Describing drug metabolism and regulatory interactions in the chemoimmune system using systems biology approaches  Page description

Help  Print 
Back »

 

Details of project

 
Identifier
111678
Type K
Principal investigator Hegedűs, Tamás Zoltán
Title in Hungarian A kemoimmunitási rendszer működésének és szabályozásának leírása rendszerbiológiai eszközökkel
Title in English Describing drug metabolism and regulatory interactions in the chemoimmune system using systems biology approaches
Keywords in Hungarian gyógyszer metabolizmus, kemoimmunitási rendszer, szerkezeti rendszerbiológia, számításos biológia, kinetikai modellezés
Keywords in English drug metabolism, chemoimmune system, structural systems biology, computational biology, kinetic modeling
Discipline
Bioinformatics (Council of Medical and Biological Sciences)75 %
Biophysics (e.g. transport mechanisms, bioenergetics, fluorescence) (Council of Medical and Biological Sciences)15 %
Ortelius classification: Molecular biophysics
General biochemistry and metabolism (Council of Medical and Biological Sciences)10 %
Ortelius classification: Metabolism
Panel Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent Molecular Biophysics Research Group (Office for Research Groups Attached to Universities and Other Institutions)
Participants András, Kinga
Bartos, Zsuzsanna
Csizmadia, Georgina
Farkas, Bianka Vivien
Feller, Tímea
Jakab, Kristóf
Kósa, Nikoletta
László, Laura
Nerada, Zsuzsanna
Padányi, Rita
Sarankó, Hajnalka
Szöllősi, Dániel
Tordai, Hedvig
Török, György
Tóth, Attila
Zámbó, Boglárka
Starting date 2015-01-01
Closing date 2019-06-30
Funding (in million HUF) 43.690
FTE (full time equivalent) 27.11
state closed project
Summary in Hungarian
A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.

Szervezetünkben a xenobiotikumokat a membrán transzporterekből, metabolikus enzimekből és nukleáris receptorokból álló kemoimmunitási rendszer semlegesíti. Ezek a fehérjék igen eltérő vegyületek felismerésére képesek befolyásolva gyógyszerek abszorpcióját, eloszlását, metabolizmusát, kiválasztását és toxicitását. Így a kemoimmunitási rendszer sok gyógyszeres kezelést hátrányosan befolyásol, amit nem tudunk kivédeni, mert ismereteink hiányosak a multidrog felismerés mechanizmusával és a rendszer hálózat szintű működésével kapcsolatban. A hálózat megismerésének érdekében kifejlesztünk egy kinetikai modellt a drog metabolizmus leírására, vegyületek és fehérjék sejten belüli koncentrációjának időbeli követésére. Mivel kinetikai paraméterek kevéssé ismertek, ezeket számítógépes szimulációk segítségével jósoljuk meg. Első lépésben vegyületeket dokkolunk MDB (multidrug binding) fehérjék molekuláris dinamikai (MD) szimulációkból nyert konformációihoz drog/fehérje kölcsönhatások jellemzésére. Majd a komplexekkel végzünk a kötődésről még pontosabb képet szolgáltató MD szimulációkat. A vegyület kötőzsebben eltöltött idejéből és a dokkolás során kapott kötési energiákból jósoljuk gyógyszermolekulák kinetikai paramétereit. A funkcionális kooperáció mellett az MDB fehérjék regulációs kapcsolatait is tanulmányozzuk drog hatására kialakuló expressziós mintázatok változását vizsgálva. Előzetes eredményeink azt mutatják, hogy kinetikus modellünk alkalmas komplex drog-metabolizmus leírására. Továbbá az alkalmazott szerkezeti és klasszikus rendszerbiológiai módszereink hozzájárulnak a multidrog-kötés atomi szintű megértéséhez, és az MDB fehérjék hálózat szintű működésének megismeréséhez.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.

A gyógyszerfejlesztés drága és időigényes folyamata sokszor gyenge hatékonyságú terméket eredményez, mivel a kemoimmunitási rendszer semlegesíti a hatóanyagot. Ezért a drog anyagcsere és ebben a hálózatban megfigyelhető gyógyszerkölcsönhatások leírása nagy jelentőségű. A hagyományos megközelítések eddig nem vezettek eredményre, mert nem a rendszert, hanem csak egyes elemeit vizsgálták. Ezzel szemben mi egyszerre alkalmazunk klasszikus és szerkezeti rendszerbiológiai módszereket, hogy jellemezzük MDB fehérjék hálózatát.

1. Egy hatóanyag és származékai sejten belüli koncentrációjának ismerete kiemelt jelentőséggel bír, azonban kísérletes meghatározásuk nehéz. Ezért elkészítjük a kemoimmunitási rendszer matematikai modelljét, mely lehetővé teszi a sejten belüli koncentrációk in silico becslését. A modellt kiterjesztjük gyógyszerkölcsönhatások jóslására is.

2. Gyógyszerek és MDB fehérjék kölcsönhatásának kinetikai paraméterei ritkán ismertek, ezért ezeket a gyógyszervegyületek fehérje konformációs-sokasághoz történő dokkolásával és molekuláris dinamikai szimulációkkal határozzuk meg. A kinetikai paraméterek becslésén túl ezek a szimulációk betekintést engednek a multidrog-kötés mechanizmusának atomi szintű hátterébe is.

3. Az MDB fehérjék expressziójának és funkcionális kooperációjának szabályozása részleteiben még nem felderített. Ezt rendszerbiológiai eszközök segítségével tanulmányozzuk gén expressziós kísérletek és új generációs szekvenálási módszerek nyilvános adatainak felhasználásával. Az eredmények lehetővé teszik új, hálózat alapú stratégiák kidolgozását, amelyek alkalmazhatók lesznek gyógyszerfejlesztésben és a megfelelő terápia kiválasztásában is.

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!

A kemoimmunitási rendszer hálózatként való működésének megértése és a multidrog-kötés mechanizmusának ismerete segít a drogok anyagcseréjének és kölcsönhatásainak jóslásában, továbbá kezelések során a megfelelő gyógyszerek kiválasztásában. A projekt eredményei nem csak a gyógyszerfejlesztések erőforrásigényeit csökkenti, hanem hozzájárulhat közvetlenül a betegek kezelésének eredményesebbé tételéhez is. Vizsgálataink jelentősége a következő:

1. A kinetikai modell leírja a sejt kemoimmunitási rendszerének olyan időbeni komplex viselkedését, amely matematikai módszerek nélkül nem vizsgálható. Előzetes eredményeink arra utalnak, hogy a modellünk alapjául szolgálhat további komplex modellekhez, amelyekkel drogok anyagcseréje leírható.

2. A kinetikai modell rámutathat sebességmeghatározó lépésekre, amelyeket megcélozva a rendszer működése a kívánt mértékben és irányban módosítható. Egy gyógyszeres kezelés során a rendszer csendesítése kívánatos lehet a hatóanyag meghosszabbodott életideje miatt. Ezzel szemben mérgezés esetén a rendszer működése stimulálhatóvá válhat a méregtelenítés érdekében.

3. Dokkolásból és MD szimulációkból származó eredményeink hozzájárulnak a multidrog-kötés működésének atomi szintű megértéséhez. Ezenkívül munkánk az MDB fehérjék működési mechanizmusának megértését is segíti. Eredményeink a drog/fehérje kölcsönhatások pontosabb jóslása által járulnak hozzá eredményesebb gyógyszerfejlesztéshez.

4. MDB fehérjék szubsztrátjait/liganjait tartalmazó publikus adatbázis gyógyszerfejlesztések serkentésére.

5. A kemoimmunitási rendszer szabályozásának összefüggéseit ismerve és hálózatkutatás eredményeit felhasználva olyan stratégiákat tudunk kidolgozni, amelyek a rendszer működését a kívánt módon befolyásolják. Pl. MDB fehérjék adott csoportját szabályozó csomópontot gátolva sokkal hatékonyabb eredményt érhetünk el, mint több egyedi MDB fehérje gátlásával.

6. A drogkezelés hatására kialakuló expressziós mintázat és a drogok tulajdonságainak összevetése rávilágíthat arra, hogy a kemoimmunitási rendszer egy általános választ ad xenobiotikumokra vagy specializált reakciót meghatározott típusú drogokra. Ez a tudás szintén fontos gyógyszerfejlesztésekhez.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média illetve az adófizetők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI számára.

A szervezetünk számára idegen mérgező vegyületeket és gyógyszermolekulákat a sejtjeink különböző fehérjéiből álló kemoimmunitási rendszere semlegesíti. Ezek a fehérjék vegyületeket ezreinek felismerésében és testünkből történő eltávolításában játszanak szerepet. Mérgező anyagok esetén ez igen fontos, azonban gyógyszerek esetében kifejezetten káros, mert például a rák-, HIV-, depresszió-, stb. ellenes hatóanyagok gyorsan kiürülnek szervezetünkből és a kezelés hatástalanná válik. Mivel keveset tudunk a kemoimmunitási rendszert alkotó fehérjék hálózat szintű működéséről és multidrog-kötésük atomi szintű mechanizmusáról, a rendszert elkerülő gyógyszerek fejlesztése és gyógyszerkölcsönhatások jóslása igen nehéz feladat. Munkánk során létrehozunk egy matematikai modellt a kemoimmunitási rendszer működésének leírására. A vegyületek és fehérjék közötti atomi szintű kölcsönhatás jellemzésére számítógépes dokkolást és molekuláris dinamikai szimulációkat végzünk. Emellett rendszerbiológiai eszközök segítségével felderítjük a kemoimmunitási rendszer tagjai között fennálló szabályozó kapcsolatokat. Eredményeink hozzájárulnak gyógyszerkölcsönhatások és gyógyszerek metabolizmusának jóslásához csökkentve a gyógyszerfejlesztések idejét és költségeit. Számításaink megkönnyítik továbbá hatékonyabb gyógyszermolekulák tervezését és hatékonyabb kezelések kidolgozását.
Summary
Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.

Xenobiotics entering our body are neutralized by the cellular chemoimmune system formed by metabolic enzymes, membrane transporters, and nuclear receptors. These proteins recognize chemically different compounds, thus influencing drug absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity. The modulation of this system, which could impact the success of many therapies, is hindered by the lack of knowledge on mechanism of multidrug binding (MDB) and the network-level function of these proteins. To overcome this constraint by simulating the concentration of drugs and MDB proteins within the cell, we will develop a kinetic model of drug metabolism for the chemoimmune system. Since kinetic parameters of most drugs are not available, these parameters will be predicted using computational tools. First, drugs will be docked to MDB protein conformations generated by molecular dynamics simulations to characterize drug/protein interactions. Then we gain more accurate information on binding from simulations with the complexes. The drug residence time in the pocket and the binding energies from docking will be used to derive kinetic parameters. Beside the functional interactions of MDB proteins, their regulatory connections are also important and will be studied by identification of drug exposure dependent expression patterns, using experimental data deposited in databases. Preliminary results indicate that our kinetic model can be extended to predict complex drug metabolism. In addition, the employed structural and classical systems biology approaches will reveal atomic-level determinants of multidrug recognition and describe the network-level function of MDB proteins.

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.

To avoid expensive and time consuming drug development leading to inefficient therapies caused by the chemoimmune system, predicting drug metabolism and drug interactions in this network is very important. Conventional approaches investigating a given protein of the chemoimmune system or using a single structure of a single protein for describing drug/protein interactions fail this prediction. In contrast, we employ structural and classical systems biology approaches to characterize the networking of MDB proteins and their interactions with drugs.

1. Knowledge on the concentration level and life time of a therapeutic drug and its intermediates in the cell is important but difficult to determine experimentally. We generate a mathematical model of the chemoimmune system for in silico predictions. The model will be extended to predict drug-drug interactions also.

2. Availability of experimentally determined parameters for kinetic modeling of MDB proteins is highly limited. We will derive parameters from docking of molecules to conformational ensembles and from molecular dynamics simulations of complexes. Beside the kinetic parameters, these studies will provide insights into the atomic-level function of these proteins and the determinants of promiscuous drug binding.

3. The regulation of the functional interaction and expression of MDB proteins is largely unexplored. We characterize these aspects in the chemoimmune system using systems biology tools employing public data of gene expression profiling and Next Generation Sequencing experiments. The results will enable designing novel, network-based strategies for either drug development or therapy.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.

Understanding the network-level function of the chemoimmune system and the mechanism of multidrug binding will help in better prediction of drug metabolism and drug interactions and selection of drugs for combination therapies. The results of the projects will be important not only for financial considerations in drug development but also for improving treatments. The importance of our studies is the following:

1. The kinetic model will describe the temporal behavior of the cellular chemoimmune system and reveal complex phenomena not detectable without mathematical modeling. Our preliminary results suggest that our model can serve as a basis for more complex models to predict drug metabolism.

2. The observations by the kinetic model will signal bottlenecks in the function of the chemoimmune system. Thus the identified nodes and reactions can be targeted to modulate the function of the network. In the case of a therapeutic treatment the silenced drug metabolism may result in a prolonged action of the applied drug. While in the case of poisoning, the function could be stimulated for detoxification.

3. Our docking and MD simulations will contribute to understanding the mechanism of promiscuous drug binding at the atomic-level. They also aid to uncover the mechanism of MDB protein action. The results will help in decreasing drug development efforts by better prediction of drug/protein interactions.

4. A high quality set of data on substrates or ligands of MDB proteins will be collected and made available for the public as a web database.

5. Regulatory connections in the chemoimmune system will be identified that will contribute to understanding the cellular chemodefense and designing approaches to modulate its function. E.g. when a node is identified to regulate the expression of a specific set of MDB proteins, application of one inhibitor against the regulatory node may be more effective than inhibition of individual MDB proteins.

6. Correlations in expression patterns and drug properties will reveal whether the chemoimmune system gives a general stress response or a fine tuned action to drug exposure. This knowledge influences decision making in drug design.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NKFI in order to inform decision-makers, media, and the taxpayers.

Toxic and therapeutic compounds entering our cells are neutralized by the chemoimmune system formed by different proteins. These proteins recognize thousands of chemically different compounds eliminating them from our body. This function is advantageous in the case of toxic compounds, while seriously disadvantageous in the case of therapeutic drugs, since this system convert anti-cancer, anti-HIV drugs, and antidepressants, etc. into an ineffective form making the therapy inefficient or even unsuccessful. The design of drugs avoiding this chemodefense system and prediction of drug interactions are hindered by the lack of knowledge regarding the network-level function and atomic-level mechanism of multidrug binding proteins. We will generate a mathematical model to describe the function of this network. In silico docking and molecular dynamics simulations will be performed to study the atomic-level interaction of drugs with the multidrug binding proteins forming the chemoimmune system. The regulatory connections of these proteins will be investigated using systems biology tools. Our results will help in predicting drug metabolism and drug interactions leading to decreased time and costs of drug development. Moreover, they contribute to designing of more effective drugs thus to more effective treatments.





 

Final report

 
Results in Hungarian
Munkánk során a sejtes kemo-immun (ChI) rendszert, amelyet metabolikus enzimek, membrán transzporterek és transzkripciós faktorok alkotnak, számításos módszerekkel tanulmányoztuk. Ezek a fehérjék kémiailag eltérő molekulákat ismernek fel szubsztrátként, így jelentős hatással vannak gyógyszerek felszívódására, eloszlására, metabolizmusára, kiválasztására és toxicitására. E széleskörű szubsztrátfelismerés jellemzésére vegyületek kölcsönhatását vizsgáltuk olyan regulátorokkal és effektorokkal, amelyek kémiailag hasonló molekulákat ismernek fel, mint például az AhR nukleáris receptor és az ABCG2 multidrog transzporter. Elsőként létrehoztunk egy megalapozott ABCG2 szerkezeti modellt, s molekuláris dinamikai szimulációkkal jellemeztük betegséget okozó mutációk fehérje szerkezetre és dinamikára kifejtett hatását. Hálózati módszereket alkalmazva megalkottunk egy kinetikai modellt, amely kvantitív módon írja le a ChI fehérjék kölcsönhatásait. Az alapkutatási eredményeink mellett publikus eszközöket is létrehoztunk, mint amilyen az ABC fehérék tanulmányozását megkönnyítő mutációs adatbázis, a vörösvérsejtekben található membránfehérjéket magába foglaló adatbázis diagnosztikai módszerek fejlesztéséhez, és egy web-szerver membránfehérjék transzmembránrégióinak meghatározására krio-EM denzitások felhasználásával. Összefoglalva, eredményeink egy része specifikus adott fehéréjékre (pl. ABC fehérjék), más részük általánosan használható eszköz a membránfehérjék területén.
Results in English
We studied the function and regulation of the cellular chemoimmune (ChI) system formed by metabolic enzymes, membrane transporters, and transcription factors using tools of computational biology. These proteins recognize compounds with highly diverse chemical structures, thus influencing drug absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity. We described the interaction of drugs with regulators and effectors, such as the aryl-hydrocarbon receptor and the ABCG2 multidrug transporter, which recognize chemically similar compounds, to learn the atomic details of multidrug recognition. We were the first to generate a valid structural model for ABCG2 and characterized the structural effect of its disease associated point mutations using molecular dynamics simulations. Network science approaches were applied to build a complex kinetic model to characterize quantitatively the regulatory interactions between ChI proteins. In addition to basic research, our results involve publicly available resources, including a database with mutations of ABC proteins to facilitate their investigation, a database with membrane proteins present in red blood cells to support the development of diagnostic tools, and a web server for determining the membrane boundaries of membrane proteins using cryo-EM density maps. In summary, our results involve both novel data on a specific set of proteins (e.g. ABC proteins) and more generally applicable resources for the membrane protein field.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=111678
Decision
Yes





 

List of publications

 
Farkas Bianka, Csizmadia Georgina, Katona Eszter, Tusnády Gábor, Hegedűs Tamás: MemBlob database and server for identifying transmembrane regions using cryo-EM maps, BIOINFORMATICS 0: p. 0., 2019
Farkas Bianka, Tordai Hedvig, Padányi Rita, Tordai Attila, Gera János, Paragi Gábor, Hegedűs Tamás: Discovering the chloride pathway in the CFTR channel, CELLULAR AND MOLECULAR LIFE SCIENCES 0: p. 0., 2019
Csizmadia Georgina, Farkas Bianka, Spagina Zoltán, Tordai Hedvig, Hegedűs Tamás: Quantitative comparison of ABC membrane protein type I exporter structures in a standardized way, COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL 16: pp. 396-403., 2018
Zámbó B, Bartos Z, Mózner O, Szabó E, Várady G, Poór G, Pálinkás M, Andrikovics H, Hegedűs T, Homolya L, Sarkadi B: Clinically relevant mutations in the ABCG2 transporter uncovered by genetic analysis linked to erythrocyte membrane protein expression, SCIENTIFIC REPORTS 8: (1) 7487, 2018
Gamberucci A, Marcolongo P, Nemeth CE, Zoppi N, Szarka A, Chiarelli N, Hegedus T, Ritelli M, Carini G, Willaert A, Callewaert BL, Coucke PJ, Benedetti A, Margittai E, Fulceri R, Banhegyi G, Colombi M: GLUT10-Lacking in Arterial Tortuosity Syndrome-Is Localized to the Endoplasmic Reticulum of Human Fibroblasts., INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 18: (8) 1820, 2017
Schwaner E, Nemeth Z, Jani PK, Kajdacsi E, Debreczeni ML, Doleschall Z, Dobo J, Gal P, Rigo J, Andras K, Hegedus T, Cervenak L: Transcriptome analysis of inflammation-related gene expression in endothelial cells activated by complement MASP-1., SCIENTIFIC REPORTS 7: (1) 10462, 2017
Szöllosi D, Chiba P, Szakács G, Stockner T, Hegedus T: Mechanism of drug transport by ABC multidrug proteins in structural perspectives, AMINO ACIDS PEPTIDES AND PROTEINS 41: pp. 152-187., 2017
Tordai H, Jakab K, Gyimesi G, András K, Brózik A, Sarkadi B, Hegedus T: ABCMdb reloaded: Updates on mutations in ATP binding cassette proteins, DATABASE-JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION 2017: (1) bax023, 2017
Tordai H, Leveles I, Hegedus T: Molecular dynamics of the cryo-EM CFTR structure, BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 491: (4) pp. 986-993., 2017
László L, Sarkadi B, Hegedüs T: Jump into a new fold-A homology based model for the ABCG2/BCRP multidrug transporter, PLOS ONE 11: (10) e0164426, 2016
Macalou S, Robey RW, Jabor Gozzi G, Shukla S, Grosjean I, Hegedus T, Ambudkar SV, Bates SE, Di Pietro A: The linker region of breast cancer resistance protein ABCG2 is critical for coupling of ATP-dependent drug transport, CELLULAR AND MOLECULAR LIFE SCIENCES 73: (9) pp. 1927-1937., 2016
Söveges B, Imre T, Szende T, Póti Á L, Cserép G B, Hegedűs T, Kele P, Németh K: Systematic study of protein labeling by fluorogenic probes using cysteine targeting vinyl sulfone-cyclooctyne tags, ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY 14: (25) pp. 6071-6078., 2016
Szakács G, Hegedűs T, Sarkadi B: Inborn Errors of the Cellular Expression and Localization of ABCG2 and ABCB6. A Database for ABC Transporter Mutations, In: Anthony, George (szerk.) ABC Transporters - 40 Years on 2016, Springer International Publishing (2016) pp. 341-355., 2016
Szollosi D, Erdei A, Gyimesi G, Magyar C, Hegedus T: Access Path to the Ligand Binding Pocket May Play a Role in Xenobiotics Selection by AhR., PLOS ONE 11: (1) e0146066, 2016
Hegedüs C, Telbisz A, Hegedus T, Sarkadi B, Özvegy-Laczka C: Lipid Regulation of the ABCB1 and ABCG2 Multidrug Transporters, ADVANCES IN CANCER RESEARCH 125: pp. 97-137., 2015
Hegedus T, Chaubey PM, Varady G, Szabo E, Saranko H, Hofstetter L, Roschitzki B, Stieger B, Sarkadi B: Inconsistencies in the red blood cell membrane proteome analysis: generation of a database for research and diagnostic applications., DATABASE-JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION 2015: bav056, 2015
Tóth A, Brózik A, Szakács G, Sarkadi B, Hegedûs T: A novel mathematical model describing adaptive cellular drug metabolism and toxicity in the chemoimmune system, PLOS ONE 10: (2) e0115533, 2015
Zámbó B, Bartos Z, Mózner O, Szabó E, Várady G, Poór G, Pálinkás M, Andrikovics H, Hegedűs T, Homolya L, Sarkadi B: Clinically relevant mutations in the ABCG2 transporter uncovered by genetic analysis linked to erythrocyte membrane protein expression, Sci Rep. 8(1):7487., 2018
Csizmadia G, Farkas B, Spagina Z, Tordai H, Hegedűs T: Quantitative comparison of ABC membrane protein type I exporter structures in a standardized way, Comput Struct Biotechnol J. 16:396-403, 2018
Farkas B, Gera J, Paragi G, Tordai H, Hegedűs T: Characterization of the CFTR chloride channel, ITTS Inaugural Conference, Vienna, Austria, 2018
Schwaner E, Nemeth Z, Jani PK, Kajdacsi E, Debreczeni ML, Doleschall Z, Dobo J, Gal P, Rigo J, Andras K, Hegedus T, Cervenak L: Transcriptome analysis of inflammation-related gene expression in endothelial cells activated by complement MASP-1., SCI REP 7: (1) , 2017
Szöllosi D, Chiba P, Szakács G, Stockner T, Hegedus T: Mechanism of drug transport by ABC multidrug proteins in structural perspectives, AMINO ACIDS PEPT PROTEIN 41: 152-187, 2017
Tordai H, Jakab K, Gyimesi G, András K, Brózik A, Sarkadi B, Hegedus T: ABCMdb reloaded: Updates on mutations in ATP binding cassette proteins, DATABASE-OXFORD 2017: (1) , 2017
Tordai H, Leveles I, Hegedus T: Molecular dynamics of the cryo-EM CFTR structure., BIOCHEM BIOPH RES CO 491: (4) 986-993, 2017
László L, Sarkadi B, Hegedüs T: Jump into a new fold-A homology based model for the ABCG2/BCRP multidrug transporter, PLOS ONE 11: (10) , 2016
Macalou S, Robey RW, Jabor Gozzi G, Shukla S, Grosjean I, Hegedus T, Ambudkar SV, Bates SE, Di Pietro A: The linker region of breast cancer resistance protein ABCG2 is critical for coupling of ATP-dependent drug transport, CELL MOL LIFE SCI 73: (9) 1927-1937, 2016
Söveges B, Imre T, Szende T, Póti Á L, Cserép G B, Hegedűs T, Kele P, Németh K: Systematic study of protein labeling by fluorogenic probes using cysteine targeting vinyl sulfone-cyclooctyne tags, ORG BIOMOL CHEM 14: (25) 6071-6078, 2016
Szöllosi D, Chiba P, Szakács G, Stockner T, Hegedus T: Mechanism of drug transport by ABC multidrug proteins in structural perspectives, AMINO ACIDS PEPT PROTEIN 41: 152-187, 2016
Szollosi D, Erdei A, Gyimesi G, Magyar C, Hegedus T: Access Path to the Ligand Binding Pocket May Play a Role in Xenobiotics Selection by AhR., PLOS ONE 11: (1) e0146066, 2016
Hegedüs C, Telbisz A, Hegedus T, Sarkadi B, Özvegy-Laczka C: Lipid Regulation of the ABCB1 and ABCG2 Multidrug Transporters, ADV CANCER RES 125: 97-137, 2015
Hegedus T, Chaubey PM, Varady G, Szabo E, Saranko H, Hofstetter L, Roschitzki B, Stieger B, Sarkadi B: Inconsistencies in the red blood cell membrane proteome analysis: generation of a database for research and diagnostic applications., DATABASE-OXFORD 2015: bav056, 2015
Macalou S, Robey RW, Jabor Gozzi G, Shukla S, Grosjean I, Hegedus T, Ambudkar SV, Bates SE, Di Pietro A: The linker region of breast cancer resistance protein ABCG2 is critical for coupling of ATP-dependent drug transport., CELL MOL LIFE SCI 1: 0, 2015
Tóth A, Brózik A, Szakács G, Sarkadi B, Hegedûs T: A novel mathematical model describing adaptive cellular drug metabolism and toxicity in the chemoimmune system, PLOS ONE 10: (2) , 2015





 

Events of the project

 
2018-09-17 10:07:26
Résztvevők változása
2018-08-03 08:50:31
Résztvevők változása
2018-03-23 12:05:03
Résztvevők változása
2017-07-27 12:50:35
Résztvevők változása
2017-02-27 09:34:01
Résztvevők változása
2015-10-27 08:06:41
Résztvevők változása
2015-05-26 08:05:22
Résztvevők változása




Back »