Functional sites of intrinsically disordered proteins  Page description

Help  Print 
Back »

 

Details of project

 
Identifier
108798
Type K
Principal investigator Dosztányi, Zsuzsanna
Title in Hungarian Rendezetlen fehérjék funkcionális helyei
Title in English Functional sites of intrinsically disordered proteins
Keywords in Hungarian flexibilitás, fehérje-fehérje kölcsönhatás, molekuláris felismerés
Keywords in English flexibility, protein-protein interactions, molecular recognition
Discipline
Bioinformatics (Council of Medical and Biological Sciences)80 %
General biochemistry and metabolism (Council of Medical and Biological Sciences)20 %
Ortelius classification: Molecular biology
Panel Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent MTA-ELTE Lendület Bioinformatics Research Group (Office for Research Groups Attached to Universities and Other Institutions)
Participants Erdős, Gábor
Hajdu-Soltész, Borbála
Pajkos, Mátyás
Reményi, Attila
Sebestyén, László
Starting date 2013-09-01
Closing date 2018-08-31
Funding (in million HUF) 35.677
FTE (full time equivalent) 14.14
state running project





 

Final report

 
Results in Hungarian
A humán genom egy jelentős része időben állandó térszerkezetttel nem rendelkező, ún. rendezetlen fehérje szegmenst kódol. Ezek esszenciális biológia folyamatokban vesznek részt és számos betegségben is szerepet játszanak, de ma még viszonylag kevéssé feltártak. A pályázat során jelentős előrelépéseket tettek a humán proteom rendezetlen részének megismerésére és funkcionális annotációjára. A projekt keretében egyrészt a jeltátvitelben központi szereppel bíró mitogén aktivált fehérje kinázok (MAPK), illetve a dinein könnyű láncok kölcsönhatási hálózatát térképezték fel rendszer szinten a partner fehérjék kötőmotívumainak azonosítása révén. Ehhez specifikus bioinformatikai szűrő eljárásokat fejlesztettek ki. A rákos mutációk elemezése révén olyan rendezetlen fehérje szegmenseket azonosítottak, amelyek genetikai variációja aktívan hozzájárulhat a rák kialakulásához és rámutattak arra, hogy az ilyen mutációkat tartalmazó minták jelenleg nagyobb kihívást jelentenek a kezelhetőség szempontjából. A pályázat keretében több módszert és adatbázist is ki-, illetve továbbfejlesztettek. Ezek mellett, elemzéseik segítenek megérteni a rendezetlen fehérjék kölcsönhatásainak speciális szekvenciális, szerkezeti, evolúciós és funkcionális tulajdonságait. A pályázat során 12 cikket és két könyvfejezetet publikáltak, két további kézirat elérhető preprintként, és további közlemények is várhatóak.
Results in English
A large proportion of the human genome encodes intrinsically disordered protein segments (IDPs) that do not adopt a stable structure in isolation. These regions play key roles in essential biological processes and are involved in various diseases, nevertheless, they are largely unexplored. As a result of the project, the functional annotation of the disordered part of the proteome is significantly advanced. They explored the system level occurrences of a specific linear binding motif class involved in the signaling pathways of mitogen activated protein kinases (MAPK) and also explored the interaction network of the dynein light chain LC8. For these, they developed specific bioinformatic filtering protocols. Taking advantage of emerging data of cancer genomic projects, they identified intrinsically disordered protein regions whose mutations can actively drive tumor development but also showed that sample containing such mutations are more challenging in terms of treatment options. They developed and improved various computational tools and approaches. In addition, they also significantly improved our understanding of the basic principles governing the interactions of disordered proteins in terms of their sequential, structural, evolutionary and functional properties. During the project they published 12 papers and two book chapters, two manuscripts are available as preprints and additional publications can be expected.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=108798
Decision
Yes





 

List of publications

 
Zeke A, Bastys T, Alexa A, Garai Á, Mészáros B, Kirsch K, Dosztányi Z, Kalinina OV, Reményi A.: Systematic discovery of linear binding motifs targeting an ancient protein interaction surface on MAP kinases., Mol Syst Biol, 2015
Mészáros B, Zeke A, Reményi A, Simon I, Dosztányi Z: Systematic analysis of somatic mutations driving cancer: Uncovering functional protein regions in disease development, BIOLOGY DIRECT, 2016
Mészáros B, Kumar M, Gibson TJ, Uyar B, Dosztányi Z: Degrons in cancer, Science Signalling, 2017
Piovesan D, Tabaro F, Mičetić I, Necci M, Quaglia F, Oldfield CJ, Aspromonte MC, Davey NE, Davidović R, Dosztányi Z, Elofsson A, Gasparini A, Hatos A, Kajava AV, Kalmar L, Leonardi E, Lazar T, Macedo-Ribeiro S, Macossay-Castillo M, Meszaros A, Minervini G, Murvai N, Pujols J, Roche DB, Salladini E, Schad E, Schramm A, Szabo B, Tantos A, Tonello F, Tsirigos KD, Veljković N, Ventura S, Vranken W, Warholm P, Uversky VN, Dunker AK, Longhi S, Tompa P, Tosatto SC.: DisProt 7.0: a major update of the database of disordered proteins, Nucleic Acid Resarch, 2017
Necci M, Piovesan D, Dosztányi Z, Tosatto SCE: 3. Necci M, Piovesan D, Dosztányi Z, Tosatto SCE. MobiDB-lite: fast and highly specific consensus prediction of intrinsic disorder in proteins., Bioinformatics, 2017
Necci M, Piovesan D, Dosztanyi Z, Tompa and Tosatto SC: A comprehensive assessment of long intrinsic protein disorder from the DisProt database, Bioinformatics, in press, 2017
Dosztányi Z, Tompa P.: Bioinformatics Approaches to the Structure and Function of Intrinsically Disordered Proteins, Protein Structure to Function with Bioinformatics., 2017
Necci M, Piovesan D, Dosztányi Z, Tosatto SCE: MobiDB-lite: fast and highly specific consensus prediction of intrinsic disorder in proteins., Bioinformatics, 2017
Necci M, Piovesan D, Dosztanyi Z, Tompa and Tosatto SC: A comprehensive assessment of long intrinsic protein disorder from the DisProt database, Bioinformatics, 2017
Erdős G, Szaniszló T, Pajkos M, Hajdu-Soltész B, Kiss B, Pál G, Nyitray L, Dosztányi Z.: Novel linear motif filtering protocol reveals the role of the LC8 dynein light chain in the Hippo pathway., PLoS Computational Biology, 2017
Gouw M, Michael S, Sámano-Sánchez H, Kumar M, Zeke A, Lang B, Bely B, Chemes LB, Davey NE, Deng Z, Diella F, Gürth CM, Huber AK, Kleinsorg S, Schlegel LS, Palopoli N, Roey KV, Altenberg B, Reményi A, Dinkel H, Gibson TJ.: The eukaryotic linear motif resource - 2018 update., Nucleic Acid Research, 2018
Schad E, Fichó E, Pancsa R, Simon I, Dosztányi Z, Mészáros B: DIBS: a repository of disordered binding sites mediating interactions with ordered proteins., Bioinformatics, 2018
Dosztányi Z: Prediction of protein disorder based on IUPred., Protein Science, 2018
Mészáros B, Erdos G, Dosztányi Z: IUPred2A: context-dependent prediction of protein disorder as a function of redox state and protein binding., Nucleic Acid Research, 2018
Piovesan D, Tabaro F, Paladin L, Necci M, Micetic I, Camilloni C, Davey N, Dosztányi Z, Mészáros B, Monzon AM, Parisi G, Schad E, Sormanni P, Tompa P, Vendruscolo M, Vranken WF, Tosatto SCE.: MobiDB 3.0: more annotations for intrinsic disorder, conformational diversity and interactions in proteins., Nuhcleic Acid Researc, 2018
Punta M, Simon I, and Dosztányi Z: Prediction and Analysis of Intrinsically Disordered Proteins, Structural Proteomics: High-Throughput Methods, Methods in Molecular Biology, vol. 1261, 2015





 

Events of the project

 
2015-11-13 08:58:00
Résztvevők változása
2014-03-27 13:13:55
Résztvevők változása
2013-08-29 23:09:59
Résztvevők változása




Back »