"Variants of unknown significance" - detection and functional characterization of genetic alterations in inherited diseases  Page description

Help  Print 
Back »

 

Details of project

 
Identifier
109076
Type K
Principal investigator Balogh, István
Title in Hungarian "Ismeretlen jelentőségű variánsok" - Genetikai eltérések kimutatása és funkcionális vizsgálata öröklött betegségekben
Title in English "Variants of unknown significance" - detection and functional characterization of genetic alterations in inherited diseases
Keywords in Hungarian mutáció, öröklött betegség, rekombináns fehérje, mutagenezis, funkcionális karakterizáció
Keywords in English mutation, inherited disease, recombinant protein, mutagenesis, functional characterization
Discipline
Biological basis of diseases related to the above (Council of Medical and Biological Sciences)40 %
Medical engineering and technology (Council of Medical and Biological Sciences)30 %
Genetic epidemiology (Council of Medical and Biological Sciences)30 %
Panel Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent Department of Laboratory Medicine (University of Debrecen)
Participants Ajzner, Éva
Bálint, Bálint László
Beke, Artúr
Losonczy, Gergely
P. Szabó, Gabriella
Szabó, Tamás
Török, Olga
Tory, Kálmán
V. Oláh, Anna
Starting date 2014-01-01
Closing date 2018-12-31
Funding (in million HUF) 21.000
FTE (full time equivalent) 8.80
state running project





 

Final report

 
Results in Hungarian
Kutatómunkánk során genetikai betegségeket vizsgáltunk, elsősorban a kóroki mutációk kimutatására és részletes vizsgálatára fókuszálva. Ehhez klasszikus genetikai, funkcionális és in silico módszereket egyaránt használtunk. Néhány genetikai betegséget kiválasztva (autoszomális recesszív policisztás vese, cisztás fibrosis, fiatal felnőttkorban jelentkező monogénes diabetes, izomsorvadás, X kromoszómához kötött nagyfokú rövidlátás) összesen több, mint 500 beteg minta analízisét végeztük el. Bizonyos esetben fenokópiák jelenlétét igazoltuk, illetve egy új, a betegség súlyosságával korreláló, a cisztás fibrosis követésében használható biomerkert, a HE4-et identifikáltuk. Három évig tartó prospektív klinikai vizsgálatban az E-vitamin kezelés hatásosságát vizsgáltuk hat Smith-Lemli-Opitz szindrómás betegben. A klinikai paraméterekben (agresszió, irritabilitás, hiperaktivitás, alvási panaszok, fotoszenzitivitás, stb.) javulást tapasztaltunk. Fiatal felnőttkorban jelentkező monogénes diabetes adatbázist alakítottunk ki, mely 290 bejegyzést tartalmaz. Kimutattuk, hogy hazánkban a glükokináz mutációi a leggyakoribbak. Az altípus igazolása terápiás változtatásokat eredményez. Módszertani fejlesztéseket végeztünk. Analizáltuk egy új generációs szekvenáló módszer paramétereit homopolimerek kimutatásában. Vizsgáltuk több molekuláris genetikai diagnosztikai módszer esetén a prenatális minták anyai kontaminációjának zavaró hatását. Eredményeinket nemzetközi folyóiratokban közöltük.
Results in English
We aimed to investigate genetic disesases, concentrating mainly for mutation detection and analysis of the detected mutations by classical genetic, functional and in silico methods. Several genetic disorders were chosen. Altogether more than 500 patient sample were tested in order to identify the genetic background of severe inherited diseases (autosomal recessive polycystic kidney disesase, cystic fibrosis, monogenic diabetes, maturity onset diabetes of the young (MODY), muscular dystrophy, X-linked high-grade myopia). We showed the presence of phenocopies. A novel biomarker, HE4 was found which is elevated in cystic fibrosis and correlates with the severity of the disease. In a 3-year prospective study we investigated the effects of vitamin E supplementation in six Smith-Lemli-Opitz syndrome patients. We observed reduced aggression, self-injury, irritability, hyperactivity, attention deficit, repetitive behavior, sleep disturbance, skin photosensitivity and/or eczema. A MODY database was developed. It contains 290 entries. In Hungary, GCK-MODY is the most prevalent subtype. The correct diagnosis results in change in the treatment. We did methodological developments as well. We tested the analytical parameters of a next generation sequencing system in detecting homopolymers and set up a new diagnostic assay for CF. We analyzed the effect of maternal contamination in diferent methodologies used in prenatal genetic testing. We published our results in international journals.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=109076
Decision
Yes





 

List of publications

 
Orosz O, Czeglédi M, Kántor I, Balogh I, Vajas A, Takács L, Berta A, Losonczy G.: Ophthalmological phenotype associating to a homozygous null mutation in the NEUROD1 gene., Molecular Vision, 2015
Koczok K, V Oláh A, P. Szabó G, Oláh É, Török O, Balogh, I: [Inborn error of cholesterol biosynthesis: Smith–Lemli–Opitz syndrome], Orv Hetil, 2015
Orosz O, Rajta I, Vajas A, Takács L, Csutak A, Fodor M, Kolozsvári B, Resch M, Sényi K, Lesch B, Szabó V, Berta A, Balogh I, Losonczy G.: Myopia and Late-Onset Progressive Cone Dystrophy Associate to LVAVA/MVAVA Exon 3 Interchange Haplotypes of Opsin Genes on Chromosome X, Invest Ophthalmol Vis Sci, 2017
Koczok K, Marő G, P. Szabó G, Madar L, Gombos É, Ajzner É, Mótyán JA, Hortobágy T, Balogh I.: A novel point mutation affecting Asn76 of dystrophin protein leads to dystrophinopathy, Neuromuscular Disorders, 2018
Koczok K, V Oláh A, P. Szabó G, Oláh É, Török O, Balogh, I: [Inborn error of cholesterol biosynthesis: Smith–Lemli–Opitz syndrome], Orv Hetil, 2015
Ivády G, Koczok K, Madar L, Gombos É, Toth I, Győri K, Balogh I.: Molecular analysis of cystic fibrosis patients in Hungary - un update to the mutational spectrum, Journal of Medical Biochemistry, 2015
Korade Z, Kim HYH, Tallman KA, Liu W, Koczok K, Balogh I, Xu L, Mirnics K, Porter NA.: The Effect of Small Molecules on Sterol Homeostasis: Measuring 7‑Dehydrocholesterol in Dhcr7-Deficient Neuro2a Cells and Human Fibroblasts, J. Med. Chem. 2016, 59, 1102−1115, 2016
Orosz O, Czeglédi M, Kántor I, Balogh I, Vajas A, Takács L, Berta A, Losonczy G.: Ophthalmological phenotype associating to a homozygous null mutation in the NEUROD1 gene., Molecular Vision, 2015
Jermendy Gy, Balogh I, Gaál Zs.: [Monogenic form of diabetes mellitus due to HNF4α mutation (MODY-1) – the first case in Hungary], Orv Hetil, 2016
Nagy B Jr, Nagy B, Fila L, Clarke LA, Gönczy F, Bede O, Nagy D, Újhelyi R, Szabó Á, Anghelyi A, Major M, Bene Z, Fejes Z, Antal-Szalmás P, Bhattoa HP, Balla G, Kappelmayer J, Amaral MD, Macek M Jr, Balogh I.: Human Epididymis Protein 4: A Novel Serum Inflammatory Biomarker in Cystic Fibrosis., Chest. 2016 Sep;150(3):661-72. doi: 10.1016/j.chest.2016.04.006., 2016
Korade Z, Kim HYH, Tallman KA, Liu W, Koczok K, Balogh I, Xu L, Mirnics K, Porter NA.: The Effect of Small Molecules on Sterol Homeostasis: Measuring 7‑Dehydrocholesterol in Dhcr7-Deficient Neuro2a Cells and Human Fibroblasts, J. Med. Chem. 2016, 59, 1102−1115, 2016
Ivan G, Balogh I, Gaal Zs, Mosonyi J, Szajbert T.: Három évtizedes inzulinkezelés után diagnosztizált HNF1A-MODY (MODY 3) este - Hogyan tovább?, Diabtelogia Hungarica, 2016
Nagy B Jr, Nagy B, Fila L, Clarke LA, Gönczy F, Bede O, Nagy D, Újhelyi R, Szabó Á, Anghelyi A, Major M, Bene Z, Fejes Z, Antal-Szalmás P, Bhattoa HP, Balla G, Kappelmayer J, Amaral MD, Macek M Jr, Balogh I.: Human Epididymis Protein 4: A Novel Serum Inflammatory Biomarker in Cystic Fibrosis., Chest. 2016 Sep;150(3):661-72. doi: 10.1016/j.chest.2016.04.006., 2016
Orosz O, Rajta I, Vajas A, Takács L, Csutak A, Fodor M, Kolozsvári B, Resch M, Sényi K, Lesch B, Szabó V, Berta A, Balogh I, Losonczy G.: Myopia and Late-Onset Progressive Cone Dystrophy Associate to LVAVA/MVAVA Exon 3 Interchange Haplotypes of Opsin Genes on Chromosome X, Invest Ophthalmol Vis Sci, 2017
Koczok K, Merő G, P. Szabó G, Madar L, Gombos É, Ajzner É, Mótyán JA, Hortobágyi T, Balogh I.: A novel point mutation affecting Asn76 of dystrophin protein leads to dystrophinopathy, Neuromuscular Disorders, 2018
Szabó T, Orosz P, Balogh E, Jávorszky E, Máttyus I, Bereczki C, Maróti Z, Kalmár T, Szabó AJ, Reusz G, Várkonyi I, Marián E, Gombos E, Orosz O, Madar L, Balla G, Kappelmayer J, Tory K, Balogh I.: Comprehensive genetic testing in children with a clinical diagnosis of ARPKD identifies phenocopies, Pediatric Nephrology, 2018
Ivády G, Madar L, Dzsudzsák E, Koczok K, Kappelmayer J, Krulisova V, Macek M Jr, Horváth A, Balogh I.: Analytical parameters and validation of homopolymer detection in a pyrosequencing-based next generation sequencing system, BMC Genomics, 2018
Koczok K, Gombos E, Madar, Török O, Balogh I: Interfering effect of maternal cell contamination on invasive prenatal molecular genetic testing, Prenatal Diagnosis, 2018
V Oláh A, P Szabó G, Varga J, Koczok K, Balogh I, Harangi J.: A veleszületett koleszterin-hiány jellemző biomarkerei Smith-Lemli-Opitz szindrómás betegekben és hordozókban, Metabolizmus, 2014
Ivády G, Koczok K, Madar L, Gombos É, Toth I, Győri K, Balogh I.: Molecular analysis of cystic fibrosis patients in Hungary - un update to the mutational spectrum, Journal of Medical Biochemistry, 2015
Ivády G, Koczok K, Madar L, Gombos É, Toth I, Győri K, Balogh I.: Molecular analysis of cystic fibrosis patients in Hungary - un update to the mutational spectrum, Journal of Medical Biochemistry, 2015
Ivan G, Balogh I, Gaal Zs, Mosonyi J, Szajbert T.: Három évtizedes inzulinkezelés után diagnosztizált HNF1A-MODY (MODY 3) este - Hogyan tovább?, Diabetologia Hungarica, 2016
Nagy B Jr, Bene Z, Fejes Z, Heltshe SL, Reid D, Ronan NJ, McCarthy Y, Smith D, Nagy A, Joseloff E, Balla G, Kappelmayer J, Macek M Jr, Bell SC, Plant BJ, Amaral MD, Balogh I.: Human epididymis protein 4 (HE4) levels inversely correlate with lung function improvement (delta FEV1) in cystic fibrosis patients receiving ivacaftor treatment, Journal of Cystic Fibrosis, 2019




Back »