Komplex hálózatokvizsgálata statisztikus fizikai módszerekkel  részletek

súgó  nyomtatás 
vissza »

 

Projekt adatai

 
azonosító
48422
típus PD
Vezető kutató Farkas Illés
magyar cím Komplex hálózatokvizsgálata statisztikus fizikai módszerekkel
Angol cím Analysis of complex networks with statistical physics methods
zsűri Fizika 1
Kutatóhely Biológiai Fizika Tanszék (Eötvös Loránd Tudományegyetem)
projekt kezdete 2004-10-01
projekt vége 2008-03-31
aktuális összeg (MFt) 19.100
FTE (kutatóév egyenérték) 0.00
állapot lezárult projekt





 

Zárójelentés

 
kutatási eredmények (magyarul)
Hálózati csoportosulásokat (klasztereket, modulokat) kereső módszer segítségével átfedő, sűrű csoportokat találtunk molekuláris biológiai (fehérje-fehérje kölcsönhatások, transzkripció reguláció), kognitív (szó-asszociációs) és szociális (társszerzőségi) hálózatokban. A hálózati modulkeresővel megtalált átfedő csoportosulásokat a hálózati csúcspontokról rendelkezésre álló információk (pl. a fehérjék funkciója) alapján statisztikai tesztekkel ellenőriztük. A modulok segítségével fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózatokban megjósoltuk korábban ismeretlen funkciójú fehérjék funkcióját és jósoltunk fehérje csoportokat, amelyek valószínűleg eddig ismeretlen speciális biológiai feladatok elvégzésén együttműködnek. Az átfedő modulkereső módszer irányított és súlyozott hálózatokra való kiterjesztésével azonosítottuk az irányított hálózatok két fő típusát (az átfedések irányába illetve azokból kifelé mutató modulok esete) és lehetővé tettük a súlyozott hálózatokban történő pontosabb modulkeresést.
kutatási eredmények (angolul)
With a network module search technique, we identified overlapping modules (also called: clusters, communities) of nodes in complex networks from molecular biology (protein-protein interactions and transcription regulation), cognitive science (word association web) and social science (co-authorship web). We verified the identified overlapping network modules by using additional information available about the nodes (e.g., the annotations of proteins) and performing statistical tests. Based on the modules in protein-protein interaction networks we predicted functions for proteins with no known functions so far and also pointed out groups of proteins that are likely to collaborate on specific biological tasks that are not yet known. By extending the overlapping network module search method to directed and weighted graphs, we have uncovered two major types of overlapping directed modular structure (modules pointing towards the overlaps and modules pointing outwards) and have enabled a more precise module search in weighted networks.
a zárójelentés teljes szövege http://real.mtak.hu/1799/
döntés eredménye
igen





 

Közleményjegyzék

 
Palla G, Derényi I, Farkas I, Vicsek T: Uncovering the overlapping community structure of complex networks in nature and society, Nature 435, 814-818, 2005
Balázs Adamcsek, Gergely Palla, Illés J. Farkas, Imre Derényi, Tamás Vicsek: CFinder: Locating cliques and overlapping modules in biological networks, Bioinformatics 22, 1021-1023, 2006
Illés J. Farkas, Chuang Wu, Chakra Chennubhotla, Ivet Bahar, Zoltán N. Oltvai: Topological basis of signal integration in the transcriptional-regulatory network of the yeast, Saccharomyces cerevisiae, BMC Bioinformatics 7, 478, 2006
Illés J. Farkas, Qasim K. Beg, Zoltán N. Oltvai: Exploring transcriptional regulatory networks in the worm, Cell 125, 1032-1034 (preview), 2006
Farkas I J, Ábel D, Palla G, Vicsek T: Weighted network modules, New J. Phys. 9, 180, 2007
Palla G, Farkas I J, Pollner P, Derényi I, Vicsek T: Directed network modules, New J. Phys. 9, 186, 2007




vissza »