Characterizing fundamental processes of biomolecular mass spectrometry  Page description

Help  Print 
Back »

 

Details of project

 
Identifier
109006
Type K
Principal investigator Drahos, László
Title in Hungarian A biomolekuláris tömegspektrometria folyamatainak elméleti jellemzése
Title in English Characterizing fundamental processes of biomolecular mass spectrometry
Keywords in Hungarian tömegspektrometria, belsőenergia-eloszlás, aktiválási energia
Keywords in English mass spectrometry, internal energy distribution, activation energy
Discipline
Analytical Chemistry (Council of Physical Sciences)100 %
Ortelius classification: Instrumental analysis
Panel Chemistry 1
Department or equivalent Institute of Organic Chemistry (Research Center of Natural Sciences, Hungarian Academy of Sciences)
Participants Bazsó, Fanni Laura
Gömöry, Ágnes
Kéki, Sándor
Kuki, Ákos
Ludányi, Krisztina
Rokobné Révész, Ágnes
Starting date 2014-01-01
Closing date 2018-12-31
Funding (in million HUF) 27.880
FTE (full time equivalent) 9.70
state running project





 

Final report

 
Results in Hungarian
A kutatási projektben olyan új elméleti módszereket dolgoztunk ki és használtunk fel, amelyek a biomolekuláris tömegspektrometriában használatos tandem tömegspektrometriás kísérleteket írják le. A kidolgozott elméleti megközelítések és gyakorlati módszerek a fragmentációs folyamatok energetikai viszonyaira épülnek, amely a tömegspektrometria alapú peptid / fehérje szekvenálás alapját képezi. Ez az (energetika alapú) megközelítés a vezető kutató elméleti tömegspektrometria területén szerzett tapasztalatára (a MassKinetics modellre) épül. A pályázat célkitűzése ennek a modellnek a makromolekulákra, különösen a proteomika irányába való kiterjesztése. Sikeresen meghatároztuk a makromolekulák vizsgálatára alkalmas ionizációs módszerek (ESI és MALDI) energetikai viszonyait és jellemeztük a peptidek MS / MS fragmentációját. Mindez jó elméleti hátteret biztosít a tömegspektrometria alapú proteomikai kísérletek leírására. Ennek a felfedező kutatásnak az eredményeit az innováció kiindulópontjaként használtuk fel: Elméleti modelljeink segítségével azonosítottunk a jelenleg használt tömegspektrometriás és proteomikai munkafolyamatok kritikus pontjait, és új kísérleti stratégiákat terveztünk azok javítására. Ezeket a stratégiákat gyakorlati munkafolyamatokba is beépítettük, így a „state-of-art”-on túlmutató, jelentős versenyelőnyt nyújtó módszereket fejlesztettünk ki.
Results in English
In the present project we have developed and applied novel theoretical approaches to describe mass spectrometry experiments commonly used in biomolecular mass spectrometry. Most of these relate to the energetics of fragmentation, which is the basis of peptide/protein sequencing using mass spectrometry. This approach was based on the principal investigator’s experience in fundamental mass spectrometry of small molecules (the MassKinetics model). We have successfully extended this model to macromolecules (especially towards proteomics): We have developed theoretical description of ionization methods used for macromolecular studies (ESI and MALDI) and also for the MS/MS fragmentation of peptides. This way we have obtained a good theoretical background of various methodologies used in proteomics workflows. These fundamental studies were used as a starting point to innovation: Using our theoretical models we have identified weak points in current mainstream mass spectrometry and proteomics workflows, and designed new experimental strategies to improve them. We use these improvements in practical workflows, extending our studies beyond the state of art; and gaining a competitive advantage both in research and in industrial collaborations.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=109006
Decision
Yes





 

List of publications

 
Ágnes Révész, Tibor András Rokob, Dany Jeanne Dit Fouque, Lilla Turiák, Antony Memboeuf, Károly Vékey, László Drahos: Selection of collision energies in proteomics mass spectrometry experiments for best peptide identification: study of Mascot score energy dependence reveals double optimum, Journal of Proteome Research 17, 1898-1906, 2018
Bazso FL, Ozohanics O, Schlosser G, Ludanyi K, Vekey K, Drahos L: Quantitative Comparison of Tandem Mass Spectra Obtained on Various Instruments, J AM SOC MASS SPECTR 27: (8) 1357-1365, 2016
Tóth E., Hevér H., Ozohanics O., Telekes A., Vékey K., Drahos L.: Simple correction improving long-term reproducibility of HPLC-MS, J Mass Spectrom 50, 10 1130-1135, 2015
Acs. A,; Ozohanics O. ,Vekey K., Drahos L., Turiak, L.: Distinguishing Core and Antenna Fucosylated Glycopeptides Based on Low-Energy Tandem Mass Spectra, Anal. Chem. 90, 12776-12782, 2018
Rondeau D, Drahos L, Vekey K: Internal energy distribution in electrospray ionization: Towards the evaluation of a thermal-like distribution from the multiple-collision model, RAPID COMMUN MASS SP 28: (11) 1273-1284, 2014
Turiák, Lilla; Ozohanics, Oliver; Tóth, Gábor; Ács, András; Révész, Ágnes; Vékey, Károly; Telekes, András; Drahos, László: High sensitivity proteomics of prostate cancer tissue microarrays to discriminate between healthy and cancerous tissue, Journal of Proteomics doi: 10.1016/j.jprot.2018.11.009. [Epub ahead of print], 2018
Rondeau D, Drahos L, Vekey K: Internal energy distribution in electrospray ionization: Towards the evaluation of a thermal-like distribution from the multiple-collision model, RAPID COMMUN MASS SP 28: (11) 1273-1284, 2014
Tóth Eszter, Hevér Helga, Ozohanics Oliver, Telekes András, Vékey Károly, Drahos László: Simple correction improving long-term reproducibility of HPLC-MS, J MASS SPECTROM 50: (10) 1130-1135, 2015
Hevér H., Tóth E, Ozohanics O., Telekes A., Vékey K., Drahos L.: Correcting Long-term Drifts in HPLC-MS, 10th Balaton Symposium, Sept 2-4, 2015, Siófok, Hungary, 2015
Bazso FL, Ozohanics O, Schlosser G, Ludanyi K, Vekey K, Drahos L: Quantitative Comparison of Tandem Mass Spectra Obtained on Various Instruments, J AM SOC MASS SPECTR 27: (8) 1357-1365, 2016
Bazso FL, Ozohanics O, Schlosser G, Ludanyi K, Vekey K, Drahos L: Quantitative Comparison of Tandem Mass Spectra Obtained on Various Instruments, 34th IMMS Books of Abstracts, 2016
Ágnes Révész, Tibor András Rokob, Dany Jeanne Dit Fouque, Lilla Turiák, Antony Memboeuf, Károly Vékey, László Drahos: Selection of collision energies in proteomics mass spectrometry experiments for best peptide identification: study of Mascot score energy dependence reveals double optimu, Journal of Proteome Research (under review), 2019
Turiák, Lilla; Ozohanics, Oliver; Tóth, Gábor; Ács, András; Révész, Ágnes; Vékey, Károly; Telekes, András; Drahos, László: High sensitivity proteomics of prostate cancer tissue microarrays to discriminate between healthy and cancerous tissue, Journal of Proteome Research (Under review), 2019
Ágnes Révész, Tibor András Rokob, Dany Jeanne Dit Fouque, Lilla Turiák, Antony Memboeuf, Károly Vékey and László Drahos: Selection of Collision Energies in Tandem Mass Spectrometry Based Proteomics, 12th Central and Eastern European Proteomic Conference, Bucharest, Romania, 2018
Ágnes Révész, Tibor András Rokob, Dany Jeanne Dit Fouque*, Lilla Turiák, Antony Memboeuf,* Károly Vékey and László Drahos: Tuning Mass Spectrometric Proteomics Experiments: Collision Energy Dependence of Mascot Score, 22nd INTERNATIONAL MASS SPECTROMETRY CONFERENCE (IMSC), Florence, Italy, 2018
Károly Vékey, Fanni Bazsó, Ágnes Gömöry, Oliver Ozohanics, Lilla Turiák, László Drahos: Energy resolved MS/MS of Leucin Enkephalin, 34th IMMS, Fiera di Primiero, Italy, 2016





 

Events of the project

 
2015-08-11 18:51:59
Résztvevők változása
2015-02-24 15:48:21
Résztvevők változása




Back »