Solution conformation and protein-binding interactions of novel bioactive carbohydrate- and peptide derivatives studied by NMR and other biophysical methods

Help

Back »

Details of project

Identifier

105459

Type

Principal investigator

E. Kövér, Katalin

Title in Hungarian

Új, biológiai hatással rendelkező szénhidrát- és peptidszármazékok konformációjának és fehérje-kötődésének vizsgálata NMR és egyéb biofizikai módszerekkel

Title in English

Solution conformation and protein-binding interactions of novel bioactive carbohydrate- and peptide derivatives studied by NMR and other biophysical methods

Keywords in Hungarian

mágneses magrezonancia spektroszkópia, NMR, konformáció, kötődés, szénhidrát, peptid, fehérje, molekula modellezés, ITC, SPR

Keywords in English

Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy, NMR, conformation, binding, carbohydrate, peptide, protein, molecular modelling, ITC, SPR

Discipline

Organic, Biomolecular, and Pharmaceutical Chemistry (Council of Physical Sciences)	70 %
Ortelius classification: Organic chemistry
Experimental pharmacology, drug discovery and design (Council of Medical and Biological Sciences)	30 %
Ortelius classification: Pharmacological sciences

Panel

Natural Sciences Committee Chairs

Department or equivalent

Department of Inorganic and Analytical Chemistry (University of Debrecen)

Participants

Bartók, Ádám
Batta, Gyula
Borbás, Anikó
Borics, Attila
Herczeg, Mihály
Illyés, Tünde Zita
Komáromi, István
Szilágyi, László

Starting date

2012-10-01

Closing date

2017-09-30

Funding (in million HUF)

25.180

FTE (full time equivalent)

10.18

state

closed project

Summary in Hungarian

A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.
Új NMR módszereket tervezünk kifejleszteni biológiailag aktív vegyületek konformációjának, térszerkezetének és kölcsönhatásainak atomi szintű felderítésére oldatfázisban, új szénhidrát- és peptid-származékok szerkezetfelderítésére, szerkezet-hatás összefüggések tanulmányozására új, potenciálisan antiparazita-hatású S- és Se-tartalmú szénhidrátoknál, autoimmun betegségek elleni terápiás szereknél, hatásos peptid- ill. peptidomimetikus analgetikumoknál, antikoaguláns heparin-származékoknál, és immunomodulátor aktivitással bíró új peptidoglikán származékoknál. Konkrét célkitűzéseink a következők:
- Hatékony NMR módszerek kifejlesztése a 77Se-mag homo- és heteronukleáris csatolásainak érzékeny
mérésére;
- Új 1D és 2D STD NMR és rokon módszerek fejlesztése ligandum-fehérje kölcsönhatások tanulmányozására;
- Kísérletileg mért és elméletileg számolt skaláris csatolási állandók segítségével meghatározzuk új,
Se-tartalmú szénhidrátok, valamint K+-csatorna-gátló peptid-típusú skorpió-toxinok konformációját;
- Endomorphin analógok mu-opioid receptorral való kölcsönhatását vizsgáljuk membrán preparátumokban a
biológiai aktivitásért felelős szerkezeti motívumok felderítése céljából;
- Pentaszacharid heparin-analógok konformációját vizsgáljuk szabad- és AT III-fehérjéhez kötött
állapotban az antikoaguláns aktivitás értelmezéséhez;
- Új, félszintetikus peptidoglikán (PGN) származékokat és immunreceptor-fehérjékhez történő kötődésüket
vizsgáljuk az immunfelismerési folyamatok molekuláris hátterének jobb megértéséhez.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.
Tekintettel az organoszelénium vegyületek iránt újabban megnövekedett érdeklődésre, ami ezen származékok biológiai aktivitásának -rákellenes, baktericid, gombaellenes ill. gyulladásgátló hatások - köszönhető, növekvő igény mutatkozik olyan, nagy érzékenységű NMR módszerekre, amelyek megkönnyítik a konformáció-változásokra és kötődési kölcsönhatásokra rendkívül érzékeny 77Se NMR paraméterek gyors és pontos meghatározását. Célul tűzzük ki olyan új NMR mérési módszerek kialakítását, amelyek kiküszöbölik a jelenleg rendelkezésre álló módszerek korlátait ill. ezen új eljárások alkalmazásának bemutatását potenciálisan antiparazita hatású szelenoglikozidok, diglikozil-szelenidek konformációs analízisében. A 77Se NMR metodológiát alkalmazni kívánjuk továbbá diszulfid-kötések hozzárendelésére skorpió-toxinokban, amelyek szerkezeti leírásához ez kulcskérdés.
Tekintettel újabb kutatásainkra ligandum-fehérje kölcsönhatások területén, tervezzük a ligandum-érzékelt NMR módszerek arzenáljának kiterjesztését megnövelt érzékenységű és felbontású kísérletek felépítésével.
Úgy gondoljuk, hogy a meglévő, és a fejleszteni kívánt NMR-technika társítva egyéb biofizikai és elméleti számítási eljárásokkal lehetővé teszi a ligandum-fehérje kölcsönhatások jobb megértését molekuláris szinten. Konkrét célkitűzéseink a következők a) endomorfin-származékok kötődésének vizsgálata opioid receptoron természetes membrán környezetben b) szulfonát-típusú pentaszacharid heparin analógokban azon szerkezeti motívumok azonosítása, amelyek ígéretesek gyógyszerjelölt antikoaguláns molekulák tervezéséhez c) peptidoglikán fragmensek immunreceptor fehérjék általi molekuláris felismerésének atomi szintű leírása.

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!
Jelen tervezet célul tűzi ki új módszerek kidolgozását ill. ismert technikák optimalizálását a nagyfelbontású NMR spektroszkópia területén, ideértve a 77Se NMR ill. továbbfejlesztett egy- és kétdimenziós STD- és rokon méréstechnikákat, amelyek jelentősen növelik ezen módszerek alkalmazási területeit és hatékonyságát.
Prognosztizálható, hogy az alkalmazni kívánt 77Se NMR metodológia széles körben alkalmazásra talál organoszelenium vegyületek területén, és stimulálni fogja alkalmazásukat nagyobb, biokémiai jelentőségű molekuláris rendszerekre is.
STD- és hasonló, ligandum-orientált NMR kísérleteket végzünk természetes membrán-környezetben szintetikus endomorfinok epitóp régióinak meghatározására m-opioid receptorral való kölcsönhatásokban. Bízunk benne, hogy ezek a vizsgálatok az endomorfin-opioid receptor kölcsönhatások jobb megértéséhez vezetnek, és vezérfonalként szolgálnak hatékonyabb analgetikumok tervezéséhez.
A heparin régóta ismert és alkalmazott véralvadás-gátló az orvosi gyakorlatban. A heparin-terápia azonban esetenként súlyos mellékhatásokkal, (pl. vérzékenység) jár. A gyógyszer állati eredete miatt vírusfertőzött is lehet. Ezért sürgős igény mutatkozik hatékony antikoaguláns anyagok kifejlesztésére, melyeknek nincs, vagy elhanyagolható a mellékhatásuk. A debreceni Szénhidrát Kutatócsoportban nemrég szintetizált szulfonát-típusú pentaszacharid heparin analógok ígéretes biológiai hatására alapozva részletes NMR és molekulamodellezési vizsgálatokat tervezünk az AT III –fehérjével történő kölcsönhatás felderítésére. A vizsgálat során nyert szerkezet-aktivitási összefüggések hozzásegíthetnek új gyógyszerjelölt molekulák előállításához.
A bakteriális sejtfal-peptidoglikán ismétlődő egysége (PGM) ill. a zágrábi Egyetemen szintetizált új PGM-származékok immunomodulátor aktivitással bírnak. Tervezzük ezért az új mannozilezett és egyéb PGM-származékok konformációjának meghatározását NMR és molekulamodellezési módszerekkel szabad-, és immun-receptor fehérjékhez kötött állapotban. Ezek a vizsgálatok reményeink szerint új elemekkel gazdagítják ismereteinket a szóban forgó vegyületek immunfehérjék általi molekuláris felismerése területén, és alapját képezhetik hatékonyabb immunomodulátorok tervezésének.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.
Új, és/vagy optimalizált, nagy érzékenységű NMR spektroszkópiai technikák kidolgozását tervezzük, amelyek jelentősen bővítik a módszer alkalmazhatóságát. Az új NMR módszerek, valamint egyéb biofizikai és elméleti számítási eljárások birtokában tervezzük különböző biológiailag érdekes molekuláris rendszerek, így új szintetikus szénhidrát- és peptidszármazékok és célfehérjéik részletes szerkezeti vizsgálatát. A biológiai hatás tekintetében releváns szerkezeti, konformációs, és dinamikai sajátságokat a szóban forgó molekulák szabad, és fehérjékhez kötött állapotában is meghatározzuk, kísérleti és számítási módszerek együttes, szinergikus alkalmazásával.

A vizsgálatok eredményeire támaszkodva törekszünk szerkezet-hatás összefüggések megállapítására, amelyek vezérfonalként szolgálhatnak potenciálisan antiparazita hatással bíró kén- és szeléntartalmú szénhidrát-származékok, autoimmun betegségek terápiájában alkalmazható peptid- vagy peptidutánzó molekulák, endomorfin-típusú új analgetikumok, specifikus antikoaguláns hatású szintetikus heparin-származékok, valamint hatékony immunomodulátor hatással rendelkező peptidoglikán-fragmens molekulák előállításához.

A javasolt kutatások során alkalmazott komplex megközelítésnek köszönhetően reményeink szerint olyan új tudományos ismeretek birtokába jutunk, amelyekre támaszkodva azonosíthatjuk az említett betegségek elleni terápiás szerek kifejlesztéséhez alapul szolgáló kémiai szerkezeteket, molekuláris szerkezeti motívumokat.

Summary

Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.
Our research plan includes a complex approach, involving the design of novel high-resolution NMR methods for probing solution conformation, stereochemistry and interactions at atomic details of bioactive compounds; structure elucidation of novel synthetic carbohydrate and peptide derivatives; structure-activity studies with the promise to design S- and Se-containing carbohydrates with potential antiparasitic activity; therapeutic peptide toxins for treating autoimmune diseases; efficient peptide/peptidomimetic analgesics; heparin derivatives with anticoagulant activity, and peptidoglycan derivatives with improved immunomodulator activity. The following objectives will be addressed:
- Advanced 77Se NMR experiments will be devised for sensitive measurement of homo- and heteronuclear
coupling constants;
- Novel one- and two-dimensional STD NMR and related experiments will be developed for studying ligand-
protein interactions;
- Experimental scalar coupling constants together with theoretical calculations will be utilized for determining
conformations of novel Se-containing carbohydrates and scorpion peptide toxins with K+-channel inhibitory property;
- Interaction of endomorphin analogs with mu-opioid receptor will be studied in membrane preparations to assign structural motifs responsible for biological activity;
- Conformations of pentasaccharide heparin analogues in free-state and in complex with AT III protein will be explored and correlated with anticoagulant activity;
- Peptidoglycan (PGN) derivatives and their interactions with immune receptor proteins will be studied to
understand the molecular basis of PGN of immune recognition by proteins.

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.
In view of the recent interest in organoselenium compounds exhibiting various biological activities including anticancer, bactericidal, antifungal and antiinflammatory actions, there is a growing demand for sensitive NMR experiments to facilitate fast and accurate assessment of 77Se NMR parameters which are extremely sensitive to conformational changes and binding interactions. Our goal is to devise novel experiments which overcome the limitations of existing methods and to demonstrate their utility in the conformational analyses of selenoglycosides and different diglycosyl selenides with potential antiparasitic activity. The 77Se NMR methodology will be also utilized for unequivocal disulfide-bond assignment of scorpion toxins which is a key issue in their structural characterization.
In accord with our recent interest in studying ligand-protein interactions, we are planning to enhance the arsenal of ligand-observed NMR methods with designing experiments with improved sensitivity and resolution.
We believe that the NMR methodology being developed together with existing NMR and other biophysical and computational approaches will allow us to get better understanding of the molecular basis of ligand-protein interactions. In particular, we are interested (a) to investigate the binding of endomorphin derivatives to the G-protein coupled opioid receptor in natural membrane environment; (b) to identify structural properties of sulfonate pentasaccharide heparin analogues which make them promising anticoagulant drug candidates; (c) to get atomic level insight into the molecular recognition of peptidoglycan derivatives by immune receptor proteins.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.
The present proposal aims for the design and optimization of high-resolution NMR experiments including sensitivity enhanced 77Se NMR and advanced one- and two-dimensional STD and related experiments with the main goal to extend the scope and general utility of existing methods.
We envisage that the proposed 77Se NMR methodology will find wide application in the study of organoselenium compounds and will stimulate its use in larger molecular systems of biochemical interest.
STD and related ligand-observed NMR experiments performed in natural membrane environment will provide direct information about the binding epitope of novel synthetic endomorphins towards mu-opioid receptor. We expect that this study will provide a better insight into the molecular basis of endomorphin - opioid receptor interaction and will establish guidelines for the design of more efficient analgesics.
Heparin is a well-known blood anticoagulant and has been employed in medical practice. Heparin therapy, however, may be accompanied by severe side effects including bleeding. The animal origin of the drug may cause viral contamination as well. Therefore, there is an urgent need for the development of new drugs possessing high anticoagulant activity accompanied by no or negligible side effects. Based on the promising biological data of sulfonate pentasaccharide heparin analogues synthesized in the Carbohydrate Research Group, Debrecen, we propose to conduct their detailed NMR and computational studies in both the absence and presence of AT III. Structure-activity relationships revealed by this study are expected to aid the design of new drug candidates.
The monomeric repeating unit (PGM) of bacterial cell wall peptidoglycan and its new PGM-derivatives synthesized at the University in Zagreb are known to exhibit considerable immunomodulator activity. Our research plan includes studying the conformations of mannosylated- and other PGM derivatives in free-state and bound to immune receptor protein. It is expected that this study will result in significant new knowledge of the molecular recognition of PGM-derivatives by immune proteins and will aid the design of improved immunomodulators.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.
The present research initiative includes the design and/or optimization of novel sensitive high-resolution NMR experiments with the promise to extend the scope and utility of existing methodologies. With an array of NMR and other biophysical and calculational approaches in our hands, we are planning to carry out detailed structural studies on different biologically interesting molecular systems including novel synthetic carbohydrate and peptide derivatives and their protein targets. Structural, conformational and dynamic properties relevant to biological activity will be investigated in both the free- and protein-bound form of the molecules under study using experimental techniques and theoretical calculations in a concerted approach.

Based on these results structure-activity relationships will be established and analyzed to provide guidelines for the design of novel sulphur- and selenium-containing carbohydrates with potential antiparasitic activity, for devising efficient peptide and/or peptidomimetic therapeutic agents for treating autoimmune diseases, for the design of novel endomorphin-type analgesics, for designing synthetic heparin derivatives with specific anticoagulant activity, and for the design of novel peptidoglycan fragments and their derivatives with improved immunomodulator activity.

The proposed research is expected to result in significant new knowledge, due to the inherent complexity of the approach outlined, towards identifying chemical structures and/or structural motifs with the promise to develop improved therapeutic agents against different diseases referred above.

Final report

Results in Hungarian

Kutatási pályázatunk egyik fő célkitűzésének eléréséhez az NMR spektroszkópia egyik dinamikusan fejlődő irányzatához kapcsolódva olyan új impulzus-szekvenciák fejlesztésén dolgoztunk, amelyek alkalmasak szélessávú homonukleáris lecsatolás megvalósítására. Alkalmas szekvenciaelemek beépítésével kidolgoztunk több olyan heteronukleáris korrelációs kísérletet, amelyek lényegesen megnövelt spektrális felbontást eredményeznek. A javasolt metodikai újítások jelentősen javítják az NMR jelhozzárendelést, s ezáltal a szerkezetmeghatározás hatékonyságát komplex rendszerekben. A szélessávú lecsatolás alkalmazásával kiküszöböljük a spektrumokból a nemkívánatos proton-proton csatolásokat, ami lehetőséget nyújt egy-/többkötéses heteronukleáris csatolási állandók precíz meghatározására; utóbbi adatok elengedhetetlenül fontosak szerves molekulák térszerkezetének megismeréséhez. A módszereink által elérhető pontos és megbízható adatok a korábbiaknál hatékonyabb szerkezet-hatás összefüggések felismeréséhez, és ezáltal jobb biológiai hatásprofillal rendelkező gyógyszermolekula-jelöltek racionális tervezéséhez járulhatnak hozzá. Kísérleti és elméleti molekulamodellezési számítások kombinált alkalmazásával számos biológiai jelentőséggel bíró molekula (toxin, hormon, tirocidin peptid, antifungális protein, kén/szeléntartalmú szénhidrát, glikozildiszulfid inhibitor, heparin-származék) szerkezetét, molekuláris dinamikáját és kölcsönhatásait sikerült felderíteni, és pontosabban karakterizálni.

Results in English

During the project period we have joined a dynamically growing area of NMR spectroscopy which is focusing on the improvement of NMR methods utilizing various pulse sequence elements capable of broadband homonuclear decoupling. We have devised broadband proton-decoupled, heteronuclear correlation experiments that yield enhanced spectral resolution allowing automatic peak picking during spectral analysis. The experiments proposed can considerably help the assignment of NMR spectra of complex molecules and multicomponent systems, so that structure elucidation or verification of these compounds. In addition, broadband homonuclear decoupled NMR methods providing spectra devoid of undesired proton-proton splittings have been developed for precise and direct determination of one- and multiple-bond heteronuclear coupling constants, providing invaluable tools for conformational analysis of organic compounds. As our improved methods provide more precise and reliable data to disclose structure-activity relationships than the earlier ones, they may contribute to the rational design of drug substances with improved biological profile. With the use of combined experimental and theoretical approach the structure, dynamics and interactions of various compounds of biological or catalytic interest (toxins, hormones, tyrocidine peptides, antifungal proteins, sulfur/selenium-containing carbohydrates, glycosyl disulfide inhibitors, heparin analog carbohydrates) have been characterized.

Full text

https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=105459

Decision

Yes

List of publications

Jaime Franco, Florencia Sardi, László Szilágyi, Katalin E. Kövér, Krisztina Fehér, Marcelo A. Comini: Diglycosyl diselenides alter redox homeostasis and glucose consumption of infective African trypanosomes, International Journal for Parasitology: Drugs and Drug Resistance 7, 303-313, 2017

Máté Kicsák, Attila Mándi, Szabolcs Varga, Mihály Herczeg, Gyula Batta, Attila Bényei, Anikó Borbás, Pál Herczegh: Tricyclanos: conformationally constrained nucleoside analogues with a new heterotricycle obtained from the D-ribofuranose unit, Organic & Biomolecular Chemistry, accepted, 2017

István Timári, Katalin E. Kövér: Broadband homonuclear decoupled HSQMBC methods, Magn. Reson. Chem., accepted, 2017

A. Hetényi, Zs. Hegedűs, R. Fajka-Boja, E. Monostori, K. E. Kövér, T. A. Martinek: Target-specific NMR detection of protein–ligand interactions with antibody-relayed 15N-group selective STD, J. Biomol. NMR, 66, 227–232, 2016

István Timári, Lukas Kaltschnee, Mária H. Raics, Felix Roth, Nicholle G. A. Bell, Ralph W. Adams, Mathias Nilsson, Dusan Uhrın, Gareth A. Morris, Christina M. Thiele, Katalin E. Kövér: Real-time broadband proton-homodecoupled CLIP/CLAP-HSQC for automated measurement of heteronuclear one-bond coupling constants, RSC Advances, 6, 87848–87855, 2016

Kövér E. Katalin, Fehér Krisztina, Bodor Andrea, Timári István, Tóth Gábor, Panyi György: Structure, dynamics and interactions of potassium channel blocker scorpion peptides with disulfide bridges, MTA NMR Munkabizottsági Ülés, 2014. október 2-3., Balatonszemes, 2014

Timári István, E. Kövér Katalin: Különféle szélessávú protonlecsatolt NMR módszerek összehasonlítása: előnyök és hátrányok, MTA NMR Munkabizottsági Ülés, 2014. október 2-3., Balatonszemes, 2014

Krisztina Fehér, Kinga Rákosi, István Timári, Ádám Bartók, Gábor Tóth, György Panyi, Katalin E. Kövér: Anuroctoxin and its interaction with voltage-gated K+ ion channels Kv1.2 and Kv1.3, RSC NMR Discussion Group: Spring Meeting 2014, NMR in Structural Biology University of Cambridge, Department of Chemistry, Cambridge, UK, April 10-11, 2014, 2014

István Timári, Gyula Batta, Katalin E. Kövér: Real-time broadband proton-decoupled (pure shift) methods with efficient water suppression: sensitivity enhanced 1H-15N HSQC and TROSY experiments of labelled and unlabel, EUROMAR 2014 (European Magnetic Resonance Conference), Zurich, Switzerland, June 29 – July 3, 2014, 2014

L. Kaltschnee, A. Kolmer, I. Timári, V. Schmidts, R. W. Adams, M. Nilsson, K. E. Kövér, G. A. Morris, C. M. Thiele: Applications of pure shift HSQC experiments with “perfectBIRD“ decoupling, EUROMAR 2014 (European Magnetic Resonance Conference), Zurich, Switzerland, June 29 – July 3, 2014, 2014

Eszenyi Dániel, Herczeg Mihály, Mező Erika, Borbás Anikó: Toward synthesis of a C-2 sulfonatomethyl group containing anticoagulant pentasaccharide, 13th Bratislava Symposium on Saccharid - Recent Advances in Glycomics, Smolenice, Slovakia, June 22-26, 2014, 2014

Timári István, Batta Gyula, E. Kövér Katalin: Valós idejű szélessávú proton-lecsatolt, heteronukleáris NMR módszerek fejlesztése fehérjék vizsgálatára, MTA Peptidkémiai Munkabizottsági Ülés, 2014. május 28-30., Balatonszemes, 2014

Erika Mező, Mihály Herczeg, Dániel Eszenyi, Anikó Borbás: Large-scale synthesis of 6-deoxy-6-sulfonatomethyl glycosides and their application for novel synthesis of a heparinoid pentasaccharide trisulfonic acid of anticoagulant, Carbohydrate Research 2014, 388, 19–29, 2014

Tamás Körtvélyesi, Katalin E. Kövér, Eszter Németh, Botond Penke, László Szilágyi, Michael Kasperkiewicz, Antal Orosz: Study of the Binding Peptide-Derivatives on Hsp90 Protein which have Anti- Cancer and Autoimmune Inhibitor Effects, International Journal of Drug Design and Discovery 2014, 5(2), 1308-1317, 2014

Györgyi Váradi, Gábor K. Tóth, Zoltán Kele, László Galgózy, Ádám Fizil, Gyula Batta: Synthesis of PAF, an Antifungal Protein from P. chrysogenum, by Native Chemical Ligation: Native Disulfide Pattern and Fold Obtained upon Oxidative Refolding, Chem. Eur. J. 2013, 19, 12684–12692, 2013

Mihály Herczeg, Erika Mező, Dániel Eszenyi, Sándor Antus, Anikó Borbás: New synthesis of idraparinux, the non-glycosaminoglycan analogue of the antithrombin-binding domain of heparin, Tetrahedron 2014, 70, 2919-2927, 2014

Magdolna Csávás, Tamás Demeter, Mihály Herczeg, István Timári, Katalin E. Kövér, Pál Herczegh, Anikó Borbás: Rapid synthesis of self-assembling 1,2-thiomannobioside glycoconjugates as potential multivalent ligands of mannose-binding lectins, Tetrahedron Letters 2014 (accepted), 2014

G Munyuki, G. E. Jackson, G. A. Venter, K. E. Kövér, L. Szilágyi L, M. Rautenbach, B. M. Spathelf, B. Bhattacharya, D. van der Spoel: Beta-Sheet Structures and Dimer Models of the Two Major Tyrocidines, Antimicrobial Peptides from Bacillus aneurinolyticus, Biochemistry 2013, 52, 7798-7806., 2013

K. E. Kövér, G. Batta: NMR investigation of disulfide containing peptides and proteins, Amino Acids, Peptides and Proteins Volume 38. 270 p. Cambridge: Royal Society of Chemistry Publishing, 2013. pp. 37-59. (Specialist Periodical Reports - Amino Acids, Pept, 2013

István Timári, Lukas Kaltschnee, Andreas Kolmer, Ralph W. Adams, Mathias Nilsson, Christina M. Thiele, Gareth A. Morris, Katalin E. Kövér: Accurate determination of one-bond heteronuclear coupling constantswith ‘‘pure shift’’ broadband proton-decoupled CLIP/CLAP-HSQC experiments, Journal of Magnetic Resonance 2014, 239, 130–138, 2014

L. Kaltschnee, A. Kolmer, I. Timári, V. Schmidts, R. W. Adams, M. Nilsson, K. E. Kövér, G. A. Morris and C. M. Thiele: “Perfecting” pure shift HSQC: full homodecoupling for accurate and precise determination of heteronuclear couplings, Chemical Communications, 2014 (accepted), 2014

Andrea Bodor, László Radnai, Csaba Hetényi, Péter Rapali, András Láng, Katalin E. Kövér, András Perczel, Weixiao Y. Wahlgren, Gergely Katona, and László Nyitray: DYNLL2 dynein light chain binds to an extended linear motif of myosin 5a tail that has structural plasticity, Biochemistry 2014 (accepted), 2014

Katalin E. Kövér: Stucture, dynamics and molecular interactions as seen by nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy, 20th International Conference on Chemistry; XX. Nemzetközi Vegyészkonferencia Cluj-Napoca, November 6-9, 2014, 2014

I. Timári, R. W. Adams, M. Nilsson, T. Z. Illyés, L. Szilágyi, G. A. Morris, K. E. Kövér: Simple and precise measurement of heteronuclear coupling constants by novel broadband homonuclear decoupled NMR methods, ENC 2015 - 56th Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference, Pacific Grove, CA, USA, Apr 19 - Apr 25, 2015, 2015

K. E. Kövér, I. Timári, L. Kaltschnee, A. Kolmer, R. W. Adams, M. Nilsson, T. Z. Illyés, L, Szilágyi, C. M. Thiele, G. A. Morris: : Precise measurement of heteronuclear coupling constants: novel applications of broadband proton-proton decoupling, MMCE – 2015, Magnetic Moments in Central Europe, Krynica-Zdrój, Poland, Febr 25 - March 1, 2015, 2015

Knapp Krisztina, Nagy Tamás Milán, Timári István, Borics Attila, Kövér Katalin, Csik Gabriella, Majer Zsuzsa: Peptidmodellek alkalmazása fehérjék fotolízisének tanulmányozására, Magyar Kémikusok Egyesülete (MKE) 2. Nemzeti Konferencia, Hajdúszoboszló, 2015. augusztus 31. – szeptember 2., 2015

I. Timári, R. W. Adams, M. Nilsson, T. Z. Illyés, L. Szilágyi, G. A. Morris, K. E. Kövér: Broadband homonuclear decoupled CPMG-HSQMBC methods for the precise and direct measurement of long-range heteronuclear coupling constants, Central European NMR Symposium (CENMRS) and Central European Bruker NMR Users Meeting (CEUM), Linz, Austria, September 28-29, 2015, 2015

D. Eszenyi, M. Herczeg, E.Mező, A. Borbás: Towards synthesis of an idraparinux analogue bearing a secondary sulfonatomethyl moiety, The 18th European Carbohydrate Symposium, Moscow, Russia August 2-6, 2015, 2015

S. Andre, K.E. Kövér, H.J. Gabius, L. Szilágyi: Thio- and selenoglycosides as ligands for biomedically relevant lectins: Valency-activity correlations for benzene-based dithiogalactoside clusters and first assessment f, Bioorg. Med. Chem. Lett., 25, 931-935, 2015., 2015

P. Király, R.W. Adams, L. Paudel, M. Foroozandeh, J.A. Aguilar, I. Timári, M.J. Cliff, M. Nilsson, P. Sándor, G. Batta, J.P. Waltho, K.E. Kövér, G.A. Morris: Real-time pure shift 15N HSQC of proteins: a real improvement in resolution and sensitivity, J. Biomol. NMR, 62, 43-52, 2015, 2015

I. Timári, L. Szilágyi, K. E. Kövér: PSYCHE CPMG–HSQMBC: An NMR Spectroscopic Method for Precise and Simple Measurement of Long-Range Heteronuclear Coupling Constants, Chem. Eur. J. 21, 13939-42, 2015., 2015

I. Timári, T.Z. Illyés, R.W. Adams, M. Nilsson, L. Szilágyi, G.A. Morris, K.E. Kövér: Precise Measurement of Long-Range Heteronuclear Coupling Constants by a Novel Broadband Proton-Proton-Decoupled CPMG-HSQMBC Method, Chem. Eur. J., 21, 3472-3479, 2015., 2015

P. Bagi, K. Juhász, I. Timári, K.E. Kövér, D. Mester, M. Kállay, M. Kubinyi, T. Szilvási, P. Pongrácz, L. Kollár, K. Karaghiosoff, M. Czugler, L. Drahos, E. Fogassy, G. Keglevich: A study on the optical resolution of 1-isopropyl-3-methyl-3-phospholene 1-oxide and its use in the synthesis of borane and platinum complexes, J. Organometallic Chem. 797, 140–152, 2015., 2015

Á. Fizil, Z. Gáspári, T. Barna, F. Marx, and G. Batta: “Invisible” Conformers of an Antifungal Disulfide Protein Revealed by Constrained Cold and Heat Unfolding, CEST-NMR Experiments, and Molecular Dynamics Calculations, Chem. Eur. J., 21, 5136 – 5144, 2015, 2015

L. Tóth, A. Fekete, G. Balogh, Zs. Bereczky, I. Komáromi: Dynamic properties of the native free antithrombin from molecular dynamics simulations: computational evidence for solvent exposed Arg393 side chain, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2015, 33, 2023–2036., 2015

A. Bartok, K. Fehér, A. Bodor, K. Rákosi, G. K. Tóth, K. E. Kövér, Gy. Panyi, Z. Varga: An engineered scorpion toxin analogue with improved Kv1.3 selectivity displays reduced conformational flexibility, Scientific Reports, 5, 18397-18409, 2015

K. Fehér, I. Timári, K. Rákosi, J. Szolomájer, T. Z. Illyés, Á. Bartók, Z. Varga, Gy. Panyi, G. K. Tóth, K. E. Kövér: Probing pattern and dynamics of disulfide bridges using synthesis and NMR of an ion channel blocker peptide toxin with multiple diselenide bonds, RSC Chemical Science, 7, 2666–2673, 2016

Bagi, P.; Karaghiosoff, K.; Czugler, M.; Hessz, D.; Kállay, M.; Kubinyi, M.; Szilvási, T.; Pongrácz, P.; Kollár, L.; Timári, I.; Kövér, K. E.; Drahos, L.; Fogassy, E.; Keglevich, G.: Synthesis, Characterization, and Application of Platinum(II) Complexes Incorporating Racemic and Optically Active 4-Chloro-5-Methyl-1-Phenyl-1,2,3,6-Tetrahydrophosphinine, Heteroatom Chemistry, 27, 91-101, 2016

Gróf Pál, Knapp Krisztina, Schlosser Gitta, Nagy Tamás Milán, Timári István, Borics Attila, Kövér Katalin, Csík Gabriella, Majer Zsuzsa: Diszulfidhidat tartalmazó ciklikus peptidek UV-besugárzásának hatására keletkező szabadgyökök és szulfhidril-csoportok detektálása, Magyar Tudomány, 177. évf. 1. sz. 50-54, 2016

Illyés, Tünde-Zita; Balla, Sára; Bényei, Attila; Kumar, Ambati Ashok; Timári, István; Kövér, Katalin E.; Szilágyi, László: Exploring the Syntheses of Novel Glycomimetics. Carbohydrate Derivatives with Se-S- or Se-Se- Glycosidic Linkages, ChemistrySelect, 1, 2383-2388, 2016

Magdolna Csávás, Lenka Malinovská, Florent Perret, Milán Gyurkó, Tünde Zita Illyés, Michaela Wimmerová, Anikó Borbás: Tri- and tetravalent mannoclusters cross-link and aggreagate BC2L-A lectin from Burkholderia cenocepacia, Carbohydrate Research, in press, 2016

T. Gyöngyösi, I. Komáromi, M. Herczeg, A. Borbás, K. E. Kövér: Interaction of heparin-analogue pentasaccharides with Antithrombin-III: NMR and molecular dynamic study, Debrecen Colloquium on Carbohydrates 2015, Debrecen, Hungary, 2015

Mihály Herczeg, Erika Mező, Eszter Varga, Katalin, E. Kövér, Anikó Borbás: Synthesis and anticoagulant activity of 6-sulfonic-acidcontaining analogues of idraparinux, Debrecen Colloquium on Carbohydrates 2015, Debrecen, Hungary, 2015

I. Timári, L. Kaltschnee, M. H. Raics, F. Roth, N. G. A. Bell, R. W. Adams, M. Nilsson, D. Uhrin, G. A. Morris, C. M. Thiele and K. E. Kövér: Real-time broadband proton-homodecoupled CLIP/CLAP-HSQC for precise and automated measurement of heteronuclear one-bond coupling constants, Euromar 2016 (European Magnetic Resonance Meeting 2016), Aarhus, Denmark, 2016

I. Timári, K. Fehér, A. Bartók, K. Rákosi, G. K. Tóth, Z. Varga, G. Panyi, K. E. Kövér: Structure and Dynamics of Synthetic Ion Channel Blocker Peptide Toxins, 57th Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference (ENC), Pittsburgh, Pennsylvania, USA, 2016

Gábor Balogh, István Komáromi: QM/MM model for the transglutaminase reaction of blood coagulation factor XIII; the first (acyl-enzyme formation) step, Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2016), University of Washington, Seattle, WA, USA, 2016

K. Fehér, A. Bartók, A. Bodor, K. Rákosi, G. K. Tóth, K. E. Kövér, G. Panyi, Z. Varga: An engineered scorpion toxin analogue with improved Kv1.3 selectivity displays reduced conformational flexibility, CCPN and CCPBiosim Conference, Buxton, UK, 2016

Grace Mugumbate, Graham E. Jackson, David van der Spoel, Katalin E. Kövér, László Szilágyi: Anopheles gambiae, Anoga-HrTH hormone, free and bound structure – A nuclear magnetic resonance experiment, Peptides 41, 94–100, 2013

Bessy Gutierrez, Christian Munoz, Luis Osorio, Krisztina Fehér, Tünde-Zita Illyés, Zsuzsa Papp, Ambati Ashok Kumar, Katalin E. Kövér, Hernan Sagua, Jorge E. Araya, Patricio Morales, László Szilágyi, Jorge Gonzalez: Aromatic glycosyl disulfide derivatives: Evaluation of their inhibitory activities against Trypanosoma cruzi, Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 23, 3576–3579, 2013

Mihály Herczeg, Erika Mező, László Lázár, Anikó Fekete, Katalin E. Kövér, Sándor Antus, Anikó Borbás: Novel syntheses of Idraparinux, the anticoagulant pentasaccharide with indirect selective factor Xa inhibitory activity, Tetrahedron 69, 3149-3158, 2013

Mihály Herczeg, Erika Mező, Dániel Eszenyi, László Lázár, Magdolna Csávás, Ilona Bereczki, Sándor Antus, Anikó Borbás: Synthesis of 6-Sulfonatomethyl Thioglycosides by Nucleophilic Substitution: Methods to Prevent 1--6 Anomeric Group Migration of Thioglycoside 6-O-Triflates, Eur. J. Org. Chem. 5570–5573, 2013

I. Timári, L. Kaltschnee, A. Kolmer, R. W. Adams, M. Nilsson, C. M. Thiele, G. A. Morris, K. E. Kövér: Measuring one-bond heteronuclear coupling constants with improved resolution. Utilizing the potential of novel broadband proton-decoupled HSQC-based methods, EUROMAR 2013 (European Magnetic Resonance Conference), Hersonissos, Crete, Greece, 2013

I. Timári, Z.-T. Illyés, R. W. Adams, M. Nilsson, L. Szilágyi, G. A. Morris, K. E. Kövér: Highly accurate measurement of long-range heteronuclear coupling constants with a novel broadband proton-decoupled CPMG-HSQMBC method, EUROMAR 2013 (European Magnetic Resonance Conference), Hersonissos, Crete, Greece, 2013

L. Kaltschnee, A. Kolmer, I. Timári, R. W. Adams, M. Nilsson, K. E. Kövér, G. A. Morris, C. M. Thiele: Pure Shift HSQC measurements with perfectBIRD decoupling – a method to decouple diastereotopic protons, EUROMAR 2013 (European Magnetic Resonance Conference), Hersonissos, Crete, Greece, 2013

L. Kaltschnee, A. Kolmer, I. Timári, R. W. Adams, M. Nilsson, K. E. Kövér, G. A. Morris, C. M. Thiele: Pure Shift HSQC Measurements with perfectBIRD Decoupling – a Method to Decouple Diastereotopic Protons, 35th FGMR Discussion Meeting and Joint Conference of the German, Italian and Slovenian Magnetic Resonance Societies, Frauenchiemsee, Germany, 2013

I. Timári, L. Kaltschnee, A. Kolmer, R. W. Adams, M. Nilsson, T.-Z. Illyés, L. Szilágyi, C. M. Thiele, G. A. Morris, K. E. Kövér: Losing some sensitivity to gain more information or the novel applications of broadband proton-decoupling, 15th Austrian Chemistry Days, Graz, Austria, 2013

L. Kaltschnee, A. Kolmer, I. Timári, R. W. Adams, M. Nilsson, K. E. Kövér, G. A. Morris, C. M. Thiele: Pure Shift HSQC measurements with perfectBIRD decoupling – a method to decouple diastereotopic protons, SMASH 2013 (Small Molecule NMR Conference), Santiago de Compostela, Spain, 2013

Timári István, Illyés Tünde Zita, Szilágyi László, E. Kövér Katalin: Információnyerés információvesztéssel avagy a szélessávú proton-lecsatolás alkalmazásai, MTA NMR Munkabizottsági Ülés, Pécs, 2013

G. Tóth, Jayapal Reddy Mallareddy, K. E. Kövér, I. Timári: New endomorphin analogues containing -amino isobutyric acid in position 2, European Opioid Conference, Guildford, United Kingdom, 2013

Erika Mező, Mihály Herczeg, Dániel Eszenyi, Anikó Borbás: Building blocks for heparinoid pentasaccharide sulfonic acids of anticoagulant activity, 5th European Conference on Chemistry for Life Sciences, Barcelona, Spain, 2013

Dániel Eszenyi, Mihály Herczeg, Erika Mező, Sándor Antus, and Anikó Borbás: Toward synthesis of sulfonic acid-containing malto-oligosaccharides of potential anticancer activity, 5th European Conference on Chemistry for Life Sciences, Barcelona, Spain, 2013

Back »