The interplay of alternative splicing and the assembly of membraneless organelles  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
128133
Type FK
Principal investigator Pancsa, Rita
Title in Hungarian Az alternatív splicing és a membrán nélküli testek kialakulásának kapcsolata
Title in English The interplay of alternative splicing and the assembly of membraneless organelles
Keywords in Hungarian alternatív splicing, szövetspecifikus szabályozás, rendezetlen fehérje, folyadék fázisátmenet, membrán nélküli testek, stressz granulumok, szekvencia variáció, rák, amiotrófiás laterálszklerózis
Keywords in English alternative splicing, tissue-specific, liquid-liquid phase separation, intrinsically disordered, sequence variation, membraneless organelles, stress granules, cancer, amyotrophic lateral sclerosis
Discipline
Bioinformatics (Council of Medical and Biological Sciences)50 %
Biophysics (e.g. transport mechanisms, bioenergetics, fluorescence) (Council of Medical and Biological Sciences)35 %
Ortelius classification: Molecular biophysics
Molecular biology (Council of Medical and Biological Sciences)15 %
Ortelius classification: Molecular biology
Panel Genetics, Genomics, Bioinformatics and Systems Biology
Department or equivalent Institute of Molecular Life Sciences (Research Center of Natural Sciences)
Participants Fichó, Erzsébet
Horváth, Tamás
Rawan K. I., Abukhairan
Tantos, Ágnes
Tompa, Péter
Váradi, Marcell
Starting date 2018-11-01
Closing date 2023-02-28
Funding (in million HUF) 39.993
FTE (full time equivalent) 5.25
state running project





 

Final report

  
Results in Hungarian
Összegyűjtöttük az adatokat és megépítettük a folyadék fázisátmenetre (LLPS) képes fehérjék átfogó adatbázisát, a PhaSePro-t. Biztosítottuk, hogy a kapcsolódó adatok kutatási területünk központi adatbázisaiba is bekerüljenek. Ezen kívül az LLPS rendszerek funkcióiról, szabályozásáról és a vizsgálatukat szolgáló bioinformatikai eszközökről átfogó összefoglaló cikkeket közöltünk. A projekt számítógépes részét sikerrel végrehajtottuk, az LLPS fehérjék koncentráció viszonyait és dózis szenzitivitását is tanulmányoztuk és az eredményeink azt mutatták, hogy az LLPS fehérjék alternatív splicingja általában mindent vagy semmit alapon működik, vagyis az LLPS-ért felelős modulok vagy teljesen kivágódnak a fehérjékből, vagy megőrződnek. Nincs sok eset, ahol az izoformák szekvenciája alapján csökkent/megváltozott LLPS-t várnánk. Ez megnehezítette a kísérletes vizsgálatra szánt izoforma párok kiválasztását, végül 3 fiziológiás és egy rákhoz köthető párt választottunk. A kiválasztott fehérjék némelyikének kifejezése és tisztítása sajnos túl nagy kihívást jelentetett, pedig több megközelítéssel is próbálkoztunk, valamint egyes esetekben más csoportok megelőztek minket. Emiatt a párok tagjainak fázisátmenetes viselkedését még nem tudtuk összehasonlítani. A kísérletes kudarcokat ellensúlyozza, hogy több olyan sikeres kollaborációt is kiépítettem, amelyben izoformák LLPS-ét (pl. androgén receptor)) vagy közeli paralóg fehérjék LLPS-ét kísérletesen vizsgáljuk (pl. humán SSB1 és 2, G3BP1 és 2).
Results in English
We collected the data for and developed a comprehensive database of proteins driving liquid-liquid phase separation (LLPS), PhaSePro. We also ensured that LLPS-associated data get incorporated into the core data resources. In parallel, we reviewed the functions and regulatory modalities of phase-separated condensates, as well as the computational resources available to study them. The computational part of the project was successfully performed, we also studied the cellular concentration conditions and dosage sensitivity of LLPS drivers, and our results suggest that alternative splicing (AS) of LLPS driver regions usually works in an all or nothing manner, meaning that there aren’t many cases, where a reduced/increased/fine-tuned LLPS is expected based on the differences of isoform sequences. Due to this reason, choosing the isoform pairs for experimental investigation was challenging. Yet, we have selected 4 isoform pairs, 3 physiological and 1 cancer related, for investigation. Expression and purification of some of the selected proteins proved to be highly challenging and some turned out to be studied by other groups in parallel, therefore their LLPS behaviours could not yet be fully elucidated. However, I managed to establish collaborations where the LLPS behaviour of AS-derived isoforms (as in case of androgen receptor) or close paralogs (as in the case of the human SSB1 and 2 and G3BP1 and 2 proteins) could be successfully investigated.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=128133
Decision
Yes





 

List of publications

  
Mészáros Bálint, Erdős Gábor, Szabó Beáta, Schád Éva, Tantos Ágnes, Abukhairan Rawan, Horváth Tamás, Murvai Nikoletta, Kovács Orsolya P, Kovács Márton, Tosatto Silvio C E, Tompa Péter, Dosztányi Zsuzsanna, Pancsa Rita: PhaSePro: the database of proteins driving liquid-liquid phase separation, NUCLEIC ACIDS RESEARCH 48: (D1) pp. D360-D367., 2020
Farahi N., Lazar T., Wodak S.J., Tompa P., Pancsa R.: Integration of data from liquid–liquid phase separation databases highlights concentration and dosage sensitivity of llps drivers, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 22: (6) pp. 1-26., 2021
Harami Gábor M., Kovács Zoltán J., Pancsa Rita, Pálinkás János, Baráth Veronika, Tárnok Krisztián, Málnási-Csizmadia András, Kovács Mihály: Phase separation by ssDNA binding protein controlled via protein−protein and protein−DNA interactions, PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 117: (42) pp. 26206-26217., 2020
Anna Bratek-Skicki, Rita Pancsa, Balint Meszaros, Joris Van Lindt, Peter Tompa: A guide to regulation of the formation of biomolecular condensates, The FEBS Journal, 2020
Gábor M Harami, Zoltán J Kovács, Rita Pancsa, János Pálinkás, Veronika Baráth, Krisztián Tárnok, András Málnási-Csizmadia, Mihály Kovács: Phase separation by ssDNA binding protein controlled via protein-protein and protein-DNA interactions, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020
Joris Van Lindt, Anna Bratek-Skicki, Phuong N Nguyen, Donya Pakravan, Luis F Durán-Armenta, Agnes Tantos, Rita Pancsa, Ludo Van Den Bosch, Dominique Maes, Peter Tompa: A generic approach to study the kinetics of liquid-liquid phase separation under near-native conditions, Communications Biology, 2021
Rita Pancsa, Wim Vranken, Bálint Mészáros: Computational resources for identifying and describing proteins driving liquid-liquid phase separation, Briefings in Bioinformatics, 2021
Nazanin Farahi, Tamas Lazar, Shoshana J Wodak, Peter Tompa, Rita Pancsa: Integration of Data from Liquid-Liquid Phase Separation Databases Highlights Concentration and Dosage Sensitivity of LLPS Drivers, International Journal of Molecular Sciences, 2021
Manjeet Kumar, Sushama Michael, Jesús Alvarado-Valverde, Bálint Mészáros, Hugo Sámano-Sánchez, András Zeke, Laszlo Dobson, Tamas Lazar, Mihkel Örd, Anurag Nagpal, Nazanin Farahi, Melanie Käser, Ramya Kraleti, Norman E Davey, Rita Pancsa, Lucía B Chemes, Toby J Gibson: The Eukaryotic Linear Motif resource: 2022 release, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2022
Federica Quaglia, Bálint Mészáros, Edoardo Salladini, András Hatos, Rita Pancsa, Lucía B Chemes, Mátyás Pajkos, Tamas Lazar, Samuel Peña-Díaz, Jaime Santos, Veronika Ács, Nazanin Farahi, Erzsébet Fichó, Maria Cristina Aspromonte, Claudio Bassot, Anastasia Chasapi, Norman E Davey, Radoslav Davidović, Laszlo Dobson, Arne Elofsson, Gábor Erdős, Pascale Gaudet, Michelle Giglio, Juliana Glavina, Javier Iserte, Valentín Iglesias, Zsófia Kálmán, Matteo Lambrughi, Emanuela Leonardi, Sonia Longhi, Sandra Macedo-Ribeiro, Emiliano Maiani, Julia Marchetti, Cristina Marino-Buslje, Attila Mészáros, Alexander Miguel Monzon, Giovanni Minervini, Suvarna Nadendla, Juliet F Nilsson, Marian Novotný, Christos A Ouzounis, Nicolás Palopoli, Elena Papaleo, Pedro José Barbosa Pereira, Gabriele Pozzati, Vasilis J Promponas, Jordi Pujols, Alma Carolina Sanchez Rocha, Martin Salas, Luciana Rodriguez Sawicki, Eva Schad, Aditi Shenoy, Tamás Szaniszló, Konstantinos D Tsirigos, Nevena Veljkovic, Gustavo Parisi, Salvador Ventura, Zsuzsanna Dosztányi, Peter Tompa, Silvio C E Tosatto, Damiano Piovesan: DisProt in 2022: improved quality and accessibility of protein intrinsic disorder annotation, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2022
Rita Pancsa, Erzsébet Fichó, Dániel Molnár, Éva Viola Surányi, Tamás Trombitás, Dóra Füzesi, Hanna Lóczi, Péter Szijjártó, Rita Hirmondó, Judit E Szabó, Judit Tóth: dNTPpoolDB: a manually curated database of experimentally determined dNTP pools and pool changes in biological samples, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2022
András László Szabó, Anna Sánta, Rita Pancsa, Zoltán Gáspári: Charged sequence motifs increase the propensity towards liquid-liquid phase separation, FEBS Letters, 2022
Joel Roca-Martinez, Tamas Lazar, Jose Gavalda-Garcia, David Bickel, Rita Pancsa, Bhawna Dixit, Konstantina Tzavella, Pathmanaban Ramasamy, Maite Sanchez-Fornaris, Isel Grau, Wim F Vranken: Challenges in describing the conformation and dynamics of proteins with ambiguous behavior, Frontiers in Molecular Biosciences, 2022
Hatos András, Hajdu-Soltész Borbála, Monzon Alexander M, Palopoli Nicolas, Álvarez Lucía, Aykac-Fas Burcu, Bassot Claudio, Benítez Guillermo I, Bevilacqua Martina, Chasapi Anastasia, Chemes Lucia, Davey Norman E, Davidović Radoslav, Dunker A Keith, Elofsson Arne, Gobeill Julien, Foutel Nicolás S González, Sudha Govindarajan, Guharoy Mainak, Horvath Tamas, Iglesias Valentin, Kajava Andrey V, Kovacs Orsolya P, Lamb John, Lambrughi Matteo, Lazar Tamas, Leclercq Jeremy Y, Leonardi Emanuela, Macedo-Ribeiro Sandra, Macossay-Castillo Mauricio, Maiani Emiliano, Manso José A, Marino-Buslje Cristina, Martínez-Pérez Elizabeth, Mészáros Bálint, Mičetić Ivan, Minervini Giovanni, Murvai Nikoletta, Necci Marco, Ouzounis Christos A, Pajkos Mátyás, Paladin Lisanna, Pancsa Rita, Papaleo Elena, Parisi Gustavo, Pasche Emilie, Barbosa Pereira Pedro J, Promponas Vasilis J, Pujols Jordi, Quaglia Federica, Ruch Patrick, Salvatore Marco, Schad Eva, Szabo Beata, Szaniszló Tamás, Tamana Stella, Tantos Agnes, Veljkovic Nevena, Ventura Salvador, Vranken Wim, Dosztányi Zsuzsanna, Tompa Peter, Tosatto Silvio C E, Piovesan Damiano: DisProt: intrinsic protein disorder annotation in 2020, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2019
Kumar Manjeet, Gouw Marc, Michael Sushama, Sámano-Sánchez Hugo, Pancsa Rita, Glavina Juliana, Diakogianni Athina, Valverde Jesús Alvarado, Bukirova Dayana, Čalyševa Jelena, Palopoli Nicolas, Davey Norman E, Chemes Lucía B, Gibson Toby J: ELM-the eukaryotic linear motif resource in 2020., NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2019
Mészáros Bálint, Erdős Gábor, Szabó Beáta, Schád Éva, Tantos Ágnes, Abukhairan Rawan, Horváth Tamás, Murvai Nikoletta, Kovács Orsolya P, Kovács Márton, Tosatto Silvio C E, Tompa Péter, Dosztányi Zsuzsanna, Pancsa Rita: PhaSePro: the database of proteins driving liquid–liquid phase separation, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2019
Pancsa Rita, Kovacs Denes, Tompa Peter: Misprediction of Structural Disorder in Halophiles., MOLECULES 24: (3) E479, 2019
Pancsa Rita, Schad Eva, Tantos Agnes, Tompa Peter: Emergent functions of proteins in non-stoichiometric supramolecular assemblies, BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-PROTEINS AND PROTEOMICS S1570-9639(19)30043-3, 2019




 

Events of the project

  
2022-10-04 15:03:03
Résztvevők változása
2022-06-21 11:19:17
Résztvevők változása
2020-01-08 15:45:30
Résztvevők változása



Back »