A növényi RNS minőségbiztosítási rendszerek működése és lehetséges szerepük a patogének elleni védekezésben  részletek

súgó  nyomtatás 
vissza »

 

Projekt adatai

 
azonosító
109835
típus K
Vezető kutató Silhavy Dániel
magyar cím A növényi RNS minőségbiztosítási rendszerek működése és lehetséges szerepük a patogének elleni védekezésben
Angol cím The mechanism of plant RNA quality control systems and their potential role in pathogen response
magyar kulcsszavak RNS, minőségbiztosítási rendszer, aberáns RNS, RNS bontás, patogén válasz
angol kulcsszavak RNA, quality control, aberrant transcript, degradation, pathogen response
megadott besorolás
Sejtbiológia, molekuláris transzportmechanizmusok (Orvosi és Biológiai Tudományok)50 %
Általános biokémia és anyagcsere (Orvosi és Biológiai Tudományok)25 %
Ortelius tudományág: Molekuláris biológia
Epigenetika és génszabályozás (Orvosi és Biológiai Tudományok)25 %
zsűri Genetika, Bioinformatika és Rendszerbiológia
Kutatóhely Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet (Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ)
résztvevők Auber Andor
Szádeczky -Kardoss István
projekt kezdete 2014-01-01
projekt vége 2018-08-31
aktuális összeg (MFt) 41.001
FTE (kutatóév egyenérték) 7.16
állapot aktív projekt





 

Zárójelentés

 
kutatási eredmények (magyarul)
A minőségbiztosítási rendszerek biztosítják, hogy csak hibátlan fehérjék akkumulálódhassanak a sejtekben. Eukariótákban 4 RNS-szintű minőségbiztosítási rendszer működik, a silencing, az NMD, az NGD és az NSD rendszer. Ezek eltérő hibás transzkriptumokat ismernek fel és bontanak el. Habár ezek a rendszerek nélkülözhetetlenek, és állatokban igen intenzíven tanulmányozottak, a növényi RNS minőségbiztosítási rendszerekről (a silencing kivételével) keveset tudunk. A program kezdetekor az NMD rendszer alig volt ismert, míg az NSD és NGD rendszereket le sem írták. A cél a növényi RNS minőségbiztosítási rendszerek jobb megismerése volt. Munkánk során igazoltuk, hogy növényekben mind az NSD, mind az NGD rendszer hatékonyan működik, és a két rendszer szorosan kapcsolt. Az NSD a stop kodon nélküli hibás mRNS-eket bontja, míg a növényi NGD a kódoló régióban hosszú A sorozatot tartalmazó mRNS degradálja. Kimutattuk, hogy a Pelota és HBS1 fehérjék mindkét rendszerhez nélkülözhetetlenek, és igazoltuk, hogy a SKI-exosoma exonukleáz rendszerhez kapcsoltan működnek. Bizonyítottuk, hogy az NSD rendszer a silencing rendszerrel is szorosan kapcsolt, így részt vesz a kisRNS homeosztázis fenntartásában. Azonosítottuk a növényi NMD konzervált célpontjait, és kimutattuk, hogy bár nagyon kevés ilyen van, de ezek a NMD autoregulációjáért, illetve a transzláció terminációjának szabályozásáért felelnek.
kutatási eredmények (angolul)
The quality control systems ensure that only perfect proteins can accumulate. In eukaryotes, 4 RNA quality control systems operate, the silencing, the NMD, the NGD and the NSD systems. These machineries identify and degrade different aberrant transcripts. Although these systems are essential and they are intensively studied in animals, the plant RNA quality control systems are barely understood. Indeed, at the beginning of this project the NMD was hardly known, while neither the NSD nor the NGS system have been described in plants. The aim of this program was to better understand the RNA quality control systems in plants. We show that both NSD and NGD system function efficiently in plants and that they are strongly connected. NSD decays the stop codon less aberrant transcripts, while plant NGD degrades mRNAs containing a long A-stretch in the coding region. We found that Pelota and HBS1 are required for both systems and that they operate by recruiting the SKI-exosome exonuclease complex. Moreover, we found that NSD cooperate with the silencing system in plants. We have also identified the conserved targets of plant NMD. Although we identified very few conserved targets, they are involved in the autoregulation of NMD or in the control of translation termination.
a zárójelentés teljes szövege https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=109835
döntés eredménye
igen





 

Közleményjegyzék

 
Baksa I, Nagy T, Barta E, Havelda Z, Várallyay É, Silhavy D, Burgyán J, Szittya G: Identification of Nicotiana benthamiana microRNAs and their targets using high throughput sequencing and degradome analysis., BMC Genomics. 2015 Dec 1;16(1):1025. doi: 10.1186/s12864-015-2209-6, 2015
Nyikó T, Auber A, Szabadkai L, Benkovics A, Auth M, Mérai Z, Kerényi Z, Dinnyés A, Nagy F, Silhavy D.: Expression of the eRF1 translation termination factor is controlled by an autoregulatory circuit involving readthrough and nonsense-mediated decay in plants., Nucleic Acids Res. 2017 Jan 6. pii: gkw1303. doi: 10.1093/nar/gkw1303. [Epub ahead of print], 2017
Nyikó T, Auber A, Szabadkai L, Benkovics A, Auth M, Mérai Z, Kerényi Z, Dinnyés A, Nagy F, Silhavy D (corresponding author).: Expression of the eRF1 translation termination factor is controlled by an autoregulatory circuit involving readthrough and nonsense-mediated decay in plants., Nucleic Acids Research. 2017 Apr 20;45(7):4174-4188. doi: 10.1093/nar/gkw1303., 2017
Szádeczky-Kardoss I*, Csorba T*, Auber A, Schamberger A, Nyikó T, Taller J, Orbán TI, Burgyán J, Silhavy D (corresponding author).: The nonstop decay and the RNA silencing systems operate cooperatively in plants., Nucleic Acids Research 2018 May 18;46(9):4632-4648. doi: 10.1093/nar/gky279., 2018
Szádeczky-Kardoss I*, Gál L*, Auber A, Taller J, Silhavy D (corresponding author): The No-go decay system degrades plant mRNAs that contain a long A-stretch in the coding region., 2018 Oct;275:19-27. doi: 10.1016/j.plantsci.2018.07.008. Epub 2018 Jul 21., 2018





 

Projekt eseményei

 
2015-03-23 20:35:15
Résztvevők változása
2014-01-02 14:56:21
Kutatóhely váltás
A kutatás helye megváltozott. Korábbi kutatóhely: (Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ), Új kutatóhely: Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet (Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ).




vissza »