Membránfehérjék gombolyodásának és szerveződésének vizsgálata spektroszkópiai és molekula modellező módszerek újszerű, kombinált alkalmazásával  részletek

súgó  nyomtatás 
vissza »

 

Projekt adatai

 
azonosító
112716
típus K
Vezető kutató Páli Tibor László
magyar cím Membránfehérjék gombolyodásának és szerveződésének vizsgálata spektroszkópiai és molekula modellező módszerek újszerű, kombinált alkalmazásával
Angol cím A new combined spectroscopic and molecular modeling approach to folding and assembly of membrane proteins
magyar kulcsszavak biofizika, membrán fehérje, fehérje gombolyodás, biomembrán, lipid-fehérje kölcsönhatás, spin labeling, EPR, ESR, FTIR, fluoreszcencia, spektroszkópia, kalorimetria, molekula modellezés
angol kulcsszavak biophysics, membrane protein, protein folding, biomembrane, lipid-protein interaction, spinjelzés, EPR, ESR, FTIR, fluorescence, spectroscopy, calorimetry, molecular modeling
megadott besorolás
Biofizika (pl. transzport-mechanizmusok, bioenergetika, fluoreszcencia) (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)75 %
Ortelius tudományág: Molekuláris biofizika
Biológiai fizika (Élettelen Természettudományok Kollégiuma)25 %
zsűri Molekuláris és Szerkezeti Biológia, Biokémia
Kutatóhely Biofizikai Intézet (Szegedi Biológiai Kutatóközpont)
résztvevők Kóta Zoltán
Sebőkné Nagy Krisztina
projekt kezdete 2015-01-01
projekt vége 2019-12-31
aktuális összeg (MFt) 28.866
FTE (kutatóév egyenérték) 6.55
állapot aktív projekt





 

Zárójelentés

 
kutatási eredmények (magyarul)
• A FomA fehérje gombolyodásának komplex biofizikai vizsgálatával meghatároztuk a fehérje másodlagos szerkezetét, a kapott β-hordó szerkezet kitekeredése reverzibilitásának feltételeit, kimértük az egyensúlyi ki- és visszatekeredés hőmérsékletfüggését és lényeges termodinamikai paramétereit. Ezek új adatok a biológiai gombolyodás figyelmbe vételéhez, elmélei szerkezetjóslásban. • Elsőként alkalmaztunk oszcilláló elektromos teret a vakuoláris proton-ATPáz (V-ATPáz) szerkezet-funkció viszgálatára, és határoztuk meg egy natív forgó enzim forgási frekvenciáját. • Optimalizáltuk a V-ATPáz valósidejű aktivitás mérésére alkalmas, NADH-val hajtott csatoló enzimrenszert, melyhez kapcsolódóan kimértük egy NADH analóg szabadgyökös reakcióit. • Új számítógép klaszterünkön elvégeztük a ductin fehérjék homológia vizsgálatát és meghatároztuk 10 fehérje konzervált régióit, és a másodlagos szerkezet és membrán lokalizáció szekvencia menti valószínűségeit. • Összefoglaltuk a fehérjék gombolyodása témakört, különös tekintettel a kísérleti és elméleti módszerekre. • Eredményeinkre alapozva leírtuk hogyan lehet spinjelzett lipidek EPR spektroszkópiájával funkcionálisan releváns szerkezeti adatokat mérni membránfehérjék modellezéséhez. • Javítottunk szabadgyökök, spinjelzők EPR spektrumát illesztő algoritmusunkon, amit egy NADH analóg gyökös reakcióinak vizsgálatára irányuló munkában használtunk először.
kutatási eredmények (angolul)
• Based on a complex biophysical study on the FomA protein we have: determined its secondary structure, the conditions for a reversible unfolding of its beta-barrel form, the temperature dependence of the equilibrium un- and refolding and its important thermodynamic parameters. These serve as new data to take biological folding into account in structure prediction. • We have used, for the fist time, an oscillating electric field to study structure-function relationship in the vacuolar proton-ATPase (V-ATPase) and determined the rotation rate in a native rotary enzyme. • We have optmised a NADH-driven coupling enzyme system rendering real-time measurement of V-ATPase activity possible. We have also explored the radical reactions of an NADH analogue. • Using our new computer cluster we have made the homology analysis of the ductin famlity, and predicted the membrane location and secondary structure probabilities along the sequence of 10 selected proteins from the family. • We reviewed the protein folding problem, with focus on the experimental and theoretical approaches. • Based on our results we published a book chapter on how to use EPR spectroscopy of spin-labelled lipids to gain functionally relevant structural data on membranre proteins that serve as constraints in their modelling. • We have improved our algorithm fitting EPR spectra of free radicals and spin labels, which was first used in exploring the free radical reactions of an NADH analogue.
a zárójelentés teljes szövege https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=112716
döntés eredménye
igen





 

Közleményjegyzék

 
Ferencz CM, Petrovszki P, Der A, Sebok-Nagy K, Kota Z, Pali T: Oscillating Electric Field Measures the Rotation Rate in a Native Rotary Enzyme., Scientific Reports 7: 45309, 2017
Sebők-Nagy, K., Rózsár, D., Puskás, L. G., Balázs, Á. and Páli, T.: Electron paramagnetic resonance spectroscopic studies of the electron transfer reaction of Hantzsch ester and a pyrylium salt., RSC Advances 8, 29924-29927., 2018
Páli T., Kóta Z.: Studying Lipid–Protein Interactions with Electron Paramagnetic Resonance Spectroscopy of Spin-Labeled Lipids, In: Methods in Molecular Biology, HUMANA PRESS INC. (2019) pp. 529-561., 2019
Pali, T., Sebok-Nagy, K. Kota, Z.: Protein folding, In: Vágvölgyi Cs, Siklós L (szerk.), Selected Topics from Contemporary Experimental Biology, Volume 2. 288 p. Szeged: MTA Szegedi Biológiai Központ, 2015. pp. 189-208., 2015
Kota, Z. Talmon, E., Kleinschmidt, J.H. and Pali, T.: Stability and unfolding of FomA, a β-barrel membrane protein, studied by fluorescence spectroscopy, 16th European Conference on the Spectroscopy of Biological Molecules (ECSBM), Bochum, Germany, Szeptember 6-10., 2015, 2015
Sebok-Nagy, K., Rozsar, D., Balazs, A., Puskas, L.G. and Pali, T.: Electron paramagnetic resonance studies of radical reactions of a NADH analague, Regional Biophysical Conference (RBC2016), Trieste, Italy, 2016
Ferencz, Cs-M., Petrovszki, P., Dér, A., Sebők-Nagy, K., Kóta, Z. and Páli, T.: Natív forgó ATPáz működése oszcilláló elektromos térben, A Magyar Biofizikai Társaság XXVI. Kongresszusa, MTA Szegedi Biológiai Kutatóközpont, Szeged, August, 2017, 2017
Sebőkné Nagy, K. and Páli T.: Az impulzus üzemmódú Fourier-transzformációs elektron paramágneses rezonancia spektroszkópia lehetőségei., A Magyar Biofizikai Társaság XXVI. Kongresszusa (MBFT), MTA Szegedi Biológiai Kutatóközpont, Szeged, August, 2017, 2017
Pali T: 3. Non-SLC transporters, 3.3 Pumps (ATP-ase), 3.3.2. V-type, In: Rakonczay, Z; Hegyi, P (szerk.) Transporter, channel, membrane diseases, Szegedi Tudományegyetem (2015) pp. e-dokumentum., 2015
Sebok-Nagy K, Pali T: 3. Non-SLC transporters, 3.3 Pumps (ATP-ase), 3.3.3. F-type, In: Rakonczay, Z; Hegyi, P (szerk.) Transporter, channel, membrane diseases, Szegedi Tudományegyetem (2015), 2015
Sebok-Nagy K, Pali T: 3. Non-SLC transporters, 3.3 Pumps (ATP-ase), P-type, In: Rakonczay, Z; Hegyi, P (szerk.) Transporter, channel, membrane diseases, Szegedi Tudományegyetem (2015) p. e., 2015
V Kozák: A FomA fehérje stabilitásának és gombolyodásának vizsgálata biofizikai módszerekkel, M.Sc diploma dolgozat, Szegedi Tudományegyetem, Természettudományi és Informatikai Kar és Szegedi Biológiai Kutatóközpont, 2017
Pali, T.: Functional structure biology of biomembranes and membrane proteins, Research Seminar at Institute of Integrative Biology, Life Sciences Building, University of Liverpool, July 6, 2015, 2015
B Sahu: A molecular modeling approach to folding and assembly of membrane proteins, International Training Course diploma work, Biological Research Centre, 2018
P Knódel: A vakuoláris proton-atpáz aktivitásának valósidejű mérése élesztő vakuólum eredetű lipid vezikulákban, B.Sc szakdolgozat, Szegedi Tudományegyetem, Mérnöki Kar és Szegedi Biológiai Kutatóközpont, 2019
D Kertész: A lizozim fehérje lipid membránokkal való kölcsönhatásának biofizikai vizsgálata, B.Sc szakodolgozat, Szegedi Tudományegyetem, Természettudományi és Informatikai Kar és Szegedi Biológiai Kutatóközpont, 2019
C Csonka, T Páli, P Bencsik, A Görbe, P Ferdinandy, T Csont: Measurement of NO in biological samples, BRITISH JOURNAL OF PHARMACOLOGY 172: (6) pp. 1620-1632., 2015
Veszelka S, Mészáros M, Kiss L, Kóta Z, Páli T, Hoyk Z, Bozsó Z, Fülöp L, Tóth A, Rákhely G, Deli MA: Biotin and glutathione targeting of solid nanoparticles to cross human brain endothelial cells, CURRENT PHARMACEUTICAL DESIGN 23: (28) pp. 4198-4205., 2017
Meszaros M, Porkolab G, Kiss L, Pilbat AM, Kota Z, Kupihar Z, Keri A, Galbacs G, Siklos L, Toth A, Fulop L, Csete M, Sipos A, Hulper P, Sipos P, Pali T, Rakhely G, Szabo-Revesz P, Deli MA, Veszelka S: Niosomes decorated with dual ligands targeting brain endothelial transporters increase cargo penetration across the blood-brain barrier., EUROPEAN JOURNAL OF PHARMACEUTICAL SCIENCES 123: pp. 228-240., 2018
Ágnes Dancs, Nóra V May, Katalin Selmeczi, Zsuzsanna Darula, Attila Szorcsik, Ferenc Matyuska, Tibor Páli, Tamás Gajda: Tuning the coordination properties of multi-histidine peptides by using a tripodal scaffold: solution chemical study and catechol oxidase mimicking, NEW JOURNAL OF CHEMISTRY 41: (2) pp. 808-823., 2017
Kota, Z. Talmon, E., Kleinschmidt, J.H. and Pali, T.: Stability and unfolding of FomA, a β-barrel membrane protein, studied by fluorescence spectroscopy, 16th European Conference on the Spectroscopy of Biological Molecules (ECSBM), Bochum, Germany, Szeptember 6-10., 2015, 2015
Pali, T., Sebok-Nagy, K. Kota, Z.: Protein folding, In: Vágvölgyi Cs, Siklós L (szerk.), Selected Topics from Contemporary Experimental Biology, Volume 2. 288 p. Szeged: MTA Szegedi Biológiai Központ, 2015. pp. 189-208., 2015
Sebok-Nagy, K., Rozsar, D., Balazs, A., Puskas, L.G. and Pali, T.: Electron paramagnetic resonance studies of radical reactions of a NADH analague, Regional Biophysics Conference (RBC2016) August 25-28, 2016, Trieste, Italy, 2016
Sebok-Nagy, K., Rozsar, D., Balazs, A., Puskas, L.G. and Pali, T.: Electron paramagnetic resonance studies of radical reactions of a NADH analague, Straub Days 2016, Biological Research Centre, May 25-26, 2016, 2016
Kota, Z., Talmon, E., Kleinschmidt, J.H. and Pali, T.: Stability and unfolding of FomA, a β-barrel membrane protein, studied by fluorescence spectroscopy, Straub Days 2016, Biological Research Centre, May 25-26, 2016, 2016
Ferencz CM, Petrovszki P, Der A, Sebok-Nagy K, Kota Z, Pali T: Oscillating Electric Field Measures the Rotation Rate in a Native Rotary Enzyme., SCI REP 7: 45309, 2017
Sebők-Nagy, K., Rózsár, D., Puskás, L. G., Balázs, Á. and Páli, T.: Electron paramagnetic resonance spectroscopic studies of the electron transfer reaction of Hantzsch ester and a pyrylium salt., RSC Advances 8, 29924-29927., 2018
Sebőkné Nagy, K. and Páli T.: Az impulzus üzemmódú Fourier-transzformációs elektron paramágneses rezonancia spektroszkópia lehetőségei., Straub Days 2018, Biological Research Centre, May 10-11, 2018., 2018
Pali, T.: Natív forgó ATPáz oszcilláló elektromos térben, 48. Sümegi Membrán-Transzport Konferencia, Sümeg (Hungary), May 15-18, 2018., 2018
Pali, T.: The Rotary Mechanism of the Vacuolar Proton-ATPase., Workshop on Autophagy in model organisms, Eötvös Loránd University, Budapest (Hungary), September 6-8, 2018., 2018





 

Projekt eseményei

 
2015-12-21 08:43:53
Résztvevők változása




vissza »