Nagyszámú tumorsejt követésére képes ágens alapú szimulációs rendszer létrehozása  részletek

súgó  nyomtatás 
vissza »

 

Projekt adatai

 
azonosító
124467
típus PD
Vezető kutató Lovrics Anna
magyar cím Nagyszámú tumorsejt követésére képes ágens alapú szimulációs rendszer létrehozása
Angol cím An agent based model capable of simulating a large number of tumour cells
magyar kulcsszavak ágens alapú modell, tumor, rezisztencia, GPU
angol kulcsszavak agent based modelling, tumour, resistance, GPU
megadott besorolás
Bioinformatika (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)100 %
zsűri Genetika, Genomika, Bioinformatika és Rendszerbiológia
Kutatóhely Molekuláris Élettudományi Intézet (HUN-REN Természettudományi Kutatóközpont)
résztvevők Szakács Gergely
projekt kezdete 2017-09-01
projekt vége 2022-08-31
aktuális összeg (MFt) 15.216
FTE (kutatóév egyenérték) 2.40
állapot aktív projekt





 

Zárójelentés

 
kutatási eredmények (magyarul)
Sok kutatási területen a laborkísérletek mellett elengedhetetlenek az in silico számítások a kísérlettervezéstől kezdve a modell szimulációkon keresztül az adatelemzésig. Ennek ellenére a tumornövekedés vizsgálata során nem általános a számítógépes szoftverek használata. Ebben a beszámolóban bemutatom a LattiCS-ot (Lattice based Cellular Simulator - Rács alapú Sejt Szimulátor), egy in silico eszközt, melyet in vitro és in vivo kísérletek reprodukálására terveztünk. A tumor heterogenitást a sejtek külön-külön modellezésével vesszük figyelembe. A szoftver felépítése moduláris, ahol az egyes modulokat, mint a sejtciklus, sejt-sejt adhézió, fenotípus átmenet, sejtmozgás és a kémiai anyagok diffúziója egyenként be- vagy ki lehet kapcsolni. Az átláthatóság és személyre szabhatóság érdekében a kód Python nyelven íródott. Bár ez kompromisszum a számítási kapacitásban, a rács alapú elrendezésnek köszönhetően a LattiCS több százezer sejt egyidejű szimulációjára alkalmas.
kutatási eredmények (angolul)
In silico computations are inevitable in many fields of wet-lab research throughout experimental design, model simulations and data analysis. However, specifically in the field of tumour growth research, the usage of an accompanying computational software is not yet common practice. Here, we introduce LattiCS (Lattice based Cellular Simulator) an in silico tool designed to replicate and predict experimental results of in vitro and in vivo setups. The heterogeneity of tumours requires representing each cell as a separate agent in the simulations. The software design is modular, where individual modules, such as cell cycle, cell-cell adhesion, phenotype transition, cell movement and diffusion of chemicals may be individually switched on or off. To aid clarity and customization to specific needs, the code base is written in Python. While this is a trade-off in terms of computational power, due to the lattice-based design, LattiCS is still capable of simulating hundreds of thousands of tumour cells.
a zárójelentés teljes szövege https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=124467
döntés eredménye
nem





 

Közleményjegyzék

 
D. A. Drexler, T. Ferenci, A. Lovrics, L. Kovács: Tumor dynamics modeling based on formal reaction kinetics., ACTA POLYTECHNICA HUNGARICA 16 : 10 pp. 31-44, 2019
KISS DÁNIEL, LOVRICS ANNA, SZAKÁCS GERGELY, FÜREDI ANDRÁS, KOVÁCS LEVENTE, DREXLER DÁNIEL: Matematikai és számítógépes módszerek a kemoterápiás kezelések során kialakuló rezisztencia modellezésére, MAGYAR ONKOLÓGIA, 2021
D. Kiss, A. Lovrics: On-lattice Approximation of a Grid-free Individual-based Model of Growing Cell Populations, In Proceedings of the 10th Jubilee IEEE International Conference on Computational Cybernetics and Cyber-Medical Systems, 2022., 2022




vissza »