Functional characterization of oxidative stress response elements in Aspergillus nidulans  Page description

Help  Print 
Back »

 

Details of project

 
Identifier
100464
Type K
Principal investigator Pócsi, István
Title in Hungarian Oxidativ stresszválasz elemek funkcionális jellemzése Aspergillus nidulansban
Title in English Functional characterization of oxidative stress response elements in Aspergillus nidulans
Keywords in Hungarian oxidatív stressz, mitokondrium, glutation, AtfA transzkripciós faktor, géndeléció, konfokális mikroszkópia
Keywords in English oxidative stress, mitochondrion, glutathione, AtfA transcription factor, gene deletion, confocal microscopy
Discipline
Microbiology: virology, bacteriology, parasitology, mycology (Council of Medical and Biological Sciences)100 %
Panel Cellular and Developmental Biology
Department or equivalent Department of Molecular Biotechnology and Microbiology (University of Debrecen)
Participants Bodnár, Dóra
Csernoch, László József
Dienes, Beatrix
Emri, Tamás
Leiter, Éva
Nagy, Gábor György
Pusztahelyi, Tünde
Starting date 2012-01-01
Closing date 2015-12-31
Funding (in million HUF) 23.889
FTE (full time equivalent) 6.40
state closed project
Summary in Hungarian
A reaktív oxigén részecskék, bár citotoxikusak, olyan komplex és finoman szabályozott élettani folyamatokat váltanak ki gombákban, mint az oxidatív stresszválasz, a gombák differenciálódása és programozott sejthalála. A fonalas gomba modellszervezet Aspergillus nidulans antioxidáns védelmi rendszere végrehajtó és szabályozó elemeinek a felderítése és funkcionális jellemzése olyan eszközöket biztosíthat a számunkra, amelyekkel kontrollálhatjuk az iparilag és klinikailag fontos gombák stresszválaszát és sejthalálát. Ez a projekt néhány olyan stresszválasz fehérje funkcióanalízisét tűzi ki célul, melyek sarkalatos szerepet játszhatnak az oxidatív stressznek kitett micéliumokban a mitokondriumok integritásának és működésének a megőrzésében. Egy másik fő célkitűzés az AtfA target génjeinek az azonosítása és funkcionális jellemzése. Az AtfA egy olyan bZIP-típusú transzkripciós faktor, amely levezényli a különféle környezeti stresszhatásokra adott válaszokat. Az AtfA potenciális kölcsönható partnereinek és/vagy helyettesítőinek a felderítése és funkcióanalízise szintén a fő célkitűzéseink között szerepel. A kutatók egy kiterjedt tudományos együttműködési hálózatban tevékenykednek, ami a javaslat újszerűsége ellenére a projekt kockázatát elfogadható szinten tartja.
Summary
Reactive oxygen species, albeit being cytotoxic, elicit complex and delicately regulated physiological processes in fungi like oxidative stress response, fungal differentiation and programmed cell death. Screening for and functional characterization of executive and regulatory elements of the antioxidant defense system of the filamentous model fungus Aspergillus nidulans may provide us with suitable tools to control stress response and cell death in industrially and clinically important fungi. This project aims at the functional analysis of some stress response proteins, which can play a pivotal role in the preservation of the integrity and function of mitochondria in oxidative stress exposed mycelia. Another major goal is the identification and functional characterization of AtfA-target genes. AtfA is a bZIP-type transcription factor and orchestrates responses to different types of environmental stress. Screening for and functional analysis of potential interacting partner(s) and/or substitute(s) for AtfA are also among our major goals. The investigators work within a wide-spread scientific collaborative network, which keeps the risk of the project at an acceptable level despite the novelty of the proposal.





 

Final report

 
Results in Hungarian
A projekt keretében jellemeztük a fonalas gomba modellszervezet Aspergillus nidulans néhány nagy fontosságú oxidatív stresszválasz elemét. A kutatásainkban olyan komplex megközelítési módokat alkalmaztunk, amelyek összehasonlító genomikai, transzkriptomikai, molekuláris genetikai, mikrobiális élettani, bioinformatikai és mikroszkópi módszereket foglaltak magukba. Az elért fő kutatási eredmények a következők: (i) Különbözőféle oxidatív stresszhatásoknak kitett tenyészetekben bizonyos stresszválasz gének transzkripciója hasonlóképpen változott, és ezek a gének alkotják a központi oxidatív stresszválasz („COSR”) gének csoportját. (ii) Megállapítottuk, hogy az élesztőkben leírt központi környezeti stresszválasz („CESR”) A. nidulansban nem volt kimutatható. (iii) Megfigyeltük, hogy a stresszválasz fehérjéket kódoló gének deléciója gyakran nem eredményezett stresszérzékeny fenotípust. (iv) A gomba glutation (GSH) metabolizmusának az enzimei közül a γ-L-glutamil-L-cisztein szintetáz és glutation reduktáz szükségesek voltak a konidiospórák csírázásához. (v) A GSH lebontásában szerepet játszó γ-glutamil transzpeptidáz szintén részt vehet az extracelluláris aminosavak és peptidek γ-glutamilizációjában szénéhezés esetén. (vi) Az A. nidulans fontos mitokondriális fehérjéit kódoló gének deléciója, illetve túltermeltetése általában nem befolyásolta jelentősen a sejtek élettani és öregedési folyamatait. (vii) Létrehoztuk a gomba stressz adatbázist („FSD”).
Results in English
We characterized some highly important stress response elements of the filamentous fungus model organism Aspergillus nidulans in the frame of the project. We employed complex approaches in our research, which included comparative genomic, transcriptomic, molecular genetic, microbial physiological, bioinformatic and microscopic methods. Our major research results are as follows: (i) The transcriptions of certain stress response genes changed similarly in cultures exposed to various types of oxidative stress, and these genes establish the group of core oxidative stress response („COSR”) genes. (ii) We found that the core environmental stress response („CESR”) described in yeasts could not be detected in A. nidulans. (iii) We observed that the deletion of genes encoding stress response proteins often did not result in any stress sensitive phenotype. (iv) Out of the enzymes of the glutathione (GSH) metabolism of the fungus, γ-L-glutamyl-L-cysteine synthetase and glutathione reductase were necessary for the germination of conidiospores. (v) γ-Glutamyl transpeptidase, which plays a role in the degradation of GSH, may also take part in the γ-glutamylization of extracellular amino acids and peptides under carbon starvation. (vi) The deletion or overexpression of genes coding for important mitochondrial proteins in A. nidulans generally did not influence significantly the physiological and ageing processes of the cells. (vii) We set up the fungal stress database („FSD”).
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=100464
Decision
Yes





 

List of publications

 
Emri, T., Szarvas, V., Orosz, E., Antal, K., Park, HS., Han, K.-H., Yu, J.-H., Pócsi, I.: Genome-wide expression responses caused by the lack of atfA in stress-exposed and unstressed cultures of Aspergillus nidulans., ECFG12, Sevilla, Spain, 2014
Leiter, É., Kwon, N.-K., Park, HS., Takács, M., Bakti, F., Emri, T., Oláh, V., Mészáros, I., Dienes, B., Csernoch, L., Yu, J.-H., Pócsi, I.: Increasing the stability of mitochondria in Aspergillus nidulans., Asperfest, Sevilla, Spain, 2014
Spitzmüller, Zs., Hajdú, M., Pócsi, I., Emri, T.: Characterization of gamma-glutamyl transpeptidase from Aspergillus nidulans, MMT 2014. évi Nagygyűlése, Keszthely, 2014 absztakt könyv 66. o., 2014
Spitzmüller, Zs., Kwon, N.-K., Szilágyi, M., Keserű, J., Tóth, V., Yu, J.-H., Pócsi, I., Emri, T.: gamma-glutamyl transpeptidase (GgtA) of Aspergillus nidulans is not necessary for bulk degradation of glutathione, Arch. Microbiol., accepted for publication, DOI 10.1007/s00203-014-1057-0, 2014
Emri, T., Szarvas, V., Orosz, E., Antal, K. Park, HS, Han, K.-H., Yu, J.-H., Pócsi, I.: Core oxidative stress response in Aspergillus nidulans, BMC Genomics, under revision, 2015
Spitzmüller, Zs., Hajdú, M., Pócsi, I. and Emri,T.: Degradation of glutathione in Aspergillus nidulans, Acta Biol Hun., accepted for publication, 2014
Leiter, É., Park, HS., Kwon, N.-J., Emri, T., Oláh, V., Mészáros, I., Dienes, B., Csernoch, L., Yu, J.-H., Pócsi, I.: Modulation of mitochondrial function and morphology has low impact on cellular physiology and ageing in Aspergillus nidulans. (Temporary title, which may change.), Mol Microbiol, to be submitted, 2015
Pócsi István: Regulation of environmental stress responses in Aspergillus nidulans, 13th symposium on remediation, Jena, 2014, absztrakt könyv 19. o. (előadás), 2014
Karányi, Zs., Holb, I., Hornok, L., Pócsi, I., Miskei, M.: FSRD: fungal stress response database., Database, vol. 2013, article ID bat037, 2013
Pusztahelyi, T., Pócsi, I.: Functions, cooperation, and interplays of the vegetative growth signaling pathway in the Aspergilli., J Mycol volume 2013, Article ID 832521, 2013
Spitzmüller, Zs., Hajdú, M., Pócsi, I. and Emri,T.: Degradation of glutathione in Aspergillus nidulans, Acta Biol Hun. 66, 242-245., 2014
Emri, T., Szarvas, V., Orosz, E., Antal, K. Park, HS, Han, K.-H., Yu, J.-H., Pócsi, I.: Core oxidative stress response in Aspergillus nidulans, BMC Genomics 16, Article No,: 478., 2015
Pusztahelyi, T., Holb, I.J., Pócsi, I.: Secondary metabolites in fungus-plant interactions, Front Plant Sci, 6, 573, 2015
Spitzmüller, Zs., Kwon, N.-K., Szilágyi, M., Keserű, J., Tóth, V., Yu, J.-H., Pócsi, I., Emri, T.: gamma-glutamyl transpeptidase (GgtA) of Aspergillus nidulans is not necessary for bulk degradation of glutathione, Arch. Microbiol. 197, 285-297., 2015
Spitzmüller, Zs., Hajdú, M., Pócsi, I., Emri, T.: Degradation of glutathione in Aspergillus nidulans, Acta Biologica Hungarica, 66, 242-245., 2015
Bakti, F., Király, A., Molnár, A., Leiter, É., Emri, T., Pócsi, I.: Study on the glutathione metabolism in the filamentous fungus Aspergillus nidulans, 17th International Congress of HSM, Budapest, Hungary, abstract book p.131., 2015
Emri, T., Szarvas, V., Orosz, E., Antal, K., Park, H.-S., Han, K.-H., Yu, J.-H., Pócsi, I.: Investigating the role of AtfA in controlling stress responses in Aspergillus nidulans, 17th International Congress of HSM, Budapest, Hungary, abstract book p.147., 2015
Emri, T., Szarvas, V., Orosz, E., Antal, K., Park, H.-S., Han, K.-H., Yu, J.-H., Pócsi, I.: Effects of oxidative stress on secondary metabolism in Aspergillus nidulans, 11th VAAM, Berlin, Germany, 2015
Leiter, É., Park, H.-S., Kwon, N.-J., Emri, T., Oláh, V., Mészáros, I., Dienes, B., Csernoch, L., Yu, J.-H., Pócsi, I.: Systematic characterization of four nuclear-encoded genes for mitochondrial functions in Aspergillus nidulans, 11th VAAM, Berlin, Germany, 2015, 2015
Leiter, É., Park, H.-S., Kwon, N.-J., Emri, T., Oláh, V., Mészáros, I., Dienes, B., Csernoch, L., Yu, J.-H., Pócsi, I.: Modulating mitochondrial function and morphology in Aspergillus nidulans had low impact on cellular physiology and ageing, 17th International Congress of HSM, Budapest, Hungary, abstract book p.176., 2015
Pócsi, I.: Stress responses in the Aspergilli- Omics-based approaches, 17th International Congress of HSM, Budapest, Hungary, Manninger lecture, abstract book p. 199., 2015
Pócsi, I., Miskei, M., Xu, Y., Lin, M., Molnár, I.: Sequencing and annotation of the genome of the nematophagous fungus Drechmeria coniospora reveals the arsenal of an endoparasitoid fungus for the invasion of its host organisms, 17th International Congress of HSM, Budapest, Hungary, abstract book p. 200., 2015
Karányi, Zs., Holb, I., Hornok, L., Pócsi, I., Miskei, M.: FSRD: fungal stress response database., Database, 2013
Pusztahelyi, T., Pócsi, I.: Functions, cooperation, and interplays of the vegetative growth signaling pathway in the Aspergilli., J Mycol, 2013
Emri, T., Zalka, A., Pócsi, I.: Detection of transcriptionally active mycotoxin gene clusters-DNA microarray, in Mycotoxins: Methods and Protocols, eds: Moretti, A., Susca, A. , Springer Science+Business Media, LLC, New York, in press, 2016
van Munster, J.M., Burggraaf, A.-M., Pócsi, I. Szilágyi, M., Emri, T., Ram, A.F.J.: Post-genomic approaches to dissect carbon starvation responses in Aspergilli, in Aspergillus and Penicillium in the post-genomic era, eds: Benoit, I., Andersen, M., R., de Vries, R.P., Horizon Scientific Press, in press, 2016
Bakti, F., Király, A., Orosz, E., Miskei, M., Emri, T., Leiter, É., Pócsi, I.: Study on the glutathione metabolism of the filamentous fungus Aspergillus nidulans, J Basic Microbiol, submitted, 2016
Leiter, É., Park, H.-S., Kwon, N.-J., Han, K.-H., Emri, T., Oláh, V., Mészáros, I., Dienes, B., Vincze, J., Csernoch, L., Yu, J.-H., Pócsi, I.: Characterization of the aodA, dnmA, mnSOD and pimA genes in Aspergillus nidulans, Scientific Reports, doi: 10.1038/srep20523, 2016
Leiter, É., Bálint, M., Miskei, M., Orosz, E., Szabó, Zs., Pócsi, I.: Stress tolerances of nullmutants of function-unknown genes encoding menadione stress-responsive proteins in Aspergillus nidulans, J Basic Microbiol, doi: 10.1002/jobm.201500500, 2016
Spitzmüller, Zs., Gonda, S., Kiss-Szikszai, A., Vasas, G., Pócsi, I., Emri, T.: Characterization of extracellular gamma-glutamyl transpeptidase from Aspergillus nidulans, Mycoscience, under revision, 2016
Zhang, L., Zhou, Z., Guo, Q., Fokkens, L., Miskei, M., Pócsi, I., Zhang, W., Chen, M., Wang, L., Sun, Y., Donzelli, B.G.G., Gibson, D.M., Nelson, D.R., Luo, J.-G., Rep, M., Liu, H., Yang, S., Wang, J., Krasnoff, S.B., Xu, Y., Molnár, I., Lin, M.: Makings of Carnivore: Insights into adaptations to an obligate nematode endoparasitoid lifestyle from the finished genome of Drechmeria coniospora, Scientific Reports, under revision, 2016




Back »