Synthetic and NMR studies of peptides and carbohydrates  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
34515
Type K
Principal investigator Szilágyi, László
Title in Hungarian Szintetikus és NMR kutatások peptidek és szénhidrátok kö-rében
Title in English Synthetic and NMR studies of peptides and carbohydrates
Panel Chemistry 2
Department or equivalent Department of Organic Chemistry (University of Debrecen)
Participants E. Kövér, Katalin
Fehér, Krisztina
Györgydeák, Zoltán
Illyés, Tünde Zita
Starting date 2001-01-01
Closing date 2005-12-31
Funding (in million HUF) 8.650
FTE (full time equivalent) 0.00
state closed project





 

Final report

  
Results in Hungarian
Egy immunomoduláns peptidoglikán-monomer (PGM) lipofil származékainak konformációját 2D NMR és molekulamodellezés segítségével határoztuk meg. A szubsztituensek okozta konformáció változások a biológiai aktivitást nem befolyásolják. Bakteriális endotoxinokat (LPS) gátló LALF-14 hexadekapeptid LPS-kötődését hasonló módszerekkel vizsgálva kimutattuk, hogy a teljes LALF protein lipid-A-kötő β-lemez régiója nem előfeltétele a LALF-14 - LPS-kötődésnek. Dodekapeptidekben NOE-mérésekkel és molekulamodellezéssel aromás gyűrű - amid-H kölcsönhatásokat mutattunk ki amelyek a helikális térszerkezettel kapcsolatosak. Új típusú, háromkötéses glikozidos hidat tartalmazó glikomimetikumok első képviselőiként glikozil-diszulfidokat és -szulfénamidokat szintetizáltunk. Hidrazino-pirimidinek és aromás aldehidek acilezési reakcióban nukleozid-analóg [1,2,4]triazolo[4,5-a]pirimidin-4-on származékokat eredményeznek. Javaslatot tettünk ezen új gyűrűzárási reakció mechanizmusára. Javasoltuk a Lipari-Szabó NMR relaxációs módszer kiterjesztését. Módszerünkkel fehérjékben meghatározható a kémiai eltolódások anizotrópiája (CSA) és az ún. geometriai faktor is. Új TROSY módszert javasoltunk az NH-Hα csatolási állandók mérésére fehérjékben. Érzékeny, és pontos NMR módszereket fejlesztettünk ki gyengén orientált közegben maradék dipoláris csatolások, és diasztereotóp metilén-proton csatolások dipoláris járulékainak mérésével az új glikomimetikumok térszerkezetének jellemzésére.
Results in English
2D NMR and molecular modelling studies of lipophilic derivatives of peptidoglycan monomer (PGM) indicate that conformational changes induced by the substituents do not affect the biological activities of these compounds. Using similar approaches it was shown that binding of the LALF-14 inhibitor peptide to bacterial endotoxins (LPS) does not require the -sheet structure in the lipid-A binding region of full-size LALF protein as a prerequisite. Interactions between amide protons and side chain aromatic rings in helical dodecapeptides were identified by NOE-restrained molecular modelling. Diglycosyl disulfides and glycosyl sulfenamides were synthesized as the first representatives of novel glycomimetics with three-bond glycosidic linkages. Hydrazino-pyrimidines react with aromatic aldehydes under acylating conditions to furnish nucleoside analog [1,2,4]triazolo[4,5-a]pyrimidin-4-ones. A mechanism was proposed for these novel ring closing reactions. The Lipari-Szabó formalism for NMR relaxation data was extended for the determination of individual chemical shift anisotropies (CSA) and the geometry factors in proteins. A new TROSY sequence was developed to measure NH-Hα couplings in proteins. Novel NMR methods were proposed to measure residual dipolar couplings and the dipolar contribution to the scalar coupling between diastereotopic protons in weakly aligned media. These NMR methods are of importance in the structural studies of the novel glycomimetics.
Full text http://real.mtak.hu/40/
Decision
Yes





 

List of publications

  
Szilágyi, L., Illyés, T-Z., Györgydeák, Z., Szabó, Gy., Karácsony, A.: Syntheses of partially hydrogenated [1,2,4]triazolo[4,5-a]pyrimidine-4-ones through cyclisation of 2-arylidene-hydrazino-6-methyl-4-pyrimidones, ARKIVOC 2004 (vii) 243-252., 2004
Illyés, T-Z., Molnár-Gábor, D., Szilágyi, L.: Novel approaches to the syntheses of N-substituted S-glycosyl-sulfenamides, Carbohydr. Res. 2004, 339, 1561-1564., 2004
Kövér, K.E., Fehér, K.: Measurement of one-bond heteronuclear dipolar coupling contributions for amine and diastereotopic methylene protons, J. Magn. Reson. 2004, 168, 307-313., 2004
G. Tóth, K.E.Kövér, R.F Murphy, S. Lovas: Aromatic-backbone interactions in alpha-helices, J. Phys. Chem. B, 2004, 108, 9287-9296, 2004
Fehér, K., Pristov¹ek, P., Szilágyi, L., Ljevakoviæ, D., Toma¹iæ, J.: Modified glycopeptides related to cell wall peptidoglycan: conformational studies by NMR and molecular modelling, Bioorg. Med. Chem., 2003, 11, 3133-3140., 2003
Szilágyi L, Illyés TZ, Herczegh P.: Elaboration of a novel type of interglycosidic linkage: syntheses of disulfide disaccharides, Tetrahedron Lett. 2001, 42, 3901-3903., 2001
K.E. Kövér, Gy. Batta: Separating Structure and Dynamics in CSA/DD Cross-Correlated Relaxation: A Case Study on Trehalose and Ubiquitin, J. Magn. Reson. 2001, 150, 137-146, 2001
K.E. Kövér, Gy. Batta: J-modulated TROSY experiment (TROSY-JM) extends the limits of homonuclear coupling measurements for larger proteins, J. Magn. Reson. 2001, 151, 60-64., 2001
Csávás, M.; Borbás, A.; Szilágyi, L.; Lipták, A.: Successful Conbination of (Methoxydimethyl)methyl (MIP) and (2-Naphtyl)methyl(NAP) Ethers for the, Synlett 2002, 887-890., 2002
Borbás, A.; Szabó, Z.; Szilágyi, L.; Bényei, A.; Lipták, A.: Stereoselective (2naphthyl)methylation of sugar hydroxyls by the hydrogenolysis of diastereoisomeric dioxolane-type (2-naphthyl)methylene acetals., Carbohydr. Res. 2002, 337, 1941-1951., 2002
Fehér K, Berger S, Kövér KE:: Accurate determination of small one-bond heteronuclear residual dipolar couplings by F1 coupled HSQC modified with a G-BIRD(r) module., J. Magn. Reson. 2003, 163, 340-346., 2003
Pristov¹ek P, Fehér K, Szilágyi L, Kidriæ J.: Structure of a synthetic fragment of the LALF protein when bound to lipopolysaccharide, J. Med. Chem. 2005, 48, 1666-1670., 2005



Back »