Comparative analysis of recognition motifs, linear epitopes and amyloidogenic regions in intrinsically disordered proteins  Page description

Help  Print 
Back »

 

Details of project

 
Identifier
111056
Type ANN
Principal investigator Tompa, Péter
Title in Hungarian A rendezetlen fehérjék kötő motívumainak, lieáris epitopjainak és amiloidogén régióinak összehasonlító jellemzése
Title in English Comparative analysis of recognition motifs, linear epitopes and amyloidogenic regions in intrinsically disordered proteins
Keywords in Hungarian Rendezetlen fehérjék, kötő régió, amiloidogén régió, fehérje szerkezet
Keywords in English Disordered proteins, binding region, amyloidogenic region, antigenic region, protein structure
Discipline
Bioinformatics (Council of Medical and Biological Sciences)50 %
General biochemistry and metabolism (Council of Medical and Biological Sciences)50 %
Ortelius classification: Biochemistry
Panel Molecular and Structural Biology and Biochemistry
Department or equivalent Institute of Enzymology (Research Center of Natural Sciences)
Participants Horváth, Tamás
Kalmár, Lajos
Magos, Zoltán
Mészáros, Attila
Murvai, Nikoletta
Némethné Szabó, Beáta
Schád, Éva
Tantos, Ágnes
Starting date 2014-04-01
Closing date 2018-03-31
Funding (in million HUF) 32.934
FTE (full time equivalent) 8.73
state running project





 

Final report

 
Results in Hungarian
A motívumok átlal közvetített kölcsönhatások számos olyan biológiai folyamatban játszanak fontos szerepet, melyeknél tranziens kötődésre van szükség. Az ilyen rövid kötő régiók leggyakrabban a fehérjék rendezetlen szakaszaiban találhatók, gyakran olyan konformációban, mely lehetővé teszi a partner gyors felismerését. Legfontosabb célunk az volt, hogy a motívumok és a kötődő szakaszokon kívüli régiók eddig fel nem ismert tulajdonságait feltérképezzük és megismerjük szerkezeti és funkcionális jelentőségüket. Célunk elérése érdekében átfogó bioinformatikai és szerkezeti vizsgálatokat folytattunk az ismert lineáris motívumokkal. Eredményeinket a következő pontokban foglaljuk össze: 1. Összegyűjtöttük az ismert motívum-mediálta kölcsönhatásokat 2. Kialakítottunk egy egyedi módszert a motívumok és határoló régióik osztályozására és jellemzésére, mely az aminosavak tulajdonságain alapul 3. A módszer alkalmazásával meg tudtunk határozni jellegzetes aminosav-tulajdonság mintázatokat a motívumokban és a határoló régióikban 4. Olyan mutációkat tudtunk tervezni amelyek a megjósolt módon befolyásolták a motívumok másodlagos szerkezeti hajlamát 5. Hat vad típusú motívum szabad állapotban történő szerkezeti jellemzését végeztük el és megkezdtük a mutáns motívumok szerkezeti jellemzését.
Results in English
Motif-mediated protein-protein interactions play important roles in many biological processes where transient binding is needed. Such short binding regions usually take place in disordered regions, where some of them are disposed to adopt a structure upon binding to their partners. Our main goal was to shed light on the possible role of so far hidden properties in the function of disordered binding motifs and their flanking regions. In order to reach this goal, we performed detailed bioinformatics and structural studies on a collection of linear motifs. We summarize the results of the project in the following points. 1. We collected the known motif-mediated interactions 2. We created a unique method to characterize and categorize the motifs and their flanking regions based on the characteristics of the amino acids in the sequences 3. Using our indexing method, we were able to find patterns of amino acid properties in and surrounding the binding motifs 4. We were able to design mutations that alter the secondary structural preferences of the motifs only by changing amino acids in the flanking region 5. We completed the structural characterization of six wild type motifs in the unbound state and started the detailed structural characterization of three mutant versions.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=111056
Decision
Yes





 

List of publications

 
Peter Tompa, Eva Schad, Agnes Tantos, Lajos Kalmar: Intrinsically disordered proteins: emerging interaction specialists, Current Opinion in Structural Biology, 2015
Mihaly Varadi, Greet De Baets, Wim F Vranken, Peter Tompa, Rita Pancsa: AmyPro: a database of proteins with validated amyloidogenic regions, Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4; 46(Database issue): D387–D392., 2017
Boeynaems, S., Bogaert, E., Kovacs, D., Konijnenberg, A., Timmerman, E., Volkov, A., Guharoy, M., De Decker, M., Jaspers, T., Ryan, V. H., Janke, A. M., Baatsen, P., Vercruysse, T., Kolaitis, R.-M., Daelemans, D., Taylor, J. P., Kedersha, N., Anderson, P., Impens, F., Sobott, F., Schymkowitz, J., Rousseau, F., Fawzi, N. L., Robberecht, W., Van Damme, P., Tompa, P. and Van Den Bosch, L.: Phase Separation of C9orf72 Dipeptide Repeats Perturbs Stress Granule Dynamics, Mol. Cell, 2017
Braten O, Livneh I, Ziv T, Admon A, Kehat I, Caspi LH, Gonen H, Bercovich B, Godzik A, Jahandideh S, Jaroszewski L, Sommer T, Kwon YT, Guharoy M, Tompa P, Ciechanover A: Numerous proteins with unique characteristics are degraded by the 26S proteasome following monoubiquitination., Proc. Natl. Acad. Sci. 113: E4639-47, 2016
Guharoy M, Bhowmick P, Sallam M, Tompa P.: Tripartite degrons confer diversity and specificity on regulated protein degradation in the ubiquitin-proteasome system., Nature Communications, 2016
Borysik AJ, Kovacs D, Guharoy M, Tompa P.: Ensemble Methods Enable a New Definition for the Solution to Gas-Phase Transfer of Intrinsically Disordered Proteins., J. Am. Chem. Soc., 2015
Brangwynne, C. P., Tompa, P., Pappu, R. V.: Polymer Physics of Intracellular Phase Transitions, Nature Physics, 2015
Tompa P, Davey NE, Gibson TJ, Babu MM: A Million Peptide Motifs for the Molecular Biologist., MOL CELL 55: (2) 161-169, 2014





 

Events of the project

 
2017-07-27 13:11:59
Résztvevők változása
2016-05-13 07:44:43
Résztvevők változása
2014-09-26 15:52:07
Résztvevők változása




Back »