Transzmembrán fehérjék transzkriptom analízise  részletek

súgó  nyomtatás 
vissza »

 

Projekt adatai

 
azonosító
119287
típus K
Vezető kutató Tusnády Gábor
magyar cím Transzmembrán fehérjék transzkriptom analízise
Angol cím Transcriptome analisis of transmembrane proteins
magyar kulcsszavak Transzmembrán fehérje, expresszió, alternatív gén termék, differenciális expresszió
angol kulcsszavak Transmembrane protein, expresion, alternative gen
megadott besorolás
Bioinformatika (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)100 %
zsűri Genetika, Genomika, Bioinformatika és Rendszerbiológia
Kutatóhely Molekuláris Élettudományi Intézet (HUN-REN Természettudományi Kutatóközpont)
résztvevők Dobson László
Laczka Csilla
Langó Tamás
Molnár János
Reményi István
Varga Julia Kornélia
projekt kezdete 2016-10-01
projekt vége 2022-03-31
aktuális összeg (MFt) 40.788
FTE (kutatóév egyenérték) 12.85
állapot aktív projekt





 

Zárójelentés

 
kutatási eredmények (magyarul)
Ebben az OTKA projektben 15 tudományos közleményt publikáltunk, melyek összesített impakt faktora több, mint 80. Számos elméleti és laboratóriumi eljárást dolgoztunk, illetve adatot gyűjtöttünk össze publikusan elérhető adatbázisba, amelyek alkalmasak az alternatív kivágódás révén létrejövő transzmembrán izoformák különböző tulajdonságainak vizsgálatához: i, a TMCrys eljárás képes megbecsülni a kristályosítási folyamat sikerességét a transzmembrán fehérjék izoformáinak, a TargetTrack, PDB és PDBTM-ben található adatokat felhasználva; ii, a MemBlob eljárás a Cryo-EM technikával létrehozott elektron sűrűségi adatokat felhasználva határozza meg a membránfehérjék elhelyezkedését a kettős lipidrétegben; iii, a PolarProtPred eljárás képes megbecsülni a transzmembrán fehérjék lokalizációját polarizált, epithél sejtekben; iv, felhasználva a PolarProtDb adatbázisban általunk összegyűjtött izoforma adatokat a kísérletesen igazolt emlős transzmembrán fehérjékről; v, a MemDis eljárás a rendezetlen régiókat predikálja a transzmembrán fehérjékben; vi, és javasoltunk két módosítását az általunk egy korábbi OTKA pályázatban kidolgozott MSTOP laboratóriumi eljáráshoz, amellyel a sejtfelszíni előforduló alternatív kivágódással létrejött transzmembrán fehérjék vizsgálhatók. Mindezek mellet vizsgáltunk, két – az alternativ splicing és emberi betegségek miatt fontos – transzmembrán fehérjét (ABCC6 és OATP3A1).
kutatási eredmények (angolul)
In this project we published our results in 15 research papers which sum of impact factor is above 80. We developed several wet and dry lab methods as well as gathered data into publicly available database to investigate various properties of isoforms of alternative spliced transmembrane proteins: i, TMCrys method can predict propensity of success for isoforms of transmembrane proteins crystallization based on the data formerly deposited in TragetTrack, PDB and PDBTM databases; ii, MemBlob approach utilizes the density maps produced by Cryo-EM in order to determine the orientation of membrane proteins in lipid bilayer; iii, PolarProtPred was developed to predict localization of transmembrane proteins in polarized, epithel cells; iv, this latter uses data gathered by us in PolarProtDb database, containing experimentally verified mammalian transmembrane proteins with splicing information as well that display polarized sorting, focusing on epithelial polarity; v, MemDis predicts disordered regions in transmembrane proteins; vi, we proposed two modifications for MSTOP wet lab approach developed by us in a previous OTKA project for investigation of alternatively spliced cell surface transmembrane proteins. Besides of these approaches we investigated two transmembrane proteins that are interesting in point of view of alternative splicing and human health (ABBC6 and OATP3A1).
a zárójelentés teljes szövege https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=119287
döntés eredménye
igen





 

Közleményjegyzék

 
Varga J and Tusnady, GE: TMCrys: predict propensity of success for transmembrane protein crystallization., Bionformatics 34, 3126-3130, 2018
Barath, D, Jaksa-Czotter, N, Molnar, J, Varga, T, Balassy, J, Szabo, LK, Kirilla, Z, Tusnady, GE, Preininger, E and Varallyay, E: Small RNA NGS Revealed the Presence of Cherry Virus A and Little Cherry Virus 1 on Apricots in Hungary, Viruses 10, E318., 2018
Dobson, L, Meszaros, B and Tusnady, GE: Structural Principles Governing Disease Causing Germline Mutations, J Mol Biol S0022-2836, 31101-X, 2018
Varga Julia K, Tusnády Gábor E: The TMCrys server for supporting crystallization of transmembrane proteins., BIOINFORMATICS, 2019
Farkas, B, Csizmadia, G, Katona, E, Tusnady, GE and Hegedus, T: MemBlob database and server for identifying transmembrane regions using cryo-EM maps, Bioinformatics, btz539, 2019
Anna Müller, Tamás Langó, Lilla Turiák, András Ács, György Várady, Nóra Kucsma, László Drahos & Gábor E. Tusnády: Covalently modified carboxyl side chains on cell surface leads to a novel method toward topology analysis of transmembrane proteins, Scientific Reports, in press, 2019
Langó T., Pataki Z.G., Turiák L., Ács A., Varga J.K., Várady G., Kucsma N., Drahos L., Tusnády G.E.: Partial proteolysis improves the identification of the extracellular segments of transmembrane proteins by surface biotinylation, SCIENTIFIC REPORTS 10: (1) 8880, 2020
Kozák E, Szikora B, Iliás A, Jani P K, Hegyi Z, Matula Zs, Dedinszki D, Tőkési N, Fülöp K, Pomozi V, Várady Gy, Bakos É, Tusnády G E, Kacskovics I, Váradi A: Creation of the first monoclonal antibody recognizing an extracellular epitope of hABCC6., FEBS LETTERS, 2020
Bakos É., Tusnády G.E., Német O., Patik I., Magyar C., Németh K., Kele P., Özvegy-Laczka C.: Synergistic transport of a fluorescent coumarin probe marks coumarins as pharmacological modulators of Organic anion-transporting polypeptide, OATP3A1, BIOCHEMICAL PHARMACOLOGY 182: (December 2020) 114250, 2020
Csizmadia G., Farkas B., Katona E., Tusnády G.E., Hegedűs T.: Using MemBlob to Analyze Transmembrane Regions Based on Cryo-EM Maps, In: Gáspári, Zoltán (szerk.) Structural Bioinformatics, Springer US (2020) pp. 123-130., 2020
Czimer Dávid, Porok Klaudia, Csete Dániel, Gyüre Zsolt, Lavró Viktória, Fülöp Krisztina, Chen Zelin, Gyergyák Hella, Tusnády Gábor E., Burgess Shawn M., Mócsai Attila, Váradi András, Varga Máté: A New Zebrafish Model for Pseudoxanthoma Elasticum, FRONTIERS IN CELL AND DEVELOPMENTAL BIOLOGY 9: 628699, 2021
Dobson Laszlo, Zeke András, Tusnády Gábor E: PolarProtPred: Predicting apical and basolateral localization of transmembrane proteins using putative short linear motifs and deep learning, BIOINFORMATICS, 2021
Tálas András, Huszár Krisztina, Kulcsár Péter István, Varga Julia K, Varga Éva, Tóth Eszter, Welker Zsombor, Erdős Gergely, Pach Péter Ferenc, Welker Ágnes, Györgypál Zoltán, Tusnády Gábor E, Welker Ervin: A method for characterizing Cas9 variants via a one-million target sequence library of self-targeting sgRNAs, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 49: (6) e31, 2021
Zeke A., Dobson L., Szekeres L.I., Langó T., Tusnády G.E.: PolarProtDb: A Database of Transmembrane and Secreted Proteins showing Apical-Basal Polarity, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 433: (11) 166705, 2021
Laszlo Dobson, Gábor E Tusnády: MemDis: Predicting Disordered Regions in Transmembrane Proteins, Int J Mol Sci . 2021 Nov 12;22(22):12270. doi: 10.3390/ijms222212270., 2021





 

Projekt eseményei

 
2017-06-16 10:31:06
Résztvevők változása




vissza »