How variations in the rates of changes influence the evolution of fungi? – a comprehensive molecular evolutionary study using fungal models  Page description

Help  Print 
Back »

 

Details of project

 
Identifier
106394
Type NN
Principal investigator Papp, Tamás
Title in Hungarian Hogyan változik az evolúció sebessége? - átfogó molekuláris filogenetikai vizsgálat gomba modelleken
Title in English How variations in the rates of changes influence the evolution of fungi? – a comprehensive molecular evolutionary study using fungal models
Keywords in Hungarian evolúciós ráta, Red Queen hipotézis, adaptív radiáció, Key innovation hipotézis, Mucoromycotina, Agaricales
Keywords in English evolution rate, Red Queen hypothesis, adaptive radiation, key innovation hypothesis, Mucoromycotina, Agaricales
Discipline
Microbiology: virology, bacteriology, parasitology, mycology (Council of Medical and Biological Sciences)60 %
Ortelius classification: Microbiology
Analysis, modelling and simulation of biological systems (Council of Medical and Biological Sciences)40 %
Ortelius classification: Phylogeny
Panel Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent Department of Microbiology (University of Szeged)
Participants Kocsubé, Sándor
Krizsán, Krisztina
Nagy, Gábor
Nagy, László
Nyilasi, Ildikó
Palágyi, Andrea
Petkovits, Tamás
Szarkándi, János Gergő
Vágvölgyi, Csaba
Starting date 2013-01-01
Closing date 2016-12-31
Funding (in million HUF) 43.952
FTE (full time equivalent) 10.46
state closed project
Summary in Hungarian
A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.

A projekt célja, hogy betekintést nyerjünk a gombák fajképződésének általános mintázataiba és megértsük az evolúciós ráta heterogenitás hátterét és természetét. A pályázati terv különböző evolúciós utat bejárt Mucoromycotina és Agaricales csoportok, mint eltérő modellrendszerek vizsgálatát tartalmazza és elsősorban a robbanásszerű és a fokozatos fajképződés időszakainak megkülönböztetésére, a kihalások szerepére és a robbanásszerű fajképződések okaira koncentrál azzal a céllal, hogy megismerjük a gomba diverzitás kialakulásának hátterét. Mindez magában hordja a fajok evolúciós dinamikájának, veszélyeztetettségének és természetvédelmi helyzetének megértését is. A kutatás konkrét kérdései a következők:
- Milyen gyakoriak a robbanásszerű fajképződések és mennyiben járultak hozzá a Földünkön tapasztalható gomba diverzitás kialakulásához?
- A Mucoromycotina és az Agaricales mely csoportjai mentek át gyors fajképződési időszakokon?
- Milyen a gyors radiációk időbeli eloszlása? Vajon ezek az események egy-egy csoport evolúciójának korai időszakára koncentrálódtak létrehozva a jelenlegi főbb csoportokat, vagy inkább a későbbi szakaszban a mai nemzetségek elődei idején történtek?
- Találunk-e bizonyítékot a fajképződés globális lassulására gombáknál, ami a fajképződés denzitásfüggő telítődését jelezné előre?
- A robbanásszerű evolúciós események milyen arányban tulajdoníthatók a fajoktól független és függő faktoroknak? Voltak-e nagyobb geográfiai események, amelyek gombáknál nagyléptékű fajképződést/kihalást idéztek elő?
- Léteznek-e olyan morfológiai innovációk, amelyek evolúciója korrelál a hirtelen fajképződési események beindulásával – „key innovation” hipotézis?

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.

A természetes szelekció következtében a faj fennmaradásához nélkülözhetetlen tulajdonságok hosszabb idő alatt sem változnak, míg olyan jellegek, melyek nem állnak erős nyomás alatt, az evolúció „játékszereivé” válva evolúciós innovációk kiinduló pontjai lehetnek. Számos elmélet szerint az evolúció sebessége időben változik és a szerveződés különböző szintjein sem szükségszerűen korrelál. Feltételezések szerint a ma ismert diverzitás nagy része robbanásszerűen, az evolúciós időskálán rövid idő alatt jött létre. E rövid időszakokat hosszabb periódusok követhették, amikor a fajok számotevő mértékben nem változtak. A gyors radiációk okát gyakran újonnan megnyíló nichekkel magyarázták. Ennek alternatívái a „key innovation” hipotézisek. Azaz olyan belső innovációk, melyek a diverzifikáció gátjait szüntetik meg, csökkentve pl. a kihalási rátát vagy lehetővé téve új niche-ek elfoglalását. Bár a növény- és állatcsoportok vizsgálata azt sugallja, hogy a gyors radiációk általánosak, ezt gombák esetében még nem sikerült bizonyítani. Talán a gombák terjedési szokásaik következtében képeznek kivételt, vagy a bizonyítékok hiánya csupán a vizsgálatok elégtelen voltának tudható be? A kérdést két modell csoportban, az evolúciós ráta több szintű vizsgálatával kívánjuk tisztázni. Feltárnánk az ökológiai tényezők és a belső innovációk hozzájárulását is a diverzifikáció sebességének változásaihoz. A rendelkezésre álló mikroevolúciós bizonyítékok nem támasztják alá az ökológiai tényezők növényeknél és állatoknál megfigyelt nagy szerepét. A projekt során vizsgálnánk, vajon a diverzifikáció fő hajtóereje gombák esetében különbözik-e a növényeknél és állatoknál megfigyeltektől?

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!

Jelen projekt fő célja, hogy feltárja az evolúciós ráta heterogenitás mértékét gombáknál és megvizsgálja annak hatását a fajképződésre. A projekt során átfogó képet kapnánk az evolúciós ráták variabilitásáról gombákban, mely serkentően hatna a mikológia és a mikrobiológia számos egyéb specifikus területére is. A patogén szervezetek felbukkanása, alkalmazkodása és elterjedése, a különböző, akár ipari szempontból fontos metabolitok bioszintézisének kérdései, vagy a különböző fehérjék és enzimek funkciójának eredete és megértése csak néhány példa azokra a kutatási területekre, amelyekre a pályázati programban megfogalmazott kérdések tisztázása komoly hatást gyakorolhat. Ezen felül a mikológia olyan alapvető, ám ma még tisztázatlan kérdéseire is szeretnénk választ kapni, hogy pl. a láthatóan azonos korú csoportok közül egyesek, miért tartalmaznak csak néhány, mások pedig több ezer fajt, vagy (pl. az Agaricales csoport esetében) milyen szerepet töltenek be a védelmi mechanizmusok a diverzifikációban. Megvizsgáljuk továbbá az uralkodó evolúciós modellek alkalmazásának lehetőségét gombákra, mely új ismeretekkel fogja bővíteni az evolúciós diverzifikáció általános kérdéskörét is. Várakozásaink szerint a projekt utat nyit a gomba evolúció további kutatási területei felé, ugyanakkor a mikológián kívüli tudományterületek érdeklődésére is számot tarthat.
Mivel viszonylag kevés kutatóhely foglalkozik a ráta heterogenitás, illetve a gomba evolúció kérdésével, különösen ilyen összehasonlító, illetve átfogó módon, jelen pályázat jelentős új információkkal szolgálhat mind a projekt partnerek, mind a szélesebb tudományos közösség számára. A sikeres együttműködés szélesebb, hasonló organizmusokkal és/vagy evolúciós problémákkal foglalkozó európai kutatóhelyek és törzsgyűjtemények összefogásával megvalósuló nemzetközi kooperáció létrejöttéhez is hozzájárulhat. A projektben résztvevő partner intézmények együttműködései, tudományos és intézményi kapcsolatai jó alapot teremthetnek egy a területen dolgozó kutatói hálózat kiépítéséhez. A pályázat során született evolúciós és mikrobiológiai eredmények, a kidolgozott módszerek beépíthetők a partnereknél folyó oktatási tevékenységbe.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média illetve az adófizetők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI számára.

A molekuláris, fenotipikus vagy faj szintű diverzifikáció tempójából és dinamikájából tettenérhető a természetes szelekció, és ezáltal a fajok adaptációjának lenyomata. A diverzifikáció vagyis, hogy a közös ősből leszármazó fejlődési vonalak időben hogyan változnak és adaptálódnak, nagy hatással van a tudományos kutatás legtöbb területére, pl. az evolúció- és természetvédelmi biológiára, vagy éppen a patogén organizmusok kutatására. Az összehasonlító genomikai módszerek elterjedésével egyes kérdések, – köztük olyan gazdasági jelentőségű, vagy az egész ökoszisztémát érintő témák, mint a holt faanyag lebontása vagy a mikorrhizás életmód – iránti érdeklődés robbanásszerű fokozódásának lehetünk tanúi, ami soha nem látott igényt támasztott a gombák evolúciójának alapvető megismerése iránt. Az egyik vizsgálandó alapvető folyamat a biológiai diverzifikáció módja, tempója és fő hajtóereje. Míg állatoknál és növényeknél általánosan elfogadott nézet, hogy a ma ismert diverzitást – mind fenotípus, mind faj szinten – nagy részben rövid, robbanásszerű fajképződési események generálták, amiket hosszabb, kevés változással járó időszakok követtek, gombák esetében erre a hipotézisre nem rendelkezünk bizonyítékokkal. Mindazonáltal egy csoport evolúciós történetének ismerete nagy hatással lehet mind az élőlény természetvédelmi helyzetének megítélésére, mind biológiájának általános megértésére. A modellként választott két gombacsoport (Mucoromycotina, Agaricales) számos ipari, ökológiai vagy egészségügyi szempotból jelentős fajt tartalmaz. Vizsgálatuk így nem csak az összes gombára érvényes evolúciós következtetések szempontjából, hanem e csoportok biológiájának megismerése miatt is fontos.
Summary
Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.

The goal of the project is to gain insight into general patterns of species accumulation and understand the propensity and nature of evolutionary rate variation in fungi. The proposal comprises two spectacular and highly different groups of fungi to serve as models: the Mucoromycotina and the Agaricales. Our efforts concentrate on the distinction between periods of explosive and gradual diversification, the contribution of extinction and the causatives of explosive radiations, with the aim of understanding the evolution of fungal diversity, which could provide clues about the evolutionary dynamics, vulnerability and conservation status of species on a larger scale. More specifically, we set out to address to the following questions:
-How frequent are explosive radiations in fungi? What is their contribution to the total extant fungal diversity on Earth?
-Which clades of the Mucoromycotina and Agaricales have experienced periods of rapid radiation?
-What is the temporal distribution of rapid radiations, in terms of relative and absolute evolutionary time? Did explosive events concentrate early in the evolution of the examined groups producing the present-day major lineages, or rather to the ancestors of current genera late in the evolution?
-Globally, is there trace of a slowdown of diversification, which would signify density dependence and niche-filling by extant taxa?
-What proportion of explosive events can be attributed to external and to internal factors? Are there major geologic events, which uniformly triggered rapid speciation/extinction?
-Are there morphological innovations, which correlate with the onset of rapid radiations (key innovation hypothesis)?

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.

Organisms adapt to different habitats through natural selection, which leaves a footprint on the diversification of the selected trait. Traits fundamental to a species’ life remain constant for long time, while rates of traits freed from selection tend to increase, providing raw material for evolution to ‘play with’. Several theories suggest that the rate of evolution may be decoupled at different levels (molecular, phenotypic) under many circumstances. It is also suggested that vast majority of the extant diversity has been produced by rapid radiations. These short periods might have been followed by longer periods of stasis with little or no diversification. Rapid radiations have often been attributed to ecological opportunity. Alternatively, key innovations that relax constraints on diversification have been proposed as factors, which trigger radiation into hitherto unavailable niches, or decrease the level of extinction. It has been suggested that the high contribution of rapid radiations is universal; however, this has not yet been evidenced in fungi. Are fungi exceptions or the shortage of evidence can be attributed to the lack of suitable datasets? We address this question by comprehensively investigating rate variation in two model systems. We are also interested in the relative contribution of ecological opportunity and key innovations to diversification rate variation. Contrary to plants and animals, microevolutionary evidence does not support a significant role for ecological opportunity in fungi. By recovering example radiations, we expect to gain insight on whether the dominant driver of diversification of fungi is different from that of plants and animals.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.

The project aims to provide significant new information concerning the prevalence of rate variation in fungi and its impact on fungal diversification. We plan to recover a wide view on evolutionary rate variation in fungi, which would surely stimulate further studies on several, more specific aspects of this field. The emergence, adaptation and spread of pathogens, differences in the biosynthesis of different metabolites with industrial use, or functionality of various proteins are just some examples of the diverse fields of research, on which clarification of this question could have a serious impact. We also anticipate to gain an understanding of why some clades of seemingly the same age contain only a few, while others many thousands of species, a question that remained unexplained in mycology. We will obtain a detailed view on the impact of defence mechanisms on diversification in the Agaricales. Further, the applicability of prevailing evolutionary diversification models to fungi can be understood and information to the general discussion on evolutionary diversification can be contributed. We are confident that the project will spark further interest and research on the factors driving fungal evolution, as well as general interest in fungi from outside mycology.
As few laboratories have concentrated their research on the role of rate variation in the evolution of fungi, especially in such a comprehensive and comparative way, this contribution could provide important new information of scientific and practical importance for the cooperating partners and the scientific community. Success of this joint project would facilitate a broader co-operation among European research groups and strain collections working on similar organisms and evolutionary problems. Based on the present co-operation and several scientific and institutional connections of the two partners, participants have an intention to assist in the build-up of a network of research labs working on these fields. General results and methodical developments can be built in the evolutionary and mycological courses held at the partner universities.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NKFI in order to inform decision-makers, media, and the taxpayers.

The footprint of natural selection, and the adaptation of organisms can be traced by the tempo and dynamics of molecular, phenotypic or taxonomic diversification. Thus, understanding the patterns of diversification, i.e. how organisms evolved to occupy the niches available today is of great importance for most fields of research, including evolutionary and conservation biology or the genetics of pathogens. With the explosion of comparative genomic studies of various fungal traits, including several economically important or ecosystem-wide ones, such as wood decay or mycorrhizal symbiosis, the there is a bigger need than ever for knowledge about the most basic processes of mushroom evolution, such as the tempo, mode and drivers of diversification. Whereas most plant and animal groups are beleived to have achieved their contemporary diversity – both regarding phenotype and species numbers – cheifly by rapid explosive periods followed by longer periods of no change (stasis), such evidence for fungi is lacking. However, consideration of the evolutionary history of a group is not only important for its conservation plans, but has an impact on the general understanding of the functioning of the organisms. Both groups we selected as models for this study contain spectacular and important taxa, such as opportunistic human pathogens or producers of industrially important organic compounds (Mucoromycotina) or the most important mycorrhiza forming species, which have a great role in global carbon-cycling (Agaricales). A farseeing aim of this co-operation is to open the door for a broader international collaboration among research units working in the field of fungal evolution.





 

Final report

 
Results in Hungarian
A projekt fő célja volt, hogy betekintést nyerjünk a gombák fajképződésének általános mintázataiba és megértsük az evolúciós ráta heterogenitás hátterét és természetét. Ennek érdekében először létrehoztunk egy, a vizsgált csoportok, az Agaricomycetesés a Mucoromycotina képviselőiből egy törzsgyűjteményt, ahol kb. 1600 szárított és több mint 1000 egyéb (tenyésztek) gombaminta feldolgozása történt meg. Extenzív szekvenálási tevékenységet folytattunk a filogenetikai elemzésekhez szükséges genetikai markerek meghatározása érdekében. A szekvenálási munkával párhuzamosan a törzsgyűjtemény tagjainak morfológiai, fiziológiai és genetikai jellemzését is elvégeztük. A vizsgálatok eredményeként, az Agaricomycetes esetében a ma elérhető legteljesebb multilókusz adatsort állítottuk elő 5326 faj bevonásával. Ezen adatsorból maximum likelihood becsléseket végeztünk. Az elágazások alátámasztására egy filogenomikai fát is becsültünk 103 faj genomszekvenciáinak felhasználásával. A Mucoromycotina esetében, ugyancsak átfogó adatsorokat készítettünk több, mint 400 faj bevonásával, melyekből filogenetikai fákat becsültünk. A filogenetikai elemzések arra is alkalmasak voltak, hogy a két csoporton belül tisztázzunk számos taxonómiai kérdést. Az előállított törzsfák segítségével mindkét vizsgált csoportban modelleztük a karakterek evolúcióját és a diverzifikációs rátákat. Az Agaricomycetes esetében e vizsgálatokkal sikerült a termőtestfejlődés evolúciójára jellemző trendeket megállapítani.
Results in English
The main goal of the project was to gain insight into the propensity and nature of rate variation and understand general patterns of species accumulation in fungi. A collection of cultures and herbarium specimens of the studied fungal groups, Mucoromycotina and Agaricomycetes, was created, in which ca. 1600 dried mushroom and more than 1000 other samples were processed. Extensive sequencing activity was carried out to obtain phylogenetic markers. Morphological, physiological and genetic characterization of the collection was performed in parallel with the sequencing work. As a result, the most inclusive multilocus dataset of the Agaricomycetes to date was created. This dataset comprised 5326 species with three loci. Then, maximum likelihood phylogenies were inferred. To support the inference of deep divergences in the tree a phylogenomic backbone tree were prepared using the genome data of 103 species. In case of Mucoromycotina a comprehensive phylogeny including the main groups in appropriate coverage, was also inferred from multilocus data. Phylogenies could be used to address various taxonomical questions regarding different sub-groups of Agaricomycetes and Mucoromycotina. In both studied group, character evolution and diversification rate were modelled with the inferred phylogenies. This analysis provided a strong evidence for a trend towards enclosed fruiting body development in Agaricomycetes.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=106394
Decision
Yes





 

List of publications

 
Wagner L, Stielow B, Hoffmann K, Petkovits T, Papp T, Vágvölgyi Cs, de Hoog GS, Verkley G, Voigt K: A comprehensive molecular phylogeny of the Mortierellales (Mortierellomycotina) based on nuclear ribosomal DNA, Persoonia 30: 77-93, 2013
Tóth A, Hausknecht A, Krisai-Greilhuber I, Papp T, Vágvölgyi Cs, Nagy LG: Iteratively Refined Guide Trees Help Improving Alignment and Phylogenetic Inference in the Mushroom Family Bolbitiaceae, PLOS ONE 8: e56143, 2013
Szarkándi JG, Dima B, Papp T, Vágvölgyi Cs, Nagy GL: Phylogenetic placement of lesser-known genera in the Agaricales: the potential of elusive genera to identify distinct lineages, In: One Fungus= Which Gene(s)? Conference Amsterdam, Hollandia, 2013.04.10-2013.04.11. Abstracts., 2013
Szarkándi GJ, Dima B, Kocsubé S, Vágvölgyi Cs, Papp T, Nagy LG: The ADiv project: Analyzing rates of diversification in the Agaricales, American Phytopathological Society and Mycological Society of America Joint Meeting, Austin, Amerikai Egyesült Államok, 2013.08.10-2013.08.14. Abstracts Paper 582-P., 2013
Petkovits T, Nyilasi I, Kovács SA, Vágvölgyi Cs, Papp T: Stochastic character mapping of carbon source utilization data on a multigene phylogenetic tree of the Mortierellales, ACTA MICROBIOLOGICA ET IMMUNOLOGICA HUNGARICA 60 (S): pp. 215-216., 2013
Nyilasi I, Kovács AS, Juhász H, Kristó KE, Bencsik O, Szekeres A, Papp T, Vágvölgyi Cs: Investigation of the ω-6 and ω-3 fatty acid production of different Mortierella and related species, ACTA MICROBIOLOGICA ET IMMUNOLOGICA HUNGARICA 60 (S): pp. 201-202, 2013
Szarkándi GJ, Dima B, Kocsubé S, Papp T, Vágvölgyi Cs, Nagy LG: Tempo and mode of evolution among mushrooms: analysis of diversification rates in the Agaricales, ACTA MICROBIOLOGICA ET IMMUNOLOGICA HUNGARICA 60 (S): pp. 239, 2013
Misra JK, Papp T, Csernetics Á, Vágvölgyi Cs: A new species of Legeriomyces and other Harpellales reported for the first time in larval insects from Hungary, Mycoscience DOI 10.1016/j.myc.2013.10.004, 2013
Petkovits T, Nyilasi I, Kovács SA, Vágvölgyi Cs, Papp T: Carbon source utilization patterns in the order Mortierellales used as characters for stochastic mapping., Emerging Zygomycetes, a new problem in the clinical lab: A workshop of the ECMM/ISHAM Working Group on Zygomycetes Utrecht, The Netherlands. Utrecht, Hollandia, 2013.04.0, 2013
Nyilasi I, Kovács SA, Juhász H, Kristó EK, Szekeres A, Bencsik O, Vágvölgyi Cs, Papp T: Investigation of the polyunsaturated fatty acid production and profile of strains belonging to Mortierellales., 15th DKMT Euroregion Conference on Environment and Health Novi Sad, Serbia, 2013.05.16-2013.05.17. Abstracts pp. 115-116., 2013
Csernetics Á, Tóth E, Molnár R, Szekeres A, Vágvölgyi Cs, Papp T: Expression of different Xanthophyllomyces dendrorhous crtS genes in the carotenoid producing Mucor circinelloides, 15th DKMT Euroregion Conference on Environment and Health Novi Sad, Serbia, 2013.05.16-2013.05.17. Abstracts pp. 113, 2013
Kovács SA, Juhász H, Nyilasi I, Szekeres A, Bencsik O, Papp T, Vágvölgyi Cs: Comparison of the fatty acid yields and profiles of different Mortierella and Umbelopsis strains, 1. Biomedica Minikonferencia: Kutatások az SZTE Biológus Tanszékein Szeged, Hungary, 2013.12.13 Szeged: JATE Press, 2013. p. 33. (ISBN:978-963-315-157-0), 2013
Nyilasi I, Kovács SA, Juhász H, Kristó KE, Szekeres A, Bencsik O, Papp T, Vágvölgyi Cs: Different polyunsaturated fatty acid profiles in Mortierellales, Power of Microbes in Industry and Environment 2013 Primošten, Horvátország, 2013.10.09-2013.10.12. Abstracts p. 73. (ISBN:978-953-7778-06-4), 2013
Wagner L, Stielow B, Hoffmann K, Petkovits T, Papp T, Vágvölgyi Cs, de Hoog GS, Verkley G, Voigt K: A comprehensive molecular phylogeny of the Mortierellales (Mortierellomycotina) based on nuclear ribosomal DNA, Persoonia 30: 77-93, 2013
Tóth A, Hausknecht A, Krisai-Greilhuber I, Papp T, Vágvölgyi Cs, Nagy LG: Iteratively Refined Guide Trees Help Improving Alignment and Phylogenetic Inference in the Mushroom Family Bolbitiaceae, PLOS ONE 8: e56143, 2013
Misra JK, Papp T, Csernetics Á, Vágvölgyi Cs: A new species of Legeriomyces and other Harpellales reported for the first time in larval insects from Hungary, Mycoscience 55: 268-274, 2014
Takó M, Kotogán A, Krisch J, Vágvölgyi Cs, Mondal KC, Papp T: Enhanced production of industrial enzymes in Mucoromycotina fungi during solid-state fermentation of agricultural wastes/by-products, ACTA BIOLOGICA HUNGARICA 66: in press, 2015
Antonín V, Rimóczi I, Szarkándi JG, Dima B, Nagy LG, Papp T, Ďuriška O, Tomšovský M: Melanoleuca juliannae (Basidiomycota, Tricholomataceae), a new species from subgen. Urticocystis, PHYTOTAXA 170: pp. 13-23., 2014
Csernetics Á, Tóth E, Farkas A, Nagy G, Bencsik O, Vágvölgyi C, Papp T: Expression of Xanthophyllomyces dendrorhous cytochrome-P450 hydroxylase and reductase in Mucor circinelloides, WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY 10.1007/s11274-014-1784-z, 2014
Csernetics Á, Tóth E, Farkas A, Nagy G, Bencsik O, Manikandan P, Vágvölgyi C, Papp T: Expression of a bacterial β-carotene hydroxylase in canthaxanthin producing mutant Mucor circinelloides strains, ACTA BIOLOGICA SZEGEDIENSIS 58:(2) pp. 139-146., 2014
Kotogán A, Németh B, Vágvölgyi Cs, Papp T, Takó M: Screening for extracellular lipase enzymes with transesterification capacity in Mucoromycotina strains, FOOD TECHNOLOGY AND BIOTECHNOLOGY 52:(1) pp. 73-82., 2014
Nagy G, Farkas A, Csernetics Á, Bencsik O, Szekeres A, Nyilasi I, Vágvölgyi Cs, Papp T: Transcription analysis of the three HMG-CoA reductase genes of Mucor circinelloides, BMC MICROBIOLOGY 14: Paper 93., 2014
[101], Schoch CL, Robbertse B, Kovács GM, Krizsan K, Papp T, Petkovits T, Vágvölgyi C, Federhen S: Finding needles in haystacks: linking scientific names, reference specimens and molecular data for Fungi, DATABASE: JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION 2014: Paper bau061., 2014
Nyilasi I, Juhász H, Kovács AS, Bencsik O, Szekeres A, Papp T, Vágvölgyi Cs: Investigation of the fatty acid production and identification of the Δ9 and Δ6 desaturase genes in several Mortierella and Umbelopsis strains, 16th Danube-Kris-Mures-Tisa (DKMT) Euroregion Conference on Environment and Health: Book of Abstracts. Konferencia helye, ideje: Arad, Románia, 2014.04.25-2014.04.26. Ara, 2014
Takó M, Bense V, Csernetics Á, Papp T, Misra JK, Vágvölgyi Cs: Extracellular hydrolase activities of Smittium fungi, A Magyar Mikrobiológiai Társaság 2014. évi Nagygyűlése és EU FP7 PROMISE Regional Meeting. 82 p. Konferencia helye, ideje: Keszthely, Magyarország, 2014.10.15-2014.10.17, 2014
Papp T, Nagy G, Farkas A, Csernetics Á, Vágvölgyi Cs: Transcription analysis of certain genes of Scedosporium (Pseudoallescheria) isolates, e Hoog S, Meyer W, Lackner M, Tintelnot K (szerk.) Diversity and Barcoding of Medical Fungi: Novel Achievements and Masterclass: A meeting of the ISHAM Working Groups on, 2014
Kovács AS, Nyilasi I, Petkovits T, Szekeres A, Bencsik O, Papp T, Vágvölgyi Cs: Többszörösen telítetlen zsírsavakat termelő Mortierella fajok filogenetikai és fiziológiai vizsgálata, In: Vágvölgyi Cs, Szekeres A (szerk.) A biológia jövője, a jövő biológusai: avagy szemelvények a magyarországi felsőoktatási intézményekben végzett tudományos munka eredm, 2014
Papp T, Petkovits T, Nyilasi I, Kovács AS, Vágvölgyi Cs: Analysis of carbon source utilization data combined with a multigene phylogeny of Mortierellales, In: Avalos J, Cánovas D, Corrochano LM, Ibeas JI, Limón CM (szerk.) 12th European Conference on Fungal Genetics (ECFG12). 358 p. Sevilla, Spain 2014.03.23-2014.03.27., 2014
Nagy G, Páll O, Farkas A, Csernetics Á, Vágvölgyi Cs, Papp T: Function and subcellular localization of Mucor circinelloides HMG-CoA reductase 2 and 3, In: Avalos J, Cánovas D, Corrochano LM, Ibeas JI, Limón CM (szerk.) 12th European Conference on Fungal Genetics (ECFG12). 358 p. Sevilla, Spain 2014.03.23-2014.03.27., 2014
Vágvölgyi C, Nagy G, Krizsán K, Jany J-L, Barbier G, Papp T: HMG-CoA reductase genes of a Mucor racemosus strain isolated from cheese ripening process, In: Avalos J, Cánovas D, Corrochano LM, Ibeas JI, Limón CM (szerk.) 12th European Conference on Fungal Genetics (ECFG12). 358 p. Sevilla, Spain 2014.03.23-2014.03.27., 2014
Szarkándi GJ , Dima B , Kocsubé S , Szebenyi C , Rácz N , Papp T , Vágvölgyi C , Nagy LG: The Agaricales Diversification (ADiv) Project (2013–2017): Results of the first year, CBS symposium Genera and Genomes 24-25 April 2014, Trippenhuis, Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences, Amsterdam, the Netherlands, 2014
Nyilasi I, Kocsubé S, Krizsán K, Galgóczy L, Papp T, Pesti M, Nagy K, Vágvölgyi Cs: Susceptibility of clinically important dermatophytes against statins and different statin-antifungal combinations, MEDICAL MYCOLOGY 52:(2) pp. 140-148, 2014
Misra JK, Papp T, Csernetics Á, Vágvölgyi Cs: A new species of Legeriomyces and other Harpellales reported for the first time in larval insects from Hungary, Mycoscience 55: 268-274, 2014
Takó M, Kotogán A, Krisch J, Vágvölgyi Cs, Mondal KC, Papp T: Enhanced production of industrial enzymes in Mucoromycotina fungi during solid-state fermentation of agricultural wastes/by-products, ACTA BIOLOGICA HUNGARICA 66: 348-360, 2015
Antonín V, Rimóczi I, Szarkándi JG, Dima B, Nagy LG, Papp T, Ďuriška O, Tomšovský M: Melanoleuca juliannae (Basidiomycota, Tricholomataceae), a new species from subgen. Urticocystis, PHYTOTAXA 170: pp. 13-23., 2014
Csernetics Á, Tóth E, Farkas A, Nagy G, Bencsik O, Vágvölgyi C, Papp T: Expression of Xanthophyllomyces dendrorhous cytochrome-P450 hydroxylase and reductase in Mucor circinelloides, WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY 31, 321-336, 2015
Kotogán A, Németh B, Vágvölgyi Cs, Papp T, Takó M: Screening for extracellular lipase enzymes with transesterification capacity in Mucoromycotina strains, FOOD TECHNOLOGY AND BIOTECHNOLOGY 52:(1) pp. 73-82., 2014
Nagy G, Farkas A, Csernetics Á, Bencsik O, Szekeres A, Nyilasi I, Vágvölgyi Cs, Papp T: Transcription analysis of the three HMG-CoA reductase genes of Mucor circinelloides, BMC MICROBIOLOGY 14: Paper 93., 2014
[101], Schoch CL, Robbertse B, Kovács GM, Krizsan K, Papp T, Petkovits T, Vágvölgyi C, Federhen S: Finding needles in haystacks: linking scientific names, reference specimens and molecular data for Fungi, DATABASE: JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION 2014: Paper bau061., 2014
Nyilasi I, Kocsubé S, Krizsán K, Galgóczy L, Papp T, Pesti M, Nagy K, Vágvölgyi Cs: Susceptibility of clinically important dermatophytes against statins and different statin-antifungal combinations, MEDICAL MYCOLOGY 52:(2) pp. 140-148, 2014
Deshmukh SK, Misra JK, Tewari JP, Papp T: Fungi: Applications and Management Strategies, CRC Press, Boca Raton, FL, USA, pp. 420 in press, 2016
Soop K, Dima B, Szarkándi JG, Cooper J, Papp T, Vágvölgyi C, Nagy LG: Psathyloma, a new genus related to Hebeloma described from New Zealand., MYCOLOGIA doi: 10.3852/15-143, 2016
Krizsán K, Tóth E, Nagy LG, Galgóczy L, Manikandan P, Chandrasekaran M, Kadaikunnan S, Alharbi NS, Vágvölgyi C, Papp T: Molecular identification and antifungal susceptibility of Curvularia australiensis, C. hawaiiensis and C. spicifera isolated from human eye infections, MYCOSES (2015) 58, 603-609, 2015
Kaerger K, Schwartze VU, Dolatabadi S, Nyilasi I, Kovács SA, Binder U, Papp T, de Hoog S, Jacobsen ID, Voigt K: Adaptation to thermotolerance in Rhizopus coincides with virulence as revealed by avian and invertebrate infection models, phylogeny, physiological and metabolic flexibil, VIRULENCE 6:(4) pp. 395-403, 2015
Nyilasi I, Kristó KE, Pálffy B, Hegyi M, Chandrasekaran M, Kadaikunnan S, Alharbi NS, Papp T, Vágvölgyi Cs: Hygromycin B, carboxin and nourseothricin susceptibility of polyunsaturated fatty acid producing Mortierella and Umbelopsis strains, ACTA BIOLOGICA SZEGEDIENSIS 59:(1) pp. 11-18., 2015
Voigt K, Wolf T, Ochsenreiter K, Nagy G, Kaerger K, Shelest E, Papp T: Genetic and metabolic aspects of primary and secondary metabolism of the Zygomycetes, In: Hoffmeister D (szerk.) Biochemistry and Molecular Biology. 414 p. Springer International Publishing, 2016. p. in press. (The Mycota; III.) (ISBN:978-3-319-27790-5), 2016
Papp T, Nyilasi I, Csernetics Á, Nagy G, Takó M, Vágvölgyi C: Improvement of Industrially Relevant Biological Activities in Mucoromycotina Fungi, In: Schmoll, Dattenböck (Eds.) Gene Expression Systems in Fungi. Springer, in press., 2016
Papp T, Nagy G, Toth D, Pall O, Vagvolgyi C: Functional studies on the HMG-COA reductase genes of Mucor circinelloides, 6th Congress of European Microbiologists (FEMS 2015), Maastricht, Hollandia, 2015.06.07-2015.06.11. Paper FEMS-1009, 2015
Nagy G, Bogár É, Páll O, Voigt K, Vágvölgyi C, Papp T: Localization of different isoprenoid biosynthetic pathways in Mucor circinelloides, Acta Microbiol Immunol Hung 62, 187-188, 17th International Congress of the Hungarian Society for Microbiology. Budapest, Magyarország: 2015.07.08 -2015.07.10., 2015
Nyilasi I, Dudás K, Juhász H, Kovács SA, Kecskeméti A, Bencsik O, Szekeres A, Vágvölgyi Cs, Papp T: Investigation of Δ9 and Δ6 fatty acid desaturase gene expression in polyunsaturated fatty acid producing Mortierella and Umbelopsis strains, ACTA MICROBIOL IMMUNOL HUNG 62:(S),191., 17th International Congress of the Hungarian Society for Microbiology. Budapest, Magyarország: 2015.07.08 -2015.07.10., 2015
Tóth E, Boros É, Hoffmann A, Nagy I, Chandrasekaran M, Kadaikunnan S, Alharbi NS, Vágvölgyi C, Papp T: Interaction of Curvularia strains with human THP1 cells, Acta Microbiol Immunol Hung 62:(S)231-232. 17th International Congress of the Hungarian Society for Microbiology. Budapest, Magyarország: 2015.07.08 -2015.07.10., 2015
Nyilasi I, Dudás K, Juhász H, Kovács AS, Kecskeméti A, Bencsik O, Szekeres A, Certik M, Papp T, Vágvölgyi C: Expression of Δ9 and Δ6 fatty acid desaturase genes involved in polyunsaturated fatty acid biosynthesis under different culturing conditions in Mortierella and Umbelopsis, 17th Danube-Kris-Mures-Tisa (DKMT) Euroregional Conference on Environment and Health: Program and Abstracts. 78 p. Szeged, Magyarország, 2015.06.05-2015.06.06. (ISBN:978-, 2015
Szarkándi JG, Dima B, Kocsubé S, Szebenyi C, Rácz N, Papp T, Vágvölgyi C, Nagy LG: The ADiv Project (Analyzing Diversification in the Agaricales, 2013-2017): Analyzing patterns of diversification in the largest group of mushroomforming basidiomycetous f, XVth ESEB Meeting, August 10th-14th 2015 in Lausanne, Switzerland, Poster session A - POL 300, 2015
Takó M, Kotogán A, Krisch J, Vágvölgyi Cs, Mondal KC, Papp T: Enhanced production of industrial enzymes in Mucoromycotina fungi during solid-state fermentation of agricultural wastes/by-products, ACTA BIOLOGICA HUNGARICA 66: 348-360, 2015
Csernetics Á, Tóth E, Farkas A, Nagy G, Bencsik O, Vágvölgyi C, Papp T: Expression of Xanthophyllomyces dendrorhous cytochrome-P450 hydroxylase and reductase in Mucor circinelloides, WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY 31, 321-336, 2015
Deshmukh SK, Misra JK, Tewari JP, Papp T: Fungi: Applications and Management Strategies, CRC Press, Boca Raton, FL, USA, pp. 420., 2016
Soop K, Dima B, Szarkándi JG, Cooper J, Papp T, Vágvölgyi C, Nagy LG: Psathyloma, a new genus related to Hebeloma described from New Zealand., MYCOLOGIA 108(2):397-404., 2016
Krizsán K, Tóth E, Nagy LG, Galgóczy L, Manikandan P, Chandrasekaran M, Kadaikunnan S, Alharbi NS, Vágvölgyi C, Papp T: Molecular identification and antifungal susceptibility of Curvularia australiensis, C. hawaiiensis and C. spicifera isolated from human eye infections, MYCOSES (2015) 58, 603-609, 2015
Kaerger K, Schwartze VU, Dolatabadi S, Nyilasi I, Kovács SA, Binder U, Papp T, de Hoog S, Jacobsen ID, Voigt K: Adaptation to thermotolerance in Rhizopus coincides with virulence as revealed by avian and invertebrate infection models, phylogeny, physiological and metabolic flexibil, VIRULENCE 6:(4) pp. 395-403, 2015
Voigt K, Wolf T, Ochsenreiter K, Nagy G, Kaerger K, Shelest E, Papp T: Genetic and metabolic aspects of primary and secondary metabolism of the Zygomycetes, In: Hoffmeister D (szerk.) Biochemistry and Molecular Biology. 414 p. Springer International Publishing, 2016. pp. 361-385. (The Mycota; III.) (ISBN:978-3-319-27790-5), 2016
Papp T, Nyilasi I, Csernetics Á, Nagy G, Takó M, Vágvölgyi C: Improvement of Industrially Relevant Biological Activities in Mucoromycotina Fungi, In: Schmoll, Dattenböck (Eds.) Gene Expression Systems in Fungi. Springer, pp. 97-118., 2016
Takó M, Kotogán A, Papp T, Kadaikunnan S, Alharbi NS, Vágvölgyi Cs: Purification and properties of extracellular lipases with transesterification activity and 1,3-regioselectivity from Rhizomucor miehei and Rhizopus oryzae, JOURNAL OF MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, in press, 2016
Kartali T, Szabó B, Nyilasi I, Vágvölgyi Cs, Papp T: DsRNA elements in polyunsaturated fatty acid producing Umbelopsis species, In: Škrbić B (szerk.) 18th Danube-Kris-Mures-Tisa (DKMT) Euroregional Conference on Environment and Health: Book of abstracts. p. 116., 2016
Kartali T, Szabó B, Nyilasi I, Vágvölgyi Cs, Papp T: Detection of virus-like elements in different Umbelopsis species, In: Gácser A, Pfeiffer I, Vágvölgyi Cs (szerk.) 5th CESC 2016 Central European Summer Course on Mycology, 2nd Rising Stars in Mycology Workshop. JATEPress, p. 43, 2016
Kartali T, Szabó B, Nyilasi I, Vágvölgyi Cs, Papp T: Screening of dsRNA elements in Mortierella species, A Magyar Mikrobiológiai Társaság 2016. évi nagygyűlése, Keszthely, Magyarország, 2016.10.19-2016.10.21., Abstract pp.29-30, 2016
Nagy G, Hassan M, Kumar D, Grace Leo Vaz A, Bartha E, Vágvölgyi C, Voigt K, Papp T, Csernetics Á: Molecular background of virulence in human pathogenic Mucoralean fungi, Annual Conference 2016 of the Association for General and Applied Microbiology (VAAM). Jena, Germany, 13.03.2016.-16.03. p. 84., 2016
Nagy G, Hassan M, Kumar D, Vaz AGL, Bartha E, Csernetics Á, Vágvölgyi C, Voigt K, Papp T: Characterization of virulence genes in opportunistic human pathogenic Mucoralean fungi, 13th European Conference on Fungal Genetics (ECFG13): Abstract Book. p. 161, Paris, France, 03.04.2016.-06.04.2016., 2016
Tóth EJ, Boros É, Hoffmann A, Vágvölgyi Cs, Nagy I, Papp T: Activation of monocytes and their production of cell signaling molecules induced by Curvulaia strains, In: Škrbić B (szerk.) 18th Danube-Kris-Mures-Tisa (DKMT) Euroregional Conference on Environment and Health: Book of abstracts. p. 36., 2016
Tóth EJ, Boros É, Hoffmann A, Vágvölgyi C, Nagy I, Papp T: Activation of cytokine, chemokine and chemotactic genes in THP1 cells in response to conidia and hyphae of Curvularia strains, 13th European Conference on Fungal Genetics (ECFG13): Abstract Book. p. 178, Paris, France, 03.04.2016.-06.04.2016., 2016
Varga T, Krizsán K, Szarkándi JG, Dima B, Kiss B, Vágvölgyi C, Papp T, Nagy GL: Does enclosed development of young fruiting bodies confer an evolutionary advantage in the Agaricomycetes?, 13th European Conference on Fungal Genetics (ECFG13): Abstract Book. p. 472, Paris, France, 03.04.2016.-06.04.2016., 2016, 2016
Szarkándi J, Schmidt-Stohn G, Dima B, Shah H, Kocsube S, Papp T, Vagvolgyi C, Nagy L: The genus Parasola: phylogeny of the genus and the description of three new species, Mycologia (submitted, under review), 2017
Nagy LG, Riley R, Tritt A, Adam C, Daum C, Floudas D, Sun H, Yadav JS, Pangilinan J, Larsson KH, Matsuura K, Barry K, LaButti K, Kuo R, Ohm RA, Bhattacharya SS, Shirouzu T, Yoshinaga Y, Martin FM, Grigoriev IV, Hibbett DS: Comparative genomics of early-diverging mushroom-forming fungi provides insights into the origins of lignocellulose decay capabilities, MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 33:(4) pp. 959-970, 2016





 

Events of the project

 
2016-04-08 08:02:01
Résztvevők változása
2015-06-17 09:19:28
Résztvevők változása
2014-09-23 11:40:08
Résztvevők változása
2013-08-22 11:15:14
Résztvevők változása




Back »