Sejtazonosság kromatin szintű komponenseinek jellemzése  részletek

súgó  nyomtatás 
vissza »

 

Projekt adatai

 
azonosító
129166
típus K
Vezető kutató Bálint Bálint László
magyar cím Sejtazonosság kromatin szintű komponenseinek jellemzése
Angol cím Chromatin level determinants of cell identity
magyar kulcsszavak kromatin, daganat, magreceptor
angol kulcsszavak chromatin, tumour, nuclear receptor
megadott besorolás
Transzkriptomika (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)35 %
Genomika, összehasonlító genomika, funkcionális genomika (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)35 %
Epigenetika és génszabályozás (Orvosi és Biológiai Tudományok Kollégiuma)30 %
zsűri Genetika, Genomika, Bioinformatika és Rendszerbiológia
Kutatóhely ÁOK Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet (Debreceni Egyetem)
résztvevők Arányi Tamás
Erdős Edina
Laczik Miklós
Mianesaz Hamidreza
Nagy-Bojcsuk Dóra
Ozgyin Lilla
Póliska Szilárd
Szabó Gábor
Uray Iván Péter
projekt kezdete 2018-10-01
projekt vége 2022-12-31
aktuális összeg (MFt) 33.483
FTE (kutatóév egyenérték) 9.82
állapot aktív projekt





 

Zárójelentés

 
kutatási eredmények (magyarul)
Pályázatunk jelentősen hozzájárult a sejt azonosság kromatin szintű összetevőinek mélyebb megértéséhez. Még mindig nem tudunk határozott válaszokat adni arra, hogy a kromatin szintű sztochasztikus események hogyan befolyásolják a génexpressziós változásokat. Több modellrendszerrel dolgoztunk: MCF-7 sejtekkel és LCL sejtekkel. Kiterjedt genomikai technológiákat és sokféle bioinformatikai eszközt használtunk. A pályázati támogatásával összesen 10 publikáció jelent meg, összesen 44,352 impakt faktorral. 2022 decemberében a Scientific Data című folyóiratban publikáltuk az öt elméletileg izogén LCL-sejtvonal összehasonlításának multiomikai adatait. Korábbi cikkünkben kimutattuk, hogy kromatin szinten az enhancerek kb. negyede különbözik az öt sejtvonal között, míg a géneknek csak kevesebb, mint 5%-a fejeződik ki eltérően. Ezen sejtvonalak teljes genom szekvenálásával be tudtuk bizonyítani, hogy bár ugyanattól a személytől származnak, mégsem izogének. Kis fokú genetikai eltéréseket még alacsony passzázsszámok mellett is azonosítani lehetett. Bár eredményeink nem elegendőek átfogó következtetések levonásához, feltételezzük, hogy egy szervezet emberi sejtjei nem izogének, és az izogenitás fogalma puszta absztrakció, és túl kell lépnünk ezen az elavult fogalmon. Elképzelésünk szerint a genom folyamatos változásban van, és plasztikusan alkalmazkodik a folyamatosan változó környezethez.
kutatási eredmények (angolul)
The received grant contributed significantly to deepen our understanding on the components of cellular identity on chromatin level. Still, we can not provide strong answers on how stochastic events on chromatin level are influencing gene expression changes. We worked with several model systems: MCF-7 cells and LCL cells. We used extensive genomic technologies and a wide variety of bioinformatic tools. A total of 10 publications were published with the support of the grant with a total impact factor of 44,352. In December 2022 we published in Scientific Data the multiomic data of our comparison of the five theoretically isogenic LCL cell lines. In our previous paper we have shown that on chromatin level approx. a quarter of the enhancers are different between the five cell lines while only less than 5% of the genes are expressed differentially. By whole genome sequencing of these cell lines, we could prove that while the originate from the same person, still they are not isogenic. Slight genetic variations could be identified even at low passage numbers. While our results are not sufficient to draw extensive conclusions, we speculate that human cells of an organism are not isogenic and the concept of isogenicity is a pure abstraction and we need to move past this outdated concept. We propose that the genome is in a continuous change and is in a plastic adaptation to the ever-changing environment.
a zárójelentés teljes szövege https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=129166
döntés eredménye
igen





 

Közleményjegyzék

 
Lilla Ozgyin, Attila Horvath, Zsuzsanna Hevessy & Balint L. Balint: Extensive epigenetic and transcriptomic variability between genetically identical human B-lymphoblastoid cells with implications in pharmacogenomics research, Scientific Reports, 2019
Dóra Bojcsuk, Bálint László Bálint: Classification of different types of estrogen receptor alpha binding sites in MCF-7 cells, Journal of biotechnology, 2019
Zsolt Keresztessy, Edina Erdos, Lilla Ozgyin, János Kádas, József Horváth, Gábor Zahuczky, Balint L Balint: Development of an antibody control system using phage display, Journal of Biotechnology, 2019
Edina Erdos, Balint Laszlo Balint: COUP-TFII is a modulator of cell-type-specific genetic programs based on genomic localization maps, Journal of biotechnology, 2019
Adeline Divoux, Katalin Sandor, Dora Bojcsuk, Fanchao Yi, Meghan E Hopf, Joshua S Smith, Balint L Balint, Timothy F Osborne, Steven R Smith: Fat Distribution in Women Is Associated With Depot-Specific Transcriptomic Signatures and Chromatin Structure, Journal of the Endocrine Society 4 (6), bvaa042, 2020
Edina Erdős, Bálint László Bálint: NR2F2 Orphan Nuclear Receptor is Involved in Estrogen Receptor Alpha-Mediated Transcriptional Regulation in Luminal A Breast Cancer Cells, Int. J. Mol. Sci. 21 (6), 1-15, 2020., 2020
Dóra Bojcsuk, Gergely Nagy, Bálint László Bálint: Alternatively Constructed Estrogen Receptor Alpha-Driven Super-Enhancers Result in Similar Gene Expression in Breast and Endometrial Cell Lines, Int. J. Mol. Sci. 21, 1-18, 2020., 2020
Péter Gargya Bálint László Bálint: Histological Grade of Endometrioid Endometrial Cancer and Relapse Risk Can Be Predicted with Machine Learning from Gene Expression Data, https://doi.org/10.3390/cancers13174348, 2021
Laura Jankó, Tünde Kovács,Miklós Laczik, Zsanett Sári, Gyula Ujlaki,Gréta Kis, Ibolya Horváth, Miklós Antal, László Vígh, Bálint L. Bálint, Karen Uray, Péter Bai: Silencing of Poly(ADP-Ribose) Polymerase-2 Induces Mitochondrial Reactive Species Production and Mitochondrial Fragmentation, https://doi.org/10.3390/cells10061387, 2021
Miklós Laczik, Edina Erdős, Lilla Ozgyin, Zsuzsanna Hevessy, Éva Csősz, Gergő Kalló, Tibor Nagy, Endre Barta, Szilárd Póliska, István Szatmári, Bálint László Bálint: Extensive proteome and functional genomic profiling of variability between genetically identical human B-lymphoblastoid cells, Sci Data 9, 763 (2022), 2022
Miklós Laczik, Edina Erdős, Lilla Ozgyin, Zsuzsanna Hevessy, Éva Csősz, Gergő Kalló, Tibor Nagy, Endre Barta, Szilárd Póliska, István Szatmári, Bálint László Bálint: Extensive proteome and functional genomic profiling of variability between genetically identical human B-lymphoblastoid cells, Sci Data 9, 763 (2022), 2022





 

Projekt eseményei

 
2021-04-29 00:34:13
Résztvevők változása
2020-07-29 22:01:35
Résztvevők változása




vissza »