Analysis of protein-DNA interactions and methylation patterns in regulatory regions of oncogenes of Epstein-Barr virus in nasopharygeal carcinoma cells
zsűri
Genetika, Genomika, Bioinformatika és Rendszerbiológia
Az Epstein-Barr vírus (EBV; egy humán herpeszvírus) számos rosszindulatú daganattal kapcsolatban áll. A virális onkogének promótereinek aktivitása sejttípus specifikus. Ennek alapján a látens EBV genomok három fő látencia típusa különíthető el. Az I és III típus limfoid sejtekre jellemző, a II típus képviselője a nazofaringeális carcinóma (NPC). Limfoid sejtekben a fő látens EBV promóterek aktivitását DNS metiláció és protein-DNS kölcsönhatások regulálják. Utóbbiak szerepe a II látencia típus (NPC) esetében korábban nem volt vizsgálható. A C666-1 NPC sejtvonal megalapítása lehetővé tette a protein-DNS kölcsönhatások vizsgálatát epitheliális eredetű sejtekben is. Ellvégeztük a C666-1 sejtek által hordozott EBV genomok látens promótereinek metilációs analízisét. Megállapítottuk, hogy az inaktív Cp és LMP1 és LMP2A promóterek erősen metiláltak, míg az aktív Qp, EBER 1 és EBER 2 promóterek metilálatlanok. Nem találtunk metilált CpG dinukleotidokat a látens replikációs origó (oriP) területén sem, mely enhancer-ként is működik. Két nude egérben passzált NPC sejtvonal metilációs analízise hasonló eredményt adott.
A C666-1 sejtek látens promótereinek fehérje-DNS kölcsönhatásait az in vivo footprinting módszerével analizáltuk. Megállapítottuk, hogy a Cp és Qp és EBER1p valamint oriP hasonló fehérjéket köt, mint az I. típusú Burkitt limfóma sejtekben. Megállapítottuk, hogy az aktív Qp egy módosított hisztonnal (H3MK4) asszociált.
kutatási eredmények (angolul)
Epstein-Barr virus (EBV; a human herpesvirus) is associated with a series of malignant neoplasms. The activity of the promoters of viral oncogenes is cell type specific. Accordingly, there are three main latency types of EBV: type I and III is characteristic for lymphoid cells whereas type II is exemplified by nasopharyngeal carcinoma (NPC). In lymphoid cells the activity of tha major latent EBV promoters is regulated by DNA methylation and protein-DNA interactions. In NPC the role of protein-DNA interactions could not be studied erlier due to the lack of an in vitro model. Establishment of the cell line C666-1 permitted, however, the analysis of protein-DNA interactions in an epithelial cell type. We made a detailed methylation map of latent promoters in EBV genomes carried by C666-1 cells. We found that the silent Cp, LMP1p and LMP2Ap promoters are heavily methylated. In contrast, the active Qp, EBER1p, and EBER2p were found to be unmethylated. Methylation analysis of two nude mouse-passaged NPC lines gave similar results.
In vivo footprinting of latent EBV promoters showed that similar proteins bind to Cp, Qp, EBER1p and oriP in C666-1 cells and type I Burkitt's lymphoma cells. We found that active Qp is marked with a modified histone (H3MK4).
Ildiko Gyory, Janos Minarovits: Epigenetic regulation of lymphoid specific gene sets, Biochemistry and Cell Biology, 2005
Hans Helmut Niller, Hans Wolf, Janos Minarovits: Epstein-Barr Virus, Latency Strategies of Herpesviruses; Eds.: J. Minarovits, E. Gonczol, T. Valyi-Nagy; Springer, 2007
Janos Minarovits: Epigenotypes of Latent Herpesvirus Genomes, Current Topics in Microbiology and Immunology, 2006
