Proteomics (Council of Medical and Biological Sciences)
100 %
Panel
Science Patronage - subprogram 1
Department or equivalent
Institute of Organic Chemistry (Research Center of Natural Sciences)
Starting date
2021-12-01
Closing date
2022-11-30
Funding (in million HUF)
1.497
FTE (full time equivalent)
0.00
state
closed project
Summary in Hungarian
A projekt keretében látogatni tervezett nemzetközi tudományos/innovációs rendezvény bemutatása és a tervezett részvétel ismertetése Mutassa be a nemzetközi rendezvény jellegét, célját, szervezőit és jelentőségét a nemzetközi tudományos életben. Ismertesse a részvétel célját (pl. előadás, poszter, egyéb aktivitás), a rendezvényen való részvétel várható hatását és jelentőségét a saját kutatói karrier építésében. A MEC_R_21 projekt keretében egy nemzetközi MaxQuant nyári iskolán, a Max-Planck Institute of Biochemistry - Computational Systems Biochemistry szervezésű 13th International Summer School on Computational Mass Spectrometry-Based Proteomics (München, Németország), valamint egy nemzetközi konferencián, az Amerikai Tömegspektrometriai Társaság szervezésében megrendezett ASMS Konferencián (Minneapolis, Minnesota, USA) tervezek részt venni. A MaxQuant nyári iskola egy évente megrendezésre kerülő öt napos képzés, amelyen a résztvevők a tömegspektrometria alapú proteomikai adatok kifinomult kvantitatív analízisében mélyedhetnek el. A gyakorlatorientált kurzusok során, a fehérjék kvantitatív meghatározására elterjedt MaxQuant szoftver, valamint az eredmények statisztikai értékelésére hivatott Perseus szoftver kezelése sajátítható el a szoftverek fejlesztőitől, valamint neves kutatóktól. A doktori kutatási munkám fehérjék foszforilációjának vizsgálatára fókuszál, azonban a poszt-transzlációs módosítással rendelkező fehérjék kvantitatív meghatározása nagy kihívást jelentő feladat. A nyári iskolán való részvételem várhatóan új ötletekkel és bővült szakmai tudástárral megalapozza a további kutatási munkám. A nyári iskolán egy posztert is tervezek bemutatni a legújabb kutatási eredményeimről. Évről-évre az ASMS Konferencián gyűlnek össze a legkiválóbb tömegspektrometriával foglalkozó szakemberek, hogy megvitassák legújabb elméleti és gyakorlati kutatásaikat. A konferencián a rendszerint 4-5000 résztvevő mellett közel 100 kiállító cég is részt vesz, betekintést nyújtva ezzel az aktuális készülék- és módszerfejlesztésekbe. A konferencia keretein belül egy rövid kurzus is megrendezésre kerül, ahol egy szűkebb szakterületben mélyedhetünk el. A konferencián a legújabb kutatási eredményeimet egy posztert formájában tervezem bemutatni. Az ASMS Konferencia nagyszerű lehetőséget biztosít számomra a legújabb kutatások betekintésébe, valamint jelentős nemzetközi kapcsolatok kiépítésére.
A projekt összefoglalója, célkitűzései laikusok számára Adjon egy rövid, közérthető ismertetést a látogatni tervezett nemzetközi rendezvényről, illetve a részvétel céljáról, várható eredményeiről. A MEC_R_21 projekt keretében egy nemzetközi nyári iskolán, a 13th International Summer School on Computational Mass Spectrometry-Based Proteomics (München, Németország), valamint egy nemzetközi konferencián, az Amerikai Tömegspektrometriai Társaság szervezésében megrendezett ASMS Konferencián (Minneapolis, Minnesota, USA) tervezek részt venni. A MaxQuant nyári iskola egy évente megrendezésre kerülő öt napos képzés, amelyen a résztvevők a tömegspektrometria alapú proteomikai adatok analízisében mélyedhetnek el. A képzés során a gyakorlatorientált kurzusok segítségével elsajátíthatóvá válik a MaxQuant és a Perseus szoftverek helyes kezelése. Doktori kutatási munkám egy kulcsfontosságú része a fehérjék mennyiségének meghatározása, amihez rendszerint a MaxQuant szoftvert használjuk, valamint az eredmények statisztikai alátámasztása, amihez a Perseus szoftver nyújt segítséget. A kurzusokat maguk a szoftverek fejlesztői, valamint neves kutatók koordinálják. A MaxQuant nyári iskolán történő részvétel ezért több szempontból is elősegíti a szakmai előrehaladásom. Az ASMS Konferencia a tömegspektrometriás világ legnívósabb és legnépszerűbb rendezvénye. Évről-évre a legkiválóbb szakemberek osztják és vitatják meg egymással a legújabb kutatási eredményeiket, továbbá ezen a konferencián kerülnek bemutatásra az aktuális készülékfejlesztési projektek. A konferencia keretein belül kerül megrendezésre egy rövid kurzus is, ahol egy szűkebb szakterületről mélyíthetjük el ismereteinket. A konferencia nagyszerű lehetőséget biztosít számomra a legújabb tömegspektrometriás kutatások betekintésébe, és a későbbiekben jelentős nemzetközi kapcsolatok kiépítésére.
Summary
Presentation of the international scientific/innovation event to be visited in the project and description of the proposed participation Present the type, purpose, organizers, and significance of the international event in the scientific community. Present the purpose of the participation (e.g., paper, poster, other activity), the expected impact of the participation in the event and its significance in building your own research career. Within the project MEC_R_21, I would like to participate at the 13th International Summer School on Computational Mass Spectrometry-Based Proteomics (Munich, Germany) which is organized by the Max-Planck Institute of Biochemistry - Computational Systems Biochemistry, and also at an international conference, the ASMS Conference (Minneapolis, Minnesota, USA) which is organized by the American Society for Mass Spectrometry. The Summer School is an annual five-day training, providing participants with useful knowledge regarding sophisticated quantitative analysis of mass spectrometry-based proteomics data. During the practical parts, the performance of MaxQuant and Perseus software can be learned from software developers and experts working in the field of proteomics. Maxquant is used widespread among researchers for the quantitative analysis of proteins, and Perseus software for statistical evaluation of the results. My doctoral research focuses on studying protein phosphorylation, however, the quantitative analysis of proteins with post-translational modifications is a challenging task. My participation at the Summer School is expected to facilitate my further research work with new ideas and professional knowledge. In the poster section, I will present a poster about my latest research findings. Every year, the ASMS Conference brings together the best experts in the field of mass spectrometry to discuss their latest research. In addition to the 4-5,000 participants, nearly 100 exhibiting companies will represent themselves, providing insight into the current instrument and method developments. Within this conference, a short course will also be organized, where we can extend our knowledge about a specific mass spectrometric field. At the conference, I will present my latest research findings in the form of a poster. The ASMS Conference provides a great opportunity to gain insight into the latest research as well as build significant international connections.
Summary and aims of the project for a general audience Provide a short, general introduction to the international event to be visited, the purpose of the participation, and its expected results. As part of project MEC_R_21, I plan to attend the 13th International Summer School on Computational Mass Spectrometry-Based Proteomics (Munich, Germany), and an international conference, the ASMS Conference (Minneapolis, Minnesota, USA) organized by the American Society for Mass Spectrometry. The MaxQuant Summer School is an annual five-day training where participants can explore the analysis of proteomic data based on mass spectrometry. During the training, the effective use of MaxQuant and Perseus software can be mastered during practice-oriented courses. A key part of my doctoral research work is to determine the abundance of proteins, for this we usually use MaxQuant software, and to provide statistical support for the proteomic results, this is aided by Perseus software. The courses are coordinated by the software developers themselves as well as experts in the proteomics field. In the poster section of the Summer School, I will present a poster about my latest research findings. Attending the MaxQuant Summer School would help expand my professional progress in several ways. The ASMS Conference is the most prestigious and popular event among mass spectrometry researchers. Year after year, the best experts share and discuss their latest research results, and recent developments of mass spectrometer instrumentation are also presented at this conference. Within this conference, a short course will also be organized, where we can extend our knowledge about a specific mass spectrometry field. The conference provides a great opportunity for me to gain insight into the latest developments in mass spectrometry research and to build significant international relationships.
Final report
Results in Hungarian
A MEC_R_21 projekt keretében egy nemzetközi konferencián, az Amerikai Tömegspektrometriai Társaság szervezésében megrendezett ASMS Konferencián (Minneapolis, Minnesota, USA) vettem részt. Ez az esemény a tömegspektrometriás világ legnívósabb és legnépszerűbb rendezvénye. Évről-évre a legkiválóbb szakemberek osztják és vitatják meg egymással a legújabb kutatási eredményeiket, továbbá ezen a konferencián kerülnek bemutatásra az aktuális készülékfejlesztési projektek. A konferencián rendszerint 4-5000 résztvevő, illetve közel 100 kiállító cég vesz részt.
A konferenciát megelőzte egy két napos, választható rövid kurzus. Az általam választott kurzuson az R programnyelv elméleti, illetve gyakorlati alapjaiban mélyedtünk el. Ez nagyon hasznos volt számomra, mert az R programnyelv alkalmazása manapság már elengedhetetlen a proteomika területén. A konferencia óta alaposabban elmélyedtem az elsajátításában, és a mindennapi munkám során is használom.
A konferencián kb. napi 500 poszter került kiállításra, bemutatva számtalan érdekes kutatást. Az általam bemutatott poszter címe: „Development of Phosphoproteomic Workflow for the Analysis of FFPE Tissue Sections”. A poszterszekció kiváló lehetőséget biztosított nemzetközi kapcsolatok kiépítésére, több olyan kutatóval is megismerkedtem, akik hozzám hasonlóan, foszfoproteomikával foglalkoznak.
Összességében, ez a konferencia rendkívül tartalmas volt, sok új ismeretet, ismeretséget szereztem, valamint jelentős motivációt is adott.
Results in English
Within the project MEC_R_21, I participated at an international conference, the ASMS Conference (Minneapolis, Minnesota, USA) which is annually organized by the American Society for Mass Spectrometry. The ASMS Conference is the most prestigious and popular event among mass spectrometry researchers. Every year, the ASMS Conference brings together the best experts in the field of mass spectrometry to discuss their latest research. In addition to the 4-5,000 participants, nearly 100 exhibiting companies represent themselves, providing insight into the current instrument and method developments.
The conference was preceded by a two-day optional short course. In the course I chose, we extended our knowledge about the theoretical and practical foundations of the R programming language. This was very useful for me, because nowadays the R programming language is essential in the field of proteomics. Since the conference I regularly use it in my daily work.
At the conference approx. 500 posters were exhibited daily, presenting interesting research. The title of my poster was ‘Development of Phosphoproteomic Workflow for the Analysis of FFPE Tissue Sections’. The poster session provided an excellent opportunity to build international relationships, I met several researchers who work in the field of phosphoproteomics.
Overall, this conference was extremely useful, I gained a lot of new knowledge, international relationships, and motivation.
