Az alternatív splicing és a membrán nélküli testek kialakulásának kapcsolata  részletek

súgó  nyomtatás 
vissza »

 

Projekt adatai

 
azonosító
128133
típus FK
Vezető kutató Pancsa Rita
magyar cím Az alternatív splicing és a membrán nélküli testek kialakulásának kapcsolata
Angol cím The interplay of alternative splicing and the assembly of membraneless organelles
magyar kulcsszavak alternatív splicing, szövetspecifikus szabályozás, rendezetlen fehérje, folyadék fázisátmenet, membrán nélküli testek, stressz granulumok, szekvencia variáció, rák, amiotrófiás laterálszklerózis
angol kulcsszavak alternative splicing, tissue-specific, liquid-liquid phase separation, intrinsically disordered, sequence variation, membraneless organelles, stress granules, cancer, amyotrophic lateral sclerosis
megadott besorolás
Bioinformatika (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)50 %
Biofizika (pl. transzport-mechanizmusok, bioenergetika, fluoreszcencia) (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)35 %
Ortelius tudományág: Molekuláris biofizika
Molekuláris Biológia (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)15 %
Ortelius tudományág: Molekuláris biológia
zsűri Genetika, Genomika, Bioinformatika és Rendszerbiológia
Kutatóhely Molekuláris Élettudományi Intézet (HUN-REN Természettudományi Kutatóközpont)
résztvevők Fichó Erzsébet
Horváth Tamás
Rawan K. I. Abukhairan
Tantos Ágnes
Tompa Péter
Váradi Marcell
projekt kezdete 2018-11-01
projekt vége 2023-02-28
aktuális összeg (MFt) 39.993
FTE (kutatóév egyenérték) 5.25
állapot lezárult projekt
magyar összefoglaló
A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.

A különböző membrán nélküli testek (MNTk) fontos funkciókat töltenek be az eukarióta sejtekben. Kialakulásuk, úgynevezett folyadék fázisátmenet útján történik, amely alacsony szekvencia komplexitású, rendezetlen fehérje régiók közti multivalens, gyenge kölcsönhatásokhoz köthető. Annak ellenére, hogy az ilyen rendezetlen régiók alternatív splicingja (AS) köztudottan óriási funkcionális diverzitást biztosít az érintett fehérje izoformáknak, az AS fázisátmenetekre gyakorolt hatását eddig egyáltalán nem vizsgálták. Ráadásul, ugyan a fázisátmeneteket képző fehérje régiók bizonyos mutációi súlyos idegrendszeri, muszkuláris és rákos megbetegedéseket okoznak, rákos eredetű splicing módosulásaikat szintén nem vizsgálták még. Mi egy multidiszciplináris projektet terveztünk ezek vizsgálatára: Először összegyűjtjük és az összes, fázisátmenet szempontjából fontos információval annotáljuk az ismert fázisátmenetet képző fehérjéket, majd létrehozunk nekik egy adatbázist. Ezek után az irodalomban és adatbázisokban felhalmozott AS adatok alapján beazonosítjuk a humán fázisátmenetet képző fehérje régiókat érintő alternatív, szövetspecifikus és rákos eredetű splicing variációkat és számítások útján megbecsüljük azok konformációra gyakorolt hatását. A felhalmozott adatok alapján 7-8 érdekes és orvosbiológiai szempontból fontos fehérjét választunk ki, amelyek releváns régióinak vad típusú és splicing variánsait kifejezzük, majd in vitro kísérletekkel vizsgáljuk fázisátmenetük különbségeit. Az összegyűjtött adatok és eredmények alapján jellemezzük és összehasonlítjuk a fiziológiás AS és a rákhoz köthető AS módosulások sejtes folyadék fázisátmenetekre és MNTk kialakulására gyakorolt hatását.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.

A különböző membrán nélküli testek (MNTk) folyadék fázisátmenet révén történő kialakulása egy nagyon fontos és intenzíven kutatott molekuláris folyamat, mely befolyásolja az élő sejtek normál működését és stressztűrését. Azt feltételezzük, hogy az ebben szerepet játszó fehérje régiók szövet- és fejlődési stádium-specifikus alternatív splicingja (AS) fontos szabályozó szerepet tölthet be. Akár teljesen eltörölheti a fázisátmenetet, vagy befolyásolhatja annak kinetikáját, partner-, koncentráció, ionerő-, esetleg hőmérsékletfüggését. Ezeken kívül a kialakuló folyadékcseppek érését is befolyásolhatja ha pl. amiloid képző hajlamukra van hatással. Valószínűsíthető tehát, hogy az AS specifikusan, a különböző szövetek és sejttípusok igényeinek megfelelően szabályozza az MNTk kialakulását, ezt azonban még nem vizsgálták. Ráadásul ezek a folyadék fázisátmenetek, pl. a P-testek és a stressz granulumok kialakulása, sok vírus kedvelt célpontjai, egyes rákokban és rák terápiákban is fontos szerepet játszanak, hibás működésük pedig súlyos betegségekhez vezet. Ezért az MNTk AS általi szabályozása meghatározó lehet a különböző szövetek és sejttípusok rákkal és más betegségekkel szembeni eltérő fogékonyságában, valamint a vírusfertőzésekre és terápiákra adott válaszreakcióiban. Kutatásunk célja, hogy összegyűjtjük az ismert fázisátmenetet képző fehérjéket, integráljuk eddig leírt AS szekvencia variációikat, meghatározzuk és összehasonlítjuk fiziológiás és rákos eredetű splicing variációik fázisátmenetre gyakorolt hatását, hogy jobb betekintést nyerjünk az MNTk kialakulásának szekvenciafüggésébe, molekuláris mechanizmusába, szabályozási törvényszerűségeibe és patológiás elváltozásaiba.

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!

Sok, az élő sejtek számára kulcsfontosságú membrán nélküli test (MNT) kialakulása folyadék fázisátmenet révén megy végbe, beleértve a nukleóluszt, heterokromatint, stressz granulumokat és P-testeket. Az ezekben szerepet játszó alacsony szekvencia komplexitású, rendezetlen régiókat érintő mutációk pl. hibás stressz granulum működéshez vezethetnek, és ezért számos idegrendszeri betegséghez, muszkuláris atrófiához és ráktípushoz köthetők. Az MNTket létrehozó fehérjéket ráadásul számos vírus is célozza. Fontos megjegyezni, hogy a különböző szöveteket eltérő mértékben érintik a tipikus fázisátmenethez kapcsolódó betegségek, mint az amiotrófiás laterálszklerózis és frontotemporális demenciák, valamint a rákos megbetegedések, a vírusfertőzések és a terápiás módszerek is. Ezen eltérések hátterében az MNTk összeszerelődésének jellemző szöveti sajátosságai állhatnak. Mivel az alternatív splicing (AS) meghatározó fontosságú a fehérjék szövetspecifikus sajátosságainak kialakításában, a különböző szövetek betegségek iránti eltérő fogékonyságának teljes megértéséhez mindenképp fontos lenne a fő MNT típusok összeszerelődési és érési folyamataira gyakorolt szabályozó hatását igazolni és mechanizmusát leírni. Az általunk javasolt projekt másik jelentős hozadéka az lenne, hogy a fiziológiás szekvencia variációk és rákos eredetű AS módosulások folyadék fázisátmenetekre gyakorolt hatását össze tudnánk hasonlítani. Ez lehetővé tenné annak feltérképezését, hogy a rákos elváltozások miként lépnek túl a fiziológiásan tolerált szekvenciaváltozások szintjén. Annak meghatározása, hogy az érintett fehérje régiók fiziológiás és patológiás AS szekvencia variációi minként szabályozzák illetve zavarják meg a folyadék fázisátmenetet és ezzel a különböző MNTk kialakulását, mindenképp segítené szekvenciális feltételeinek jobb megértését. Ezen kívül, új szabályozási lehetőségek és mechanizmusaik leírásán keresztül ez a projekt olyan új terápiás módszerek fejlesztését is megalapozhatja, amelyek kimondottan a fázisátmenettel járó folyamatokat megzavaró szekvencia változások és vírus fehérje hatások ellensúlyozását, vagy legalább enyhítését, célozzák.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.

A fehérjék 20 felé aminosavból álló, változó hosszúságú polimerek, amelyek az élő sejtek nélkülözhetetlen végrehajtó molekulái. A sejtek kis, membránok által nem határolt kompartmentjei, az úgynevezett membrán nélküli testek (MNTk) számos alapvető funkciót látnak el. Többségük folyadék fázisátmenet révén alakul ki, amelyet az adott MNT létrejöttéért felelős fehérje szakaszok aminosav kompozíciója és szekvenciája diktál. Az olyan, ezeket a fehérje régiókat érintő mutációk, amelyek megzavarják a fázisátmenetet (és így a MNTk kialakulását) súlyos idegrendszeri, izomsorvadásos és rákos megbetegedésekért felelősek. Az alternatív splicing (AS) egy olyan mechanizmus, amely lehetővé teszi, hogy egy génről több hasonló fehérje készüljön, amelyek csak bizonyos szekvencia szakaszokban térnek el egymástól, és, például különböző szövetekben, kissé eltérően működnek. A fázisátmeneten alapuló folyamatok esetleges AS általi szabályozódását, szövetspecifikus eltéréseit még egyáltalán nem vizsgálták. Mi összegyűjtjük a fázisátmenetet képző fehérjéket, amelyeket adatbázis formájában elérhetővé teszünk. Emellett a fázisátmenetet képző régiók egészséges és rákos szövetekre jellemző AS variációinak azonosítását, és a fázisátmenet folyamatára gyakorolt hatásaik alapos kísérletes vizsgálatát, majd összehasonlítását tervezzük, hogy közelebb kerüljünk ezen folyamatok szekvenciális feltételeinek, és szabályozásának megértéséhez. Ezáltal ez a projekt olyan új gyógyászati-terápiás módszerek fejlesztését is megalapozhatja, amelyek kimondottan a fázisátmenettel járó folyamatokat megzavaró szekvencia variációk hatását igyekeznek ellensúlyozni, vagy legalább enyhíteni.
angol összefoglaló
Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.

Liquid-liquid phase separation (LLPS) processes that lead to the formation of different membraneless organelles mediating crucial functions in eukaryotic cells are driven by multivalent weak interactions between low complexity, intrinsically disordered protein regions. This relationship is currently intensively researched. Even though alternative splicing (AS) of interaction-prone disordered regions is known to confer huge functional diversity onto protein isoforms, the impact of AS on LLPS regions has never been investigated. Furthermore, despite the fact that mutations affecting human LLPS regions are associated with devastating neurological disorders, muscular atrophies and cancers, the cancer-associated splicing perturbations of such regions have also not been studied. To fill these gaps, we plan to first collect known LLPS proteins through comprehensive literature mining and to build a dedicated, public database covering all information relevant for LLPS. Next, through an advanced data integration approach we will identify the alternative and tissue-specific splice isoforms, as well as cancer-associated splicing perturbations of the collected human LLPS regions, estimate the impact of these variations on their conformations and select some interesting and medically relevant variants of 7-8 proteins for experiments. With recombinant wild type and variant LLPS protein regions we will study phase separation behaviour in vitro. Based on the acquired results we will elucidate and compare the impact of physiological AS variations and cancer-associated splicing perturbations on the LLPS processes of human cells.

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.

The formation of membraneless organelles (MOs) by LLPS is a very important and intensively studied molecular process that largely influences the normal operation and stress resistance of living cells. Our premise is that the tissue- and developmental stage-specific alternative splicing (AS) of the associated protein regions could have huge regulatory potential with respect to their functions. AS may lead to the complete elimination of LLPS or to remarkable changes in its kinetics, partner requirements, concentration-, ionic strength- or temperature-dependence. Also, AS could affect the maturation of the phase separated liquid droplets by modulating their propensity for forming amyloid-like fibres. In all, AS might specifically adjust the assembly of MOs to the needs of different cell types, a possibility that has never been investigated. Furthermore, LLPS processes, like the formation of the nucleolus and stress granules, are associated to devastating diseases in humans, are primary targets of a plethora of viruses and represent an important factor in cancers and cancer therapeutics. Thus, the AS-dependent regulation of granule assembly could also be an important factor in determining how different cell/tissue types may develop cancer or other diseases, and respond to therapies or viral infections. By collecting all proteins known to drive LLPS, integrating data on their detected AS sequence variations, determining and comparing the impact of physiological and cancer-associated AS variations on their phase separation behaviour, we could gain valuable new insights into the underlying sequence determinants, molecular mechanisms, regulatory principles and disease phenotypes.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.

Liquid-liquid phase separation (LLPS) processes are responsible for the formation of many essential membraneless organelles, including the nucleolus, heterochromatin, stress granules and P-bodies. Mutations and repeat expansions within the associated low sequence complexity, intrinsically disordered protein regions cause, for instance, faulty stress granule dynamics, and are consequently linked to various neurodegenerative disorders, muscular atrophies and cancers in humans. Furthermore, key proteins mediating the formation of ribonucleoprotein granules are also targeted by various viruses. Notably, the different tissues are not equally affected by the typical phase separation-related diseases, such as amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal lobar dementia (FTLD), neither by cancers, viral infections or therapies, which could well be due to inherent tissue-specific differences in granule assembly mechanisms. Differential alternative splicing of proteins is a major player in shaping tissue-specific proteomes. Thus, for a more complete understanding of the different disease susceptibilities of human tissues, determining how alternative splicing affects the assembly of major granule types would be crucial. Another relevant benefit of this project is that the effects of the naturally occurring sequence variations could be compared to those of cancer-associated splicing perturbations, providing important clues on how the cancer-associated AS sequence variations exceed physiologically tolerated sequence change limits. Identifying the mechanisms through which physiological AS variations fine-tune and pathological sequence changes impair LLPS processes could definitely further our understanding of their sequence determinants. Also, by uncovering new regulatory possibilities and their mechanisms, this project could also lay down the foundations for inventing new therapeutic approaches that deliberately target, counteract or at least moderate the effects of pathological sequence variations or viral proteins on a given phase separation process in order to cure the associated disease.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.

Proteins, long polymers of twenty different amino acids encoded by genes, are fundamental executor molecules of living cells. Certain cellular subcompartments, the so called membraneless organelles (MOs), mediate various crucial functions in the normal operation and stress tolerance of living cells. These MOs are formed through a process called liquid-liquid phase separation that is induced and driven by the amino acid compositional and sequence properties of proteins or protein regions involved. Mutations of these protein regions that impair the formation of MOs are associated with devastating neurological disorders, muscular atrophies and cancers in humans. Alternative splicing is a mechanism allowing for a single gene to encode more than one protein, actually a bunch of related proteins that differ only in certain regions of their sequence and perform somewhat different functions, for instance, in different tissues. Our premise is that through identifying the naturally occurring and cancer-associated alternative splicing-derived sequence variations and then experimentally determining their effects on phase separation, we could gain valuable new insights into the sequence requirements, mechanisms and regulation of liquid-liquid phase separation processes and thus into the formation of MOs. Therefore, this project could lay down the foundations for inventing new therapeutic approaches that could deliberately target, counteract or at least moderate the effects of sequence variations impairing the formation of a particular MO in order to cure or at least relieve the symptoms of the associated disease.





 

Zárójelentés

 
kutatási eredmények (magyarul)
Összegyűjtöttük az adatokat és megépítettük a folyadék fázisátmenetre (LLPS) képes fehérjék átfogó adatbázisát, a PhaSePro-t. Biztosítottuk, hogy a kapcsolódó adatok kutatási területünk központi adatbázisaiba is bekerüljenek. Ezen kívül az LLPS rendszerek funkcióiról, szabályozásáról és a vizsgálatukat szolgáló bioinformatikai eszközökről átfogó összefoglaló cikkeket közöltünk. A projekt számítógépes részét sikerrel végrehajtottuk, az LLPS fehérjék koncentráció viszonyait és dózis szenzitivitását is tanulmányoztuk és az eredményeink azt mutatták, hogy az LLPS fehérjék alternatív splicingja általában mindent vagy semmit alapon működik, vagyis az LLPS-ért felelős modulok vagy teljesen kivágódnak a fehérjékből, vagy megőrződnek. Nincs sok eset, ahol az izoformák szekvenciája alapján csökkent/megváltozott LLPS-t várnánk. Ez megnehezítette a kísérletes vizsgálatra szánt izoforma párok kiválasztását, végül 3 fiziológiás és egy rákhoz köthető párt választottunk. A kiválasztott fehérjék némelyikének kifejezése és tisztítása sajnos túl nagy kihívást jelentetett, pedig több megközelítéssel is próbálkoztunk, valamint egyes esetekben más csoportok megelőztek minket. Emiatt a párok tagjainak fázisátmenetes viselkedését még nem tudtuk összehasonlítani. A kísérletes kudarcokat ellensúlyozza, hogy több olyan sikeres kollaborációt is kiépítettem, amelyben izoformák LLPS-ét (pl. androgén receptor)) vagy közeli paralóg fehérjék LLPS-ét kísérletesen vizsgáljuk (pl. humán SSB1 és 2, G3BP1 és 2).
kutatási eredmények (angolul)
We collected the data for and developed a comprehensive database of proteins driving liquid-liquid phase separation (LLPS), PhaSePro. We also ensured that LLPS-associated data get incorporated into the core data resources. In parallel, we reviewed the functions and regulatory modalities of phase-separated condensates, as well as the computational resources available to study them. The computational part of the project was successfully performed, we also studied the cellular concentration conditions and dosage sensitivity of LLPS drivers, and our results suggest that alternative splicing (AS) of LLPS driver regions usually works in an all or nothing manner, meaning that there aren’t many cases, where a reduced/increased/fine-tuned LLPS is expected based on the differences of isoform sequences. Due to this reason, choosing the isoform pairs for experimental investigation was challenging. Yet, we have selected 4 isoform pairs, 3 physiological and 1 cancer related, for investigation. Expression and purification of some of the selected proteins proved to be highly challenging and some turned out to be studied by other groups in parallel, therefore their LLPS behaviours could not yet be fully elucidated. However, I managed to establish collaborations where the LLPS behaviour of AS-derived isoforms (as in case of androgen receptor) or close paralogs (as in the case of the human SSB1 and 2 and G3BP1 and 2 proteins) could be successfully investigated.
a zárójelentés teljes szövege https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=128133
döntés eredménye
igen





 

Közleményjegyzék

 
Mészáros Bálint, Erdős Gábor, Szabó Beáta, Schád Éva, Tantos Ágnes, Abukhairan Rawan, Horváth Tamás, Murvai Nikoletta, Kovács Orsolya P, Kovács Márton, Tosatto Silvio C E, Tompa Péter, Dosztányi Zsuzsanna, Pancsa Rita: PhaSePro: the database of proteins driving liquid-liquid phase separation, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 48: (D1) pp. D360-D367., 2020
Farahi N., Lazar T., Wodak S.J., Tompa P., Pancsa R.: Integration of data from liquid–liquid phase separation databases highlights concentration and dosage sensitivity of llps drivers, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 22: (6) pp. 1-26., 2021
Harami Gábor M., Kovács Zoltán J., Pancsa Rita, Pálinkás János, Baráth Veronika, Tárnok Krisztián, Málnási-Csizmadia András, Kovács Mihály: Phase separation by ssDNA binding protein controlled via protein−protein and protein−DNA interactions, PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 117: (42) pp. 26206-26217., 2020
Anna Bratek-Skicki, Rita Pancsa, Balint Meszaros, Joris Van Lindt, Peter Tompa: A guide to regulation of the formation of biomolecular condensates, The FEBS Journal, 2020
Gábor M Harami, Zoltán J Kovács, Rita Pancsa, János Pálinkás, Veronika Baráth, Krisztián Tárnok, András Málnási-Csizmadia, Mihály Kovács: Phase separation by ssDNA binding protein controlled via protein-protein and protein-DNA interactions, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020
Joris Van Lindt, Anna Bratek-Skicki, Phuong N Nguyen, Donya Pakravan, Luis F Durán-Armenta, Agnes Tantos, Rita Pancsa, Ludo Van Den Bosch, Dominique Maes, Peter Tompa: A generic approach to study the kinetics of liquid-liquid phase separation under near-native conditions, Communications Biology, 2021
Rita Pancsa, Wim Vranken, Bálint Mészáros: Computational resources for identifying and describing proteins driving liquid-liquid phase separation, Briefings in Bioinformatics, 2021
Nazanin Farahi, Tamas Lazar, Shoshana J Wodak, Peter Tompa, Rita Pancsa: Integration of Data from Liquid-Liquid Phase Separation Databases Highlights Concentration and Dosage Sensitivity of LLPS Drivers, International Journal of Molecular Sciences, 2021
Manjeet Kumar, Sushama Michael, Jesús Alvarado-Valverde, Bálint Mészáros, Hugo Sámano-Sánchez, András Zeke, Laszlo Dobson, Tamas Lazar, Mihkel Örd, Anurag Nagpal, Nazanin Farahi, Melanie Käser, Ramya Kraleti, Norman E Davey, Rita Pancsa, Lucía B Chemes, Toby J Gibson: The Eukaryotic Linear Motif resource: 2022 release, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2022
Federica Quaglia, Bálint Mészáros, Edoardo Salladini, András Hatos, Rita Pancsa, Lucía B Chemes, Mátyás Pajkos, Tamas Lazar, Samuel Peña-Díaz, Jaime Santos, Veronika Ács, Nazanin Farahi, Erzsébet Fichó, Maria Cristina Aspromonte, Claudio Bassot, Anastasia Chasapi, Norman E Davey, Radoslav Davidović, Laszlo Dobson, Arne Elofsson, Gábor Erdős, Pascale Gaudet, Michelle Giglio, Juliana Glavina, Javier Iserte, Valentín Iglesias, Zsófia Kálmán, Matteo Lambrughi, Emanuela Leonardi, Sonia Longhi, Sandra Macedo-Ribeiro, Emiliano Maiani, Julia Marchetti, Cristina Marino-Buslje, Attila Mészáros, Alexander Miguel Monzon, Giovanni Minervini, Suvarna Nadendla, Juliet F Nilsson, Marian Novotný, Christos A Ouzounis, Nicolás Palopoli, Elena Papaleo, Pedro José Barbosa Pereira, Gabriele Pozzati, Vasilis J Promponas, Jordi Pujols, Alma Carolina Sanchez Rocha, Martin Salas, Luciana Rodriguez Sawicki, Eva Schad, Aditi Shenoy, Tamás Szaniszló, Konstantinos D Tsirigos, Nevena Veljkovic, Gustavo Parisi, Salvador Ventura, Zsuzsanna Dosztányi, Peter Tompa, Silvio C E Tosatto, Damiano Piovesan: DisProt in 2022: improved quality and accessibility of protein intrinsic disorder annotation, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2022
Rita Pancsa, Erzsébet Fichó, Dániel Molnár, Éva Viola Surányi, Tamás Trombitás, Dóra Füzesi, Hanna Lóczi, Péter Szijjártó, Rita Hirmondó, Judit E Szabó, Judit Tóth: dNTPpoolDB: a manually curated database of experimentally determined dNTP pools and pool changes in biological samples, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2022
András László Szabó, Anna Sánta, Rita Pancsa, Zoltán Gáspári: Charged sequence motifs increase the propensity towards liquid-liquid phase separation, FEBS Letters, 2022
Joel Roca-Martinez, Tamas Lazar, Jose Gavalda-Garcia, David Bickel, Rita Pancsa, Bhawna Dixit, Konstantina Tzavella, Pathmanaban Ramasamy, Maite Sanchez-Fornaris, Isel Grau, Wim F Vranken: Challenges in describing the conformation and dynamics of proteins with ambiguous behavior, Frontiers in Molecular Biosciences, 2022
Hatos András, Hajdu-Soltész Borbála, Monzon Alexander M, Palopoli Nicolas, Álvarez Lucía, Aykac-Fas Burcu, Bassot Claudio, Benítez Guillermo I, Bevilacqua Martina, Chasapi Anastasia, Chemes Lucia, Davey Norman E, Davidović Radoslav, Dunker A Keith, Elofsson Arne, Gobeill Julien, Foutel Nicolás S González, Sudha Govindarajan, Guharoy Mainak, Horvath Tamas, Iglesias Valentin, Kajava Andrey V, Kovacs Orsolya P, Lamb John, Lambrughi Matteo, Lazar Tamas, Leclercq Jeremy Y, Leonardi Emanuela, Macedo-Ribeiro Sandra, Macossay-Castillo Mauricio, Maiani Emiliano, Manso José A, Marino-Buslje Cristina, Martínez-Pérez Elizabeth, Mészáros Bálint, Mičetić Ivan, Minervini Giovanni, Murvai Nikoletta, Necci Marco, Ouzounis Christos A, Pajkos Mátyás, Paladin Lisanna, Pancsa Rita, Papaleo Elena, Parisi Gustavo, Pasche Emilie, Barbosa Pereira Pedro J, Promponas Vasilis J, Pujols Jordi, Quaglia Federica, Ruch Patrick, Salvatore Marco, Schad Eva, Szabo Beata, Szaniszló Tamás, Tamana Stella, Tantos Agnes, Veljkovic Nevena, Ventura Salvador, Vranken Wim, Dosztányi Zsuzsanna, Tompa Peter, Tosatto Silvio C E, Piovesan Damiano: DisProt: intrinsic protein disorder annotation in 2020, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2019
Kumar Manjeet, Gouw Marc, Michael Sushama, Sámano-Sánchez Hugo, Pancsa Rita, Glavina Juliana, Diakogianni Athina, Valverde Jesús Alvarado, Bukirova Dayana, Čalyševa Jelena, Palopoli Nicolas, Davey Norman E, Chemes Lucía B, Gibson Toby J: ELM-the eukaryotic linear motif resource in 2020., NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2019
Mészáros Bálint, Erdős Gábor, Szabó Beáta, Schád Éva, Tantos Ágnes, Abukhairan Rawan, Horváth Tamás, Murvai Nikoletta, Kovács Orsolya P, Kovács Márton, Tosatto Silvio C E, Tompa Péter, Dosztányi Zsuzsanna, Pancsa Rita: PhaSePro: the database of proteins driving liquid–liquid phase separation, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2019
Pancsa Rita, Kovacs Denes, Tompa Peter: Misprediction of Structural Disorder in Halophiles., MOLECULES 24: (3) E479, 2019
Pancsa Rita, Schad Eva, Tantos Agnes, Tompa Peter: Emergent functions of proteins in non-stoichiometric supramolecular assemblies, BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS S1570-9639(19)30043-3, 2019





 

Projekt eseményei

 
2022-10-04 15:03:03
Résztvevők változása
2022-06-21 11:19:17
Résztvevők változása
2020-01-08 15:45:30
Résztvevők változása




vissza »