Investigation of genetically undiagnosed mitochondrial diseases associated with the functional impairment of the respiratory chain with use of next generation molecular genetic methods (WES)
A respiratórikus lánc funkcionális károsodásával járó ismeretlen eredetű mitokondriális betegségeinek vizsgálata új generációs módszerekkel
Title in English
Investigation of genetically undiagnosed mitochondrial diseases associated with the functional impairment of the respiratory chain with use of next generation molecular genetic methods (WES)
Keywords in Hungarian
mitokondriális, respiratórikus lánc, új generációs módszerek, teljes exom szekvenálás
Keywords in English
mitochondrial, respiratory chain, next generation methods, whole exome sequencing
Discipline
Public health, health services, environmental and occupational medicine, epidemiology, medical ethics
(Council of Medical and Biological Sciences)
100 %
Ortelius classification: Rare diseases
Panel
Molecular and Structural Biology and Biochemistry
Department or equivalent
Insitute of Medical Genetics (University of Pécs)
Starting date
2014-09-01
Closing date
2016-08-31
Funding (in million HUF)
4.338
FTE (full time equivalent)
0.41
state
running project
Final report
Results in Hungarian
A kutatási támogatás első hét hónapjában a kutatási terv alábbi pontjaiban értünk el eredményeket: 1. Biobankunk bővítése, a mitokondriális betegek fenotípusos és biokémiai karakterizálása
2. Teljes exom szekvenálás: a 3 évre kitűzött 20 ismeretlen mitokondriális betegségben szenvedő esetből a 7 hónap alatt a NeurOmics FP7 program keretében a müncheni Helmholtz Zentrumban eddig 5 genetikailag nem azonosított magyar mitokondriális beteg teljes exom szekvenálását végeztük el. Az 5 esetből eddig 3 esetben jutottunk egyértelmű diagnózishoz. mindegyik esetben egy nagyon ritka kórképet azonosítottunk.
A familiáris ismeretlen eredetű myopathiás fenotípust mutató magyar családjainknál a kanadai Care4Rare projekt révén 7 neuromuskularis esetünkből egy esetben WES analízissel egy nagyon ritka myopathiára derült fény, az eset publikációja folyamatban van.
3. A kapott WES adatok kiértékelését, a kapott eltérések konfirmálását és szegregáció-analízisét, az ismert génmutációknál a fenotípus-genotípus korreláció elemzését, hasonló fenotípusú betegek gyűjtését és célzott vizsgálatát, valamint az új mutációknál predikciós szoftveranalízisek alkalmazását intézetünkben végeztük el.
Sajnos a funkcionális (proteomikai és iPSC) vizsgálatokra nem került sor.
Results in English
In our project we aimed to investigate the complex molecular background of a selected group of Hungarian patients with genetically yet unidentified mitochondrial disease with the approach of next generation methods, whole exome sequencing and proteomic studies.
In the first 7 months of the research support we could reach the following goals of our project:
1. Extending our neuromuscular biobank, phenotypic and biochemical characterization of our mitochondrial cohort
2. WES or targeted NGS sequencing: out of the 20 patients with undiagnosed mitochondrial disease aimed to be characterized in 3 years we were able to perform WES in 5 cases with the help of the NeurOmics FP7 project in the Helmholtz Institute in Munich. Out of the 5 cases we were able to come to a probable molecular genetic diagnosis identifying a rare disease in 3 cases.
In our cohort of Hungarian patients with yet unidentified myopathies a cooperation with the Care4Rare Canadian project yielded the diagnosis of a rare mitochondrial myopathy in one case so far.
3. The analyis of the WES data as well as the cosegregation studies were all performed at our institute. We also analyzed phenotype-genotpye correlations and started to collect patients with similar phenotypes. For new mutations prediction softwares were used successfully.
Unfortunately, due to the termination of the project no functional analyses (e.g. proteomics or iPSC generation) have been performed.
Lechno S, de la Maison I, Komlosi K, Pollak-Hainz A, Läßig A, Schweiger S, Keilmann A, Bartsch O, Zechner U.: Targeted Next-Generation Sequencing of 151 genes in molecular diagnostics of hereditary hearing loss., 18. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Audiologie, 2015. március 4-6., Bochum, Németország, 2015
Komlósi K, Hadzsiev K, Haack T, Pöstyéni E, Bene J, Szabó A, Czakó M, Fónai F, Meitinger T, Melegh B.: Exome sequencing identifies TMEM70 deficiency in a Hungarian Roma family with severe congenital lactic acidosis., Meeting of the European Society of Human Genetics, Glasgow, June 2015, Eur J Hum Genet. Vol. 23 Suppl. 1, 144., 2015
