Hiszton acetiláció és ubikvitiláció szerepe és dinamikája ecetmuslica idegsejtekben  részletek

súgó  nyomtatás 
vissza »

 

Projekt adatai

 
azonosító
116372
típus K
Vezető kutató Boros Imre Miklós
magyar cím Hiszton acetiláció és ubikvitiláció szerepe és dinamikája ecetmuslica idegsejtekben
Angol cím The role and dynamics of histone acetylation and ubiquitylation in Drosophila neurons
magyar kulcsszavak kromatin, acetiltranszferáz, deubikvitiláz, fehérje bontás, génműködés, neurodegeneráció, memória
angol kulcsszavak chromatin, acetyltransferase, deubiquitylase, protein degradation, gene expression, neurodegeneration, memory
megadott besorolás
Epigenetika és génszabályozás (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)40 %
Sejtgenetika (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)30 %
Ortelius tudományág: Molekuláris genetika
Általános biokémia és anyagcsere (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)30 %
Ortelius tudományág: Sejtkémia
zsűri Genetika, Genomika, Bioinformatika és Rendszerbiológia
Kutatóhely Biokémiai Intézet (HUN-REN Szegedi Biológiai Kutatóközpont)
résztvevők Deák Péter
Henn László
Kovács Levente
Pál Margit
projekt kezdete 2016-01-01
projekt vége 2020-12-31
aktuális összeg (MFt) 39.918
FTE (kutatóév egyenérték) 15.39
állapot lezárult projekt
magyar összefoglaló
A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.

A genom működése a nukleoszóma hisztonok cseréivel és módosításaival valósul meg. A “hiszton kód hipotézis” szerint a módosítások jelekként szolgálnak a kromatinon ható fehérjéknek. Számos esetben azonban a hiszton módosítások funkciója nem ismert és feltételezhetjük, hogy van közöttük olyan, amelyik nem génműködés szabályozó, hanem más szerepet tölt be. Például a hisztonok ubikvitilációja szolgálhat a szabad ubikvitin szint szabályozására, ami a fehérje homeostazis fenntartásához fontos. A hisztonok kicserélődése és pótlása is számos érdekes problémát vet fel, mert szintézisük döntően a sejtciklus S fázisára korlátozott. Felmerül a kérdés, hogy hogyan pótlódnak a károsodó hiszton molekulák és milyen szabályok szerint cserélődnek a nem osztódó idegsejtekben. A projekt célkitűzése válaszokat nyerni ezekre a kérdésekre idegszövetben történő hiszton módosítás és kicserélődés vizsgálatával az in vivo kísérletekre is hatékonyan használható Drosophila modellt alkalmazva. Azokra a kérdésekre keresünk választ, hogy milyen a kapcsolat a szabad és a kromatinhoz kapcsolt ubikvitin pool között, milyen deubikvitiláló enzimek játszanak szerepet ennek a szabályozásában és milyen hatása van a pool változásának a génműködésre és a fehérje homeosztázisra. Keressük a választ arra is, hogy hogyan cserélődnek a nukleoszómas hisztonok nem osztódó sejtekben, milyen szerepet játszanak a kicserélődésben az S fázison kívül is működő hiszton gének termékei és milyen az összefüggés a kicserélődés és a módosítások, valamint a génműködés intenzitása között. Vizsgálni fogjuk továbbá, hogy a hiszton kicserélődés és módosítás, illetve annak hibái hogyan befolyásolják memóriát és neurodegenerációt.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.

Munkánk alapját annak felismerése adja, hogy a kromatin szerkezet meghatározza a genom működését és a nukleoszómák szerkezete dinamikusan változik. Ebből következik, hogy a génműködés változások okainak megértéséhez, meg kell értenünk, hogy milyen hatások határozzok meg a nukleoszómák átrendeződéseit és hogyan változik szerkezetük. A projektben ezzel a célkítűzéssel vizsgáljuk a nukleoszóma szerkezet és transzkripció intenzitás közötti ok-okozati kapcsolatokat. Legfontosabb kérdéseink arra vonatkoznak, hogy mi a hiszton ubikvitiláció szerepe és milyen a nukleoszómák hisztonjainak kicserélődése nem osztódó sejtekben. A hiszton ubikvitiláció egyes adatok szerint a transzkripcióval van szoros összeföggésben, mások szerint a sejt szabad ubikvitin szintjének szabályozásában játsztik fontos szerepet. A replikációval összehangolt hiszton szintézis hiányában, nem osztódó sejtekben helyettesítő hisztonok szintézise zajlik. Ezek fontos szerepet játszanak az olyan hosszú élettartamú sejtekben mint az idegsejtek, mert a természetes elhasználódás és a transzkripció változások az ilyen sejtekben is megkívánják a hisztonok pótlását és cseréjét. Olyan kísérleteket tervezünk, amelyekkel Drosophila idegsejtekben vizsgálhatjuk a hiszton ubikvitiláció, valamint helyettesítő hiszton H4 és specifikus H4 módosítások szerepét a hisztonok kicserélődésében és a transzkripcióban. Az eredmények feltárják majd, hogy hosszú élettartamú sejtekben hogyan biztositott a nukleoszóma szerkezet megőrzése és hogy egyes hiszton módosítások milyen szerepet játszanak a memória kialakuláshoz és fenntartáshoz szükséges transzkripció változásokban és neurodegenerative folyamatokban.

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!

A kromatin szerkezeti alapegységei nukleoszómák, ezért a nukleoszómák dinamikájának megismerése előfeltétel a genomi folyamatok megértéséhez. A nukleoszómák magvát hiszton fehérjék képezik, melyek döntő többsége a DNS replikációval összehangoltan szintetizálódik. Replikáció hiányában, nem osztódó sejtekben helyettesítő hiszton gének expresszálódnak. Annak ellenére, hogy számos hiszton módosítás szerepéről sok ismeretünk egyes módosítás típusok, pl a hiszton monoubikvitiláció szerepe nem egyértelmű. Hasonlóan nagyon keveset tudunk a helyettesítő, nem kanonikus hiszton H4 gének szerepéről. A projektben a Drosophila helyettesítő hiszton H4 gén és hiszton monoubikvitiláció idegsejtekben és a memória kialakításában játszott szerepének vizsgálatára alkalmas kísérleti rendszert hozunk létre. Ez a kutatási irány közvetlenül kapcsolódik az olyan próbálkozásokhoz, amelyek a hiszton módosítások befolyásolásával próbálnak új terápiás lehetőségeket feltárni. A hiszton acetilázok és deacetilázok működését befolyásoló drogok fejlesztése legjobban a rákkutatás terén előrehaladott. Egyre több adat utal arra azonban, hogy kromatin módosítások fontos szerepet játszanak idegi működésekben egészséges és megbetegedett állapotban egyaránt (pl. memória kialakításában, neurodegeneratív megbetegedésekben, mint pl. a Parkinson betegség). A terminálisan differenciálódott nem osztódó idegsejtek a kromatin átrendeződések és más epigenetikai változások más jellegzetességeket mutatnak, mint a gyorsan szaporodó sejtekben tapasztaltak. Az idegsejtek hosszú élettartama további ok a bennük lezajló hiszton módosítások vizsgálatára, mert a kor előrehaladásával a nukleoszómák mennyisége csökken. Érdekes kérdések, hogy ez a jelenség oki kapcsolatban áll-e a hisztonok pótlásában fennálló korlátokkal és összefügg-e ezzel az idegrendszer korral csökkenő aktivitása. Ezeknek a kérdésekre a válasz nyilvánvalóan nem csak a muslicát érinti, hanem általános jelentőséggel bír. A muslica ugyanakkor kiváló modellt kínál ezeknek az általános érdeklődésre számottartó kérdéseknek a megválaszolásához.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.

A genomot alkotó óriási mennyiségű DNS csak speciálisan összecsomagolva fér el a sejtmagban. A csomagolási alapegységek a nukleoszómák: hiszton fehérjékből álló magra feltekert rövid DNS részletek. Mivel az összecsomagolás azt is meghatározza, hogy a DNS milyen részei hozzáférhetők, vagy rejtettek, a nukleoszómák és a hiszton fehérjék a genetikai anyag működését is meghatározzák. A projektben azokat a mechanizmusokat vizsgáljuk, amelyekkel a sejt szabályozza a DNS összecsomagolás mértékét. Vizsgálni fogjuk, azt hogyan tartja fenn a sejt a nukleoszómák szerkezetét és hogyan módosítja azt hiszton fehérjék kicserélésével, vagy megváltoztatásával azért, hogy a változtatás eredményeként specifikus géneket bekapcsoljon, vagy kikapcsoljon. Új a tervezett vizsgálatokban az, hogy a kromatin szerkezetének változása és a gének működése közötti összefüggéseket olyan hosszú életű, nem osztódó sejtekben vizsgáljuk, mint amilyenek az idegsejtek. A tervezett kísérletekkel tesztelni fogjuk azokat a hipotéziseket is, amelyek szerint a memória kialakulásában meghatározó egyes hiszton H4 módosítási formák jelenléte a gének egy adott csoportján, valamint, hogy a hiszton ubikvitiláció hibája neurodegenerációt okoz. Az eredmények hozzájárulnak majd a memória kialakulásának és fenntartásának jobb megértéséhez. E mellett pedig feltárhatnak olyan gyógyszer támadási pontokat is, amelyeken át a DNS becsomagolódási állapot megváltoztatásával neurológiai megbetegedések kezelésére lehet eljárást találni.
angol összefoglaló
Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.

The functions of the genome require dynamic changes in chromatin structure, which is facilitated by modifications and exchanges of nucleosomal histones. The histone code hypothesis postulates that reversible post-translational modifications of nucleosomal histones play important roles by representing signals for proteins acting on the chromatin. On several cases, however, the relationship between specific chromatin marks and chromatin functions is unclear and it is conceivable that histone modifications serve also other functions than gene expression regulation. For example it was suggested that the ubiquitylation of histones is more important for the maintenance of the ubiquitin homeostasis of the cells then for regulation of transcription. The maintenance of the histone pool itself also poses several interesting questions in particular concerning its mechanism in long living, non-dividing cells such as the neurons are. We intend to answer some of these questions by studying the role of histone mono-ubiquitylation and the exchange of histone H4 and its acetylated forms in neurons. We are interested in exploring the effects of nucleosomal histone modifications on the homeostasis of ubiquitin and histones. Furthermore, we wish to explore how histone modifications and changes in them might contribute to neuronal functions and neurodegeneration. For these studies we will use Drosophila, which serves as an excellent model for higher order metazoans. Our laboratories have experiences with use of the advanced tools of Drosophila genetics and chromatin studies. Consequently, we expect to complete the planned experiments by generating significant amount of interesting new data.

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.

We want to explore how specific post-translational modifications and exchange of nucleosomal histones contribute to genome functions in non-replicating cells. The two primary questions we aim to answer are that whether the mono ubiquitin modifications of histones serve primarily the regulation of transcription or to keep the balance of the ubiquitin pool, and whether non-replicating nerve cells have specific mechanisms to exchange and replace histones. In connection with these questions we wish to explore whether the acetylation state of H4 and ubiquitylation of H2A and H2B in neurons of the Drosophila brain play roles in nucleosome turnover, bookmarking genes for transcription, memory formation and development of neurological disorders. The experimental approach we will use include genetic analysis of mutants affecting genes involved in histone modifications and targeted expression of epitope-tagged wild-type and mutant histone variants in live animals. We will employ chromatin immunoprecipitation and genome-wide and gene specific transcriptome analysis to explore the effects of H4 acetylation and H2 monoubiquitylation on the changes of the ubiquitin and the histone pools and transcription regulation. Furthermore we will study the role of histone exchange and modifications in long term memory formation and development of neurological disorders.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.

Chromatin research is one of the most rapidly advancing topics in biology that has direct effects on both the theoretical and the practical progress on such important fields as cancer biology, stem cell research or neurobiology. Nucleosomes are the fundamental units of chromatin structure, therefore understanding nucleosome dynamics is a prerequisite to understand genomic processes. Histone proteins form the core of nucleosomes. The majority of histones are synthesized in concert with DNA replication and our knowledge on the maintenance of the histone pool and the exchanges of histones in non-dividing cells is very limited. Similarly limited is our knowledge on the function of some of the specific nucleosomal histone modifications, most notable among them on histone mono-ubiquitylation. The project that we propose will establish an experimental system for studying histone replacement and modifications in non-dividing cells. This direction of chromatin research can lead to identification new therapeutic approaches by interfering with histone modification processes and with the protein homeostasis of the cells. The development of new drugs acting on histone modifiers is most advanced in cancer related studies. Increasing amount of data suggests, however, roles for chromatin modifications in neuronal functions both in healthy and diseased cells (memory formation, neurodegenerative diseases like Parkinson’s disease). Since neurons are terminally differentiated, non-dividing cells, epigenetic changes in them might occur through mechanisms different than those in rapidly dividing cancer cells. The long life span of neurons further justifies studying questions of histone modifications and replacements in them. It is believed that by cellular aging nucleosome density is decreasing genome wide. Whether this has any relation to the size of histone pool and to the decreasing neuronal activity characteristic for advancing age are interesting questions. The answers to these questions have great significances beyond Drosophila, that is on the other hand is an excellent model to seek answers.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.

The large amount of genome DNA is kept within the confines of the cell nucleus via specific packaging. The basic units of packages are the nucleosomes, consisting of a short segment of DNA wrapped around a core of histone proteins. Since the tightness of packaging also controls access to DNA, nucleosomes and histones play key roles in regulating the expression of the genetic material. Moreover, modifications on the histones are believed to serve as signals for proteins acting on the chromatin. The project will explore mechanisms which are used by the cells to vary the tightness of DNA packaging. It will characterize mechanisms by which cells maintain nucleosome structure and change it by exchanging and modifying histones in order to give way for specific genes to turn on. In particular we will study, whether specific modifications serve to regulate transcription or to regulate the available free pools of important molecules within the cells. A novelty of the proposed work is that it will study the relationship between chromatin packaging and gene functions in long-living cells, like those of the neurons. The experiments planned will test the hypothesis that for the formation of memory, neurons keep specific genes in an open chromatin structure, thus permitting their function. The expected results can contribute not only to a better understanding of memory formation, but also to the identification of novel drug targets, by which the development of various neurological diseases might be affected.





 

Zárójelentés

 
kutatási eredmények (magyarul)
Olyan Drosophila törzsek alkalmazásával, amelyekben a fő ubiquitiláció hely a hiszton 2A fehérjén mutáns, kimutattuk, hogy ez a módosítás nincs jelentős hatással a sejtek ubiguitin háztartására és a fehérjék proteolitikus lebontására. Vad típusú H2A fehérje túltermelése ugyanakkor az állatok élettartam növekedését okozza. Deubiquitiláló enzimeket kódoló gének mutációi hatását analizálva kimutattuk, hogy az Usp14 fontos szerepet játszik az ubiquitin háztartás fenntartásában Drosophila spermiogenezis során és a gén mutációja, amivel együtt jár a szabad ubiquitin készlet csökkenése, sterilitást okoz. Kimutattuk, hogy a H4r hiszton variáns általánosan expresszálódik Drosophila sejtekben. Az idegrendszerben a fehérje elsősorban kolinerg neuronokban van jelen nagy mennyiségben. A fehérje kapcsolódása a kromatinhoz hasonló mint a hiszton H3,3 variánsé és fokozott asszociációja mutatható ki, olyan géneken, amelyek stressz válaszban játszanak szerepet. Adataink megerősítik a H4r fehérje transzkripciós memória kialakításában feltételezett szerepét. Az emrió specifikus alternatív linker hisztonról megállapítottuk, hogy fontos szerepet tölt be a korai fejlődést lehetővé tevő specifikus kromatin szerkezet kialakításában. Az alternatív linker hisztonnal a nukleoszómák olyan elrendeződése valósul meg, ami kedvez a nagyon gyors kromatin átrendeződésnek, lehetővé téve ezzel az igen gyors osztódási ciklusokat.
kutatási eredmények (angolul)
Using Ha2 ubiquitylation target mutant Drosophila lines we determined, that overexpression of H2A increases longevity and H2AK119R mutation, that precludes ubiquilylation has no dramatic effect on the ubiquitin pool and proteosomal protein degradation. By analysing DUB mutants we determined that Usp14 has a major role in maintaining normal steady state free monoubiquitin levels during Drosophila spermatogenesis and a decreased size of the free ubiquitin pool results in male sterility in Usp14 mutants. We showed that the alternative histone His4r is expressed in each developmental stages and tissues. In the nervous tissue cholinerg neurons show high level H4r expression. The chromosomal localisation and the dynamic of H4r association with chromatin following heat stress suggests a role for the replacement histone in transcription memory. We have determined that the embryo specific alternative linker histone ensures formation of a chromatin structure that permits very rapid exchanges of histones as it required for the quick replication cycles during early embryogenesis. BigH1 allows the histone octamer to slide more freely along the DNA and to engage with DNA regions where positioning is energetically the most favoured. On the contrary, nucleosomes formed in the presence of somatic H1 are constrained into positions which are energetically less optimal, but if appropriate regulators are present this nucleosome arrangement can support the gene expression program.
a zárójelentés teljes szövege https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=116372
döntés eredménye
igen





 

Közleményjegyzék

 
Nagy Á., Kovács L., Lipinszki Z., Pál M., Deák P.:: Developmental- and tissue-specific changes of ubiquitin forms in Drosophila melanogaster., PLOS ONE.13(12):e0209080. doi: 10.1371, 2018
Nagy Á., Kovács L., Lipinszki Z., Pál M., Deák P.:: Developmental- and tissue-specific changes of ubiquitin forms in Drosophila melanogaster., PLOS ONE.13(12):e0209080. doi: 10.1371, 2018
Albert, Carbonell ; Laszlo, Henn ; Juan, Pérez-Roldán ; Srividya, Tamirisa ; Anikó, Szabó ; Imre, M. Boros ; Fernando, Azorín: In response to Li et al.: Linker histones function in Drosophila embryogenesis, BIORXIV - THE PREPRINT SERVER FOR BIOLOGY AiP pp., 2021
Henn, László ✉ ; Szabó, Anikó* ; Imre, László ; Román, Ádám ; Ábrahám, Andrea ; Vedelek, Balázs ; Nánási, Péter ; Boros, Imre M ✉: Alternative linker histone permits fast paced nuclear divisions in early Drosophila embryo, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 48 : 16 pp. 9007-9018. , 12 p., 2020
Kovács, Levente ; Nagy, Ágota ; Pál, Margit ; Deák, Peter ✉: Usp14 is required for spermatogenesis and ubiquitin stress responses in Drosophila melanogaster, JOURNAL OF CELL SCIENCE 133 : 2 Paper: jcs237511 , 6 p., 2020
Climent-Cantó, Paula ; Carbonell, Albert ; Tamirisa, Srividya ; Henn, Laszlo ; Pérez-Montero, Salvador ; Boros, Imre M. ; Azorín, Fernando: The tumour suppressor brain tumour (Brat) regulates linker histone dBigH1 expression in the Drosophila female germline and the early embryo, OPEN BIOLOGY 11 : 5 Paper: 200408 , 13 p., 2021





 

Projekt eseményei

 
2017-02-09 09:47:03
Résztvevők változása




vissza »