Deciphering the role of the RALA signal transduction pathway in colon cancer progression  Page description

Help  Print 
Back »

 

Details of project

 
Identifier
108655
Type K
Principal investigator Győrffy, Balázs
Title in Hungarian A RALA jelátviteli útvonal szerepe a vastagbélrák progressziójában
Title in English Deciphering the role of the RALA signal transduction pathway in colon cancer progression
Keywords in Hungarian vastagbélrák, progressziómentes túlélés, jelátviteli útvonalak, RALA, BRAF, KRAS, PI3K
Keywords in English colon cancer, progression free survival, signal transduction, RALA, BRAF, KRAS, PI3K
Discipline
Cancer and its biological basis (Council of Medical and Biological Sciences)100 %
Ortelius classification: Anticancer therapy
Panel Immunity, Cancer and Microbiology
Department or equivalent HAS-SE Research Group for Peditrics and Nephrology (Office for Research Groups Attached to Universities and Other Institutions of the Hungarian Academy of Sciences)
Participants Haraminé Papp, Hajnalka
Hegedus, Balázs
Menyhárt, Otilia
Pénzváltó, Zsófia
Szijártó, Attila
Starting date 2014-01-01
Closing date 2016-12-31
Funding (in million HUF) 25.285
FTE (full time equivalent) 6.80
state closed project
Summary in Hungarian
A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.

A vastagbél karcinóma a második legtöbb halálos áldozattal járó ráktípus Magyarországon. Az EGFR egy kulcsfontosságú gén a terápiájában, mivel a monoklonális antitesteket alkalmazó kezelések fő célpontja. Az EGFR/RAS tengely hatásait a sejtben három jelátviteli át viszi tovább, a RAF, a PI3K és a RALA útvonalak. Ezek közül a RAF és a PI3K útvonalakat intenzíven vizsgálják, azonban a RALA útvonal szerepét még nem elemezték.

Célunk a RALA útvonal jellemzése funkcionális vizsgálatok és transzkripciós elemzések segítségével:
1) Először KRAS és BRAF mutáns kolorektális sejtvonalakban fogunk RALA RNS interferencia indukálta génelcsendesítést, valamint a másik útvonalakra specifikus PI3K és a MAPK gátlószereket alkalmazni. Ezek során a gén funkcióját részletesen leírjuk proliferációs, aktivitási, migrációs vizsgálatokkal és sejtciklus-elemzéssel.

2) A kezeléssel és csendesítéssel kombináltan transzkriptom elemzést végzünk, hogy a RALA transzkripcionális ujjlenyomatát meg tudjuk határozni és a RALA célgénjeit azonosítani tudjuk. A sejtvonalak mutációs adatait felhasználva fogjuk azon géneket azonosítani, amelyek kifejeződését csak a RALA szabályozza.

3) Az azonosított célgének klinikai relevanciáját megvizsgáljuk. Ennek során klinikai mintákból származó array adatokból létrehozunk egy kombinált adatbázist, amelyben megvizsgáljuk, hogy az adott gének milyen hatékonysággal tudják a túlélést előre jelezni.

Összefoglalva, vizsgálataink során a RALA és a párhuzamos útvonalak összjátékát fogjuk feltérképezni és azon biomarkereket fogjuk azonosítani, amelyek akkor alkalmazhatóak, ha az EGFR-t célzó terápiával szembeni rezisztencia mögött a RALA útvonal aktiválódása áll.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.

Kutatásaink tárgya a vastagbél tumor, amely a rákos betegségek között a második fő halálozási ok férfiak és nők körében egyaránt. Európán belül Magyarországon a legmagasabb a vastagbél tumor előfordulása több mint 90 új esettel (/100 ezer fő), miközben az EU-27 átlaga mindössze 60 eset. Az EGFR útvonalon keresztül ható gyógyszerek jelentik a vastagbélrák kezelésének legfejlettebb eszközeit, azonban a betegek nagy hányada nem reagál ezekre a szerekre. A rezisztencia lehetséges okai között szerepel az alsóbb és/vagy párhuzamos jelátviteli útvonalak aktiválódása. A RAS gén alatt három fő útvonal viszi tovább a jelet: a BRAF, a PI3K és a RALA útvonalak.

A kutatás fő célja, hogy feltérképezzük a RALA útvonal szerepét az EGFR gátlószerekkel szembeni rezisztenciában és a vastagbélrák progresszióban.

A vizsgálat közvetlen feladata a RALA útvonal funkcionális jellemzése. RNS interferencia segítségével elcsendesítjük a RALA gént, majd ezután a létrejövő funkcionális változásokat elemezzük. Ezek tartalmaznak XTT sejtproliferációs, RALA és RAS aktivitási, migrációs, sejtciklus vizsgálatokat, valamint génexpressziós méréseket. Ezen vizsgálatokat úgy választottuk ki, hogy a malignus transzformáció sarokköveit tudjuk velük jellemezni (proliferáció, migráció, apoptózis elkerülése stb.).

Ezek mellett célunk olyan új biomarkerek azonosítása, amelyek a RALA útvonal érintettsége miatt a felsőbb útvonal-elemeken ható célzott terápiás szerekre várhatóan reagálókat és nem reagálókat tudják elkülöníteni a teljes vastagbél tumoros beteganyagon belül függetlenül a betegek KRAS és BRAF státuszától.

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!

• Meglepő módon elenyészően kevés vizsgálat foglalkozik a RALA útvonallal, miközben a RAS által közvetlenül aktivált útvonalként egy fontos menekülési mechanizmus lehet az EGFR-ellenes gyógyszerekkel szembeni rezisztencia létrejötte során.

• A RALA útvonalnak kiemelt fontossága van a tumor sejtek migrációjában (Oxford et al, Cancer Res, 2005, Rybko et al, Cancer Cell Int, 2011). Azonban, ismereteink alapján egyetlen vizsgálat sem tanulmányozta eddig kolontumoros sejtvonalakban a migrációt befolyásoló hatását.

• A RALA egy RAS célgén, amelynek nem szabad aktivált állapotban lennie ahhoz, hogy a colon tumorok kezelésében alkalmazott célzott terápia hatásos legyen, emiatt különösen fontos lenne, hogy a RALA által szabályozott célgéneket azonosítani tudjuk. Ennek részben következményeként arra sem volt eddig vizsgálat, hogy a RALA célgénjei és a túlélés között van-e összefüggés.

• A RALA által azonosított célgének aktivitásának mérésével olyan biomarkereket tudunk azonosítani, amelyek az EGFR ellenes terápiával szembeni, a RALA aktiválódására visszavezethető rezisztenciát jelezhetik előre.

• Más vizsgálatokkal szemben jelen alapkutatási vizsgálat célja az útvonal funkcionális jellemzése. Számtalan korábbi vizsgálatban "génexpressziós mintázatokat" és "mutációkat" hasonlítottak klinikai anyagokban össze, azonban ezen "lehetséges biomarkerek" szinte soha nem jutottak el a klinikai felhasználásig. A colon tumor kezelésében alkalmazott egyetlen biomarker (KRAS) már az első klinikai felhasználás előtt évtizedeken keresztül funkcionális vizsgálatoknak volt a főszereplője. Emiatt az általunk tervezett, alapkutatásra épülő elemzés várhatóan sokkal megbízhatóbb eredményeket ad, mint más, pusztán leíró vizsgálatok.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média illetve az adófizetők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI számára.

A rák egy szerzett genetikai betegség. Eddig legalább hat olyan különböző molekuláris mechanizmust ismertünk meg, amelyeknek egyidejűleg kell meghibásodnia a rák kialakulásához. Ezek hiányában a beépített védelmi mechanizmusok megakadályozzák a tumor létrejöttét.

Ezekben a folyamatokban résztvevő egyik gén a RALA, amely egy nagyobb hálózat része, mely hálózat más elemeit már eddig is sokan vizsgálták. Az eddig alig vizsgált RALA gén jelentőségét az adja, hogy egy fontos menekülési útvonalat jelenthet a tumor sejtek számára, aminek segítségével egyes célzott gyógyszeres kezelésekkel szemben rezisztensekké tudnak válni.

Vizsgálataink során célunk a RALA útvonal funkcionális jellemzése, amellyel meg tudjuk becsülni a tumor létrejöttében és progressziójában betöltött szerepét. Molekuláris genetikai és sejtkultúrás vizsgálatok mellett az azonosított markereket egy nagy betegcsoporton is tesztelni fogjuk az elérhető genomikus adatok kereszt-elemzésével.

A kutatás során a vastagbélrákra fogunk fókuszálni. Európán belül Magyarországon a legmagasabb a vastagbél tumor előfordulása. A vastagbélrák legmodernebb kezelési módszerei tartalmazzák a RALA-val is összekapcsolt útvonalak gátlását.

Célunk egy olyan alapkutatási vizsgálat, amelynek eredményeként a jelátviteli hálózatban résztvevő további géneket tudjuk azonosítani. Ezek a gének a továbbiakban gyógyszercélpont- illetve terápiás hatékonyság előrejelzését célzó kutatások alapjai lehetnek.
Summary
Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.

Colon cancer is the second most common cancer in Hungary. EGFR has an imperative role in colorectal cancer as it is the target of the monoclonal antibodies introduced for treatment in recent years. The effects of the EGFR-RAS axis are mediated by three major downstream branches: the RAF, PI3K and RALA pathways. Of these, the RAF and PI3K pathways are heavily investigated, but no study has yet examined RALA in colon cancer.

In present study our aim is to characterize the RALA-pathway by performing functional studies and transcriptional analyses:
1) First, a cell culture model of KRAS and BRAF mutant colorectal cancer cell lines will be used in combination with RALA RNA interference and inhibitors for the other downstream pathways (PI3K and MAPK). Detailed functional assays will be performed to characterize the gene functions including but not restricted to proliferation assays, activity assays, migration assays and cell cycle analysis.

2) Additionally, a whole genome transcriptome analysis (in combination with treatment and gene silencing) will be made to identify the transcriptional fingerprint of the RALA target genes. Using the mutation data of the cell lines this will enable to identify targets regulated solely by RALA.

3) Finally, to assess the in vivo relevance of the identified target genes, their potential to predict survival will be examined in a meta-analysis of large microarray-based colon cancer cohorts.

In summary we expect to get deeper understanding of collateral pathways and to discover new biomarkers identifying those not responding to the EGFR-targeted therapies due to the activation of the RALA collateral pathway.

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.

We focus on colon cancer - the second most common reason for cancer related death in both women and men. Within Europe, Hungary has the highest colon cancer prevalence with over 90 new cases / 100 k population compared to the EU-27 average of 60. Agents acting over the EGFR pathway represent the most advanced treatment for colon cancer patients, but many patients fail to respond to anti-EGFR therapy. One of the most important resistance mechanisms is the activation of downstream and collateral signal transduction pathways. Below RAS, three branches carry on the signal: the BRAF, PI3K and the RALA pathways.

The aim of the project is to get a deeper understanding of the RALA signal transduction pathway in colon cancer.

Particularly, the main aim of the project is to functionally characterize the RALA pathway. After silencing of the RALA gene by RNA interference, we will analyze functional changes by using XTT proliferation assays, migration assays, FACS, microarrays and RALA and RAS activity assays. These assays are selected to represent the hallmarks of the malignant phenotype (including proliferation, migration, evasion of apoptosis, etc.).

Additionally, we also target to identify new potential survival biomarkers (capable to discriminate responders and non-responders) for the whole population of colorectal cancer patients, independently of their KRAS- or BRAF-gene mutation status.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.

• Interestingly, only very few studies have elaborated on the effect of RALA pathway in the cell cycle while its activation might represent an important collateral escape mechanism for tumors acquiring resistance to EGFR inhibitors.

• Moreover, the RALA pathway plays an important role in the migration of tumor cells (Oxford et al, Cancer Res, 2005, Rybko et al, Cancer Cell Int, 2011). However, to our knowledge, no study has yet investigated the differences in migration properties related RALA activation in colon cancer.

• Considering the potential of RALA as RAS target, which must be intact for the major targeted therapy agents used in colon cancer, it is highly surprising that no study has yet investigated the targets of RALA in colon cancer. (And consequently, the correlation between survival and RALA targets has also not been investigated.)

• The identified RALA genes might serve as biomarkers for selecting those not responding to the targeted therapy using monoclonal antibodies against EGFR.

• Most importantly, instead of using the widespread clinical approach of comparing two patient cohorts, we plan to perform functional studies to characterize the pathway. There were hundreds of exploratory studies only comparing the "expression profiles" or "mutation status" of a selected set of genes. No one of these "potential biomarkers" made its way into clinical practice for colon cancer. The only gene (KRAS) used today was extensively investigated in experimental studies many years before its role was actually "validated" in the clinical setting. Therefore, the proposed analysis pipeline range starting with the extensive characterization of the pathway to validation in patients is likely to deliver much more reliable results than previous analyses.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NKFI in order to inform decision-makers, media, and the taxpayers.

Cancer is a genetic disease. To date at least six different molecular mechanisms have been identified which must simultaneously have a defect - otherwise built-in safeguard mechanisms will stop the formation of a tumor.

One of the genes involved in these processes is RALA, a member of a large network also comprising other genes many of which have been extensively studied. RALA is important because it might represent an important and barely investigated escape mechanism for the tumor cells enabling them to be resistant to systemic therapy.

We plan to functionally characterize the RALA pathway so that we can assess its role in the establishment of the tumor. Besides molecular genetic and cell culture studies our plan also involves an computational testing of the identified markers in a large patients cohort.

In these studies, we will focus on colon cancer. Within Europe, Hungary has the highest colon cancer prevalence with over 90 new cases / 100 k population compared to the EU-27 average of 60. Moreover, the most advanced treatment of colon cancer involves blocking of another key gene also involved (EGFR) - yet a large proportion of patients do not respond to these treatments.

Our goal in this basic research project is the identification of new key genes involved in the network. These could serve as biomarkers to predict therapy response. We also plan to identify new druggable targets enabling future projects focusing on the development of new treatment agents.





 

Final report

 
Results in Hungarian
A vastagbél rosszindulatú daganatos betegségeinek genetikai hátterét vizsgáltuk. Egy sejtkultúrás modell rendszer használata által a RALA jelátviteli útvonal szerepét határoztuk meg. A RALA fontosságát az adja, hogy a legfontosabb onkogén RAS által befolyásolt három fő útvonal egyike. A vizsgálataink során meghatároztuk a RALA útvonal genetika hatásait, és igazoltuk, hogy a gén a KRAS- és BRAF- mutáns vonalakban a KRAS-tól függetlenül is szabályozza a sejtszaporodást. Igazoltuk, hogy a RALA útvonal által szabályozott gének betegekben is prognosztikus potenciállal rendelkeznek. Egy hasonló experimentális kutatásban a Hippo jelátviteli út YAP1 transzkripciós koaktivátorának a szerepét vizsgáltuk colon tumorok progressziójában. Végezetül, egy harmadik, bioinformatikai projektben a colon tumorok prognózisának előrejelzésére képes osztályozókat hasonlítottuk össze egymással. Azonosítottuk azokat a molekuláris osztályozókat, amelyek betegekben is a legnagyobb hatékonysággal alkalmazhatóak. Vizsgálataink nemcsak azt teszik lehetővé, hogy a colon tumorok progresszióját megértsük, de a jövőbeli vizsgálatokhoz szükséges preklinikai modell rendszerek kiválasztását is biztosítják. Ezen vizsgálatokon kívül 28 olyan további impakt faktoros közlemény készült, ahol a munka egy kisebb feladatához felhasználtuk az OTKA támogatás egy részét. Egy PhD hallgató befejezte a tanulmányait a témán való munka során.
Results in English
We investigated the genetic background of colon cancer. A detailed analysis using a cell culture model focusing on the RALA signal transduction pathway was executed. RALA is a major downstream effector of RAS - in the project we uncovered the impact of the RAL signal transduction on genetic program and growth control in KRAS- and BRAF-mutated colorectal cells and demonstrated prognostic potential of the pathway-responsive gene signature in cancer patients. In a related other analysis we validated the role of a the YAP1 transcriptional coactivator of the Hippo signaling pathway in colon cancer progression. Finally, in a subsequent bioinformatic project, we cross-validated colon cancer prognostic classifiers to explore their concordance and their power to predict survival. We identified the most reliable molecular classifiers suitable for clinical use. Our studies help to better understand colon cancer progression and to select representative preclinical models for future studies. In addition to these studies, additional 28 studies were published where smaller works were supported by the OTKA grant. One PhD fellow did finished her PhD research during working on the project.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=108655
Decision
Yes





 

List of publications

 
Sztupinszki Z, Győrffy B: Colon cancer subtypes: concordance, effect on survival and selection of the most representative preclinical models, Sci Rep. 2016 Nov 16;6:37169., 2016
Győrffy B, Stelniec-Klotz I, Sigler C, Kasack K, Redmer T, Qian Y, Schäfer R: Effects of RAL signal transduction in KRAS- and BRAF-mutated cells and prognostic potential of the RAL signature in colorectal cancer, Oncotarget, 2015
Győrffy B, Hatzis C, Sanft T, Hofstatter E, Aktas B, Pusztai L: Multigene prognostic tests in breast cancer: past, present, future, Breast Cancer Research, 2015
Pongor L, Kormos M, Hatzis C, Pusztai L, Szabó A, Győrffy B: A genome-wide approach to link genotype to clinical outcome by utilizing next generation sequencing and gene chip data of 6,697 breast cancer patients, Genome Medicine, 2015
Menyhárt O, Santarpia L, Győrffy B: A Comprehensive Outline of Trastuzumab Resistance Biomarkers in HER2 Overexpressing Breast Cancer, Current Cancer Drug Targets, 2015
Ligeti B, Pénzváltó Z, Vera R, Győrffy B, Pongor S: A network-based Target Overlap Score for characterizing Drug Combinations: High Correlation with Cancer Clinical Trial Results, PLoS One, 2015
Nguyen VT, Barozzi I, Faronato M, Lombardo Y, Steel JH, Patel N, Darbre P, Castellano L, Győrffy B, Woodley L, Meira A, Patten DK, Vircillo V, Periyasamy M, Ali S, Frige G, Minucci S, Coombes RC, Magnani L: Differential epigenetic reprogramming in response to specific endocrine therapies promotes cholesterol biosynthesis and cellular invasion, Nature Communications, 2015
Moor AE, Anderle P, Cantù C, Rodriguez P, Wiedemann N, Baruthio F, Deka J, André S, Valenta T, Moor MB, Győrffy B, Barras D, Delorenzi M, Basler K, Aguet M: BCL9/9L-β-catenin Signaling is Associated With Poor Outcome in Colorectal Cancer, EBioMedicine, 2015
Broude EV, Győrffy B, Chumanevich AA, Chen M, McDermott MS, Shtutman M, Catroppo JF, Roninson IB: Expression of CDK8 and CDK8-interacting Genes as Potential Biomarkers in Breast Cancer, Current Cancer Drug Targets, 2015
Zhang H, Ramakrishnan SK, Triner D, Centofanti B, Maitra D, Győrffy B, Sebolt-Leopold JS, Dame MK, Varani J, Brenner DE, Fearon ER, Omary MB, Shah YM: Tumor-selective proteotoxicity of verteporfin inhibits colon cancer progression independently of YAP1, Science Signaling, 2015
Magnani L, Patten DK, Nguyen VT, Hong SP, Steel JH, Patel N, Lombardo Y, Faronato M, Gomes AR, Woodley L, Page K, Guttery D, Primrose L, Fernandez Garcia D, Shaw J, Viola P, Green A, Nolan C, Ellis IO, Rakha EA, Shousha S, Lam EW, Győrffy B, Lupien M, Coombes RC: The pioneer factor PBX1 is a novel driver of metastatic progression in ERα-positive breast cancer, Oncotarget, 2015
Jin K, Park S, Teo WW, Korangath P, Cho SS, Yoshida T, Győrffy B, Goswami CP, Nakshatri H, Cruz LA, Zhou W, Ji H, Su Y, Ekram M, Wu Z, Zhu T, Polyak K, Sukumar S: HOXB7 Is an ERα Cofactor in the Activation of HER2 and Multiple ER Target Genes Leading to Endocrine Resistance, Cancer Discovery, 2015
Deng L, Győrffy B, Na F, Chen B, Lan J, Xue J, Zhou L, Lu Y: Association of PDCD1 and CTLA-4 gene expression with clinicopathological factors and survival in non-small cell lung cancer: results from a large and pooled microarray da, Journal of Thoracic Oncology, 2015
Győrffy B, Karn T, Sztupinszki Z, Weltz B, Müller V, Pusztai L: Dynamic classification using case-specific training cohorts outperforms static gene expression signatures in breast cancer., International Journal of Cancer, 2015
Budczies J, Bockmayr M, Denkert C, Klauschen F, Lennerz JK, Győrffy B, Dietel M, Loibl S, Weichert W, Stenzinger A: Classical pathology and mutational load of breast cancer – integration of two worlds., Journal of Pathology: Clinical Research, 2015
Peiris-Pagès M, Smith DL, Győrffy B, Sotgia F, Lisanti MP: Proteomic identification of prognostic tumour biomarkers, using chemotherapy-induced cancer-associated fibroblasts., Aging, 2015
Fan JB, Miyauchi-Ishida S, Arimoto K, Liu D, Yan M, Liu CW, Győrffy B, Zhang DE: Type I IFN induces protein ISGylation to enhance cytokine expression and augments colonic inflammation., Proc Natl Acad Sci U S A, 2015
Periyasamy M, Patel H, Lai CF, Nguyen VT, Nevedomskaya E, Harrod A, Russell R, Remenyi J, Ochocka AM, Thomas RS, Fuller-Pace F, Győrffy B, Caldas C, Navaratnam N, Carroll JS, Zwart W, Coombes RC, Magnani L, Buluwela L, Ali S: APOBEC3B-Mediated Cytidine Deamination Is Required for Estrogen Receptor Action in Breast Cancer, Cell Reports, 2015
Lan L, Holland JD, Qi J, Grosskopf S, Vogel R, Győrffy B, Wulf-Goldenberg A, Birchmeier W: Shp2 signaling suppresses senescence in PyMT-induced mammary gland cancer in mice, EMBO Journal, 2015
Grabner B, Schramek D, Mueller KM, Moll HP, Svinka J, Hoffmann T, Bauer E, Blaas L, Hruschka N, Zboray K, Stiedl P, Nivarthi H, Bogner E, Gruber W, Mohr T, Zwick RH, Kenner L, Poli V, Aberger F, Stoiber D, Egger G, Esterbauer H, Zuber J, Moriggl R, Eferl R, Győrffy B, Penninger JM, Popper H, Casanova E: Disruption of STAT3 signalling promotes KRAS-induced lung tumorigenesis., Nature Communications, 2015
Budczies J, Pfitzner BM, Győrffy B, Winzer KJ, Radke C, Dietel M, Fiehn O, Denkert C.: Glutamate enrichment as new diagnostic opportunity in breast cancer., Int J Cancer, 2015
Sänger N, Ruckhäberle E, Győrffy B, Engels K, Heinrich T, Fehm T, Graf A, Holtrich U, Becker S, Karn T: Acid ceramidase is associated with an improved prognosis in both DCIS and invasive breast cancer, Molecular Oncology, 2015
Menyhárt O, Harami-Papp H, Sukumar S, Schäfer R, Magnani L, de Barrios O, Győrffy B.: Guidelines for the selection of functional assays to evaluate the hallmarks of cancer, Biochim Biophys Acta. 2016 Dec;1866(2):300-319., 2016
Harami-Papp H, Pongor LS, Munkácsy G, Horváth G, Nagy ÁM, Ambrus A, Hauser P, Szabó A, Tretter L, Győrffy B: TP53 mutation hits energy metabolism and increases glycolysis in breast cancer, Oncotarget. 2016. 7(41):67183-67195., 2016
Szendrői A, Szász AM, Kardos M, Tőkés AM, Idan R, Szűcs M, Kulka J, Nyirády P, Szendrői M, Szállási Z, Győrffy B, Tímár J.: Opposite prognostic roles of HIF1α and HIF2α expressions in bone metastatic clear cell renal cell cancer., Oncotarget. 2016 Jul 5;7(27):42086-42098., 2016
Szász AM, Lánczky A, Nagy Á, Förster S, Hark K, Green JE, Boussioutas A, Busuttil R, Szabó A, Győrffy B.: Cross-validation of survival associated biomarkers in gastric cancer using transcriptomic data of 1,065 patients, Oncotarget. 2016 Aug 2;7(31):49322-49333., 2016
Rai R, Zhang F, Colavita K, Leu NA, Kurosaka S, Kumar A, Birnbaum MD, Győrffy B, Dong DW, Shtutman M, Kashina A: Arginyltransferase suppresses cell tumorigenic potential and inversely correlates with metastases in human cancers, Oncogene. 2016 Aug 4;35(31):4058-68., 2016
Munkácsy G, Sztupinszki Z, Herman P, Bán B, Pénzváltó Z, Szarvas N, Győrffy B.: Validation of RNAi Silencing Efficiency Using Gene Array Data shows 18.5% Failure Rate across 429 Independent Experiments, Mol Ther Nucleic Acids. 2016 Sep 27;5(9):e366., 2016
Győrffy B, Bottai G, Fleischer T, Munkácsy G, Budczies J, Paladini L, Børresen-Dale AL, Kristensen VN, Santarpia L: Aberrant DNA methylation impacts gene expression and prognosis in breast cancer subtypes, Int J Cancer. 2016 Jan 1;138(1):87-97., 2016
Adams BD, Wali VB, Cheng CJ, Inukai S, Booth CJ, Agarwal S, Rimm DL, Győrffy B, Santarpia L, Pusztai L, Saltzman WM, Slack FJ.: miR-34a Silences c-SRC to Attenuate Tumor Growth in Triple-Negative Breast Cancer., Cancer Res. 2016 Feb 15;76(4):927-39., 2016
Lánczky A, Nagy Á, Bottai G, Munkácsy G, Szabó A, Santarpia L, Győrffy B.: miRpower: a web-tool to validate survival-associated miRNAs utilizing expression data from 2178 breast cancer patients., Breast Cancer Res Treat. 2016 Dec;160(3):439-446., 2016
Ingrid Petric, Balázs Ligeti, Balázs Győrffy, Sándor Pongor: Biomedical Hypothesis Generation by Text Mining and Gene Prioritization, Protein & Peptide Letters, 2014
Ivett Teleki, Attila Marcell Szasz, Mate Elod Maros, Balazs Gyorffy, Janina Kulka, Nora Meggyeshazi, Gergo Kiszner, Peter Balla, Aliz Samu, Tibor Krenacs: Correlations of Differentially Expressed Gap Junction Connexins Cx26, Cx30, Cx32, Cx43 and Cx46 with Breast Cancer Progression and Prognosis, PLoS One, 2014
Balázs Győrffy, Giulia Bottai, Jacqueline Lehmann-Che, Gyorgy Keri, Laszlo Orfi, Takayuki Iwamoto, Christine Desmedt, Giampaolo Bianchini, Nicholas C. Turner, Hugues de The, Fabrice Andre, Christos Sotiriou, Gabriel N. Hortobagyi, Angelo Di Leo, Lajos Pusztai, Libero Santarpia: TP53 mutation-correlated genes predict the risk of tumor relapse and identify MPS1 as a potential therapeutic kinase in TP53-mutated breast cancers, Molecular Oncology, 2014
Győrffy A, Kormos M, Bartha L, Szabó A, Győrffy B, Budczies J and Vásárhely B: Validation of Biomarkers in Gene Expression Datasets of Inflammatory Bowel Disease: IL13RA2, PTGS2 and WNT5A as Predictors of Responsiveness to Infliximab Therapy, Proteomics & Bioinformatics, 2014
Weiwei Shi, Balint Balazs, Balazs Gyorffy, Tingting Jiang, W. Fraser Symmans, Christos Hatzis, Lajos Pusztai: Combined analysis of gene expression, DNA copy number, and mutation profiling data to display biological process anomalies in individual breast cancers, Breast Cancer Research and Treatment, 2014
Zsófia Pénzváltó, András Lánczky, Julianna Lénárt, Nóra Meggyesházi, Tibor Krenács, Norbert Szoboszlai, Carsten Denkert, Imre Pete and Balázs Győrffy: MEK1 is associated with carboplatin resistance and is a prognostic biomarker in epithelial ovarian cancer, BMC Cancer, 2014
Zsófia Pénzváltó, Pawel Surowiak and Balázs Győrffy: Biomarkers for Systemic Therapy in Ovarian Cancer, Current Cancer Drug Targets, 2014
SI Labidi-Galy, A Clauss , V Ng , S Duraisamy, KM Elias, H-Y Piao, E Bilal, RA Davidowitz, Y Lu, G Badalian-Very, B Gyorffy, U-B Kang, S Ficarro, S Ganesan , GB Mills, JA Marto and R Drapkin: Elafin drives poor outcome in high-grade serous ovarian cancers and basal-like breast tumors, Oncogene, 2014
Nguyen NT, Vendrell JA, Poulard C, Győrffy B, Goddard-Léon S, Bièche I, Corbo L, Le Romancer M, Bachelot T, Treilleux I, Cohen PA.: A functional interplay between ZNF217 and Estrogen Receptor alpha exists in luminal breast cancers, Molecular Oncology, 2014
Sánchez-Tilló E, Fanlo L, Siles L, Montes-Moreno S, Moros A, Chiva-Blanch G, Estruch R, Martinez A, Colomer D, Győrffy B, Roué G, Postigo A.: The EMT activator ZEB1 promotes tumor growth and determines differential response to chemotherapy in mantle cell lymphoma, Cell Death and Differentiation, 2014
Pénzváltó Zs, Lánczky A, Lénárt J, Meggyesházi N, Krenács T, Szoboszlai N, Denkert C, Pete I, Győrffy B.: Carboplatin rezisztenciát előrejelző biomarkerek azonosítása petefészek tumorokban., Klinikai Onkológia, 2014
Győrffy B, Pongor L, Kormos M.: Genotípus összekapcsolása klinikai kimenettel következő generációs szekvenálá és gén chipek felhasználásával, Klinikai Onkológia, 2014
Sztupinszki Zs, Győrffy B.: Emlőrák nyirokcsomó áttétének előrejelzése génexpresszió alapján, Klinikai Onkológia, 2014
B Győrffy B, A Lánczky, I Pete, C Denkert, T Krenács, N Meggesházi, Z Pénzváltó.: Inhibition of MEK1 increases carboplatin sensitivity in ovarian cancer., J Clin Oncol, 2014
Győrffy B, Karn T, Sztupinszki Z, Weltz B, Müller V, Pusztai L.: Application of a dynamic retraining for each patient using case-specific training cohorts to predict survival in breast cancer patients, J Clin Oncol, 2014
Győrffy B, Kormos M, Pongor L: Linking genotype to clinical outcome in breast cancer by combining NGS and gene chip data, Cancer Res, 2014
SI Labidi-Galy, A Clauss , V Ng , S Duraisamy, KM Elias, H-Y Piao, E Bilal, RA Davidowitz, Y Lu, G Badalian-Very, B Gyorffy, U-B Kang, S Ficarro, S Ganesan , GB Mills, JA Marto and R Drapkin: Elafin drives poor outcome in high-grade serous ovarian cancers and basal-like breast tumors, Oncogene, 2015
Nagy Á, Pongor LS, Szabó A, Santarpia M, Győrffy B: KRAS driven expression signature has prognostic power superior to mutation status in non-small cell lung cancer, Int J Cancer. 2017 Feb 15;140(4):930-937., 2017





 

Events of the project

 
2014-11-18 11:20:11
Résztvevők változása
2014-01-30 22:41:27
Résztvevők változása




Back »