Vírusok detektálása által és intercelluláris kapcsolatokon keresztül indukált szignálok integrációja dendritikus sejtekben
Angol cím
Systematic discovery of modules integrating virus- and host-induced responses in dendritic cells
magyar kulcsszavak
génszabályozó régiók, ChIP-seq, dendritikus sejt, szignál-integráció, TLR, tömeg-spektrométer alapú proteomika
angol kulcsszavak
enhancer mapping, ChIP-seq, signal integration, dendritic cells, TLR, mass spectrometry-based proteomics
megadott besorolás
Molekuláris biológia (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)
40 %
Ortelius tudományág: Molekuláris biológia
Immunológia (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)
30 %
Ortelius tudományág: Immunológia
Epigenetika és génszabályozás (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)
30 %
zsűri
Immun-, Tumor- és Mikrobiológia
Kutatóhely
ÁOK Orvosi Genetikai Tanszék (Debreceni Egyetem)
résztvevők
Csumita Mária Czipa Erik Lányi Árpád Póliska Szilárd Szalmás Anita Uray Karen Lee
projekt kezdete
2017-12-01
projekt vége
2022-11-30
aktuális összeg (MFt)
36.238
FTE (kutatóév egyenérték)
7.03
állapot
aktív projekt
Zárójelentés
kutatási eredmények (magyarul)
Az első tanulmányunkban három interferon reguláló faktor (IRF) kötőhelyeit azonosítottuk dendritikus sejtekben. ChIP-seq módszer segítségével meghatároztuk azokat a genomi régiókat, ahol jelentős különbség volt az IRF3, IRF5 és IRF9 kötésében. Elemzéseink azt mutatták, hogy az IRF3-, IRF5- és IRF9-domináns régiókban az IRF-ek kötését az ISRE félhelyek bázisai, az 5′ és 3′ túlnyúló bázisok, az együttműködő transzkripciós faktorok és a kromatin környezet együttesen határozzák meg. Megállapítottuk, hogy az IRF3-, IRF5- és IRF9-domináns kötőhelyeknek kiemelt szerepe van bizonyos transzkripciós programok szabályozásában.
A második tanulmányunkban az effektor funkcióval rendelkező interferon szabályozott gének (ISG-ek) szabályozó régióit azonosítottuk. RNA-seq módszer segítségével az IFNb által indukált géneket, ChIP-seq módszerrel pedig az ISGF3 alegységeinek kötőhelyeit azonosítottuk dendritikus sejtekben. Elemzéseink azt mutatták, hogy a legtöbb effektor ISG-nek volt legalább egy ISGF3-kötő régiója a transzkripciós starthelyhez közel, és az effektor ISG-k csak egy kisebb részéhez tartozott három vagy több ISGF3-kötő régió. A transzkripciós starthelyhez közeli régiókban az IRF9 szignálok nagyobbak, míg az ISRE motívumok erősebbek voltak, mint a távoli regiókban. Megállapítottuk, hogy az erős ISRE motívumok és az univerzálisan nyitott promoter régiók, amelyek robusztus indukciót tesznek lehetővé számos sejttípusban, az effektor ISG-k szabályozói régiónak legfontosabb jellemzői.
kutatási eredmények (angolul)
In our first study, the binding sites of three interferon regulatory factors (IRFs) were identified in dendritic cells. To uncover regions occupied predominantly by IRF3, IRF5 or IRF9, we performed ChIP-seq experiments. Our results suggested that specific enhancer selection by IRF3, IRF5 and IRF9 was determined by ISRE half-sites, 5′ and 3′ flanking bases, collaborating transcription factors and the chromatin environment in a combinatorial fashion. We found that specific transcriptional programs were often associated with IRF3-, IRF5- and IRF9-dominant regions.
In our second study the regulatory regions of IFN-stimulated genes (ISGs) encoding antiviral effector proteins were analysed. We identified the genes regulated by IFNb in dendritic cells using RNA-seq. We also determined the binding sites of ISGF3 subunits by ChIP-seq. We found that most effector ISGs had at least one ISGF3 binding region proximal to the transcription start site (TSS), and only a subset of effector ISGs was associated with three or more ISGF3 binding regions. The IRF9 signals were typically higher, and ISRE motifs were stronger in TSS-proximal versus TSS-distal regulatory regions. Our results indicate that strong ISRE motifs and universally accessible promoter regions that permit robust, widespread induction are characteristic features of effector ISGs.
Göczi Loránd, Csumita Mária, Attila Horváth, Nagy Gergely, Póliska Szilárd, Matteo Pigni, Christoph Thelemann, Bence Dániel, Mianesaz Hamidreza, Tamás Varga, Kaushik Sen, Sunil K. Raghav, John W. Schoggins, Nagy Laszlo, Hans Acha-Orbea, Felix Meissner, Walter Reith, Széles Lajos: A Multi-Omics Approach Reveals Features That Permit Robust and Widespread Regulation of IFN-Inducible Antiviral Effectors, JOURNAL OF IMMUNOLOGY 209: (10) pp. 1930-1941., 2022
Projekt eseményei
2023-04-26 20:00:56
Résztvevők változása
2020-02-12 07:28:50
Kutatóhely váltás
A kutatás helye megváltozott. Korábbi kutatóhely: ÁOK Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet (Debreceni Egyetem), Új kutatóhely: ÁOK Humángenetikai Tanszék (Debreceni Egyetem).
