and its reduced metabolites α-zearalenol and β-zearalenol with serum albumins: species differences, binding sites, and thermodynamics, Mycotoxin Res, 2018

Norbert Jeszenői, Gabriella Schilli, Mónika Bálint, István Horváth, Csaba Hetényi: Analysis of the influence of simulation parameters on biomolecule-linked water networks, J Mol Graph Model 82: pp. 117-128., 2018

Miklós Poór, Gabriella Boda, Violetta Mohos, Mónika Kuzma, Mónika Bálint, Csaba Hetényi, Tímea Bencsik: Pharmacokinetic interaction of diosmetin and silibinin with other drugs: Inhibition of CYP2C9-mediated biotransformation and displacement from serum albumin, Biomedicine & Pharmacotherapy 102: pp. 912-921., 2018

Mónika Bálint, Csaba Hetényi, István Ábrahám: Az ösztrogén receptor szex szteroid kötési interakciós hálózatának feltárása és szerepe a nem-klasszikus ösztrogén hatások kialakításában. (konferencia előadás), IV. Magyar Neuroendokrinológiai Szimpózium, Hajdúszoboszló, 2018

Csaba Hetényi, Mónika Bálint, Gabriella Schilli, István Horváth: Computational blind docking of ligands to drug targets: Methodology and applications. (conference lecture), 2nd Edition of Global Conference on Pharmaceutics and DrugDelivery Systems, Rome, 2018

Csaba Hetényi: A Massively Parallelized, Systematic Method for Efficient Prediction of Multiple Drug Binding. (conference lecture), PRACE Scientific & Industrial Conference 2018, HPC for Innovation: When Science Meets Industry, Ljubljana, 2018

Csaba Hetényi: A massively parallelized, systematic method for efficient prediction of allosteric and prerequisite drug binding. (conference lecture), Future Research Challenges Hungarian–Norwegian Research Conference & Knowledge Exchange (The National Research, Development and Innovation Office in collaboration with th, 2018

Mónika Bálint, Csaba Hetényi, Gabriella Schilli, István Horváth: Discovering multiple drug binding sites and modes with Wrap ‘n’ Shake. (conference poster), 2nd Edition of Global Conference on Pharmaceutics and DrugDelivery Systems, Rome, 2018

Mónika Bálint, Csaba Hetényi, István Ábrahám: Exploration of ligand binding mechanisms to human estrogen receptor alpha. (conference poster), Federation of European Neuroscience Society, Regional Meeting, Pécs, 2017

Mónika Bálint, Csaba Hetényi: Hogyan csomagoljunk be egy célpontot? (konferencia előadás), Magyar Tudományos Akadémia Bioinformatikai Osztályközi Állandó Bizottsága és a Magyar Bioinformatikai Társasága, Budapest, 2017

Faisal, Z.; Derdák, D.; Lemli, B.; Kunsági-Máté, S.; Bálint, M.; Hetényi, C.; Csepregi, R.; Kőszegi, T.; Sueck, F.; Cramer, B.; Humpf, H.-U.; Poór, M.: Interaction of 2′R-ochratoxin A with Serum Albumins: Binding Site, Effects of Site Markers, Thermodynamics, Species Differences of Albumin-binding, and Influence ..., Toxins 10, 353., 2018

Zelma Faisal, Virág Vörös, Beáta Lemli, Diána Derdák, Sándor Kunsági-Máté, Mónika Bálint, Csaba Hetényi, Rita Csepregi, Tamás Kőszegi, Dominik Bergmann, Franziska Sueck, Hans-Ulrich Humpf, Florian Hübner, Miklós Poór: Interaction of the mycotoxin metabolite dihydrocitrinone with serum albumin, Mycotoxin Res 35: 129., 2019

Mohos, V.; Fliszár-Nyúl, E.; Schilli, G.; Hetényi, C.; Lemli, B.; Kunsági-Máté, S.; Bognár, B.; Poór, M.: Interaction of Chrysin and Its Main Conjugated Metabolites Chrysin-7-Sulfate and Chrysin-7-Glucuronide with Serum Albumin., Int. J. Mol. Sci. 19, 4073., 2018

Bálint, M.; Horváth, I.; Mészáros, N.; Hetényi, C.: Towards Unraveling the Histone Code by Fragment Blind Docking., Int. J. Mol. Sci. 20, 422., 2019

Mohos, V.; Pánovics, A.; Fliszár-Nyúl, E.; Schilli, G.; Hetényi, C.; Mladěnka, P.; Needs, P.W.; Kroon, P.A.; Pethő, G.; Poór, M.: Inhibitory Effects of Quercetin and Its Human and Microbial Metabolites on Xanthine Oxidase Enzyme., Int. J. Mol. Sci. 20, 2681., 2019

Csaba Hetényi, Mónika Bálint: Wrap 'n' Shake: An answer to the challenge of blind docking of ligands to drug targets (conference talk), Chemistry towards Biology 9, Biomolecules as Potential Drugs, ISBN 9789639970908, 2018

Hetényi Csaba, Horváth István, Jeszenői Norbert, Bálint Mónika, Paragi Gábor: Egy konstans kell a boldogsághoz? (szimpózium előadás), KeMoMo, MKE Szerves- és Gyógyszerkémiai Szakosztálya, MTA Szegedi Akadémiai Bizottsága, 2019

Börzsei Rita, Bálint Mónika, Helyes Zsuzsanna, Pintér Erika, Hetényi Csaba: Szomatosztatin receptorok és ligandum-komplexeik szerkezetének előállítása (szimpózium előadás), KeMoMo, MKE Szerves- és Gyógyszerkémiai Szakosztálya, MTA Szegedi Akadémiai Bizottsága, 2019

Bálint Mónika: Systematic exploration of multiple drug binding sites, ELTE Biológia Doktori Iskola, 2018

Bálint, M.; Horváth, I.; Mészáros, N.; Hetényi, C.: Towards Unraveling the Histone Code by Fragment Blind Docking., Int. J. Mol. Sci. 20, 422., 2019

Balázs Zoltán Zsidó; Rita Börzsei; Csaba Hetényi: Calculation of complex structures of protein targets using a fragment blind docking approach, From Protein Complexes to Cell-Cell Communication, Esztergom, Magyarország 2019.10.27. - 2019.10.29., Jedlik Laboratories Reporrts, Vol. 7. No. 4, ISSN 2064-3942, 2019

Boglárka Kántás; Rita Börzsei; Éva Szőke; Péter Bánhegyi; Ádám Horváth; Ágnes Hunyady; Éva Borbély; Csaba Hetényi; Erika Pintér; Zsuzsanna Helyes: Novel Drug-Like Somatostatin Receptor 4 Agonists are Potential Analgesics for Neuropathic Pain, Int. J. Mol. Sci. 20(24), 6245, 2019

István Horváth; Norbert Jeszenői; Mónika Bálint; Gábor Paragi; Csaba Hetényi: A Fragmenting Protocol with Explicit Hydration for Calculation of Binding Enthalpies of Target-Ligand Complexes at a Quantum Mechanical Level, Int. J. Mol. Sci. 20(18), 4384, 2019

Börzsei, R; Bálint, M ; Helyes, Z; Pintér, E ; Hetényi, C: Calculation of complex structures of somatostatin receptors, From Protein Complexes to Cell-Cell Communication, Esztergom, Magyarország 2019.10.27. - 2019.10.29., Jedlik Laboratories Reporrts, Vol. 7. No. 4, ISSN 2064-3942, 2019

Zsidó, Balázs Zoltán ; Balog, Mária ; Eros, Nikolett ; Poór, Miklós ; Mohos, Violetta ; Fliszár-Nyúl, Eszter ; Hetényi, Csaba ; Masaki, Nagane ; Hideg, Kálmán ; Kálai, Tamás et al.: Synthesis of Spin-Labelled Bergamottin: A Potent CYP3A4 Inhibitor with Antiproliferative Activity, Int. J. Mol. Sci. 21(2), 508, 2020

Zsidó, Balázs Zoltán ; Hetényi, Csaba: Molecular Structure, Binding Affinity, and Biological Activity in the Epigenome, Int. J. Mol. Sci. 21(11), 4134, 2020

Szőke, Éva ; Bálint, Mónika ; Hetényi, Csaba ; Markovics, Adrienn ; Elekes, Krisztián ; Pozsgai, Gábor ; Szűts, Tamás ; Kéri, György ; Őrfi, László ; Sándor, Zoltán et al.: Small molecule somatostatin receptor subtype 4 (sst4) agonists are novel anti-inflammatory and analgesic drug candidates, Neuropharmacology 178, 108198, 2020

Parker, B.W. ; Gogl, G. ; Bálint, M. ; Hetényi, C. ; Reményi, A. ; Weiss, E.L.: Ndr/Lats Kinases Bind Specific Mob-Family Coactivators through a Conserved and Modular Interface, Biochemistry 59, 17, 1688–1700, 2020

Mohos, Violetta ; Fliszár-Nyúl, Eszter ; Lemli, Beáta ; Zsidó, Balázs Zoltán ; Hetényi, Csaba ; Mladěnka, Přemysl ; Horký, Pavel ; Pour, Milan ; Poór, Miklós: Testing the Pharmacokinetic Interactions of 24 Colonic Flavonoid Metabolites with Human Serum Albumin and Cytochrome P450 Enzymes, Biomolecules 10(3), 409, 2020

Mohos, Violetta ; Fliszár-Nyúl, Eszter ; Ungvári, Orsolya ; Bakos, Éva ; Kuffa, Katalin ; Bencsik, Tímea ; Zsidó, Balázs Zoltán ; Hetényi, Csaba ; Telbisz, Ágnes ; Özvegy-Laczka, Csilla et al.: Effects of chrysin and its major conjugated metabolites chrysin-7-sulfate and chrysin-7-glucuronide on cytochrome P450 enzymes, and on OATP, P-gp, BCRP and MRP2 transport, Drug Metabolism and Disposition July 13, 2020, DMD-AR-2020-000085, 2020

Hetényi, Csaba ; Bálint, Mónika: Systematic Exploration of Binding Modes of Ligands on Drug Targets, In: Gáspári Z. (eds) Structural Bioinformatics. Methods in Molecular Biology, vol 2112., pp. 107-121. , 15 p., Humana, New York, NY., 2020

Csaba Hetényi: Prediction of binding of drug candidates to their targets using calculated hydration structures of molecular interfaces (lecture), The 7th Annual Conference of ANALYTIX-2019, November 15-19, Berlin, Germany, 2019

Horváth, István: Célpont-ligandum komplexek számítása fragmens alapú molekulatervezési eljárásokkal, SZTE Kémia Doktori Iskola, Védés dátuma: 2020. november 03., 2019

Zsidó, Balázs Zoltán ; Hetényi, Csaba: The role of water in ligand binding, CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY 67 pp. 1-8. , 8 p., 2021

Zsidó, Balázs Zoltán ; Börzsei, Rita ; Szél, Viktor ; Hetényi, Csaba: Determination of Ligand Binding Modes in Hydrated Viral Ion Channels to Foster Drug Design and Repositioning, JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING 61 : 8 pp. 4011-4022. , 12 p., 2021

Kántás Boglárka, Szőke Éva, Börzsei Rita, Bánhegyi Péter, Asghar Junaid, Hudhud Lina, Steib Anita, Hunyady Ágnes, Horváth Ádám, Kecskés Angéla, Borbély Éva, Hetényi Csaba, Pethő Gábor, Pintér Erika, Helyes Zsuzsanna: In Silico, In Vitro and In Vivo Pharmacodynamic Characterization of Novel Analgesic Drug Candidate Somatostatin SST4 Receptor Agonists, FRONTIERS IN PHARMACOLOGY 11 Paper: 601887 , 13 p., 2021

Fliszár-Nyúl Eszter, Faisal Zelma, Mohos Violetta, Derdák Diána, Lemli Beáta, Kálai Tamás, Sár Cecília, Zsidó Balázs Z., Hetényi Csaba, Horváth Ádám I., Helyes Zsuzsanna, Deme Ruth, Bogdán Dóra, Czompa Andrea, Mátyus Péter, Poór Miklós: Interaction of SZV 1287, a novel oxime analgesic drug candidate, and its metabolites with serum albumin, JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS 333 Paper: 115945 , 10 p., 2021

Zsidó Balázs Zoltán és Hetényi Csaba: A TRPA1 receptor ligandumokkal alkotott komplexeinek számítógépes vizsgálata (konferencia előadás), Bioinformatika 2020 A Magyar Tudományos Akadémia Bioinformatikai Osztályközi Állandó Bizottsága és a Magyar Bioinformatikai Társaság tudományos konferenciája 2020. nov., 2020

Börzsei Rita, Bálint Mónika, Helyes Zuzsanna, Pintér Erika és Hetényi Csaba: A somatostatin 4-es receptor és az endogén ligandum-komplex szerkezetének előállítása (konferencia előadás), Bioinformatika 2020 A Magyar Tudományos Akadémia Bioinformatikai Osztályközi Állandó Bizottsága és a Magyar Bioinformatikai Társaság tudományos konferenciája 2020. nov., 2020

Csaba Hetenyi et al.: Hybrid methods for the determination of hydration structure of drug binding pockets of protein targets (konferencia előadás), World Biological Science and Technology Conference 2021 (BioST Virtual 2021) Hosted by LMSII, operated by Amazing Congress Co. LTD., online from August 25 to 27, 2021, 2021

Zsidó, Balázs Zoltán ; Hetényi, Csaba: Molecular Structure, Binding Affinity, and Biological Activity in the Epigenome, Int. J. Mol. Sci. 21(11), 4134, 2020

Zsidó, Balázs Zoltán ; Hetényi, Csaba: The role of water in ligand binding, CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY 67 pp. 1-8. , 8 p., 2021

Bálint, Mónika ; Zsidó, Balázs Zoltán ; van der Spoel, David ; Hetényi, Csaba: Binding Networks Identify Targetable Protein Pockets for Mechanism-Based Drug Design, Int J Mol Sci 23 : 13 Paper: 7313 , 15 p., 2022

Börzsei, Rita ; Zsidó, Balázs Zoltán ; Bálint, Mónika ; Helyes, Zsuzsanna ; Pintér, Erika ; Hetényi, Csaba: Exploration of Somatostatin Binding Mechanism to Somatostatin Receptor Subtype 4, Int J Mol Sci 23(13), 6878, 2022

Zsidó, Balázs Zoltán ; Börzsei, Rita ; Pintér, Erika ; Hetényi, Csaba: Prerequisite Binding Modes Determine the Dynamics of Action of Covalent Agonists of Ion Channel TRPA1, PHARMACEUTICALS 14 : 10 Paper: 988 , 18 p., 2021

Fliszár-Nyúl, Eszter ; Faisal, Zelma ; Skaper, Renáta ; Lemli, Beáta ; Bayartsetseg, Bayarsaikhan ; Hetényi, Csaba ; Gömbös, Patrik ; Szabó, András ; Poór, Miklós: Interaction of the Emerging Mycotoxins Beauvericin, Cyclopiazonic Acid, and Sterigmatocystin with Human Serum Albumin, BIOMOLECULES 12 : 8 Paper: 1106 , 11 p., 2022

Zsidó Balázs Zoltán: A számítógépes dokkolás alkalmazása és fejlesztése: a citokróm inhibitoroktól a virális ioncsatorna gátlókig, Pécsi Tudományegyetem Általános Orvostudományi Kar Gyógyszertudományok Doktori Iskola, 2022

Rita Börzsei, Bayartsetseg Bayarsaikhan, Balázs Zoltán Zsidó, Beáta Lontay, Csaba Hetényi: The structural effects of phosphorylation of protein arginine methyltransferase 5 on its binding to histone H4, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, in the press, 2022

Zsidó Balázs Zoltán, Börzsei Rita, Szél Viktor, és Hetényi Csaba: Ligandum dokkolás explicit vizekkel - egy megoldás virális ioncsatornákon tesztelve (Előadás), Bioinformatika 2021 A Magyar Tudományos Akadémia Bioinformatikai Osztályközi Állandó Bizottsága és a Magyar Bioinformatikai Társaság tudományos konferenciája, 2021

Csaba Hetényi, Rita Börzsei, Balázs Zoltán Zsidó, Zsuzsanna Helyes, Erika Pintér: Structural elucidation of ligand binding mechanisms to somatostatin receptors (Előadás), 11th ISCTICO – HUPHAR – IUPHAR – CONFERENCE, OCTOBER 27-30, 2021 - PÉCS, HUNGARY, 2021

Balázs Zoltán Zsidó, Rita Börzsei, Erika Pintér, Csaba Hetényi: Computational binding studies of sulfide-containing irreversible agonists of ion channel TRPA1 (Előadás), 11th ISCTICO – HUPHAR – IUPHAR – CONFERENCE, OCTOBER 27-30, 2021 - PÉCS, HUNGARY, 2021

Balázs Zoltán Zsidó, Balázs Bognár, Tamás Kálai, Csaba Hetényi: Computational binding studies of a new bergamottin analog CYP3A4 inhibitor with antiproliferative activity (Poszter), 11th ISCTICO – HUPHAR – IUPHAR – CONFERENCE, OCTOBER 27-30, 2021 - PÉCS, HUNGARY, 2021

Rita Börzsei, Mónika Bálint, Zsuzsanna Helyes, Erika Pintér, Csaba Hetényi: Calculation of complex structures of somatostatin receptor subtype 4 (Előadás), 11th ISCTICO – HUPHAR – IUPHAR – CONFERENCE, OCTOBER 27-30, 2021 - PÉCS, HUNGARY, 2021

Balázs Zoltán Zsidó, Rita Börzsei, Viktor Szél, Csaba Hetényi: HydroDock: The construction of ligand-bound hydrated viral ion channels (Poszter), 8th European Virtual Congress of Pharmacology (EPHAR 2021), December 6-8, 2021, 2021

Csaba Hetényi, Rita Börzsei, Balázs Zoltán Zsidó, Zsuzsanna Helyes, Erika Pintér: Structural elucidation of ligand binding mechanisms to somatostatin receptors (Előadás), 8th European Virtual Congress of Pharmacology (EPHAR 2021), December 6-8, 2021, 2021

Hetényi Csaba, Zsidó Balázs Zoltán, Börzsei Rita, Szél Viktor, Jeszenői Norbert, Bálint Mónika, Horváth István: Célpont-gyógyszer kölcsönhatások számítása (Előadás), Interdiszciplináris együttműködési lehetőségek vizsgálata (rendezvény neve), Kormányzati Informatikai Fejlesztési Ügynökség (KIFÜ), Budapest, 2021. november 29., 2021

Hetényi Csaba, Horváth István, Szél Viktor, Zsidó Balázs Zoltán, Börzsei Rita: Szükségesek-e az explicit vízmolekulák a célmolekula-ligandum kötési affinitások számításánál? (Előadás), KeMoMo–QSAR 2022 Szimpózium, Szeged, 2022. június 2-3, 2022

Zsidó Balázs Zoltán, Börzsei Rita, Szél Viktor, Hetényi Csaba: HydroDock protokoll célpont-ligandum dokkoláshoz explicit vízmolekulákkal (Előadás), KeMoMo–QSAR 2022 Szimpózium, Szeged, 2022. június 2-3., 2022

Börzsei Rita, Bálint Mónika, Zsidó Balázs Zoltán, Helyes Zuzsanna, Pintér Erika, Hetényi Csaba: A szomatosztatin 4-es receptor apo és komplexált szerkezetének előállítása (Poszter), MÉT - MMVBT 2022, Budapest, 2022. 07. 13-16., 2022

Csaba Hetényi, Balázs Zoltán Zsidó, Viktor Szél, Rita Börzsei, Bayartsetseg Bayarsaikhan: Exploration of water structure of protein-ligand complexes (Előadás), Annual Meeting of the Hungarian Biochemical Society, Pécs, August 25-27, 2022. ISBN 978-615-5270-73-4, 2022

Projekt eseményei

2020-07-29 21:58:31

Résztvevők változása

2019-07-01 17:46:01

Résztvevők változása

2019-05-06 13:03:29

Résztvevők változása

vissza »