Comparative genomics of animal rotaviruses  Page description

Help  Print 
Back »

 

Details of project

 
Identifier
91063
Type PD
Principal investigator Bányai, Krisztián
Title in Hungarian Állati rotavírusok összehasonlító genomvizsgálata
Title in English Comparative genomics of animal rotaviruses
Keywords in Hungarian rotavírus, genom, filogenetika, molekuláris diagnosztika
Keywords in English rotavirus, genome, phylogenetics, molecular diagnostics
Discipline
Epidemiology, veterinary microbiology (Council of Complex Environmental Sciences)100 %
Panel Plant and animal breeding
Department or equivalent Veterinary Medical Research Institute, HAS
Starting date 2009-01-01
Closing date 2012-06-30
Funding (in million HUF) 12.786
FTE (full time equivalent) 2.83
state closed project
Summary in Hungarian
Jelen tanulmány elsődleges célja, hogy átfogó genomszekvencia adatokat gyűjtsön a gazdasági haszonállatok és egyéb, kevésbé vizsgált gazdaszervezetek rotavírusairól. A vírus és gazdája közötti koevolúció fennállása régóta ismert, az időnkénti gazdaváltások genetikai háttere azonban még feltárásra vár. Ezzel összefüggésben tervezzük azt is, hogy zoonózis eredetű humán rotavírus törzseket is vizsgálni fogunk. Az egyes rotavírus törzsek között fennálló szekvenciakülönbségek miatt olyan génfelerősítési módszereket kívánunk alkalmazni, amelyekhez nem szükséges a célgén szekvenciájának előzetes ismerete. A vizsgálatok az alapkutatás és az alkalmazott kutatás területén egyaránt hozhatnak új eredményeket . Így, megismerhetjük a vírus-gazda kölcsönhatás (úm. koevolúció, gazdaváltás, virulencia) genomszintű feltételeit, valamint a jelentős mennyiségű szekvencia adat birtokában várható széles spektrumú molekuláris diagnosztikai és a surveillance-ben használható tipizáló módszerek kidolgozása is. Avirulens törzsek lehetséges azonosítása pedig új, az állatgyógyászatban hasznosítható oltóanyagok előállításához nyújthatnak alapot.
Summary
The objective of this grant proposal is the collection of comprehensive genome sequence information on rotaviruses of livestock and poultry, as well as of animal species that have been overlooked in past surveillance studies. The existence of virus-host co-evolution is well known for rotaviruses, the genetic bases of periodical host-switching, however, need to be explored. In this context we are also planning to characterize some human rotavirus strains of zoonotic origin. Due to the sequence heterogeneity among different rotavirus strains we plan to employ a sequence independent amplification strategy to obtain full-length genome sequences. The genomic research of rotaviruses may have significant benefits in both basic and applied research. Thus, we may understand the genomic basis of virus-host interactions (such as co-evolution, host switching, virulence), and the large amount of sequence data may help us develop and introduce broadly reactive molecular diagnostic tests as well as genotyping assays useful in the surveillance of rotavirus strains. The potential identification of naturally attenuated animal strains may serve as future vaccine candidate strains that can be utilized in the veterinary medicine.




Back »