Using OMICS approach for the analysis of viral gene expression  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
128252
Type FK
Principal investigator Tombácz, Dóra
Title in Hungarian Vírus génexpresszió-analízis különböző OMIKÁ-kal
Title in English Using OMICS approach for the analysis of viral gene expression
Keywords in Hungarian DNS-vírusok, RNS-vírusok, hosszú-read szekvenálás, szabályozó RNS-ek, DNS-metiláció, homológ rekombináció, CRISPR/Cas9 technológia
Keywords in English DNA viruses, RNA viruses, long-read sequencing, regulatory RNAs, DNA methylation, homologous recombination, CRISPR/Cas9 technology
Discipline
Transcriptomics (Council of Medical and Biological Sciences)60 %
Epigenetics and gene regulation (Council of Medical and Biological Sciences)30 %
Bioinformatics (Council of Medical and Biological Sciences)10 %
Panel Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent Department of Medical Biology (University of Szeged)
Participants Boldogkői, Zsolt
Csabai, Zsolt
Dénes, Béla
Jakab, Ferenc
Kakuk, Balázs
Kalmár, Tibor
Megyeri, Klára
Moldován, Norbert
Prazsák, István
Szűcs, Attila
Starting date 2018-09-01
Closing date 2023-02-28
Funding (in million HUF) 27.000
FTE (full time equivalent) 10.97
state running project





 

Final report

  
Results in Hungarian
A projekt során számos víruscsalád tagjai dinamikus transzkriptomának feltérképezését végeztük a legmodernebb technológiákkal és elemeztük a vírusok gazdasejtre gyakorolt hatását. Technikai fejlesztéseket is eszközöltünk és az időközben megjelenő technikákat elsőként/elsők között integráltuk virológiai alkalmazásokra. Hagyományos, rövid-read szekvenálás mellett, különféle hosszú-read szekvenálási (LRS) metodikákat alkalmaztunk (PacBio, Oxford Nanopore Technologies, LoopSeq szintetikus LRS módszert). E platformokon számos könyvtárkészítési technikát (pl. direkt RNS szekvenálás) és kiegészítő technikákat (pl. CAGE, Cap analízis, qPCR) alkalmaztunk. Ezen integrált technológiai megközelítés lehetővé tette az egyes vírusok közel teljes transzkriptomának feltárását. Elsősorban az LRS technikának köszönhetően igen nagyszámú RNS izoformát azonosítottunk, ideértve a hossz- és splice variánsokat. Óriási mértékű transzkripciós átfedési hálózatokat fedeztünk fel, ami arra utal, hogy a transzkripciós apparátusok az átírás során kölcsönhatásba lépnek egymással. Továbbá, új, potenciálisan fehérje kódoló, illetve nem kódoló RNS-eket fedeztünk fel. Ezek közül kiemelem a replikációs origók (Ori) körüli nem kódoló RNS-eket, illetve a hosszú mRNS izoformákat, amelyek vagy átfedik az Ori-t, vagy pedig a transzkripciójuk abból indul, ami a replikációs és transzkripciós apparátus kölcsönhatására utal. Összefoglalva: minden vizsgált víruscsaládnál nagyfokú transzkripciós komplexitást írtunk le.
Results in English
In this project, we have analyzed the dynamic transcriptomes of the members of several viral families using cutting edge technologies. We have also examined the effect of viral infection on host cells. Additionally, we have carried out several technical developments and we were the first to integrate techniques to viral transcriptomics, commercialized during the project. Besides the traditional short-read sequencing, we applied various long-read sequencing (LRS) approaches (PacBio, Oxford Nanopore Technologies, LoopSeq synthetic LRS approach). Several library preparation (e.g. direct RNA-seq) and auxiliary (CAGE, Cap analysis, qPCR) techniques have also been applied. This integrated technological approach made it possible to reveal transcriptome architecture of each virus. Due primarily to the LRS technique, we identified a large number of novel RNA isoforms, including lenght- and splice variants. We have discovered an enormously complex network of transcriptional overlaps, which implies an interaction between the transcriptional apparatuses. Furthermore, we have discovered novel, potential protein coding, and non-coding RNAs, of which one of the most interesting transcripts overlap or initiated within the replication origins (Oris). These overlaps potentially indicate an interference between the replication and transcription machineries. In sum, a high degree of transcriptional complexity was described for all examined viral families.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=128252
Decision
Yes





 

List of publications

  
Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Balázs Zsolt, Gulyás Gábor, Csabai Zsolt, Boldogkői Miklós, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Multiple Long-Read Sequencing Survey of Herpes Simplex Virus Dynamic Transcriptome, Frontiers in Genetics, 2019
Tombácz Dóra, Prazsák István, Szűcs Attila, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Dynamic transcriptome profiling dataset of vaccinia virus obtained from long-read sequencing techniques, GigaScience, 2018
Boldogkői Zsolt, Moldován Norbert, Szűcs Attila, Tombácz Dóra: Transcriptome-wide analysis of a baculovirus using nanopore sequencing., Scientific Data, 2018
Boldogkői Zsolt, Balázs Zsolt, Moldován Norbert, Prazsák István, Tombácz Dóra: Novel classes of replication-associated transcripts discovered in viruses, RNA Biology, 2019
Boldogkői Zsolt, Moldován Norbert, Balázs Zsolt, Michael Snyder, Tombácz Dóra: Long-Read Sequencing - A Powerful Tool in Viral Transcriptome Research., Trends in Microbiology, 2019
Balázs Zsolt, Tombácz Dóra, Csabai Zsolt, Moldován Norbert, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Template-switching artifacts resemble alternative polyadenylation, BMC Genomics, 2019
Tombácz Dóra, Torma Gábor, Gulyás Gábor, Moldován Norbert, Snyder Michael, Boldogkői Zsolt: Meta-analytic approach for transcriptome profiling of herpes simplex virus type 1, Scientific Data, 2020
Olasz Ferenc, Tombácz Dóra, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Moldován Norbert, Dörmő Ákos, Prazsák István, Mészáros István, Magyar Tibor, Tamás Vivien, Zádori Zoltán, Boldogkői Zsolt: Short and Long-Read Sequencing Survey of the Dynamic Transcriptomes of African Swine Fever Virus and the Host Cells, Frontiers in Genetics, 2020
Tombácz Dóra, Prazsák István, Csabai Zsolt, Moldován Norbert, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Long-read assays shed new light on the transcriptome complexity of a viral pathogen, Scientific Reports, 2020
Tombácz Dóra, Torma Gábor, Gulyás Gábor, Moldován Norbert, Snyder Michael, Boldogkői Zsolt: Meta-analytic approach for transcriptome profiling of herpes simplex virus type 1, Scientific Data, 2020
Olasz Ferenc, Tombácz Dóra, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Moldován Norbert, Dörmő Ákos, Prazsák István, Mészáros István, Magyar Tibor, Tamás Vivien, Zádori Zoltán, Boldogkői Zsolt: Short and Long-Read Sequencing Survey of the Dynamic Transcriptomes of African Swine Fever Virus and the Host Cells, Frontiers in Genetics, 2020
Tombácz Dóra, Prazsák István, Csabai Zsolt, Moldován Norbert, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Long-read assays shed new light on the transcriptome complexity of a viral pathogen, Scientific Reports, 2020
Moldován Norbert, Torma Gábor, Gulyás Gábor, Hornyák Ákos, Zádori Zoltán, Victoria A Jefferson, Csabai Zsolt, Boldogkői Miklós,Tombácz Dóra, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: Time-course profiling of bovine alphaherpesvirus 1.1 transcriptome using multiplatform sequencing, Scientific Reports, 2020
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Csabai Zsolt, Göbhardter Dániel, Deim Zoltán, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: An Integrated Sequencing Approach for Updating the Pseudorabies Virus Transcriptome, Pathogens, 2021
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Csabai Zsolt,Moldován Norbert, Mészáros István, Zádori Zoltán, Boldogkői Zsolt: Combined Short and Long-Read Sequencing Reveals a Complex Transcriptomic Architecture of African Swine Fever Virus, Viruses, 2021
Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Torma Gábor, Nagy Tibor, Hornyák Ákos, Csabai Zsolt, Gulyás Gábor, Boldogkői Miklós, Victoria A Jefferson, Zádori Zoltán, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: Dynamic Transcriptome Sequencing of Bovine Alphaherpesvirus Type 1 and Host Cells Carried Out by a Multi-Technique Approach, Frontiers in Genetics, 2021
Maróti Zoltán, Tombácz Dóra, Prazsák István, Moldován Norbert, Csabai Zsolt, Torma Gábor, Balázs Zsolt, Kalmár Tibor, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Time-course transcriptome analysis of host cell response to poxvirus infection using a dual long-read sequencing approach, BMC Research Notes, 2021
Maróti Zoltán, Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Torma Gábor, Victoria A. Jefferson, Csabai Zsolt, Gulyás Gábor, Dörmő Ákos, Boldogkői Miklós, Kalmár Tibor, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: Time course profiling of host cell response to herpesvirus infection using nanopore and synthetic long-read transcriptome sequencing, Scientific Reports, 2021
Kakuk Balázs, Tombácz Dóra, Balázs Zsolt, Moldován Norbert, Csabai Zsolt, Torma Gábor, Megyeri Klára, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Combined nanopore and single-molecule real-time sequencing survey of human betaherpesvirus 5 transcriptome, Scientific Reports, 2021
Tombácz Dóra, Prazsák István, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Balázs Zsolt, Moldován Norbert, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Time-Course Transcriptome Profiling of a Poxvirus Using Long-Read Full-Length Assay, Pathogens, 2021
Kakuk Balázs, Kiss András Attila, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Prazsák István, Mizik Máté, Megyeri Klára, Tombácz Dóra, Boldogkői Zsolt: Nanopore Assay Reveals Cell-Type-Dependent Gene Expression of Vesicular Stomatitis Indiana Virus and Differential Host Cell Response, Pathogens, 2021
Boldogkői Zsolt, Csabai Zsolt, Tombácz Dóra, Janovák László, Balassa Lilla, Deák Ágota, Tóth Péter S, Janáky Csaba, Duda Ernő, Dékány Imre: Visible Light-generated Antiviral Effects on Plasmonic TiO2-based Reactive Nanocomposite Thin Films, Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2021
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Csabai Zsolt, Göbhardter Dániel, Deim Zoltán, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: An Integrated Sequencing Approach for Updating the Pseudorabies Virus Transcriptome, Pathogens, 2021
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Csabai Zsolt,Moldován Norbert, Mészáros István, Zádori Zoltán, Boldogkői Zsolt: Combined Short and Long-Read Sequencing Reveals a Complex Transcriptomic Architecture of African Swine Fever Virus, Viruses, 2021
Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Torma Gábor, Nagy Tibor, Hornyák Ákos, Csabai Zsolt, Gulyás Gábor, Boldogkői Miklós, Victoria A Jefferson, Zádori Zoltán, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: Dynamic Transcriptome Sequencing of Bovine Alphaherpesvirus Type 1 and Host Cells Carried Out by a Multi-Technique Approach, Frontiers in Genetics, 2021
Maróti Zoltán, Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Torma Gábor, Victoria A. Jefferson, Csabai Zsolt, Gulyás Gábor, Dörmő Ákos, Boldogkői Miklós, Kalmár Tibor, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: Time course profiling of host cell response to herpesvirus infection using nanopore and synthetic long-read transcriptome sequencing, Scientific Reports, 2021
Kakuk Balázs, Tombácz Dóra, Balázs Zsolt, Moldován Norbert, Csabai Zsolt, Torma Gábor, Megyeri Klára, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Combined nanopore and single-molecule real-time sequencing survey of human betaherpesvirus 5 transcriptome, Scientific Reports, 2021
Tombácz Dóra, Prazsák István, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Balázs Zsolt, Moldován Norbert, Dénes Béla, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Time-Course Transcriptome Profiling of a Poxvirus Using Long-Read Full-Length Assay, Pathogens, 2021
Kakuk Balázs, Kiss András Attila, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Prazsák István, Mizik Máté, Megyeri Klára, Tombácz Dóra, Boldogkői Zsolt: Nanopore Assay Reveals Cell-Type-Dependent Gene Expression of Vesicular Stomatitis Indiana Virus and Differential Host Cell Response, Pathogens, 2021
Boldogkői Zsolt, Csabai Zsolt, Tombácz Dóra, Janovák László, Balassa Lilla, Deák Ágota, Tóth Péter S, Janáky Csaba, Duda Ernő, Dékány Imre: Visible Light-generated Antiviral Effects on Plasmonic TiO2-based Reactive Nanocomposite Thin Films, Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2021
Fülöp Ádám, Torma Gábor, Moldován Norbert, Szenthe Kálmán, Bánáti Ferenc, Almsarrhad Islam AA, Csabai Zsolt, Tombácz Dóra, Minárovits János, Boldogkői Zsolt: Integrative profiling of Epstein-Barr virus transcriptome using a multiplatform approach, Virology Journal, 2022
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Moldován Norbert, Fülöp Ádám, Prazsák István, Csabai Zsolt, Michael Snyder, Boldogkői Zsolt: Dual isoform sequencing reveals complex transcriptomic and epitranscriptomic landscapes of a prototype baculovirus, Scientific Reports, 2022
Koopmans F, Prjibelski AD, Mikheenko A, Belchikov N, Jarroux J, Lucas AB, Palkovits Miklós, Luo W, Milner TA, Ndhlovu LC, Smit AB, Trojanowski JQ, Lee VMY, Fedrigo O, Sloan SA, Tombácz Dóra, Ross ME, Jarvis E, Boldogkői Zsolt, Gan L, Tilgner HU.: Single-nuclei isoform RNA sequencing unlocks barcoded exon connectivity in frozen brain tissue, Nature Biotechnology, 2022
Tombácz Dóra, Kakuk Balázs, Torma Gábor, Csabai Zsolt, Gulyás Gábor, Tamás Vivien, Zádori Zoltán, Victoria A. Jefferson, Florencia Meyer, Boldogkői Zsolt: In-Depth Temporal Transcriptome Profiling of an Alphaherpesvirus Using Nanopore Sequencing, Viruses, 2022
Prazsák István, Csabai Zsolt, Torma Gábor, Papp Henrietta, Földes Fanni, Kemenesi Gábor, Jakab Ferenc, Gulyás Gábor, Fülöp Ádám, Megyeri Klára, Dénes Béla, Boldogkői Zsolt, Tombácz Dóra: Transcriptome dataset of six human pathogen RNA viruses generated by nanopore sequencing, Data in Brief, 2022
Hardwick SA, Hu W, Joglekar A, Fan L, Collier PG, Foord C, Balacco J, Lanjewar S, Sampson MM, Koopmans F, Prjibelski AD, Mikheenko A, Belchikov N, Jarroux J, Lucas AB, Palkovits Miklós, Luo W, Milner TA, Ndhlovu LC, Smit AB, Trojanowski JQ, Lee VMY, Fedrigo O, Sloan SA, Tombácz Dóra, Ross ME, Jarvis E, Boldogkői Zsolt, Gan L, Tilgner HU.: Single-nuclei isoform RNA sequencing unlocks barcoded exon connectivity in frozen brain tissue, Nature Biotechnology, 2022
Tombácz D, Dörmő Á, Gulyás G, Csabai Z, Prazsák I, Kakuk B, Harangozó Á, Jankovics I, Dénes B, Boldogkői Z.: High temporal resolution Nanopore sequencing dataset of SARS-CoV-2 and host cell RNAs, GigaScience, 2022
Tombácz Dóra, Torma Gábor, Gulyás Gábor, Fülöp Ádám, Dörmő Ákos, Prazsák István, Csabai Zsolt, Mizik Máté, Hornyák Ákos, Zádori Zoltán, Kakuk Balázs, Boldogkői Zsolt: Hybrid Sequencing Reveals Novel Features in the Transcriptomic Organization of Equid Alphaherpesvirus, Heliyon (Preprint), 2022
Kakuk Balázs, Dörmő Ákos, Csbai Zsolt, Kemenesi Gábor, Jiří Holoubek, Daniel Růžek, Prazsák István, Dani Virág Éva, Dénes Béla, Torma Gábor, Jakab Ferenc, Tóth Gábor Endre, Földes Fanni, Zana Brigitta, Lanszki Zsófia, Harangozó Ákos, Fülöp Ádám, Harangozó Ákos, Mizik Máté, Kiss András Attila, Tombácz Dóra, Boldogkői Zsolt: In-depth Temporal Transcriptome Profiling of Monkeypox and Host Cells using Nanopore Sequencing, bioRxiv, 2022
Torma Gábor, Tombácz Dóra, Islam AA Almsarrhad, Csabai Zsolt, Nagy Gergely Ármin, Kakuk Balázs, Gulyás Gábor, Lauren McKenzie Spires, Ishaan Gupta, Fülöp Ádám, Dörmő Ákos, Prazsák István, Mizik Máté, Dani Virág Éva, Csányi Viktor, Zádori Zoltán, Toth Zsolt, Boldogkői Zsolt: Novel Herpesvirus Transcripts with Putative Regulatory Roles in DNA Replication and Global Transcription, bioRxiv, 2023




 

Events of the project

  
2020-07-20 18:04:54
Résztvevők változása



Back »