Tormagyökér endofiton gombáinak és posztharveszt változásainak vizsgálata  részletek

súgó  nyomtatás 
vissza »

 

Projekt adatai

 
azonosító
128021
típus FK
Vezető kutató Gonda Sándor
magyar cím Tormagyökér endofiton gombáinak és posztharveszt változásainak vizsgálata
Angol cím Examination of endophytic fungi and postharvest changes of horseradish roots
magyar kulcsszavak metabolomika, poszt-harveszt, endofitonok, kémiai adaptáció
angol kulcsszavak metabolomics, post-harvest, endophytes, chemical adaptation
megadott besorolás
Termesztett növények élettana (Komplex Környezettudományi Kollégium)70 %
Ortelius tudományág: Másodlagos metabolitok (Növényfiziológia)
Növényvédelem (Komplex Környezettudományi Kollégium)15 %
Ortelius tudományág: Növényvédelem
Növénykórtan, molekuláris növénykórtan (Komplex Környezettudományi Kollégium)15 %
zsűri Komplex agrártudomány
Kutatóhely TTK Növénytani Tanszék (Debreceni Egyetem)
résztvevők Csoma Hajnalka
Cziáky Zoltán
Kiss Attila
Mikóné Hamvas Márta
Plaszkó Tamás
projekt kezdete 2018-09-01
projekt vége 2023-08-31
aktuális összeg (MFt) 39.200
FTE (kutatóév egyenérték) 10.55
állapot lezárult projekt
magyar összefoglaló
A kutatás összefoglalója, célkitűzései szakemberek számára
Itt írja le a kutatás fő célkitűzéseit a témában jártas szakember számára.

A növényi mikrobiom, valamint a növényi mikrobiom metabolomra, ill. a növényre való kapcsolata egyre intenzívebb kutatási terület, a fenntartható mezőgazdaság egyik alapjának tartott megközelítés. Jelen pályázat egy jelentős regionális termék, a torma poszt-harveszt viselkedésének és elicitációjának, valamint gomba mikrobiom és metabolom (főként a bioaktív izotiocianátok) szintű variabilitásának vizsgálatát tűzi ki célul.
A kérdések megválaszolásához klasszikus (munkák izolált gomba vonalakkal, vegyületek megtisztítása) és a legmodernebb módszertan (metabolomika, adatbányászat) elemeit is fel kívánjuk használni.
A projektben karakterizálni tervezzük a tormagyökér tipikus gomba mikrobiomját, valamint izolálni egyes, endofitonokban előforduló bioaktív természetes vegyületeket. Bizonyítani kívánjuk, hogy a torma endofitonok valamely módon alkalmazkodtak a tormában jelen lévő kémiai komponensekhez. Meg kívánjuk vizsgálni a Magyarországon hozzáférhető termesztett változatok közötti metabolom és mikrobiom szintű különbséget, valamint a kettő közötti esetleges összefüggések vizsgálatát tervezzük adatbányászati és adatvizualizációs módszerekkel. Továbbá, a tormagyökér poszt-harveszt változásainak vizsgálatát tervezzük, a gyökér viselkedését elicitációs modellekbe bevonva. Az elicitáció során stressz hatások (többek között endofiton inokuláció) segítségével kíséreljük meg a bioaktív komponensek koncentrációjának növelését.
A projekt nem csak értékes alapkutatási eredményeket hozhat. A mikrobiom-metabolom korrelációk vagy a poszt-harveszt eredmények termesztés-, ill. tárolástechnológiába való átültethetőségét is valószínűsítjük.

Mi a kutatás alapkérdése?
Ebben a részben írja le röviden, hogy mi a kutatás segítségével megválaszolni kívánt probléma, mi a kutatás kiinduló hipotézise, milyen kérdéseket válaszolnak meg a kísérletek.

A munka fő hipotézisei a következőek.
1. A tormagyökér gomba endofitonjainak karakterizálása. A kutatás során kultúramentes ill. klasszikus módszerekkel is igyekszünk a tormában élő endofiton fonalas gombák variabilitását fajszinten definiálni, ezen felül egyes érdekes fajok kémiai karakterizálását is tervezzük (bioaktív hatóanyagaik izolációja és karakterizálása).
2. Kimutatható-e az endofitonok növényi metabolomhoz való adaptációja? Egyrészt a növényi metabolitok endofitonokra kifejtett hatását vizsgáljuk egyéb fonalas gombákat (pl. talajgombákat) kontrollként felhasználva, másrészt a növényi metabolom, ill. a növényben előforduló vegyületek biotranszformációs termékeit keressük.
3. Van-e szignifikáns kémiai variancia a magyarországi torma fajták között? A széles körben elterjedt, termesztésbe vett fajták metabolomjának különbségeit vizsgáljuk, majd adatbányászati modellekben keressük meg azokat a termesztési paramétereket, vagy endofiton mintázatokat, amelyek befolyásolhatják azt.
4. Milyen posztharveszt változásokat mutat a tormagyökér? A tormagyökér posztharveszt elicitációs vizsgálatokban stresszhatásokkal vagy endofiton inokulációval kíséreljük meg a fokozott bioaktív vegyület-tartalom elérését. A vizsgálatok során metabolomikai változásokat és a mirozináz enzim aktivitását is követjük.

Mi a kutatás jelentősége?
Röviden írja le, milyen új perspektívát nyitnak az alapkutatásban az elért eredmények, milyen társadalmi hasznosíthatóságnak teremtik meg a tudományos alapját. Mutassa be, hogy a megpályázott kutatási területen lévő hazai és a nemzetközi versenytársaihoz képest melyek az egyediségei és erősségei a pályázatának!

A növényi mikrobiom – metabolom interakció, a posztharveszt elicitáció és a posztharveszt kolonizáció mind ígéretes, feltörekvő kutatási területek. Az eredmények az endofitonok posztharveszt stádiumban való alkalmazhatósága kapcsán nagy jelentőségűek, várhatóan alapvető hatással rendelkező dologról van szó.
Az adatbányászati módszerekkel immár olyan jelenségek feltárása is lehetséges, amelyre egy évtizeddel korábban még alapvetően nem volt lehetőség – konkrétan a metabolom – mikrobiom korrelációk vizsgálatának eredménye kapcsán várható jelentős érdeklődés a szakma részéről.
A projektet tervező csapat erősségei a komplexitás (sok megközelítés), valamint a korszerű (metabolomika, adatbányászat) és klasszikus módszertan összhangja. A projekt további erőssége, hogy kifejezetten a növényre vonatkozó szakmai tapasztalat találkozik forró kutatási témával és a tormatermesztés körüli aktuális, praktikus kérdésekkel. Igen fontos, hogy kapcsolataink révén megfelelő és stabil hozzáférésünk van a különféle torma vonalakhoz, ill. a termesztéssel, tárolással kapcsolatos know-how-hoz is.
Az eredmények hatással lehetnek a fajták további szelekciójára, szerencsés esetben azonosíthatnak olyan tényezőket (endofitonokat) is, amelyek alapvetően befolyásolják a tormagyökér piacképességét. Ezen felül, valószínűsítjük a poszt-harveszt eredmények tárolás-technológiai adaptációjának lehetőségét, amely egyrészt növeli a hozzáadott értéket, másrészt eddig kevésbé értékesnek tekintett torma sarzsok piacképességének fokozását is lehetővé teheti. Így az eredmények a régió számára hasznos alkalmazott kutatás alapjául is szolgálhatnak a későbbiekben.

A kutatás összefoglalója, célkitűzései laikusok számára
Ebben a fejezetben írja le a kutatás fő célkitűzéseit alapműveltséggel rendelkező laikusok számára. Ez az összefoglaló a döntéshozók, a média, illetve az érdeklődők tájékoztatása szempontjából különösen fontos az NKFI Hivatal számára.

A növényekkel szoros kapcsolatban élő mikróbák (a “mikrobiom”) és növénnyel való kapcsolata egyre intenzívebb kutatási terület, a fenntartható mezőgazdaság egyik alapjának tartott megközelítés. Jelen pályázat egy jelentős regionális termék, a torma betakarítás utáni (“poszt-harveszt”) viselkedésének vizsgálatát, hatóanyagainak szintjének további lehetséges fokozását, valamint mikrobiom és a hatóanyagok vizsgálatát tűzi ki célul.
A kérdések megválaszolásához a klasszikus és a legmodernebb módszertan (pl. adatbányászat) elemeit is fel kívánjuk használni.
A projektben karakterizálni tervezzük a tormagyökérben élő tipikus nem-kórokozó gombákat, valamint tisztán előállítani egyes biológiai hatással rendelkező természetes vegyületeiket. Bizonyítani kívánjuk, hogy a tormában élő gombák valamely módon alkalmazkodtak a tormában jelen lévő anyagokoz. Meg kívánjuk vizsgálni a magyarországi termesztett változatok közötti hatóanyag-mintázat és gombaközösség szintű különbséget, valamint a kettő közötti esetleges összefüggések vizsgálatát tervezzük adatbányászati és adatvizualizációs módszerekkel. Továbbá, a tormagyökér poszt-harveszt válaszának vizsgálatát tervezzük, a gyökeret stressznek kitéve (többek között gombák beoltásával) és további hatóanyagok termelésére kényszerítve.
A projekt nem csak értékes alapkutatási eredményeket hozhat. A mikrobiom-metabolom összefüggések vagy a poszt-harveszt eredmények termesztés-, ill. tárolástechnológiába való átültethetőségét is valószínűsítjük.
angol összefoglaló
Summary of the research and its aims for experts
Describe the major aims of the research for experts.

Plant microbiome and its effects on the plant metabolome or its interaction with the plant is a trending research topic, which is considered one of the main bases of sustainable agriculture. The current grant aims to study the post-harvest changes, elicitation, the variance of the microbiome and the metabolome (mainly the bioactive isothiocyanates) of a regionally important product, horseradish.
The methods that are used to answer the questions include classical (work with isolated fungal strains, purification of natural products), as well as the most modern ones (metabolomics, data mining).
In the current project, we aim to characterize the typical fungal microbiome of horseradish roots, and isolate bioactive natural products from them. We aim to prove that horseradish endophytes are to some extent adapted to the chemical environment in the plant. We aim to assess differences between widely available Hungarian horseradish varieties at the metabolome and microbiome level, as well as find correlations between these data with data mining and data visulaization techniques. Also, we aim to study the post-harvest changes of horseradish roots in different elicitation models. During elicitation, the living plant is stressed (among others, by inoculation with endophytes) so as to increase the amount of bioactive constituents. Main phenomena will be examined on the available varieties separately.
The project can result in other results beyond those for basic research. We think that the results of the microbiome-metabolome correlation studies, and the post-harvest evaluations can be integrated into crop production or storage technology as well.

What is the major research question?
Describe here briefly the problem to be solved by the research, the starting hypothesis, and the questions addressed by the experiments.

The work is centered around the following hypotheses:
1., Characterization of the endophytic fungal microbiome of horseradish roots. During the work, we plan to define the variability of the horseradish endophytic fungal microbiome at the species level by both classical and culture-free methods. We also plan the chemical-functional characterization of some of the species (isolation and characterization of bioactive constituents).
2., What adaptation do endophytes show to the plant metabolome? We either examine the effects of plant constituents on the endophytes using other fungi (like soil fungi) as controls, or, check for biotransformation products of plant metabolites by endophytes.
3., Is there a significant chemical variance among Hungarian horseradish varieties? We examine the variance of the metabolome of the widely available varietites, then, try to find culture parameters or endophyte patterns that influence it.
4., What post-harvest changes can be observed in horseradish roots? In post-harvest elicitation studies we aim to increase the amount of bioactive constituents by stress or endophyte inoculation. We also aim to quantify changes in the metabolome and the myrosinase enzyme.

What is the significance of the research?
Describe the new perspectives opened by the results achieved, including the scientific basics of potential societal applications. Please describe the unique strengths of your proposal in comparison to your domestic and international competitors in the given field.

The plant microbiome - metabolome interaction, the post-harvest elicitation and the postharvest colonization are all promising, trending research topics. The results on the application of endophytes in the post-harvest stage have high significance, the effect of the endophytes is expected to be fundamental.
With the data mining techniques, there is now a possibility to find such phenomena, that was impossible a decade ago. In particular, the most interest is expected about the results of the metabolome – microbiome correlation study.
The project team's main strengths are complexity (many approaches), and the harmony of high-end methods (metabolomics, data mining) and classical methods. Another strength of the project is that horseradish-specific experience meets a hot topic, and practical questions that come from actual production of the crop. It is also important, that through our partners in the industry, we have stable access to different varieties, and know-how about the production, storage of the horseradish roots.
The results can impact selection of varieties, and, in a lucky case, such parameters (or endophytes) can be identified that fundamentally influence the market value of the horseradish roots. What is more, we also think that the approaches used in the post-harvest study can be applied to the storage technology, which increases added value, and may increase value of horseradish batches of lower quality. So, the results can also serve as a basis for later applied research in the region.

Summary and aims of the research for the public
Describe here the major aims of the research for an audience with average background information. This summary is especially important for NRDI Office in order to inform decision-makers, media, and others.

The community of microbes living in close interaction with the plant (the plant microbiome), its effects on the plant constituents or its interaction with the plant is a trending research topic, which is considered one of the main bases of sustainable agriculture. The current grant aims to study the post-harvest changes, possibilities to increase the concentration of beneficial constituents, the microbes and the beneficial constituents in a regionally important product, horseradish.
The methods that are used to answer the questions include classical, as well as the most modern ones (e.g. data mining).
In the current project, we aim to characterize the typical non-pathogenic fungi of horseradish roots, and isolate bioactive natural products from them. We aim to prove that fungi living in horseradish are somehow adapted to the chemical compounds of the plant. We aim to assess differences between widely available Hungarian horseradish varieties with respect to the beneficial components and the microbiome, as well as find correlations between these data with data mining and data visulaization techniques. Also, we aim to study the post-harvest changes of horseradish roots by stressing the roots (among others, by inoculation with endophytes) to force it to produce higher amounts of bioactive components.
The project can result in other results beyond those for basic research. We think that the results of the microbiome-metabolome correlation studies, and the post-harvest evaluations can be integrated into crop production or storage technology as well.





 

Zárójelentés

 
kutatási eredmények (magyarul)
Ebben a projektben a nem-patogén endofiton gombaközösség és a növényi metabolom (minden kismolekulás anyag a növényi rendszerben) közötti interakció jobb megértését céloztuk meg, a régiónk egyik jelentős termékét, a tormát (Armoracia rusticana) modellként használva. Főbb eredményeink az alábbiak. Sikeresen karakterizáltuk számos tormafajta mikrobiomját nagy áteresztőképességű szekvenálással és azt találtuk, hogy terepi körülmények között a kémiai különbségek a gomba mikrobiom tagjainak kb. 1/3-ával mutatnak valamilyen korrelációt. A kémiai variancia leginkább a Brachyphoris, Debaryomyces, Fusarium Melanoleuca, Monosporascus, Setophoma, Tetracladium és Thanatephorus taxonok abundanciáját befolyásolta. Erős korrelációkat találtunk egyes peptidekkel, köztük egy glükozinolát bomlástermékkel (GSLDP), valamint flavonoidokkal és más vegyületekkel. További adatokat szereztünk a talajkémia, talajmikrobiom, növényi metabolom és növényi mikrobiom interakciójának összetettségéről egy 4 éven át tartó, termesztésbe vont torma monokultúra vizsgálatából. Az endofiton izolátumokat alkalmazó munkánkban sikeresen mutattunk ki illékony szerves vegyületeket a torma kivonaton nevelt endofitonok gőzteréből, köztük GSLDP vegyületeket is. Ami még jelentősebb, igazoltuk, hogy a GSLDP elleni tolerancia gomba taxononként eltér és hogy a glükozinolátokból származó nitrilek és izotiocianátok szinergista módon képesek antifungális hatás kifejtésére.
kutatási eredmények (angolul)
This project aimed to obtain an insight into interactions between the non-pathogenic endophytic fungal community and the plant metabolome in important crop of our region, Armoracia rusticana (horseradish). Our most significant findings are as follows. We successfully characterized the fungal endophytic microbiome of various horseradish accessions with high-throughput sequencing and shown that about 1/3 of the plant endophytic fungal community was correlated to changes in the plant chemistry in a field study. The most influenced taxa included Brachyphoris, Debaryomyces, Fusarium, Melanoleuca, Monosporascus, Setophoma, Tetracladium and Thanatephorus. Peptides including a glucosinolate downstream product (GSLDP), as well as flavonoids and many other metabolite groups were shown to correlate with abundance of fungal strains. Additional data on the complexity of the interactions between soil chemistry, soil microbiome, plant chemistry and plant microbiome have also been obtained from a 3-year consecutive study of a horseradish agricultural plot. In studies employing endophytic isolates, we have successfully characterized the volatile organic constituent pattern of isolates growing on horseradish extract which showed the presence of many GSLDPs. More importantly, we have shown that the tolerance against GSLDPs is different among fungal taxa and that a synergistic antifungal activity can be found between glucosinolate-derived nitriles and isothiocyanates.
a zárójelentés teljes szövege https://otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=128021
döntés eredménye
igen





 

Közleményjegyzék

 
Szűcs Zsolt, Plaszkó Tamás, Bódor Eszter, Csoma Hajnalka, Ács-Szabó Lajos, Kiss-Szikszai Attila, Vasas Gábor, Gonda Sándor: Antifungal Activity of Glucosinolate-Derived Nitriles and Their Synergistic Activity with Glucosinolate-Derived Isothiocyanates Distinguishes Various Taxa of Brassicaceae Endophytes and Soil Fungi, PLANTS-BASEL 12: (14) 2741, 2023
Plaszkó T., Szűcs Z., Cziáky Z., Ács-Szabó L., Csoma H., Géczi L., Vasas G., Gonda S.: Correlations Between the Metabolome and the Endophytic Fungal Metagenome Suggests Importance of Various Metabolite Classes in Community Assembly in Horseradish (Armoracia rusticana, Brassicaceae) Roots, FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 13: 921008, 2022
Plaszkó T., Szűcs Z., Cziáky Z., Ács-Szabó L., Csoma H., Géczi L., Vasas G., Gonda S.: Correlations Between the Metabolome and the Endophytic Fungal Metagenome Suggests Importance of Various Metabolite Classes in Community Assembly in Horseradish (Armoracia rusticana, Brassicaceae) Roots, FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 13: 921008, 2022
Plaszkó Tamás, Szűcs Zsolt, Vasas Gábor, Gonda Sándor: Interactions of fungi with non-isothiocyanate products of the plant glucosinolate pathway: A review on product formation, antifungal activity, mode of action and biotransformation, PHYTOCHEMISTRY 200: 113245, 2022
Plaszkó Tamás, Szűcs Zsolt, Vasas Gábor, Gonda Sándor: Interactions of fungi with non-isothiocyanate products of the plant glucosinolate pathway: A review on product formation, antifungal activity, mode of action and biotransformation, PHYTOCHEMISTRY 200: 113245, 2022
Bácsi István, Gonda Sándor, Nemes-Kókai Zsuzsanna, B-Béres Viktória, Vasas Gábor: Horseradish Essential Oil as a Promising Anti-Algal Product for Prevention of Phytoplankton Proliferation and Biofouling, PLANTS-BASEL 10: (8) p. 1550., 2021
Plaszkó Tamás, Szűcs Zsolt, Vasas Gábor, Gonda Sándor: Effects of Glucosinolate-Derived Isothiocyanates on Fungi: A Comprehensive Review on Direct Effects, Mechanisms, Structure-Activity Relationship Data and Possible Agricultural Applications, JOURNAL OF FUNGI 7: (7) p. 539., 2021
Plaszkó Tamás, Szűcs Zsolt, Kállai Zoltán, Csoma Hajnalka, Vasas Gábor, Gonda Sándor: Volatile Organic Compounds (VOCs) of Endophytic Fungi Growing on Extracts of the Host, Horseradish (Armoracia rusticana), METABOLITES 10: (11) p. 451., 2020
Regina Bertóti, Andrea Böszörményi, Ágnes Alberti, Szabolcs Béni, Márta M-Hamvas, Éva Szőke, Gábor Vasas, Sándor Gonda: Variability of Bioactive Glucosinolates, Isothiocyanates and Enzyme Patterns in Horseradish Hairy Root Cultures Initiated from Different Organs, Molecules, 2019
Gonda Sándor, Szűcs Zsolt, Plaszkó Tamás, Cziáky Zoltán, Kiss-Szikszai Attila, Sinka Dávid, Bácskay Ildikó, Vasas Gábor: Quality-controlled LC-ESI-MS food metabolomics of fenugreek (Trigonella foenum-graecum) sprouts: insights into changes in primary and specialized metabolites, FOOD RESEARCH INTERNATIONAL 164: 112347, 2023





 

Projekt eseményei

 
2021-10-11 09:21:17
Résztvevők változása




vissza »