Characterization the role of P53 in DNA damage induced transcriptional silencing  Page description

Help  Print 
Back »
 

Details of project

  
Identifier
132080
Type FK
Principal investigator Borsos, Barbara Nikolett
Title in Hungarian A P53 szerepének azonosítása a DNS károsodás által kiváltott transzkripcionális csendesítés során
Title in English Characterization the role of P53 in DNA damage induced transcriptional silencing
Keywords in Hungarian P53, RNSPII, ATM, DNAPK, DNS kettős szálú törés, transzkripcionális csendesítés
Keywords in English P53, RNAPII, ATM, DNAPK, double strand DNA break, transcriptional silencing
Discipline
Molecular biology (Council of Medical and Biological Sciences)100 %
Ortelius classification: Molecular markers and recognition
Panel Molecular and Structural Biology and Biochemistry
Department or equivalent Department of Pathology (University of Szeged)
Participants Páhi, Zoltán Gábor
Pankotai, Tibor
Starting date 2019-12-01
Closing date 2023-12-31
Funding (in million HUF) 40.000
FTE (full time equivalent) 3.68
state running project





 

Final report

  
Results in Hungarian
Igazoltuk, hogy a P53 hiányában, AktD-vel indukált transzkripciós blokk hatására, az S2P RNSPII tovább tartózkodik az adott DNS szakaszon. Továbbá bizonyítottuk, hogy a P53, valamint az ATM és a DNAPK kináz aktivitása befolyásolja az S2P RNSPII ubiquitilációját. Az ATM és a DNAPK jelentős szerepet játszik az S2P RNSPII ubiquitilációját végző E3 ligáz komplexek aktivációjában, míg a P53 megakadályozza az S2P RNSPII korai ubiquitilációját, feltételezhetően azért, hogy időt biztosítson a DNS hibajavító faktorok törés helyére történő kötődéséhez. A projekt során létrehoztunk egy U2OS-alapú stabil sejtvonalat, amelyben indukálhatóan lehet kettős szálú DNS töréseket létrehozni. A WWP2 és a NEDD4 E3 ligázoknak, valamint a CUL3 „scaffold” fehérjének fontos szerepük van a törés helyén bekövetkező transzkripcionális csendesítésben. Ezeket az eredményeket teljes genom szinten is igazoltuk, Click-iT Nascent RNA Capture Kit segítségével, a radiomimetikus NCS-t alkalmazva. Továbbá kimutattuk, hogy a WWP2-nek jelentős szerepe van az S2P RNSPII ubiquitilációjában fiziológiás körülmények között és kettős szálú DNS törés hatására is, míg a NEDD4 kizárólag DNS törést követően játszik ebben a folyamatban szerepet. Kimutattuk, hogy a NEDD4 és a CUL3 nélkülözhetetlen az S2P RNSPII kromatinról történő eltávolításában DNS károsodás hatására, míg a WWP2 nemcsak a DNS károsodás indukálta, hanem a fiziológiás körülmények között történő, új transzkripciós ciklus megkezdéséhez szükséges lebontásához is.
Results in English
We revealed that as a response to actinomycin D-induced transcription block, in the absence of P53, the dwelling time of the elongating RNA polymerase II (S2P RNAPII) on the DNA was prolonged. Furthermore, we proved that P53 and the kinase activity of ATM and DNAPK play a role in the ubiquitylation of S2P RNAPII. ATM and DNAPK have an inevitable effect in the activation of E3 ligase complexes, participating in the ubiquitylation of S2P RNAPII, while P53 hinders the premature ubiquitylation of S2P RNAPII, presumably to ensure time for the recruitment of the DNA repair factors to the lesion site. A U2OS-derived stable cell line (VAsiSI) was established in which inducible double-strand breaks (DSBs) can be generated. We unveiled that the knockdown of the E3 ligases WWP2 and NEDD4 and the scaffold protein CUL3 rescued transcription at the lesion site. These findings were also supported at the genomic level with the Click-iT Nascent RNA Capture Kit, using the radiomimetic drug neocarzinostatin. Moreover, we found that WWP2 had a significant impact on the ubiquitylation of S2P RNAPII both under physiological conditions and upon DSB induction, while NEDD4 influences its ubiquitylation only upon DNA damage. We demonstrated that NEDD4 and CUL3 have indispensable implications in the chromatin removal of the stalled S2P RNAPII as a response to DNA damage, while WWP2 is an essential protein for not only its DSB-induced but also its natural turnover under physiological conditions.
Full text https://www.otka-palyazat.hu/download.php?type=zarobeszamolo&projektid=132080
Decision
Yes





 

List of publications

  
Borsos Barbara N., Majoros Hajnalka, Pankotai Tibor: Emerging Roles of Post-Translational Modifications in Nucleotide Excision Repair, CELLS 9: (6) 1466, 2020
Borsos Barbara N., Majoros Hajnalka, Pankotai Tibor: Ubiquitylation-Mediated Fine-Tuning of DNA Double-Strand Break Repair, CANCERS 12: (6) 1617, 2020
Páhi Zoltán G., Borsos Barbara N., Pantazi Vasiliki, Ujfaludi Zsuzsanna, Pankotai Tibor: PARylation During Transcription: Insights into the Fine-Tuning Mechanism and Regulation, CANCERS 12: (1) 183, 2020
Berzsenyi Ivett, Pantazi Vasiliki, Borsos Barbara N., Pankotai Tibor: Systematic overview on the most widespread techniques for inducing and visualizing the DNA double-strand breaks, MUTATION RESEARCH-REVIEWS IN MUTATION RESEARCH 788: 108397, 2021
Khanam Taran, Muñoz Ivan, Weiland Florian, Carroll Thomas, Morgan Michael, Borsos Barbara N, Pantazi Vasiliki, Slean Meghan, Novak Miroslav, Toth Rachel, Appleton Paul, Pankotai Tibor, Zhou Houjiang, Rouse John: CDKL5 kinase controls transcription‐coupled responses to DNA damage, EMBO JOURNAL 40: (23) e108271, 2021
Majoros Hajnalka, Borsos Barbara N., Ujfaludi Zsuzsanna, Páhi Zoltán G., Mórocz Mónika, Haracska Lajos, Boros Imre Miklós, Pankotai Tibor: SerpinB10, a Serine Protease Inhibitor, Is Implicated in UV-Induced Cellular Response, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 22: (16) 8500, 2021
Pantazi Vasiliki, Berzsenyi Ivett, Borsos Barbara N., Pankotai Tibor: Visualizing and Quantifying Endonuclease-Based Site-Specific DNA Damage, JOVE-JOURNAL OF VISUALIZED EXPERIMENTS 8: (174) e62175, 2021
Borsos Barbara N., Páhi Zoltán G., Ujfaludi Zsuzsanna, Sükösd Farkas, Nikolényi Alíz, Bankó Sarolta, Pankotai-Bodó Gabriella, Oláh-Németh Orsolya, Pankotai Tibor: BC-miR: Monitoring Breast Cancer-Related miRNA Profile in Blood Sera—A Prosperous Approach for Tumor Detection, CELLS 11: (17) 2721, 2022
Borsos Barbara N., Pantazi Vasiliki, Páhi Zoltán G., Majoros Hajnalka, Ujfaludi Zsuzsanna, Berzsenyi Ivett, Pankotai Tibor: The role of p53 in the DNA damage-related ubiquitylation of S2P RNAPII, PLOS ONE 17: (5) e0267615, 2022
Borsos Barbara Nikolett, Páhi Zoltán Gábor, Újfaludi Zsuzsanna, Sükösd Farkas, Nikolényi Alíz, Bankó Sarolta, Pankotai-Bodó Gabriella, Oláh-Németh Orsolya, Pankotai Tibor: Folyadékalapú biopszia nyújtotta lehetőségek az emlőtumorok felismerésében, , 2022
Borsos Barbara Nikolett, Vasiliki Pantazi, Berzsenyi Ivett, Majoros Hajnalka, Újfaludi Zsuszanna, Páhi Zoltán, Brata Nikolett, Ördög Nóra, Pankotai Tibor: Transcriptional changes in response to DNA damage, In: A Magyar Élettani Társaság 84. Vándorgyűlése, (2022) p. 31., 2022
Ördög Nóra, Borsos Barbara N, Majoros Hajnalka, Ujfaludi Zsuzsanna, Pankotai-Bodó Gabriella, Bankó Sarolta, Sükösd Farkas, Kuthi Levente, Pankotai Tibor: The clinical significance of epigenetic and RNAPII variabilities occurring in clear cell renal cell carcinoma as a potential prognostic marker, TRANSLATIONAL ONCOLOGY 20: 101420, 2022
Ördög Nóra, Borsos Barbara Nikolett, Majoros Hajnalka, Újfaludi Zsuzsanna, Kuthi Levente, Pankotai-Bodó Gabriella, Bankó Sarolta, Sükösd Farkas, Pankotai Tibor: The clinical significance of epigenetic and RNAPII variabilities occurring in clear cell renal cell carcinoma as a potential prognostic marker, In: 34th European Congress of Pathology, (2022) p. S145., 2022
Páhi Zoltán G., Kovács Levente, Szűcs Diána, Borsos Barbara N., Deák Péter, Pankotai Tibor: Usp5, Usp34, and Otu1 deubiquitylases mediate DNA repair in Drosophila melanogaster, SCIENTIFIC REPORTS 12: (1) 5870, 2022
Páhi Zoltán Gábor, Borsos Barbara Nikolett, Miklós Vanda, Pankotai Tibor: Identifying molecular markers for the early diagnosis of non-small cell lung cancer, , 2022
Pankotai-Bodó Gabriella, Borsos Barbara Nikolett, Újfaludi Zsuzsanna, Páhi Zoltán, Sükösd Farkas, Pankotai Tibor: FFPE minták újgenerációs szekvenálás alapú vizsgálataival szerzett tapasztalataink, In: 75. Patológus Kongresszus, (2022) p. 12., 2022
Újfaludi Zsuzsanna, Oláh-Németh Orsolya, Borsos Barbara Nikolett, Páhi Zoltán Gábor, Sükösd Farkas, Pankotai-Bodó Gabriella, Barta Nikolett, Ördög Nóra, Berzsenyi Ivett, Pankotai Tibor: Újgenerációs szekvenálás alapú molekuláris vizsgálatok jelenlegi és jövőbeli felhasználási lehetőségei a tüdőtumorok diagnosztikájában, In: 75. Patológus Kongresszus, (2022) p. 21., 2022
Vasiliki Pantazi, Borsos Barbara Nikolett, Páhi Zoltán Gábor, Pankotai Tibor: Ubiquitylation-mediated transcription regulation in response to DNA Double-Strand Breaks, In: 2nd HCEMM PHD-POSTDOC symposium, (2022) p. 2., 2022
Zsuzsanna Ujfaludi, Levente Kuthi, Gabriella Pankotai-Bodó, Sarolta Bankó, Farkas Sükösd, Tibor Pankotai: Novel Diagnostic Value of Driver Gene Transcription Signatures to Characterise Clear Cell Renal Cell Carcinoma, ccRCC, Pathology and Oncology Research, 2022
Barta Nikolett, Ördög Nóra, Pantazi Vasiliki, Berzsenyi Ivett, Borsos Barbara N., Majoros Hajnalka, Páhi Zoltán G., Ujfaludi Zsuzsanna, Pankotai Tibor: Identifying Suitable Reference Gene Candidates for Quantification of DNA Damage-Induced Cellular Responses in Human U2OS Cell Culture System, BIOMOLECULES 13: (10) 1523, 2023
Borsos Barbara, Vasiliki Pantazi, Páhi Zoltán, Majoros Hajnalka, Újfaludi Zsuzsanna, Berzsenyi Ivett, Pankotai Tibor: Role of P53 in S2P RNAPII ubiquitylation upon DNA damage, In: Ubiquitin & Friends Symposium, (2023) p. 26., 2023
Nagy-Mikó Bence, Németh-Szatmári Orsolya, Faragó-Mészáros Réka, Csókási Aliz, Bognár Bence, Ördög Nóra, Borsos Barbara N., Majoros Hajnalka, Ujfaludi Zsuzsanna, Oláh-Németh Orsolya, Nikolényi Aliz, Dobi Ágnes, Kószó Renáta, Sántha Dóra, Lázár György, Simonka Zsolt, Paszt Attila, Ormándi Katalin, Pankotai Tibor, Boros Imre M., Villányi Zoltán, Vörös András: Predictive Potential of RNA Polymerase B (II) Subunit 1 (RPB1) Cytoplasmic Aggregation for Neoadjuvant Chemotherapy Failure, INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 24: (21) 15869, 2023
Páhi Zoltán, Kovács Levente, Szűcs Diána, Borsos Barbara, Deák Péter, Pankotai Tibor: Usp5, Usp34, and Otu1 deubiquitylases mediate DNA repair in Drosophila melanogaster, In: Ubiquitin & Friends Symposium, (2023) p. 67., 2023
Pankotai Tibor, Borsos Barbara Nikolett, Páhi Zoltán Gábor, Újfaludi Zsuzsanna, Sükösd Farkas, Bankó Sarolta, Pankotai-Bodó Gabriella, Oláh-Németh Orsolya: BC-miR: monitoring breast cancer-related miRNA profile in blood sera - a prosperous approach for tumour detection, VIRCHOWS ARCHIV 483: (S1) pp. 1-391., 2023
Pankotai-Bodó Gabriella , Oláh-Németh Orsolya, Sükösd Farkas, Pankotai Tibor: Routine molecular applications and recent advances in breast cancer diagnostics, JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 380 pp. 20-28. , 9 p. (2024), 2024




 

Events of the project

  
2023-08-09 11:56:33
Kutatóhely váltás
A kutatás helye megváltozott. Korábbi kutatóhely: Pathológia (Szegedi Tudományegyetem), Új kutatóhely: Pathológiai Intézet (Szegedi Tudományegyetem).
2021-01-18 10:02:56
Kutatóhely váltás
A kutatás helye megváltozott. Korábbi kutatóhely: Orálbiológiai és Kísérletes Fogorvostudományi Tanszék (Szegedi Tudományegyetem), Új kutatóhely: Pathológiai Intézet (Szegedi Tudományegyetem).



Back »